Recherche de similarité
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BLAT : the Blast-Like Alignment Tool<br />
But : i<strong>de</strong>ntifier rapi<strong>de</strong>ment <strong>de</strong>s régions <strong>de</strong> forte <strong>similarité</strong><br />
nucléique => au moins 95% sur 40 bases (ex: primates)<br />
protéiques é => au moins 80% sur 20 aa (ex ( : vertébrés éb é terrestres) )<br />
Applications :<br />
localiser une séquence (gène, ARNm, est, protéine) sur un génome<br />
déterminer la structure d’un gène (carte exonique)<br />
Avantages/inconvénients :<br />
gain <strong>de</strong> temps<br />
alignements triés en fonction du génome<br />
prise en compte <strong>de</strong>s sites d’épissages<br />
utilisable uniquement pour séquences très proches<br />
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat<br />
Odile Lecompte -IGBMC<br />
Kent, Genome Research 2002<br />
BLAT : the Blast-Like Alignment Tool<br />
• stockage en mémoire <strong>de</strong>s mots <strong>de</strong> k lettres du génome => gain <strong>de</strong> temps<br />
• élimination <strong>de</strong>s mots trop fréquents (séquences répétées)<br />
• recherche <strong>de</strong>s mots i<strong>de</strong>ntiques dans la séquence requête<br />
kk=11 11 pour comparaison i ADN/ADN<br />
k=4 pour comparaisons protéiques<br />
alignement si :<br />
2 mots i<strong>de</strong>ntiques (k=11) pour ADN<br />
3 mots (k=4) i<strong>de</strong>ntiques pour protéines<br />
(version serveur)<br />
1 mmot t (k (k=5) 5) i<strong>de</strong>ntique id nti p pour pprotéines téin s<br />
(version stand-alone)<br />
sur même diagonale et suffisamment proches<br />
prise en compte <strong>de</strong>s sites d’épissages<br />
Odile Lecompte -IGBMC<br />
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