Recherche de similarité
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Métho<strong>de</strong>s heuristiques<br />
Y<br />
C<br />
W<br />
Q<br />
A<br />
T<br />
D<br />
S<br />
G<br />
Odile Lecompte -IGBMC<br />
I<strong>de</strong>ntification <strong>de</strong> régions (“mots”) fortement conservées<br />
=> limiter le nombre <strong>de</strong> solutions à explorer<br />
L N A K S I M W Q A T R C I S V<br />
☺ l’alignement est rapi<strong>de</strong> recherche <strong>de</strong> <strong>similarité</strong><br />
la solution proposée n’est pas obligatoirement optimale<br />
FASTA<br />
Odile Lecompte -IGBMC<br />
Reférence<br />
Pearson and Lipman. Improved tools for biological sequence<br />
comparison. i PNAS 85(8):2444-8 85(8) 2444 8 (1988)<br />
Versions<br />
La version actuelle est fasta3.<br />
Accessibilité<br />
Disponible par FTP<br />
Intégré dans la plupart <strong>de</strong>s « packages » bioinformatiques<br />
ex : GCG<br />
Nombreux serveurs Web :<br />
EBI : http://www.ebi.ac.uk/fasta33/<br />
disponible sur les serveurs SRS …<br />
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