牛源口蹄疫病毒整联蛋白受体的生物信息学分析 - abc

牛 源 口 蹄 疫 病 毒 整 联 蛋 白 受 体 的生 物 信 息 学 分 析2011 年 12 月 25 日报 告 人 : 高 闪 电其 他 组 员 : 黄 家 兴 赵 洪 喜 李 红 娟

1. 口 蹄 疫 病 毒 及 其 受 体 背 景2. 牛 αv 家 族 整 联 蛋 白 的 系 统 进 化 分 析3. 牛 αv 家 族 整 联 蛋 白 的 序 列 特 征 分 析4. 牛 αv 家 族 整 联 蛋 白 的 结 构 模 拟5. 结 论 与 展 望

口 蹄 疫 病 毒 (FMDV) 小 RNA 病 毒 科 (Picornaviridae)、 口 蹄 疫 病 毒 属(Aphthovirus) 成 员 , 有 A、O、C、SAT1、SAT2、SAT3 以 及 Asia1 型 等 7 个 血 清 型 。 可 导 致 牛 、 水 牛 、 猪 、 绵 羊 、 山 羊 和 骆 驼 等 20 个 科的 70 多 种 家 养 和 野 生 偶 蹄 动 物 发 病 。 衣 壳 由 VP1、VP2、VP3 和 VP4 4 种 结 构 蛋 白 各 60分 子 组 成 , 呈 正 二 十 面 体 立 体 结 构 。

viral proteins β-barrel-and-looporganizationthe fivefoldaxis.VP2VP1G-H loopVP3RGDsequence

整 联 蛋 白 (integrin) 是 口 蹄 疫 病 毒 感 染 的 受 体 。 整 联 蛋 白 是 广 泛 存 在 于 真 核 细 胞 表 面 的 完 整 的 膜 受体 家 族 , 包 括 由 至 少 18 种 不 同 的 α 亚 基 及 8 种 β 亚 基形 成 的 20 多 种 α β 异 二 聚 体 。 整 联 蛋 白 在 介 导 血 管 内 皮 细 胞 和 肿 瘤 细 胞 的 粘 附 、淋 巴 细 胞 运 输 、 肿 瘤 生 长 以 及 病 毒 感 染 方 面 都 有 重要 的 作 用 。

Uniprot 数 据 库 中 序 列 的 提 取 ClustalW 多 序 列 比 对 Mega5 系 统 发 育 分 析

ABDC牛 整 联 蛋 白 β 亚 基 系 统 发 育 分 析A: β1; B: β3; C: β6; D: β8数 据 来 源 :Uniprot; 建 树 方 法 :Mega5, NJtree,bootstrap=1000

跨 膜 分 析利 用 WebLab 跨 膜 蛋 白 预 测 工 具 Tmap 工 具 、TMHMM、SOSUI、Expasy ProtScale 里 面Hphob. / Kyte & Doolittle 方 法 、 MEMSAT3 信 号 肽 分 析SOSUIsignal、SignalP 4.0 蛋 白 结 构 域 、 功 能 位 点PROSITE

995 1019WVIILAVLAGLLLLAVLVFVMYRMGSequence TMHMM2.0 TMhelix 994 -1016SOSUI Result994—1016

MEMSAT3 resultSOSUIsignal result

牛 αv 家 族 整 联 蛋 白 各 亚 基 组 成

FG-GAP repeat of αv subunit

Cysteine-rich tandem repeats of β subunits

利 用 Swissmodel 同 源 建 模 的 方 法 对 牛 整 联 蛋 白 αv、β3 亚 基 进 行 了 结 构 预 测 。 模 板 [3ijeA]、 [3ijeB]

Thigh domainβ-propellerCalf-1domainHybriddomain4EGF-like domainCalf-2domainβA-domainβ-tail domain (βTD)牛 整 联 蛋 白 alphaV 亚 基 的 结 构牛 整 联 蛋 白 β3 亚 基 的 结 构

β-propeller 与 βA-domain 形成 配 体 结 合 区β3αv牛 整 联 蛋 白 αvβ3

牛 FMDV 受 体 整 联 蛋 白 各 亚 基 均 与 偶 蹄 家 畜 羊 、 猪等 相 应 亚 基 氨 基 酸 序 列 呈 现 较 高 的 一 致 性 , 可 能 是决 定 FMDV 宿 主 嗜 性 的 重 要 因 素 。 整 联 主 要 通 过 信 号 转 导 来 发 挥 其 蛋 白 功 能 , 是 否 出现 于 FMDV 感 染 过 程 中 , 还 需 证 实 。