Recherche de similarité

Comparer les scores !
Init1 = score du meilleur segment initial
Initn = score du meilleur alignement initial (après ajout de gaps)
iinitn it iinit1 it1
Opt = score de l’alignement optimal sur un
fenêtre autour d’init1
Si opt < initn : problème !!!
Région de forte similarité ignorée dans
l’alignement
B
A
B
A
Odile Lecompte -IGBMC
Expect
Odile Lecompte -IGBMC
Expect :
nombre attendu d’alignements g avec un score S
Plus l’expect est proche de 0, plus le score est significatif
E = Kmn e -S
Séquence B
initn
init1
K constante de Karlin
m longueur de la séquence requête
n longueur de la banque
λ dépend du système de score employé
FASTA :
calcul des paramètres à partir de l’ensemble des scores trouvés lors de la
recherche dans la banque (sauf les scores les plus extrêmes).
BLAST2 :
détermination empirique à partir de séquences modèles pour chaque type de
matrice et de pénalité de gap
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