Struttura di proteine

Comparative (homology) modeling
● Un problema e' costituito dai gaps che
occorrono principalmente nei loops.
purothionin KSCCKSTLGRNCYNLCRARGAQK-LCANVCRCKLTSGLSCPKDFPK
viscotoxin KSCCPNTTGRNIYNACRLTGAPRPTCAKLSGCKIISGSTCPSDYPK
**** .* *** ** ** ** : **::. **: ** :**.*:**
● In questi casi cerco di allineare le sequenze in
modo che i gap non occorrano in elementi di
struttura secondaria
● considero le parti attorno al gap piu' simili.
● Fisso un residuo prima e uno dopo il loop
(questi residui sono detti ancore)
● Costruisco il loop o con algoritmi specifici o
copiando le coordinate del backbone da una
libreria di frammenti