Virus d'Epstein-Barr - Diagenode Diagnostics
Virus d'Epstein-Barr - Diagenode Diagnostics
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Réf.: Dia-EBVQ-050.Vs1 (06.02.2013)<br />
<strong>Virus</strong> d’Epstein-<strong>Barr</strong><br />
PCR quantitative en temps réel<br />
Manuel d’utilisation<br />
Disponible sur:<br />
• ABI® 7000 / 7300 / 7500 / 7900HT-StepOnePlus<br />
• Roche LightCycler® 480 / Lc2.0<br />
• Biorad iCycler® / IQ5 / CFX96<br />
• Qiagen Rotor-Gene® 3000/ 6000<br />
• Agilent Stratagene® MX3000P / 3005P<br />
En combinaison avec:<br />
• Contrôle universel d'inhibition (YD) (inclus)<br />
• Contrôle d'extraction d’ADN et d'inhibition PCR (Réf.):<br />
DIA-EIC/DNA(YD)-050<br />
DIA-EIC/DNA(DR)-050<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050<br />
www.diagenodediagnostics.com
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DIAGENODE QUANTITATIVE CYTOMEGALOVIRUS REAL-TIME PCR MANUEL D'UTILISATION<br />
Europe <strong>Diagenode</strong> sa/CHU - Tour GIGA - B34 - 3 e étage//Avenue de l’Hôpital, 1 //4000 Liège (Sart Tilman)//Belgium //Phone : (+32) 4 364 20 50 //Mail : info@diagenode.com
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Sommaire<br />
Information générale .......................................................................................................................................... 5<br />
Champs d’application / Intérêt du dispositif .................................................................................................... 5<br />
Information sur l’agent pathogène ................................................................................................................... 5<br />
Description du produit ....................................................................................................................................... 6<br />
Stockage .............................................................................................................................................................. 7<br />
Avertissements et précautions ......................................................................................................................... 8<br />
Matériel requis, non fourni............................................................................................................................... 10<br />
Utilisation d'échantillons humains / Champ d'application de la trousse ................................................... 10<br />
Prélèvement, stockage et transport d'échantillons humains ...................................................................... 11<br />
1. Prélèvement d'échantillons ................................................................................................................ 11<br />
2. Stockage des échantillons ................................................................................................................. 11<br />
3. Transport des échantillons ................................................................................................................. 11<br />
Protocole ........................................................................................................................................................... 12<br />
A. Procédures à suivre<br />
A.1. Procédure d’extraction (cf. point B2. Extraction d’échantillons / Isolation d’ADN) .............................. 12<br />
A.2. Procédure de la PCR (cf. point B3. Préparation de la réaction PCR) ................................................. 13<br />
A.3. Amplification et procédures des systèmes en temps réel ................................................................... 14<br />
A.4. Interprétation des résultats .................................................................................................................. 14<br />
B. Annexes de la procédure<br />
B.1. Contrôle d’extraction d’ADN & d’inhibition (option) ............................................................................. 17<br />
B.2. Extraction d’échantillons / Isolation d’ADN .......................................................................................... 18<br />
B.3. Préparation de la réaction PCR ........................................................................................................... 19<br />
B.4. Programme de PCR ............................................................................................................................ 24<br />
B.5. Sélection des fluorophores appropriés ................................................................................................ 25<br />
ABI ® 7000-7300-7500-7900HT / StepOnePlus .............................................................................. 26<br />
Roche LightCycler ® 480 - Lc2.0 .......................................................................................................... 26<br />
Biorad iCycler ® -IQ5-CFX96................................................................................................................. 27<br />
Agilent Stratagene ® MX3000P-3005P ................................................................................................ 27<br />
Qiagen Rotor-Gene ® 3000 / 6000 ...................................................................................................... 27<br />
B.6. Interprétation des résultats .................................................................................................................. 28<br />
Guide de résolution des problèmes .............................................................................................................. 29<br />
Évaluation des performances ......................................................................................................................... 30<br />
Sensibilité analytique ............................................................................................................................. 30<br />
Spécificité analytique ............................................................................................................................. 30<br />
Investigation clinique.............................................................................................................................. 30<br />
Restrictions concernant l'utilisation du produit ............................................................................................ 31<br />
Contrôle qualité ................................................................................................................................................ 31<br />
Références ........................................................................................................................................................ 31<br />
Explication des symboles ................................................................................................................................ 32<br />
Avis à l'acheteur ............................................................................................................................................... 33<br />
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DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
Europe <strong>Diagenode</strong> sa / CHU - Tour GIGA - B34 - 3 e étage // Avenue de l’Hôpital, 1 // 4000 Liège (Sart Tilman) // Belgique // Tel: (+32) 4 364 20 50 // Mail: info@diagenode.com
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Information générale<br />
La trousse de PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps réel de <strong>Diagenode</strong> est un dosage de<br />
diagnostic in vitro utilisé par les laboratoires cliniques et par les techniciens de laboratoire qualifiés.<br />
La trousse de PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps réel de <strong>Diagenode</strong> est validée pour:<br />
• ABI ® (7000 /7300 /7500 /7900HT/StepOnePlus)<br />
• Roche ® (LcC480/Lc2.0)<br />
• Biorad ® (iCycler/ IQ5/CFX96)<br />
• Qiagen Rotor-Gene ® (3000/6000)<br />
• Agilent Stratagene ® (MX3000P/3005P)<br />
Champ d’application / Intérêt du dispositif<br />
La trousse de PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps réel est un test de diagnostic in vitro<br />
quantitatif permettant la détection rapide et spécifique du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> humain (VEB) dans des<br />
échantillons de sang total/EDTA et plasma/citraté par la technique de polymérisation en chaîne en<br />
temps réel après extraction de l’ADN virale.<br />
Information sur l’agent pathogène<br />
Le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> ou human herpesvirus (HHV-4) est un virus à ADN enveloppé qui fait partie de<br />
la famille des Herpesviridaes et est l'un des virus les plus courants chez l’être humain. La plupart des<br />
des personnes infectées par ce virus sont le plus souvent asymptomatiques mais peuvent aussi<br />
développer la mononucléose infectieuse.<br />
Les symptômes de la mononucléose infectieuse sont la fièvre, des maux de gorge et les ganglions<br />
lymphatiques enflés. Parfois, une augmentaion de la taille de la rate (splénomégalie) ou une atteinte<br />
hépatique peut se développer. Dans de très rare cas, le cœur ou le système nerveux central sont<br />
atteints. La mononucléose infectieuse n'est presque jamais mortelle. Il n'existe pas de lien établi entre<br />
l’infection au virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> et des problèmes pendant la grossesse, tels que fausses couches ou<br />
des malformations congénitales. Bien que les symptômes de la mononucléose<br />
infectieuse disparaissent généralement en 1 ou 2 mois, le virus reste dormant ou latent dans<br />
l’épithélium oropharyngée et dans certaines cellules du système immunitaire de l'organisme pour le<br />
reste de la vie de la personne. Périodiquement, le virus peut se réactiver et se trouve couramment<br />
dans la salive des personnes infectées. Cette réactivation se fait généralement sans symptômes de la<br />
maladie.<br />
Ce virus peut induire le développement de cancer comme le lymphome de Burkitt et le carcinome<br />
nasopharyngé, deux formes rares de cancers. Le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> semble jouer un rôle important<br />
dans ces tumeurs malignes, mais n'est probablement pas la seule cause de la maladie.<br />
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DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
Description du produit<br />
Le produit contient des amorces, des sondes, une courbe quantitative (5 dilutions), un contrôle positif et<br />
un contrôle négatif. Le mastermix n’est pas inclus.<br />
La trousse de PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps réel prévue pour 50 PCR (volume<br />
50 μl), se compose de 2 pochettes.<br />
I. Amorces/sondes et pochette de courbe quantitative<br />
1. Amorces & sonde d'hydrolyse du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> (FAM, émission<br />
520 nm): 500 μl, tube rouge.<br />
2. Amorces & sonde d'hydrolyse du contrôle d'inhibition (Yellow Dye, 548<br />
nm): 500 μl, tube bleu clair.<br />
3. Contrôle d'inhibition plasmide: 250 μl, tube gris.<br />
4. VEB Cal, 400 000 copies/μl: 25 μl, tube jaune (courbe quantitative).<br />
5. VEB Cal, 40 000 copies/μl: 25 μl, tube jaune (courbe quantitative).<br />
6. VEB Cal, 4 000 copies/μl: 25 μl, tube jaune (courbe quantitative).<br />
7. VEB Cal, 400 copies/μl: 25 μl, tube jaune (courbe quantitative).<br />
8. VEB Cal, 40 copies/μl: 25 μl, tube jaune (courbe quantitative).<br />
9. H 2 O (PCR grade): 1000 μl, tube bleu foncé.<br />
10. Contrôle négatif VEB: H 2 O (PCR grade) 500 μl, tube pourpre.<br />
II. Pochette du contrôle positif:<br />
1. Contrôle positif VEB: 500 μl, tube vert.<br />
La trousse de PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps réel (DIA-EBVQ-050) peut être utilisée<br />
en combinaison avec le contrôle d’extraction d’ADN & d’inhibition PCR (DIA-EIC/DNA-050).<br />
Contrôle d'extraction d’ADN & d’inhibition de PCR en temps réel: 50 PCR (volume PCR: 50 μl),<br />
1 boîte.<br />
I. (virus à ADN) Amorces & sonde d’hydrolyse:<br />
1. Pour le fluorophore jaune (DIA-EIC/DNA(YD)-050), émission 548 nm : 250 μl, tube<br />
vert.<br />
2. Pour fluorophore orange (DIA-EIC/DNA(DR)-050), émission 575 nm : 250 μl, tube bleu.<br />
3. Pour le Cy5 (DIA-EIC/DNA(Cy5)-050, émission 662 nm : 250 μl, tube bleu foncé.<br />
II. Culture du virus à ADN: 1000 µl, tube jaune.<br />
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Stockage<br />
La trousse de PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps réel doit être stockée à -20°C, jusqu'à<br />
sa date d'expiration.<br />
N.B.<br />
Si vous utilisez le DIA-EIC/DNA-050, la culture de virus à ADN doit être stockée à -20°C.<br />
Veuillez vérifier la date d'expiration mentionnée sur les étiquettes de la pochette et des tubes.<br />
Le produit a une durée de vie de 24 mois à -20°C à partir de la date de production.<br />
N.B.<br />
Veuillez effectuer un fractionnement des solutions afin d’éviter les cycles de congélation/ décongélation.<br />
Pendant l’utilisation, tous les composants de la trousse doivent être conservés à 4°C.<br />
STOCKAGE À L’ABRI DE LA LUMIÈRE.<br />
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DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
Avertissements et précautions<br />
Vérifier, dès réception, que l'emballage de la trousse n’est pas abîmé et que le produit n'est<br />
pas dégelé. N'hésitez pas à contacter le département logistique en cas de problème.<br />
logistics@diagenode.com / +32 4 364 20 52<br />
Recommandations générales<br />
• Veuillez lire toutes les instructions avant de réaliser le test.<br />
• Après utilisation, les déchets et les réactifs doivent être manipulés comme potentiellement<br />
infectieux et doivent être éliminés dans une poubelle spécifique prévue pour les substances<br />
biologiques.<br />
• Ne remplacez pas les réactifs de la trousse par d’autres provenant d’un numéro de lot ou d’un<br />
fabricant différent.<br />
Extraction/PCR<br />
• Les trousses de PCR en temps réel de <strong>Diagenode</strong> doivent être utilisées par des<br />
scientifiques/des techniciens de laboratoire possédant un grand savoir-faire en biologie<br />
moléculaire et, en particulier, en matière de plateforme PCR en temps réel.<br />
• Pour obtenir des résultats optimaux, <strong>Diagenode</strong> suggère quelques méthodes d’extraction<br />
adaptées afin d’éviter les inhibiteurs de PCR.<br />
(Cf. point B.2. Extraction d’échantillons/isolation d’ADN)<br />
• Le contrôle d’extraction et/ou d’inhibition doit être utilisé pour chaque réaction de PCR.<br />
• Dans le contexte du suivi d’un patient: les scientifiques/les techniciens de laboratoire doivent<br />
utiliser la même méthode d’extraction, le même mastermix, la trousse du même fabricant et le<br />
même système d’amplification PCR.<br />
Attention<br />
Si les résultats obtenus pour le contrôle d'inhibition et/ou d'extraction ne sont pas<br />
satisfaisants, il est de la responsabilité de l'utilisateur d'optimiser les méthodes d'extraction<br />
afin d'obtenir des résultats concluants.<br />
• Le contrôle d’extraction viral doit être manipulé sous une hotte à flux laminaire dans le<br />
cas d’une procédure d’extraction manuelle ou dans une zone délimitée dans le cas d’une<br />
procédure d’extraction automatisée, comme le suggère le fabricant.<br />
Contamination<br />
• Veuillez réaliser l'extraction d’acide nucléique et l’amplification en temps réel dans des locaux<br />
séparés.<br />
• Gardez tous les tubes et les ampoules fermés lorsque vous ne les utilisez pas.<br />
• Le laboratoire de PCR (hotte stérile, plateforme d’extraction ADN/ARN, tablier de laboratoire,<br />
etc.) doit être nettoyé après chaque test PCR avec les produits appropriés.<br />
• Les trousses contaminées doivent être jetées dans une poubelle spécifique pour les<br />
substances biologiques.<br />
• La trousse ne doit pas être utilisée par une personne présentant des symptômes similaires à la<br />
maladie recherchée.<br />
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• Les contrôles PCR positifs et négatifs doivent être réalisés à chaque réaction PCR.<br />
• Il est obligatoire de porter des gants.<br />
• Il faut utiliser des tips à filtre pour tous les mélanges PCR.<br />
• Avant ouverture, tous les tubes doivent être centrifugés.<br />
• Ne jamais pipetter les solutions avec la bouche. Ne pas fumer, ni manger, ni boire dans les<br />
zones où l’on manipule les échantillons ou les réactifs de la trousse.<br />
• Ne pas ingérer la trousse de diagnostic.<br />
• Les tests ne doivent pas être réalisés par une femme enceinte en raison des risques possibles<br />
pour le fœtus.<br />
Attention<br />
Le stockage de la trousse à température ambiante peut entraîner la dégradation des<br />
amorces/des sondes/du contrôle positif/des plasmides, ce qui peut provoquer une moins<br />
bonne sensibilité. Nous conseillons dès lors l'utilisation d’une nouvelle trousse.<br />
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DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
Matériel requis (non fourni)<br />
• Pipettes<br />
• Embouts de pipette stériles avec filtre exempt de ARNase/ADNase<br />
• Gants non poudrés<br />
• Vortex<br />
• Centrifugeuse de table<br />
• Tubes de microcentrifugeuse exempts de ARNase / ADNase (1,5 et/ou 2 ml)<br />
• Plaques PCR 96 puits<br />
• Tablier de laboratoire<br />
• Eau exempte de ARNase/ADNase<br />
• Trousse d’isolation d’ADN (cf. point B .2. Extraction d’échantillons/isolation d’ADN)<br />
• Consommables et accessoires (tubes, microcentrifugeuse, plaques, bande adhésive) pour les<br />
systèmes ABI / Roche/ Biorad / Qiagen / Agilent Stratagene<br />
• Mastermix (cf. point B .3. Préparation à la réaction de PCR)<br />
• Matériel de PCR en temps réel: ABI / Roche/ Biorad / Qiagen ou Agilent Stratagene<br />
• Hotte à flux laminaire (mix / ADN)<br />
Utilisation d’échantillons humains/ champ d’application<br />
de la trousse<br />
La trousse de PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps réel est destinée à la détection et à<br />
la quantification du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> dans les échantillons de sang total/EDTA ou de plasma/<br />
citraté.<br />
La trousse s’utilise sur des échantillons de patients potentiellement infectés par le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong>.<br />
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Prélèvement, stockage et transport d’échantillons<br />
humains<br />
1. Prélèvement d’échantillons<br />
Les échantillons de sang humain tels que le sang total/EDTA et/ou le plasma/citraté.<br />
2. Stockage des échantillons<br />
Les échantillons humains doivent être stockés à 4°C jusqu’à 24 heures ou congelés à -20°C ou à -80°C<br />
dans le cas de périodes plus longues.<br />
Les échantillons humains doivent être stockés dans des tubes en polypropylène exempts d’ ADNase /<br />
ARNase. La sensibilité de la PCR peut être compromise si les échantillons humains sont congelés et<br />
décongelés de façon répétée. Nous recommandons d'éviter les cycles de congélation/décongélation.<br />
3. Transport des échantillons<br />
Les échantillons de sang total/EDTA et/ou de plasma/citraté humain doivent être transportés dans des<br />
containers adaptés. Le transport d'échantillons pathogènes doit se faire dans le respect des normes<br />
locales et nationales.<br />
Si le transport dure plus de 24 heures, nous recommandons une conservation à -20°C afin d'éviter la<br />
dégradation de l'ADN.<br />
Dans le cas d’un transport d’un échantillon au sein d’un laboratoire, l’échantillon peut être conservé à<br />
température ambiante.<br />
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DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
Protocole<br />
A. Procédures à suivre<br />
Veuillez réaliser toutes les procédures dans une zone de confinement adaptée.<br />
A.1. Procédure d’extraction<br />
(cf. point B.2. Extraction d’échantillons/isolation d’ADN)<br />
Suivez les étapes suivantes:<br />
• Placez le ou les échantillons à température ambiante.<br />
• Choisissez la méthode d’extraction adaptée à votre échantillon (cf. point B.2 concernant les<br />
méthodes validées par <strong>Diagenode</strong>).<br />
• Suivez les instructions du fabricant pour la réalisation de la procédure d’extraction.<br />
(Option) Si vous utilisez le contrôle d'extraction d’ADN et d'inhibition, ajoutez 10 μl de la culture du<br />
virus ADN dans le volume à extraire (tube du virus à ADN) (cf. point B.1. Extraction d’ADN &<br />
contrôle d’inhibition et B.2. Extraction d’échantillons/isolation d’ADN).<br />
N.B.<br />
Le contrôle d'extraction d’ADN & d’inhibition de <strong>Diagenode</strong> est fourni séparément (DIA-EIC/DNA-50).<br />
Vous pouvez sélectionner le fluorophore adapté à votre système PCR en temps réel (cf. point B.5.<br />
Sélection des fluorophores appropriés).<br />
• Lorsque la procédure d’extraction est terminée, placez l’ADN à 4°C avant de l’utiliser (ou à -20°C<br />
pour un stockage de plus de 24h).<br />
• Placez le tube du contrôle positif VEB et les cinq tubes de la courbe quantitative VEB à<br />
4°C.<br />
N.B.<br />
Tout échantillon extrait peut être conservé maximum 2 heures à température ambiante. S’il y reste<br />
pendant un long moment, l’ADN peut se dégrader. Si l’ADN est dégradé, la sensibilité de la PCR sera<br />
amoindrie! Si le tube de contrôle positif du VEB et/ou les cinq tubes de la courbe quantitative du VEB<br />
sont à température ambiante pendant une longue période (> 24 heures), les plasmides (contrôle<br />
positif & courbe quantitative) peuvent être dégradés et influencer les résultats obtenus !<br />
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A.2. Procédure de la PCR<br />
(cf. point B.3. Préparation de la réaction PCR)<br />
Mastermix suggéré:<br />
Quantifast TM multiplex PCR + R kit, Qiagen (non fourni) (Réf: 204756)<br />
(Cf point B.3. Préparation de la réaction PCR)<br />
Nous vous recommandons pour les systèmes PCR suivants:<br />
Rotor-Gene Multiplex PCR Kit (Qiagen) (non fourni) pour Qiagen Rotor-Gene (Réf: 204774)<br />
LightCycler ® TaqMan ® Master (Roche) (non fourni) pour LightCycler 2.0 (Lc2.0) (Réf: 04535286001)<br />
Suivez les étapes suivantes:<br />
• Placez la trousse de PCR quantitative en temps réel du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> à température<br />
ambiante: le tube rouge (amorces & sonde d'hydrolyse du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong>), le tube bleu<br />
clair(amorces et sonde d'hydrolyse du contrôle d'inhibition), le tube bleu foncé (ddH2O) (de<br />
la pochette des amorces/sondes et courbe quantitative).<br />
• (Option) Si vous utilisez le contrôle d’extraction d’ADN & d’inhibition, placez le tube<br />
contenant les amorces & la sonde d'hydrolyse à température ambiante (au lieu du tube bleu<br />
clair, des amorces et de la sonde d'hydrolyse du contrôle d'inhibition).<br />
• Placez le Mastermix à 4°C.<br />
N.B.<br />
Centrifugez brièvement toutes les solutions lorsqu’elles sont dégelées et homogénéisez ces dernières<br />
à l'aide d'une pipette.<br />
• Sélectionnez le protocole approprié en fonction du système PCR en temps réel utilisé<br />
(Cf.point B.3. Préparation de la réaction PCR) et préparez les mélanges sans l’échantillon<br />
et/ou le contrôle positif et/ou la courbe quantitative.<br />
N.B.<br />
Préparez deux mélanges différents (cf. point B3. Préparation de la réaction PCR):<br />
1) La PCR qualitative<br />
2) La courbe quantitative<br />
Remarque importante:<br />
Pour valider le test, vous devez réaliser une PCR sur un contrôle négatif (H 2 O PCR grade) et une<br />
PCR sur le contrôle positif <strong>Diagenode</strong>.<br />
• Distribuez les mélanges préparés dans les tubes/capillaires appropriés ou sur une plaque<br />
96 puits.<br />
• Ajoutez-y les échantillons, le contrôle positif de <strong>Diagenode</strong> (même volume que les<br />
échantillons) ainsi que les cinq dilutions de la courbe quantitative VEB.<br />
• Fermez les tubes/capillaires ou la plaque.<br />
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DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
N.B.<br />
Si vous n’utilisez pas de contrôle d’inhibition PCR universel et/ou le contrôle d’inhibition et d’extraction<br />
(DIA-EIC/DNA-050), remplacer le volume de contrôle par le volume d’eau (H 2 0 PCR grade).<br />
A.3. Amplification et procédures des systèmes en temps réel<br />
(cf. point B.4. Cycle PCR et B.5. Sélection des fluorophores appropriés)<br />
<strong>Diagenode</strong> conçoit et valide des trousses adaptées aux systèmes PCR en temps réel ABI / Roche/<br />
Biorad / Qiagen / Agilent Stratagene.<br />
Suivez les instructions du fabricant avant d’utiliser les systèmes de PCR en temps réel.<br />
Suivez les étapes suivantes:<br />
• Placez les tubes/capillaires ou la plaque de 96 puits fermés dans le système en temps réel.<br />
• Sélectionnez le cycle PCR (cf. point B.4. Cycle PCR).<br />
• Sélectionnez les fluorophores adaptés au système en temps réel (cf. point B.5. Sélection des<br />
fluorophores appropriés).<br />
• Entrez le nom et la position des échantillons dans le logiciel.<br />
• Démarrez le test.<br />
A.4. Interprétation des résultats<br />
(cf. point B.6. Interprétation des résultats)<br />
Suivez les instructions du fabricant pour analyser les résultats.<br />
Suivez les étapes suivantes:<br />
A .4 .1. PCR qualitative :<br />
• Analysez le fluorophore FAM (virus d’Epstein-<strong>Barr</strong>) et Yellow (ou Orange/Cy5 si vous utilisez<br />
d’autres fluorophores) (Contrôle d'inhibition) séparément (cf. point B.6. Interprétation des<br />
résultats):<br />
- Contrôle négatif: le signal FAM ne doit pas apparaître.<br />
- Contrôle positif: le signal FAM doit apparaître, valeur Ct/Cp de 29.0 ± 3.3 (en fonction du<br />
système en temps réel utilisé).<br />
- Pour les échantillons inconnus:<br />
• L’apparition du signal FAM indique que l’échantillon est positif au virus d’Epstein-<strong>Barr</strong>.<br />
• L’absence du signal FAM indique que l’échantillon est négatif au virus d’Epstein-<strong>Barr</strong>.<br />
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En cas d’absence du signal FAM :<br />
• Un signal Yellow (ou Orange/Cy5) au-dessus du seuil (Threshold), 27 ≤ valeur Ct/Cp ≤ 36, doit<br />
être considéré comme positif pour le contrôle d'inhibition. Le test est valide.<br />
• Un signal Yellow (ou Orange/Cy5) en-dessous du seuil (Threshold) doit être considéré comme<br />
négatif pour le contrôle d'inhibition. Le test est invalide, recommencez la procédure d’extraction<br />
d’ADN et/ou la procédure PCR.<br />
N.B.<br />
Si la valeur Ct/Cp du contrôle d'inhibition (ou du contrôle d’extraction d’ADN & d’inhibition) se situe ≥ 36:<br />
• D’abord, nous suggérons fortement de réaliser une PCR en diluant l’échantillon 10x afin<br />
d’exclure au maximum les facteurs inhibiteurs.<br />
• Ensuite, si le problème persiste, nous recommandons de réaliser à nouveau la procédure<br />
d’extraction et/ou de réaliser une autre procédure d’extraction plus appropriée.<br />
• Sélectionnez le document de rapport pour obtenir un résumé des résultats Ct/Cp et des<br />
courbes.<br />
A.4.2. Courbe quantitative:<br />
Le signal FAM doit apparaître dans les 5 dilutions ADN du VEB de la courbe quantitative.<br />
Courbe quantitative<br />
Tube 1 :VEB Cal 400 000 copies/ μl<br />
Tube 2 :VEB Cal 40 000 copies/ μl<br />
Tube 3 :VEB Cal 4 000 copies/ μl<br />
Tube 4 :VEB Cal 400 copies/ μl<br />
Tube 5 :VEB Cal 40 copies/ μl<br />
Copies des amplicons VEB/ réaction PCR<br />
1 000 000 copies/ réaction PCR<br />
100 000 copies/ réaction PCR<br />
10 000 copies/ réaction PCR<br />
1 000 copies/ réaction PCR<br />
100 copies/ réaction PCR<br />
Les valeurs Ct/Cp obtenues doivent être proportionnelles aux dilutions de la courbe quantitative!<br />
• ABI 7000-7300-7500-7900HT-StepOnePlus/ Roche Lc480-Lc2.0/ Biorad iCycler-IQ5-<br />
CFX96/ Agilent Stratagene MX3000P-3005P/ Qiagen Rotor-Gene:<br />
Pour valider la courbe quantitative du VEB, vous devez vérifier la valeur de la pente que<br />
le logiciel du système PCR en temps réel utilisé a calculée.<br />
La valeur de la pente doit se situer entre: - 3,0 ≤ pente ≤ -3,6<br />
N.B.<br />
Si la valeur de la pente est < -3,0, recommencez la préparation de la courbe quantitative.<br />
Si la valeur de la pente est > -3,6, recommencez la préparation de la courbe quantitative.<br />
• Roche Lc480/Lc2.0:<br />
Pour valider la courbe quantitative du VEB, vous devez vérifier la valeur d’efficacité que le<br />
logiciel du système PCR temps réel a calculée.<br />
La valeur d’efficacité doit se situer entre: 1,9 ≤ efficacité ≤ 2,1<br />
N.B.<br />
Si la valeur d’efficacité est < 1,9 recommencez la préparation de la courbe quantitative.<br />
Si la valeur d’efficacité est > 2,1 recommencez la préparation de la courbe quantitative.<br />
N.B.<br />
Les cinq dilutions de la courbe quantitative doivent être testées lors de chaque expérience. Si<br />
toutes les conditions de la courbe quantitative sont remplies, les résultats obtenus peuvent<br />
servir à quantifier les échantillons.<br />
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PAGE 16<br />
DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
A.4.3. Détermination des copies du VEB/ml<br />
Volume de la courbe quantitative: 2.5 μl de chaque dilution (5)<br />
Suivre les concentrations suivantes pour la courbe de calibration:<br />
Courbe quantitative<br />
Copies des amplicons VEB/ réaction PCR<br />
Tube 1 :VEB Cal 400 000 copies/ μl<br />
1 000 000 copies/ réaction PCR<br />
Tube 2 :VEB Cal 40 000 copies/ μl<br />
100 000 copies/ réaction PCR<br />
Tube 3 :VEB Cal 4 000 copies/ μl<br />
10 000 copies/ réaction PCR<br />
Tube 4 :VEB Cal 400 copies/ μl<br />
1 000 copies/ réaction PCR<br />
Tube 5 :VEB Cal 40 copies/ μl<br />
100 copies/ réaction PCR<br />
Résultat obtenu (copies/réaction PCR)<br />
<br />
volume d ′ échantillon extrait (µl)<br />
x<br />
Volumed ′ élution (µl)<br />
Volume d ′ extraction (µl)<br />
x 1000 = Résultat (copies/ml)*<br />
* Nombre de copies dans 1 ml de l’échantillon de départ.<br />
Volume de la courbe quantitative: 5 μl de chaque dilution (5)<br />
Suivre les concentrations suivantes pour la courbe de calibration:<br />
Courbe quantitative<br />
Copies des amplicons VEB/ réaction PCR<br />
Tube 1 :VEB Cal 400 000 copies/ μl<br />
2 000 000 copies/ réaction PCR<br />
Tube 2 :VEB Cal 40 000 copies/ μl<br />
200 000 copies/ réaction PCR<br />
Tube 3 :VEB Cal 4 000 copies/ μl<br />
20 000 copies/ réaction PCR<br />
Tube 4 :VEB Cal 400 copies/ μl<br />
2 000 copies/ réaction PCR<br />
Tube 5 :VEB Cal 40 copies/ μl<br />
2 00 copies/ réaction PCR<br />
Résultat obtenu (copies/réaction PCR)<br />
<br />
volume d′échantillon extrait (µl)<br />
x<br />
Volumed ′ élution (µl)<br />
Volume d ′ extraction (µl)<br />
x 1000 = Résultat (copies/ml )*<br />
* Nombre de copies dans 1 ml de l’échantillon de départ.<br />
Volume d’élution : volume d’échantillon obtenu après l’extraction (ex: 60 µl)<br />
Volume d’extraction : volume d’échantillon initial avant l’extraction (ex: 200 µl)<br />
Volume d’échantillon extrait : volume d’échantillon utilisé pour la PCR (ex: 5 µl)<br />
N.B.<br />
Dans le contexte du suivi d’un patient:<br />
• Les scientifiques/les techniciens de laboratoire doivent utiliser la même méthode d’extraction,<br />
le même mastermix, le même fabricant et le même système d’amplification.<br />
• Nous conseillons d’utiliser la trousse de PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps<br />
réel de <strong>Diagenode</strong> exclusivement.<br />
Pour définir le statut viral du patient, nous conseillons fortement de comparer les résultats de la trousse<br />
de PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps réel avec d’autres méthodes de recherche<br />
diagnostic.<br />
Europe <strong>Diagenode</strong> sa / CHU - Tour GIGA - B34 - 3 e étage // Avenue de l’Hôpital, 1 // 4000 Liège (Sart Tilman) // Belgique // Tel: (+32) 4 364 20 50 // Mail: info@diagenode.com
PAGE 17<br />
B. Annexes de la procédure<br />
B.1. Contrôle d'extraction d’ ADN & d’inhibition (option)<br />
Le contrôle d'extraction d’ADN & d’inhibition de <strong>Diagenode</strong> est une culture virale contenant une charge<br />
virale de 1.000 TCID50/ml.<br />
Le contrôle d’extraction d’ADN & d’inhibition est un virus complet, gardant son pouvoir<br />
infectieux. Ce virus est répertorié dans la classe Ea1* établie par l’EFB (European<br />
Federation of Biotechnologies).<br />
Ce virus n’est pas considéré comme dangereux pour l’homme, mais doit être manipulé<br />
sous une hotte à flux laminaire.<br />
*(plus de détails à la fin de ce manuel)<br />
Procédure:<br />
• 10 μl de chaque dilution à extraire dans<br />
500 μl d’eau.<br />
• Système Nuclisens easyMAG ®<br />
(extraction "on board").<br />
• Élution dans 60 μl.<br />
• 5 μl utilisés pour la PCR.<br />
• TaqMan ® Universal PCR Mastermix<br />
(Applied Biosystems).<br />
• Tests réalisés sur ABI Prism ® 7000<br />
(Applied Biosystems).<br />
La valeur Ct pour 1.000 TCID50/ml est de ± 28,5. La figure ci-dessus montre également les résultats<br />
d’autres dilutions (100 TCID50/ml à ± 31,5 et 10 TCID50/ml à ± 35).<br />
Pour l’extraction d’échantillons/l’isolation d’ADN, ajoutez 10µl de culture virale ADN du<br />
contrôle d'extraction (IC) dans l’échantillon avant de lancer la procédure d’extraction.<br />
(La concentration peut être modifiée afin d’adapter la PCR multiplexe à la méthode d’extraction<br />
utilisée.)<br />
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PAGE 18<br />
DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
B.2. Extraction d’échantillons/Isolation d’ADN<br />
<strong>Diagenode</strong> suggère les méthodes d’extraction suivantes:<br />
• Nuclisens EASYMAG ® System (Biomerieux)<br />
Échantillon clinique: plasma/citraté.<br />
Suivez les instructions du fabricant comme suit:<br />
Volume d’échantillon humain extrait: 250 µl<br />
(+ 10 µl de DIA-EIC/DNA-050, si vous utilisez le contrôle d’extraction d’ADN & d’inhibition)<br />
Volume d’ADN isolé: 60 µl (volume d’élution)<br />
• QIAamp DNA Mini Kit (50) (Blood and Body Fluid Spin Protocol) (Qiagen Réf. 51304)<br />
Échantillons cliniques: sang total/EDTA, plasma/citraté.<br />
Suivez les instructions du fabricant comme suit:<br />
Volume d’échantillon humain extrait: 200 µl<br />
(+ 10 µl de DIA-EIC/DNA-050, si vous utilisez le contrôle d’extraction d’ADN & d’inhibition)<br />
Volume d’ADN isolé: 60 µl (volume d’élution)<br />
• Maxwell 16 Blood DNA Purification kit (48) (Promega Ref. AS1010)<br />
Échantillons cliniques: sang total/EDTA<br />
Suivez les instructions du fabricant comme suit:<br />
Volume d’échantillon humain extrait: 400 µl<br />
(+ 10 µl de DIA-EIC/DNA-050, si vous utilisez le contrôle d’extraction d’ADN & d’inhibition)<br />
Volume d’ADN isolé: 300 µl (volume d’élution)<br />
Information générale concernant l’extraction:<br />
Si vous réalisez la PCR le même jour, l’ADN extrait peut être conservé à 4°C. Pour une période<br />
de conservation plus longue, l’ADN doit être stocké à -20°C.<br />
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PAGE 19<br />
B.3. Préparation de la réaction PCR<br />
(ABI 7000-7300-7500-7900HT-StepOnePlus/ Roche Lc480-Lc2.0/ Biorad iCycler-IQ5-CFX96/ Agilent<br />
Stratagene MX3000P-3005P/ Qiagen Rotor-Gene)<br />
Avec:<br />
Quantifast TM multiplex PCR + R kit, Qiagen (non fourni) (Réf: 204756)<br />
N.B.<br />
Pour le Qiagen Rotor-Gene, nous recommandons le kit Rotor-Gene Multiplex PCR, Qiagen (non<br />
fourni) (Réf: 204 774).<br />
Pour le LightCycler 2 .0 (Lc2 .0), nous conseillons le LightCycler® TaqMan® Master, Roche (non<br />
fourni) (Réf: 04535286001).<br />
• PCR 50 μl<br />
(ABI 7000-7300-7500-7900HT-StepOnePlus/ Roche Lc480/ Biorad iCycler-IQ5/ Agilent<br />
Stratagene MX3000P-3005P/Qiagen Rotor-Gene)<br />
Préparation de l’échantillon<br />
25 μl ................. 2X mastermix<br />
5 μl ................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
5 μl ................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le contrôle d'inhibition <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl ................. Contrôle d'inhibition plasmide <strong>Diagenode</strong><br />
10 μl ................. Échantillon humain (ou contrôle positif VEB)<br />
2.5 μl ................. H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
50 μl ................. Volume final<br />
N.B.<br />
Avec le système ABI, vous pouvez ajouter 1 μl de solution ROX (Qiagen).<br />
Ajustez le volume d’eau (H20 PCR grade) à 1,5 μl.<br />
25 μl ................. 2X mastermix<br />
Préparation de la courbe standard<br />
5 μl ................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl<br />
.<br />
................. Courbe quantitative <strong>Diagenode</strong>: 4 .10 5 ou 4 .10 4 ou 4 .10 3 ou 4 .10 2<br />
ou 4 .10 1 copies/µl<br />
17,5 μl ................. H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
50 μl ................. Volume final<br />
N.B.<br />
Avec le système ABI, vous pouvez ajouter 1 μl de solution ROX (Qiagen).<br />
Ajustez le volume d’eau (H20 PCR grade) à 9 μl.<br />
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PAGE 20<br />
DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
• PCR 25 μl<br />
(ABI 7000-7300-7500-7900HT-StepOnePlus/ Roche Lc480-Lc2.0/ Biorad iCycler-IQ5- CFX 96 /<br />
Agilent Stratagene MX3000P-3005P/ Qiagen Rotor-Gene)<br />
12.5 μl ................ 2X Mastermix<br />
Préparation de l’échantillon<br />
2.5 μl ................ Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl ................ Amorces & sonde d'hydrolyse pour le contrôle d'inhibition <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl ................ Contrôle d'inhibition plasmide <strong>Diagenode</strong><br />
5 μl ................ Échantillon humain (ou contrôle positif VEB)<br />
25 μl ................ Volume final<br />
N.B.<br />
Avec le système ABI, vous pouvez ajouter 1 μl de solution ROX (Qiagen).<br />
Ajustez le volume d’eau (H20 PCR grade) à 1 μl.<br />
Préparation de la courbe standard<br />
12.5 μl ................ 2X Mastermix<br />
2.5 μl ................ Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl ................ Courbe quantitative <strong>Diagenode</strong>: 4 .10 5 ou 4 .10 4 ou 4 .10 3 ou 4 .10 2 ou<br />
4 .10 1 copies/µl<br />
7.5 μl ................ H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
25 μl ................ Volume final<br />
N.B.<br />
Avec le système ABI, vous pouvez ajouter 0,5 μl de solution ROX (Qiagen).<br />
Ajustez le volume d’eau (H20 PCR grade) à 0,5 μl.<br />
• PCR 20 μl<br />
(Roche Lc2.0)<br />
Pour le LightCycler 2.0 (Lc2.0), nous conseillons le LightCycler ® TaqMan ® Master, Roche (non<br />
fourni) (Réf : 04535286001).<br />
4 μl ................. 5X Mastermix<br />
Préparation de l’échantillon<br />
2 μl ................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2 μl ................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le contrôle d'inhibition <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl ................. Contrôle d'inhibition plasmide <strong>Diagenode</strong><br />
5 μl ................. Échantillon humain (ou contrôle positif VEB)<br />
4.5 μl ................. H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
20 μl ................. Volume final<br />
Europe <strong>Diagenode</strong> sa / CHU - Tour GIGA - B34 - 3 e étage // Avenue de l’Hôpital, 1 // 4000 Liège (Sart Tilman) // Belgique // Tel: (+32) 4 364 20 50 // Mail: info@diagenode.com
PAGE 21<br />
Préparation de la courbe standard<br />
4 μl ................. 5X Mastermix<br />
2 μl ................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2,5 μl ................. Courbe quantitative <strong>Diagenode</strong>: 4 .10 5 ou 4 .10 4 ou 4 .10 3 ou 4 .10 2 ou<br />
4 .10 1 copies/µl<br />
11,5 μl ................. H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
20 μl ................. Volume final<br />
Remarque importante :<br />
Si vous utilisez le DIA-EIC/DNA-050, contrôle d'extraction d’ADN & d'inhibition PCR en temps réel,<br />
référez-vous au descriptif du produit.<br />
Veuillez suivre les protocoles suivants:<br />
• PCR 50 μl:<br />
(ABI 7000-7300-7500-7900HT-StepOnePlus/ Roche Lc480/ Biorad iCycler-IQ5/ Agilent Stratagene<br />
MX3000P-3005P/Qiagen Rotor-Gene)<br />
N.B.<br />
Pour le Qiagen Rotor-Gene, nous conseillons la trousse PCR Rotor-Gene Multiplex, Qiagen (non<br />
fourni) (Réf: 204 774).<br />
Préparation de l’échantillon<br />
25 μl .................. 2X Mastermix<br />
5 μl .................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
5 μl .................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le contrôle d’extraction d’ADN &<br />
d’inhibition PCR <strong>Diagenode</strong><br />
10 μl .................. Échantillon humain (ou contrôle positif VEB)<br />
5 μl .................. H 2O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
50 μl .................. Volume final<br />
N.B.<br />
Avec le système ABI, vous pouvez ajouter 1 μl de solution ROX (Qiagen).<br />
Ajustez le volume d’eau (H20 PCR grade) à 4 μl.<br />
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PAGE 22<br />
DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
Préparation de la courbe standard<br />
25 μl ................ 2X Mastermix<br />
5 μl ................ Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl ................ Courbe quantitative <strong>Diagenode</strong> : 4 .10 5 ou 4 .10 4 ou 4 .10 3 ou 4 .10 2<br />
ou 4 .101 copies/µl<br />
17.5 μl ................ H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
50 μl ................ Volume final<br />
N.B.<br />
Avec le système ABI, vous pouvez ajouter 1 μl de solution ROX (Qiagen).<br />
Ajustez le volume d’eau (H20 PCR grade) à 16,5 μl.<br />
• PCR 25 μl<br />
(ABI 7000-7300-7500-7900HT-StepOnePlus/ Roche Lc480-Lc2.0/ Biorad iCycler-IQ5- CFX 96 /<br />
Agilent Stratagene MX3000P-3005P/ Qiagen Rotor-Gene)<br />
Préparation de l’échantillon<br />
12.5 μl ............. 2X Mastermix<br />
2.5 μl ............. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl ............. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le contrôle d'extraction d’ADN &<br />
d’inhibition PCR <strong>Diagenode</strong><br />
5 μl ............. Échantillon humain (ou contrôle positif VEB)<br />
2.5 μl ............. H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
25 μl ............. Volume final<br />
N.B.<br />
Avec le système ABI, vous pouvez ajouter 1 μl de solution ROX (Qiagen).<br />
Ajustez le volume d’eau (H20 PCR grade) à 1, 5 μl.<br />
Préparation de la courbe standard<br />
12.5 μl ................ 2X Mastermix<br />
2.5 μl ................ Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl ................ Courbe quantitative <strong>Diagenode</strong>: 4 .10 5 ou 4 .10 4 ou 4 .10 3 ou 4 .10 2<br />
ou 4 .101 copies/µl<br />
7.5 μl ................ H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
25 μl ................ Volume final<br />
N.B.<br />
Avec le système ABI, vous pouvez ajouter 1 μl de solution ROX (Qiagen).<br />
Ajustez le volume d’eau (H20 PCR grade) à 6,5 μl.<br />
Europe <strong>Diagenode</strong> sa / CHU - Tour GIGA - B34 - 3 e étage // Avenue de l’Hôpital, 1 // 4000 Liège (Sart Tilman) // Belgique // Tel: (+32) 4 364 20 50 // Mail: info@diagenode.com
PAGE 23<br />
• PCR 20 μl<br />
(Roche Lc2.0)<br />
Pour le LightCycler 2.0 (Lc2.0), nous conseillons le LightCycler ® TaqMan ® Master, Roche (non<br />
fourni) (Réf: 04535286001).<br />
4 μl .................. 5X Mastermix<br />
Préparation de l’échantillon<br />
2 μl .................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2 μl .................. Amorces & sonde d'hydrolyse pour le contrôle d’extraction d’ADN &<br />
d’inhibition PCR <strong>Diagenode</strong><br />
5 μl .................. Échantillon humain (ou contrôle positif VEB)<br />
7 μl .................. H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
20 μl .................. Volume final<br />
4 μl ................ 5X Mastermix<br />
Préparation de la courbe standard<br />
2 μl ................ Amorces & sonde d'hydrolyse pour le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> <strong>Diagenode</strong><br />
2.5 μl. ................ Courbe quantitative <strong>Diagenode</strong>: 4 .10 5 ou 4 .10 4 ou 4 .10 3 ou 4 .10 2<br />
ou 4 .10 1 copies/µl<br />
11.5 μl ................ H 2 O PCR grade <strong>Diagenode</strong><br />
20 μl ................ Volume final<br />
Attention<br />
Il faut préparer un nouveau mélange pour chaque nouveau test PCR. Le Mastermix (non fourni) et<br />
les amorces/sondes fournies dans la trousse doivent être placées à 4°C pendant toute l’étape de<br />
préparation de la PCR.<br />
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PAGE 24<br />
DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
B.4. Programme PCR<br />
• ABI 7000-7300-7500-7900HT-StepOnePlus/ Roche Lc480/ Biorad iCycler-IQ5- CFX96/<br />
Agilent Stratagene MX3000P-3005P/ Qiagen Rotor-Gene<br />
Niveau<br />
Description<br />
1 2 minutes à 50°C (1 cycle)<br />
2 10 minutes à 95°C (1 cycle)<br />
3 Programme du cycle (45 cycles)<br />
Étape 1 : 15 secondes à 95°C<br />
Étape 2 : 60 secondes à 60°C<br />
N.B.<br />
Lors de la deuxième étape du niveau 3, il est fortement recommandé de diminuer la vitesse<br />
de changement de température (°C/s) de 50%.<br />
• Roche Lc2.0<br />
Niveau<br />
Description<br />
1 10 minutes à 95°C (1 cycle)<br />
2 Programme du cycle (45 cycles)<br />
Étape 1 : 10 secondes à 95°C<br />
Étape 2 : 40 secondes à 60°C<br />
Étape 3 : 1 seconde à 72°C<br />
3 30 secondes à 40°C (1 cycle)<br />
Europe <strong>Diagenode</strong> sa / CHU - Tour GIGA - B34 - 3 e étage // Avenue de l’Hôpital, 1 // 4000 Liège (Sart Tilman) // Belgique // Tel: (+32) 4 364 20 50 // Mail: info@diagenode.com
PAGE 25<br />
B.5. Sélection des fluorophores appropriés<br />
• ABI 7000-7300-7500-7900HT-StepOnePlus<br />
Nom du détecteur Émetteur Absorbeur<br />
<strong>Virus</strong> d’Epstein-<strong>Barr</strong> FAM FAM (aucun)<br />
Contrôle d'inhibition (YD)<br />
ou<br />
DIA-EIC/DNA(YD)-050<br />
Jaune Vic (aucun)<br />
DIA-EIC/DNA(DR)-050 Orange NED (aucun)<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050* Cy5 Cy5 (aucun)<br />
Sélectionnez la référence passive: ROX (si vous utilisez un Mastermix avec ROX).<br />
Sélectionnez la référence passive: néant (si vous utilisez un Mastermix sans ROX)<br />
Contrôle d'inhibition (YD) ou DIA-EIC/DNA(YD)-050 : ABI 7000 ou 7300 ou 7500 ou<br />
7900HT ou StepOnePlus<br />
DIA-EIC/DNA(DR)-050 : ABI 7000 ou 7300 ou 7500 ou 7900HT ou<br />
StepOnePlus<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050 : ABI 7500<br />
* DIA-EIC/DNA(Cy5)-050 peut être remplacé par DIA-EIC/DNA(RD)-050<br />
• Roche Lc480-Lc2 .0<br />
Nom du détecteur Émetteur Absorbeur<br />
<strong>Virus</strong> d’Epstein-<strong>Barr</strong> FAM FAM (aucun)<br />
Contrôle d'inhibition (YD)<br />
ou<br />
DIA-EIC/DNA(YD)-050<br />
Jaune Vic/Hex (aucun)<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050* Cy5 Cy5 (aucun)<br />
Contrôle d'inhibition (YD) ou DIA-EIC/DNA(YD)-050 : Lc2 .0 ou Lc480<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050 : Lc480<br />
* DIA-EIC/DNA(Cy5)-050 peut être remplacé par DIA-EIC/DNA(RD)-050<br />
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PAGE 26<br />
DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
N.B<br />
Avant d’utiliser notre trousse PCR en temps réel sur le système Roche LightCycler 480 ou 2.0, vous<br />
devez créer un fichier de compensation pour les fluorophores spécifiques à l’application. Une trousse<br />
“color compensation set” est disponible sous la référence Dia-DAF-005 afin de pouvoir créer le fichier<br />
de compensation.<br />
• Biorad iCycler-IQ5-CFX96<br />
Nom du détecteur Émetteur Absorbeur<br />
<strong>Virus</strong> d’Epstein-<strong>Barr</strong> FAM FAM (aucun)<br />
Contrôle d'inhibition (YD)<br />
ou<br />
DIA-EIC/DNA(YD)-050<br />
Jaune Vic/Hex (aucun)<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050* Cy5 Cy5 (aucun)<br />
Contrôle d'inhibition (YD) ou DIA-EIC/DNA(YD)-050: iCycler ou IQ5 ou CFX96<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050: iCycler ou IQ5 ou CFX96<br />
* DIA-EIC/DNA(Cy5)-050 peut être remplacé par DIA-EIC/DNA(RD)-050<br />
• Agilent Stratagene MX3000P-3005P<br />
Nom du détecteur Émetteur Absorbeur<br />
<strong>Virus</strong> d’Epstein-<strong>Barr</strong> FAM FAM (aucun)<br />
Contrôle d'inhibition (YD)<br />
ou<br />
DIA-EIC/DNA(YD)-050<br />
Jaune Vic/Hex (aucun)<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050* Cy5 Cy5 (aucun)<br />
Contrôle d'inhibition (YD) ou DIA-EIC/DNA(YD)-050: MX3000P ou 3005P<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050: MX3000P ou 3005P<br />
* DIA-EIC/DNA(Cy5)-050 peut être remplacé par DIA-EIC/DNA(RD)-050<br />
N.B.<br />
Dans les paramètres "Filter Set Gain Settings»:<br />
• FAM: sélectionnez x8<br />
• Yellow Dye: sélectionnez x2<br />
• Cy5: sélectionnez x4<br />
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PAGE 27<br />
• Qiagen Rotor-Gene 6000<br />
Nom du détecteur<br />
Canal<br />
<strong>Virus</strong> d’Epstein-<strong>Barr</strong> FAM Vert<br />
Contrôle d'inhibition (YD)<br />
ou<br />
DIA-EIC/DNA(YD)-050 Jaune Jaune<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050* Cy5 Rouge<br />
Contrôle d'inhibition (YD) ou DIA-EIC/DNA(YD)-050: Qiagen Rotor-Gene 6000<br />
DIA-EIC/DNA(Cy5)-050: Qiagen Rotor-Gene 6000<br />
* DIA-EIC/DNA(Cy5)-050 peut être remplacé par DIA-EIC/DNA(RD)-050<br />
N.B.<br />
Réalisez une optimisation à 60 degrés au début de chaque test pour les canaux vert, jaune et/ou<br />
rouge.<br />
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PAGE 28<br />
DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
B.6. Interprétation des résultats<br />
<strong>Virus</strong> d’Epstein <strong>Barr</strong><br />
Détection du signal<br />
FAM<br />
Contrôle d’inhibition<br />
DIA-EIC/DNA-050<br />
Détection du signal<br />
Jaune<br />
Orange<br />
Cy5<br />
Interprétation des résultats<br />
Signal au-dessus du seuil<br />
Signal au-dessus du seuil<br />
Signal en dessous du seuil<br />
Signal en dessous du seuil<br />
Signal au-dessus du seuil<br />
Signal en dessous du seuil<br />
Signal au-dessus du seuil<br />
Signal en dessous du seuil<br />
L’échantillon est positif au<br />
virus d’Epstein-<strong>Barr</strong><br />
L’échantillon est positif au<br />
virus d’Epstein-<strong>Barr</strong><br />
L’échantillon est négatif au<br />
virus d’Epstein-<strong>Barr</strong><br />
Le test est invalide.<br />
Cf le guide de résolution des<br />
problèmes.<br />
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Guide de résolution des problèmes<br />
• Isolation de l’acide nucléique<br />
Référez-vous à la mention du fabricant concernant le produit.<br />
N.B<br />
Réalisez l’entretien des postes de travail pour l’extraction automatisée (en fonction des<br />
recommandations du fabricant). Vérifiez la date d’expiration et les conditions de stockage des solutions<br />
fournies.<br />
• PCR<br />
Le signal détecté pour le contrôle positif du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong>, la courbe quantitative du virus<br />
d’Epstein-<strong>Barr</strong>, le contrôle d'inhibition (ou le contrôle d'extraction d’ ADN & d'inhibition de la PCR) sont<br />
négatifs ou faibles.<br />
Les conditions de la PCR ne sont pas conformes au protocole.<br />
1. Vérifiez la procédure d’extraction.<br />
Il est important de sélectionner la procédure d’extraction appropriée. La procédure d’extraction<br />
doit être validée et limiter la présence de facteurs inhibiteurs.<br />
2. Vérifiez la préparation de la réaction PCR.<br />
Pour obtenir une haute sensibilité, vous devez respecter les volumes décrits et les Mastermix<br />
suggérés.<br />
N.B.<br />
Vérifiez l’étalonnage des pipettes utilisées (en fonction des recommandations du fabricant).<br />
Vérifiez la date d’expiration et les conditions de stockage des mastermix suggérés.<br />
3. Vérifiez le cycle de PCR.<br />
Pour obtenir une haute sensibilité, suivez le protocole adapté à la machine PCR en<br />
temps réel utilisée.<br />
4. Vérifiez les fluorophores sélectionnés.<br />
Vérifiez et sélectionnez les fluorophores adaptés à chaque plate-forme PCR en temps réel.<br />
5. Interprétation des résultats.<br />
Vérifiez le tableau et sélectionnez le canal approprié.<br />
6. Quantification des résultats.<br />
Vérifiez la pente/l’efficacité de la courbe quantitative.<br />
Remarque importante:<br />
Vérifiez les conditions de stockage (pendant et après l’expérience) et la date d’expiration.<br />
Ces deux conditions influencent fortement les résultats obtenus.<br />
• Système de PCR en temps réel<br />
Référez-vous à la mention du fabricant concernant le produit.<br />
N.B.<br />
Réalisez l’entretien de la plateforme PCR en temps réel (en fonction des recommandations du<br />
fabricant).<br />
Pour tout problème/question, veuillez nous contacter:<br />
Tél. : +32 4 364 20 50 / info@diagenodediagnostics .com<br />
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PAGE 30<br />
DIAGENODE VIRUS D’’EPSTEIN-BARR PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL MANUEL D'UTILISATION<br />
Évaluation des performances<br />
1. Sensibilié analytique<br />
La détermination de la sensibilité analytique a été réalisée à partir des résultats d’un QCMD pour<br />
le virus d’Epstein-<strong>Barr</strong>.<br />
La concentartion minimale de ce QCMD a été détectée (822,4 copies/ml).<br />
La PCR a été réalisée comme décrit précédemment (voir point B.3 Préparation de la réaction<br />
de PCR).<br />
Les conditions de PCR:<br />
Méthode d'extraction utilisée: EasyMag ® Biomerieux<br />
Mastermix: Lc 480 Probe Master<br />
PCR en temps réel: Biorad CFX96 - V 25 µl<br />
2. Spécificité analytique<br />
Les amorces et sondes spécifiques ont été sélectionnées dans la littérature (1) (Niesters et al., 2000).<br />
Nous les avons également vérifiées par rapport aux homologies possibles avec d’autres séquences<br />
connues par analyse de comparaison des séquences. Les amorces et les sondes sont utilisées<br />
quotidiennement dans des laboratoires de diagnostic clinique sur des échantillons de plasma/citraté et<br />
de sang total/EDTA.<br />
La séquence de contrôle d'inhibition a également été vérifiée par homologie de séquence.<br />
3. Investigation clinique<br />
Sera bientôt disponible.<br />
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Restrictions concernant l’utilisation du produit<br />
• Tous les réactifs doivent servir exclusivement au diagnostic in vitro.<br />
• Le respect strict du manuel d’utilisation est nécessaire pour obtenir des résultats optimaux.<br />
• La fiabilité des résultats dépend du prélèvement, du transport, du stockage et des procédures<br />
de traitement adéquates des échantillons.<br />
• Le test a été validé sur des échantillons de plasma/citraté et de sang total/EDTA.<br />
• Le test a été validé avec les systèmes PCR en temps réel ABI 7000-7300-7500-7900HT-<br />
StepOnePlus/ Roche Lc480-Lc2.0/ Biorad iCycler-IQ5-CFX96/ Agilent Stratagene MX3000P-<br />
3005P/ Qiagen Rotor-Gene.<br />
Contrôle qualité<br />
<strong>Diagenode</strong> a obtenu les certifications ISO 9001 et ISO 13485 pour la conception, la production et la<br />
vente des trousses de diagnostic clinique basées sur la technologie PCR en temps réel.<br />
La PCR quantitative du virus d’Epstein-<strong>Barr</strong> en temps réel est testée en fonction de spécifications<br />
prédéterminées pour assurer la qualité du produit.<br />
Références<br />
(1)Niesters H. G., van Esser J., Fries E., Wolthers K . C., Cornelissen J. and Osterhaus A. D. (2000).<br />
Development of a real-time quantitative assay for detection of Epstein-<strong>Barr</strong> virus. J Clin Microbiol 38,<br />
712-5 .<br />
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Explication des symboles<br />
Référence<br />
Numéro de lot<br />
Nombre d'expériences<br />
Température de conservation<br />
yyyy-mm<br />
Date d'expiration<br />
Dispositif médical de diagnostic In vitro<br />
Se référer au manuel d'utilisation Risque<br />
biologique<br />
Contrôle<br />
Contrôle négatif<br />
Contrôle positif<br />
A protéger de la lumière<br />
Fabriquant<br />
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Avis à l’acheteur<br />
Ce produit est optimisé dans le cadre d’un usage pour PCR (Réaction en chaine par polymérase)<br />
couverte par les licences de Roche Molecular Systems, Inc. et F. Hoffmann-La Roche ltd. (Roche).<br />
Aucune autorisation relative à ces licences pour l’usage du procédé de PCR ne peut être transférée<br />
expressément ou par implication de l’acheteur suite à l’achat de ce produit. L’autorisation d’utiliser le<br />
procédé de PCR dans certaines recherches et activités de développement implique l’achat de certains<br />
réactifs chez les fournisseurs agréés, lorsqu’ils sont utilisés en combinaison avec un thermocycleur<br />
agréé et sont disponibles chez Applied Biosystems. Pour plus d’informations concernant l’achat des<br />
licences autorisant le procédé de PCR, contactez le responsable des licences chez Applied<br />
Biosystems, 850 Lincoln Center Drive, Foster City, California 94404 ou chez Roche Molecular Systems,<br />
Inc, 1145 Atlantic Avenue, Alameda, California 94501.<br />
• ABI (Applied Biosystems) Prism 7000 ou 7300 ou 7500 ou 7900HT-StepOnePlus sont des<br />
marques commerciales de Applera Corporation.<br />
• Roche LightCycler 480 et 2.0 sont des marques commerciales de Roche.<br />
• Biorad iCycler ou IQ5 ou CFX96 sont des marques commerciales de Biorad.<br />
• Agilent Stratagene MX3000P ou 3005P sont des marques commerciales de Agilent<br />
Stratagene.<br />
• Qiagen Rotor-Gene est une marque commerciale de Qiagen.<br />
• Nuclisens EASYMAG System est une marque commerciale de Biomerieux.<br />
• Maxwell 16 Blood DNA Purification kit (48) est une marque commercial de Promega.<br />
• QIAamp DNA Mini Kit (50) est une marque commerciale de Qiagen.<br />
• Quantifast TM multiplex + R kit est une marque commerciale de Qiagen.<br />
• Rotor-Gene Multiplex PCR Kit est une marque commerciale de Qiagen.<br />
• LightCycler ® TaqMan ® Master est une marque commerciale de Roche.<br />
* Classe Ea1: virus pouvant provoquer des maladies chez les animaux et présentant<br />
les caractéristiques suivantes (à des degrés divers): importance géographique limitée,<br />
transmissibilité interespèce faible, vecteur ou porteur inexistant.Il ne nécessite<br />
généralement aucune mesure de confinement particulière. Il existe habituellement une<br />
prophylaxie et/ou un traitement efficace.<br />
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MA-EBVQ-FR-V1_06_02_13<br />
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CHU, Tour GIGA, 3e étage<br />
Avenue de l’hôpital, 1<br />
4000 Liège – BELGIQUE<br />
Tel. +32 4 364 20 50<br />
info@diagenodediagnostics.com<br />
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