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LAURACEES DE GUYANE, UN POTENTIEL INEXPLOITE
Pour l’instant, intéressons-nous aux composés volatils émis par les écorces.
Il a été démontré qu’une combinaison de molécules extraites de l’écorce pouvait
permettre de caractériser une espèce et servir de base à une phylogénie chimique (Courtois et al.
2009). L’arbre de la Figure 9 a été obtenu par classification ascendante hiérarchique selon la
méthode de Ward d’après une matrice de distance de Manhattan. Cette matrice est calculée à
partir de la présence ou l’absence des composés dans la signature chimique de l’écorce de
différents individus. Cette phylogénie nous permet de voir que les 4 espèces de Lauracées
possèdent un bon regroupement. Cependant, elles sont dispersées sur l’arbre. C’est pourquoi,
nous nous intéressons aux composés volatils émis par les écorces. Nous avons donc mené une
étude détaillée dans la PARTIE II sur l’origine et la nature des composés organiques volatils
émis par les arbres de la famille des Lauracées.
4. Génétique, taxinomie et barcoding
Le barcoding consiste à attribuer un code barre génétique unique à une espèce dans le
but d’aider à sa détermination taxinomique. De nombreuses applications dans le domaine du
barcoding animal sont réussies. Cette méthode s’avère efficace dans l’identification de plusieurs
espèces de gastéropodes marins et coquillages (Meyer and Paulay 2005; Hajibabaei et al. 2007).
Pour le règne animal, il faut 650 pb (paires de base) pour identifier à l’espèce (Kane and Cronk
2008). Des séquences plus courtes (150 pb) en utilisant l’intron trnL sont utilisées pour
déterminer le régime alimentaire des herbivores à partir de leurs fèces (Valentini et al. 2009).
La reconstruction de la phylogénie végétale se base actuellement sur des séquences
d’ADN chloroplastique (ADNcp) (Chase et al. 1993; Gielly and Taberlet 1994; Baldwin et al.
1995; Rohwer 2000; Chanderbali, Werff, and Renner 2001). Le gène rbcL 1 en particulier a été
largement étudié et a montré une bonne résolution dans la séparation des familles (Chase et al.
1993). Plus de 2000 gènes rbcL ont été séquencés dans le règne végétal (Judd et al. 2001).
Cependant, son efficacité a une limite. Par exemple au sein de l’ordre des Zingibérales, ce gène
ne présente pas de divergence entre les ordres ou au sein des familles (Smith, Kress, and
Zimmer 1993) C’est pourquoi des régions non-codantes ont été testées afin d’essayer
d’augmenter la résolution. En effet, puisque les régions non-codantes sont soumises à moins de
contraintes fonctionnelles que les régions codantes, elles devraient montrer plus de
polymorphisme intergenres et interespèces. C’est pourquoi de nouveaux marqueurs ont
commencé à être utilisés tels les marqueurs inter-géniques trnH-psbA ou trnC-yCf6 (Gielly and
Taberlet 1994; Shaw et al. 2005; Kress et al. 2005).
Etant donné que ces marqueurs permettent d’augmenter la résolution de la phylogénie,
l’idée émerge d’utiliser le code génétique pour identifier les plantes, comme c’est déjà en cours
dans le règne animal (Chase et al. 2005; Cowan et al. 2006; Erickson et al. 2008). Le code barre
ADN idéal est un fragment de 700 pb variable, amplifiable avec des amorces universelles, il
1 Le gène rbcL est un gène chloroplastique qui code la grande sous-unité de l’enzyme photosythétique ribulos-1,5biphosphate
carboxylase/oxygénase (Judd et al. 2001))
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