institut-pasteur-ra-2014

Santé
Centres nationaux de référence
et centres collaborateurs de l’OMS
L’activité des CNR, placés sous la responsabilité de l’Institut Pasteur, bénéficie de
l’environnement scientifique des unités qui les hébergent et des structures d’appui
telles que la Cellule d’intervention biologique d’urgence (Cibu). Sept de ces CNR
sont également centres collaborateurs de l’OMS (CCOMS), et un CNR-CCOMS a été
désigné laboratoire de référence de l’Organisation mondiale de la santé animale.
Ebola
En mars 2014, le CNR des Fièvres hémorragiques
virales (FHV) a diagnostiqué ce qui allait devenir
une épidémie de FHV à virus Ebola sans précédent,
avec aujourd’hui près de 24 000 cas et 10 000 morts
en Guinée, Sierra Leone et Liberia. Par la suite, le
CNR a été très impliqué dans la mise en place en
France de la réponse en lien étroit avec l’InVS et la
DGS, tant pour ce qui concerne le diagnostic des cas
possibles de retour des pays touchés, le suivi virologique
des patients rapatriés que pour les activités
de conseil. Sur le terrain, en Guinée, le CNR a joué
un rôle de conseil et d’expertise au début de l’épidémie
auprès des autorités guinéennes de santé et
de l’ambassade de France à Conakry. De plus, un
laboratoire de diagnostic permettant non seulement
de réaliser le diagnostic étiologique mais
aussi de fournir des paramètres biochimiques et
biologiques a été mis en place par le CNR au sein
du centre de traitement Ebola de Macenta (Guinée),
avec l’ambition de permettre une amélioration
substantielle de la prise en charge thérapeutique et
du taux de survie. Le CNR FHV a ainsi joué un rôle
essentiel dans le cadre de la lutte contre le virus
Ebola en Afrique de l’Ouest.
En haut : bactéries
leptospires. Les espèces
pathogènes sont
responsables de la
leptospirose, où l’homme
se retrouve être un hôte
occasionnel dans un cycle
impliquant les animaux
sauvages et domestiques.
En bas : crise Ebola
2014, formation des
scientifiques volontaires à
l’Institut Pasteur, à Paris.
Méningite
Les méningocoques sont généralement transmis
par des gouttelettes respiratoires. Le CNR des Méningocoques
a décrit une épidémie internationale
d’infections invasives à méningocoque C chez les
hommes ayant des rapports sexuels avec des
hommes (HSH). Une collaboration internationale a
été mise en œuvre, qui a permis d’élucider les mécanismes
de l’émergence de cette épidémie. Une
approche « multi-omique » (méthodes génomiques
et protéomiques ) a été utilisée pour analyser les
isolats de l’épidémie et a montré un exemple
unique d’adaptation des méningocoques à la transmissibilité
sexuelle et la réacquisition ultérieure de
virulence grâce à la capacité de moduler l’immunité
innée. Ces données ont permis une vaccination ciblée
au sein de la communauté HSH en France et en
Allemagne. Les résultats illustrent non seulement
comment les changements génomiques subtils
pendant une microévolution permettent l’adaptation
mais aussi montrent que les approches
« omiques » peuvent être utilisées dans la surveillance
épidémiologique en temps réel pour aider à la
prise de décision de vaccination.
Leptospirose
Le CNR de la Leptospirose a noté deux fois plus de
cas de leptospirose chez l’homme par rapport à
l’année précédente, qui était déjà l’année de la plus
forte incidence au cours de ces dix dernières années.
L’année 2014 est donc une année record, avec une
incidence de plus de 0,9 cas/100 000 habitants. Le
CNR, qui est aussi un centre collaborateur de l’OMS,
a été informé d’une recrudescence du nombre de
cas dans plusieurs pays européens tels que les Pays-
Bas (trois fois plus de cas que les années précédentes).
Il apparaît donc que la leptospirose est une
zoonose émergente en Europe. Les raisons de cette
augmentation ne sont pas connues mais pourraient
être liées au réchauffement climatique.
Botulisme
Le CNR des Bactéries anaérobies et du botulisme a
procédé au diagnostic et à la surveillance du botulisme
humain à partir de 129 échantillons de sérum,
53 selles et 180 échantillons d’aliments. Le fait
marquant en 2014 est un foyer de botulisme regroupant
deux patients, dont un ayant développé
une forme très sévère ayant nécessité une assistance
respiratoire pendant quarante-six jours. Le
botulisme identifié était de type F, dû à Clostridium
baratii. Il s’agit des deux premiers cas identifiés en
France de ce type de botulisme qui est rare et qui a
été rapporté essentiellement aux USA. La souche de
C. baratii isolée des selles des malades a été caractérisée
par séquençage complet de son génome.
Choléra
Sur sollicitation de l’OMS, en lien avec les activités
scientifiques et de santé publique du CNR des Vibrions
et du Choléra sur la problématique choléra,
l’Institut Pasteur a accepté d’être membre de la
Global Task Force for Cholera Control en septembre
2014. Une première réunion internationale
d’un groupe de travail « Surveillance laboratoire »
s’est tenue à l’Institut Pasteur le 19 décembre
2014, avec le soutien financier de la Division International,
impliquant en particulier des membres
du Réseau International des Instituts Pasteur.
60