7. Hidden Markov Models (Parte 2) (pdf, it, 413 KB, 4/28/10)

Allineamento multiplo di sequenze:
esempio
• Si considerino CAEFDDH e CDAEFPDDH
• Supponiamo che il nostro modello abbia lunghezza 10 e
che i due cammini di viterbi siano
• M0, M1, M2, M3, M4, D5, D6, M7, M8, M9, M10
• M0, I1, M1, M2, M3, M4, D5, M6, M7, M8, M9, M10
• L’allineamento è calcolato allineando posizioni generate
dallo stesso match state
m 0 m 1 m 2 m 3 m 4 d 5 d 6 m 7 m 8 m 9 m 1 0
C A E F D D H
C D A E F P D D H
m 0 m 1 i 1 m 2 m 3m 4 d 5 m 6m 7m 8m 9m 1 0
0 m 1 i 1 1
C – A E F – D D H
C D A E F P D D H
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START
Da Viterbi all’allineamento
D D
I I I
A=.3
G=.3
C=.3
T=.1
A=.35
G=.35
T=.2
C=.1
Delete States
If the path for a sequence S goes through one
of these states, then a deletion has occurred in evolution,
so we put a gap (dash) in the alignment for S
Insert States
If the path for a sequence S goes through one of these
states, then we just put the letter from S at that position,
but the other sequences in the MSA get a gap
Match States
If the path for a sequence S goes through one of
these states, then we just put the letter from S at
that position in the alignment for S.
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