7. Hidden Markov Models (Parte 2) (pdf, it, 413 KB, 4/28/10)
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Altre penalizzazioni…<br />
• In natura spesso gli indels (‘-’) appaiono<br />
raggruppati (affine indels)<br />
• Posso penalizzare di più allineamenti in cui ho<br />
tanti singoli indels<br />
Utilizzando un normale punteggio questi<br />
2 allineamenti sono equiprobabili<br />
V<strong>it</strong>torio Murino Riconoscimento e Classificazione per la Bioinformatica 90<br />
90<br />
Allineamento di sequenze tram<strong>it</strong>e HMM<br />
• Le PAIR-HMM risolvono questo comp<strong>it</strong>o<br />
incorporando tutte le idee viste in precendeza<br />
• Penalizzazioni per mismatch e indels – Affine indels<br />
• Stati nascosti<br />
• Match (M)<br />
• Insertion in x (X)<br />
• Insertion in y (Y)<br />
• Simboli osservati<br />
• Match (M): {(a,b)| a,b in ∑ }.<br />
• Insertion in x (X): {(a,-)| a in ∑ }.<br />
• Insertion in y (Y): {(-,a)| a in ∑ }.<br />
V<strong>it</strong>torio Murino Riconoscimento e Classificazione per la Bioinformatica 91<br />
91<br />
22
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