Capítulo 3: Visualización de estructuras en tres dimensiones

Para conocer el algoritmo en detalle, consulte los artículos publicados sobre el
tema. Estos son los PMID (PubMed ID): 8804824, 8710828. (Ver Practiejemplo
4A del capítulo 1 para aprender a consultar la base de datos PubMed).
7. En la página que aparece debe seleccionar el dominio que quiere alinear. Seleccione
“domain 1”, que es el que tiene la mezcla entre hélices alfa y láminas beta.
8. La página que aparece tiene las estructuras que, según el algoritmo VAST, mejor se
alinean con nuestra estructura.
Busque entre los resultados la entrada “1VHR A” y haga clic en la casilla de selección
(no en el vínculo, pues este lo lleva al otro registro, y lo que queremos es alinear las
estructuras). Usted puede alinear al mismo tiempo varias estructuras, pero para este
ejemplo sólo seleccionaremos una.
9. Ahora haga clic en el vínculo “View Alignment” para desplegar el alineamiento en tres
dimensiones.
10. La primera vista es el alineamiento de los ‘Backbones’ de ambas proteínas. Haga clic
en View -> Next Frame varias veces (también puede presionar la flecha derecha o
izquierda del teclado) para desplegar cada estructura por separado, y luego haga clic
en View -> All Frames para volver a ver el alineamiento.
11. Si mira con atención, notará que están coloreados con rojo los residuos idénticos y en
la misma posición (o una posición cercana...) y en azul los residuos en la misma
posición pero que no son el mismo aminoácido. Vea el alineamiento de las secuencias,
para resaltar este hecho.
12. Haga clic en Style -> Rendering Shortcuts -> Worms. Se resaltan las estructuras
secundarias.
Como ve, el algoritmo logró alinear bastante bien las hélices alfa y las láminas beta. En
casi todos los casos, las estructuras secundarias de ambas proteínas apuntan en la
misma dirección.
Es importante resaltar lo siguiente: Mirando el alineamiento de estructuras concluimos que son
muy similares. Sin embargo, el alinemiento de aminoácidos en la parte inferior no es tan
similar. Si nos basamos únicamente en las secuencias de estas dos proteínas para tratar de
concluir similaridad estructural, estaríamos sesgados a pensar que no se parece.
En capítulos posteriores aprenderemos a hacer alineamientos de secuencias. En muchos
casos, este alineamiento puede dar una buena idea de la similitud entre las estructuras. Sin
embargo, como lo muestra este ejemplo, nunca debemos dar un resultado por sentado: en
bioinformática la mayoría de hipótesis necesitan corroboración experimental adicional.
Ejercicio:
Repita el ejercicio con la mioglobina de ballena – 1MBO – y la cadena B de la hemoglobina
humana – 1HDB B. ¿Cómo se alinea el grupo heme (el que tiene átomo de hierro) de las dos
estructuras?
Ejercicios:
Primer ejercicio
Para cada comando de Jmol, describa el efecto y su utilidad en el análisis de estructuras:
a) Secondary Structure
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