Struttura di proteine

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Visualizzazione e analisi ● Occorrono programmi specifici per leggere le coordinate e mostrare la struttura (molecular graphics) e analizzare le strutture
Confronto di strutture Date due strutture per confrontarle devo: 1) stabilire quali parti si corrispondono nelle due strutture (ad es. gli atomi del backbone, oppure gli atomi del backbone delle regioni conservate) 2) trovare la posizione e l'orientazione “migliore” per sovrapporre le due molecole “migliore” indica quasi sempre tale che la distanza (RMSD) fra gli atomi corrispondenti sia minima RMSD= ∑ n 1 model native 2 ∥r i −ri ∥ n
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