WebLab 中文使用文档 - abc

WebLab 中 文 使 用 文 档在 编 辑 页 , 用 户 可 自 由 的 更 改 信 息 。对 于 暂 时 不 想 注 册 的 用 户 ,WebLab 也 提 供 了 “try out” 功 能 。在 没 有 注 册 的 情 况 下 , 用 户 可 通 过 “try out” 体 验 WebLab 提 供 的 所 有 功 能 。 不 过 , 当你 登 出 后 或 对 话 超 出 时 间 限 制 , 你 的 账 号 信 息 将 会 消 失 。 如 果 你 经 常 使 用 WebLab, 最 好 能注 册 一 个 账 号 并 在 使 用 前 登 陆 。5

WebLab 中 文 使 用 文 档3. 用 户 空 间 及 数 据 管 理1). My Data“My Data” 就 像 用 户 的 网 络 硬 盘 。 没 有 注 册 的 用 户 只 能 从 本 地 磁 盘 上 上 传 文 件 或 粘 入 数据 , 而 每 一 个 注 册 的 用 户 都 有 一 个 用 户 空 间 来 存 储 序 列 进 行 后 续 的 分 析 。便 于 选 择 保 存 的 文 件 进 行 不 同 的 分 析 。不 受 空 间 限 制 的 继 续 做 工 作 。 例 如 , 你 可 以 在 任 何 地 方 用 不 同 的 计 算 机 分 析 这 些 数 据 ,因 为 WebLab 中 保 存 你 需 要 的 数 据 。分 享 数 据 给 指 定 的 用 户 。基 本 操 作 : 我 们 为 用 户 提 供 了 一 些 基 本 操 作 来 管 理 自 己 的 文 件 , 包 括 目 录 操 作 , 上 传 文 件 ,修 改 , 删 除 , 分 享 和 添 加 评 论 和 标 签 。目 录 操 作 : 用 户 可 以 创 建 层 次 性 的 目 录 来 保 存 数 据 。 这 对 于 管 理 大 量 数 据 和 分 析 结 果 是 非 常有 利 的 。 此 外 , 用 户 还 可 以 删 除 , 重 命 名 和 移 动 这 些 目 录 。文 件 上 传 : 有 几 种 上 传 文 件 的 方 法 。 上 传 后 , 用 户 可 以 重 命 名 , 移 动 或 删 除 这 些 文 件 , 也 能改 变 文 件 所 对 应 的 格 式 。几 种 方 法 : 在 文 本 框 中 粘 入 序 列 ; 从 本 地 磁 盘 上 传 ; 从 WebLab 内 嵌 的 resource 模 块 来获 得 数 据 。注 :WebLab 包 含 一 个 数 据 格 式 表 , 该 表 中 定 义 了 生 物 医 学 领 域 中 使 用 的 各 种 数 据 格 式 。请 在 上 传 文 件 时 指 定 一 个 恰 当 的 数 据 格 式 , 因 为 很 多 对 数 据 的 操 作 依 赖 于 数 据 的 格 式 。 用 户可 以 在 “My data” 中 修 改 数 据 的 格 式 。数 据 操 作 : 对 于 非 二 进 制 文 件 , 用 户 可 通 过 点 击 文 件 名 浏 览 文 件 内 容 。对 一 些 特 殊 的 数 据 格 式 ,WebLab 提 供 了 一 个 更 直 观 的 浏 览 方 式 , 这 是 WebLab 的 呈 递机 制 。 目 前 安 装 了 一 些 常 用 数 据 类 型 的 呈 送 , 包 括 ClustalW, 双 重 序 列 比 对 的 输 出 ,KOBAS结 果 ,Prints 和 Prosite 数 据 库 的 检 索 结 果 。 用 户 可 以 通 过 选 择 合 适 的 观 看 方 式 来 更 好 的 理 解这 些 结 果 。6

WebLab 中 文 使 用 文 档通 过 点 击 相 应 的 按 钮 , 用 户 可 以 直 接 的 编 辑 或 打 印 数 据 文 件 。通 过 点 击 “do analysis” 按 钮 , 用 户 可 以 从 程 序 列 表 中 选 择 需 要 的 程 序 做 进 一 步 的 分 析 。注 : 根 据 指 定 的 数 据 类 型 , 系 统 可 以 将 处 理 该 种 数 据 类 型 的 程 序 列 出 。 因 此 , 不 同 的 数据 类 型 有 不 同 的 程 序 列 表 。注 释 和 标 签 :注 释 : 注 释 是 用 户 对 文 件 的 描 述 。 它 可 以 帮 助 用 户 在 短 时 间 内 理 解 文 件 内 容 以 提 高 工 作 效 率 。用 户 可 通 过 添 加 , 编 辑 或 删 除 注 释 使 文 件 更 容 易 理 解 。 然 后 , 当 把 鼠 标 放 到 黄 色 图 标 上 时 ,你 将 会 看 到 关 于 该 数 据 的 简 短 描 述 。7

WebLab 中 文 使 用 文 档用 户 可 以 通 过 单 个 ( 每 篇 文 献 下 面 的 按 钮 ) 和 批 量 ( 整 个 文 献 空 间 下 面 的 按 钮 ) 方 式 来导 出 文 献 。 用 户 可 选 择 导 出 的 格 式 。 目 前 WebLab 支 持 Endnote, BibTex, ADS 文 献 格 式 ,ISI格 式 ,RIS 格 式 和 word2007 参 考 书 目 格 式 。索 引 和 检 索 : 在 文 献 上 传 的 过 程 中 ,WebLab 将 会 提 取 文 献 内 容 建 立 全 文 索 引 并 建 立 标 题 ,作 者 , 杂 志 , 出 版 日 期 等 信 息 的 索 引 。目 前 ,WebLab 使 用 Lucene 作 为 文 献 库 的 索 引 和 恢 复 。注 : 有 时 ,WebLab 不 能 提 取 全 文 信 息 和 引 用 信 息 , 此 时 则 不 能 建 立 索 引 (WebLab 会尽 力 给 出 出 错 的 原 因 )。 例 如 ,WebLab 不 能 对 加 密 的 pdf 文 件 建 立 索 引 。WebLab 使 用 不 同的 图 标 来 标 记 文 献 的 索 引 状 态 , 粉 红 色 表 示 该 文 献 的 全 文 或 引 用 信 息 没 建 立 索 引 。11

WebLab 中 文 使 用 文 档对 于 已 成 功 建 立 索 引 的 文 献 , 用 户 通 过 简 单 检 索 和 高 级 检 索 来 搜 索 相 关 信 息 。 简 单 检 索只 能 按 关 键 词 对 文 献 全 文 搜 索 。对 于 高 级 检 索 , 用 户 可 对 全 文 和 引 用 信 息 进 行 复 杂 的 检 索 。搜 索 的 结 果 如 下 图 所 示 , 检 索 的 关 键 词 被 高 亮 显 示 。 每 篇 文 献 的 得 分 是 指 匹 配 得 分 。 得分 高 的 文 献 显 示 在 前 面 。12

WebLab 中 文 使 用 文 档HTML 预 览 : 对 于 存 储 在 “My literature” 中 的 每 篇 文 献 ,WebLab 提 供 HTML 预 览 功 能 便于 浏 览 文 献 的 内 容 。13

WebLab 中 文 使 用 文 档3). My Meta Package“Meta Package” 是 用 户 自 己 的 数 据 库 。 用 户 可 在 上 面 建 立 自 己 的 数 据 库 。 目 前 我 们 提高 两 种 类 型 的 程 序 来 生 成 数 据 库 :reverse_ePCR_db_builder 和 formatdb。 然 后 用 户 可 以 blast他 们 自 己 的 数 据 库 。 这 使 得 实 验 变 得 更 加 的 灵 活 。注 : 绿 色 箭 头 链 向 可 产 生 这 种 数 据 库 的 程 序 。 另 外 , 每 一 个 meta-package 文 件 不 仅 仅 是 一 个文 献 , 而 是 一 个 压 缩 包 。 用 户 可 下 载 并 解 压 缩 来 得 到 这 些 文 件 。生 成 Meta Package: 在 Meta Package 中 有 两 个 目 录 :blastdb and reElectronicPCRdb。 程 序Formatdb 用 来 对 蛋 白 和 核 酸 进 行 格 式 化 得 到 blast 数 据 库 。reverse_ePCR_db_builder 用 来 生成 要 求 的 数 据 库 文 件 以 通 过 STS 来 检 索 序 列 数 据 库 。 在 这 里 我 们 以 reverse_ePCR_db_builder为 例 。注 : 如 果 程 序 可 生 成 Meta-package , 则 输 出 路 径 将 自 动 设 为 “Meta package ”。14

WebLab 中 文 使 用 文 档使 用 Meta Package: 当 用 户 运 行 相 关 的 程 序 时 可 选 用 自 己 的 数 据 库 。 比 如 假 如 我 生 成 了 一个 蛋 白 数 据 库 , 那 么 我 在 运 行 blastp 程 序 时 可 以 从 用 户 创 建 的 数 据 库 中 选 择 该 数 据 库 。 通 过该 功 能 , 用 户 可 在 他 们 的 实 验 中 选 择 更 加 合 适 的 数 据 库 。4. 如 何 在 WebLab 上 工 作1). Utility—— 一 些 有 用 的 工 具15

WebLab 中 文 使 用 文 档“Utility” 是 一 些 用 于 生 物 信 息 学 分 析 的 小 部 件 。 这 些 “Utility” 主 要 由 javascript,Java插 件 和 其 它 基 于 浏 览 器 的 客 户 端 程 序 组 成 。 它 们 一 般 运 行 的 时 间 不 是 太 长 不 过 非 常 有 用 。 截至 日 前 , 在 WebLab 中 共 有 66 “utilities”, 其 中 大 部 分 都 集 中 在 序 列 编 辑 , 数 据 可 视 化 等方 面 。注 : 在 运 行 WebLab 上 的 “utility” 之 前 , 请 设 置 浏 览 器 允 许 运 行 Java 和 JavaScript, 并 要 安装 Java 运 行 环 境 。2). Program—— 构 造 元 件WebLab 中 的 程 序 包 含 三 种 不 同 类 型 的 服 务 :· 本 地 程 序 : 这 类 程 序 在 WebLab 的 计 算 节 点 上 运 行 , 其 中 大 部 分 程 序 来 自 EMBOSS,NCBI BLAST 等 最 通 用 的 生 物 信 息 分 析 软 件 包 。·Web 服 务 程 序 : 现 在 Web 服 务 在 生 物 信 息 领 域 变 得 越 来 越 热 门 , 因 此 WebLab 也 为一 些 著 名 的 生 物 信 息 的 网 站 的 web 服 务 提 供 了 客 户 端 程 序 。 通 过 我 们 提 供 的 web 界 面 你 可以 向 远 程 web 服 务 器 提 交 任 务 。· 基 于 网 格 的 服 务 程 序 :WebLab 也 提 供 一 些 基 于 网 格 的 程 序 来 处 理 像 blast 这 样 的 计算 和 输 入 输 出 密 集 型 服 务 。到 目 前 为 止 ,WebLab 上 有 264 个 程 序 。 用 户 可 通 过 它 们 的 软 件 包 , 功 能 及 字 母 顺 序 进行 浏 览 。程 序 的 运 行 :WebLab 为 不 同 的 程 序 服 务 提 供 了 统 一 的 符 合 感 官 的 界 面 便 于 用 户 的 使用 。在 程 序 提 交 页 面 , 具 有 相 似 功 能 的 参 数 聚 成 一 组 。 在 提 交 任 务 以 前 , 用 户 需 要 注 意 下面 几 个 方 面 :· 对 于 输 入 文 件 , 未 注 册 用 户 可 通 过 上 传 文 件 或 直 接 贴 入 数 据 , 而 注 册 用 户 还 可 以 通过 “my data” 来 输 入 数 据 。· 注 册 用 户 需 要 指 定 输 出 的 路 径 。· 带 * 号 的 参 数 为 必 须 填 的 项 目 。· 如 果 你 不 清 楚 那 个 参 数 的 意 义 , 可 以 通 过 点 击 右 面 的 “?” 获 得 帮 助 。· 如 果 你 想 知 道 程 序 的 具 体 细 节 , 请 点 击 程 序 名 查 看 程 序 文 档 。在 为 每 个 参 数 输 入 一 个 恰 当 的 值 后 , 你 就 可 以 点 击 “Run” 来 提 交 任 务 了 。16

WebLab 中 文 使 用 文 档当 你 提 交 任 务 时 , 前 端 服 务 器 会 查 找 合 适 的 计 算 节 点 然 后 向 其 发 送 请 求 。 在 接 到 请 求后 , 后 台 服 务 器 便 会 运 行 要 求 的 程 序 。 当 分 析 完 成 后 , 结 果 被 送 回 前 端 服 务 器 。一 个 任 务 可 以 有 五 个 状 态 。 通 过 这 些 工 作 状 态 你 可 以 控 制 在 WebLab 上 运 行 的 任 务 。当 程 序 顺 利 跑 完 后 , 你 可 以 在 “my data” 中 看 到 结 果 文 件 。 当 然 你 可 以 在 “result” 的下 拉 菜 单 中 选 择 不 同 的 结 果 浏 览 。3). 工 作 流 (Protocol 和 macro)· 什 么 是 工 作 流生 物 信 息 分 析 是 要 涉 及 大 量 生 物 信 息 软 件 的 复 杂 工 作 。 传 统 的 工 具 平 台 缺 乏 不 同软 件 间 的 联 系 和 互 用 , 用 户 不 得 不 在 不 同 的 软 件 间 传 递 数 据 并 一 个 个 的 运 行 。 而 WebLab 提供 的 工 作 流 机 制 可 自 动 的 根 据 一 系 列 规 则 将 相 关 的 软 件 组 合 在 一 起 。·WebLab 上 的 两 种 工 作 流根 据 交 互 能 力 的 不 同 ,WebLab 将 工 作 流 分 为 两 种 类 型 。a). Protocol: 在 运 行 过 程 中 需 要 用 户 的 介 入 , 它 给 了 用 户 改 变 程 序 参 数 和 执 行 顺 序 的机 会 。b). Macro: 它 可 自 动 的 执 行 , 大 大 简 化 了 分 析 工 作 流 程 。 在 输 入 命 名 参 数 后 , 无 需 用户 介 入 便 可 执 行 玩 整 个 工 作 流 程 。·WebLab 上 的 工 作 流 模 型17

WebLab 中 文 使 用 文 档工 作 流 模 型 在 服 务 器 的 文 件 系 统 中 是 以 XML 格 式 表 示 的 , 在 内 存 中 是 以 DAG( 有向 无 环 图 )。 在 DAG 中 , 矩 形 节 点 表 示 一 个 程 序 或 macro—— 这 个 表 示 WebLab 支 持 定 义 递归 工 作 流 , 你 可 以 使 用 macro 作 为 其 它 工 作 流 的 节 点 。 菱 形 节 点 表 示 算 子 , 边 表 示 数 据 流 。算 子 控 制 着 工 作 流 的 执 行 顺 序 。 目 前 在 模 型 中 有 两 种 类 型 的 算 子 。a). 选 择 算 子 : 这 类 算 子 将 更 加 输 入 条 件 判 断 下 一 步 要 执 行 的 分 析 。注 : 目 前 在 WebLab 中 有 一 种 类 型 的 选 择 算 子 —— 序 列 类 型 选 择 算 子 , 通 过 该 算 子 判 断序 列 是 蛋 白 序 列 还 是 核 酸 序 列 , 然 后 选 择 不 同 的 分 析 步 骤 。选 择 算 子 由 选 择 分 支 与 选 择 终 止 组 成 。 分 支 算 子 将 工 作 流 分 成 不 同 的 分 支 , 当 然 只 有其 中 的 一 个 分 支 被 选 择 执 行 。 选 择 终 止 算 子 将 不 同 的 分 支 合 为 一 支 。b). 平 行 算 子 : 该 算 子 可 以 使 得 几 个 程 序 同 时 分 析 同 一 输 入 。 这 对 分 析 具 有 相 同 功 能 的不 同 软 件 的 结 果 非 常 有 用 。平 行 算 子 由 平 行 分 支 和 平 行 终 止 组 成 。 平 行 分 支 让 输 入 数 据 流 向 几 个 相 应 的 程 序 。 平行 终 止 将 几 个 数 据 流 合 在 一 起 。· 预 定 义 工 作 流WebLab 已 定 义 好 了 几 个 工 作 流 , 包 括 DNA 分 析 , 蛋 白 分 析 , 系 统 发 育 分 析 和 代 谢 通路 识 别 等 以 方 便 用 户 的 使 用 。工 作 流 的 运 行 :·Protocol 的 运 行下 面 的 例 子 将 示 范 如 何 在 WebLab 上 运 行 工 作 流 。 例 中 的 工 作 流 仅 包 含 两 个 程 序 。 第 一个 为 emma, 一 个 多 序 列 比 对 的 程 序 。 第 二 个 为 cons, 它 将 从 emma 生 成 的 多 序 列 比 对 中 提取 保 守 区 域 。 原 则 上 , 你 可 以 点 击 任 何 程 序 来 运 行 , 但 一 般 来 说 , 你 应 该 点 击 起 始 程 序 ( 没有 父 程 序 的 程 序 ), 在 该 例 中 通 过 emma 来 启 动 整 个 工 作 流 。注 : 在 每 个 工 作 流 中 有 且 仅 有 一 个 起 始 程 序 。a). 工 作 流 程 序 的 提 交 界 面 和 单 个 程 序 的 界 面 类 似 。 唯 一 的 不 同 就 是 你 可 以 在 页 面 的 上半 部 看 到 工 作 流 的 DAG。 在 填 写 了 合 适 的 参 数 后 , 点 运 行 来 提 交 工 作 流 程 序 。18

WebLab 中 文 使 用 文 档b). 你 将 会 看 到 下 面 的 界 面 , 点 击 超 链 接 可 以 看 到 工 作 流 的 运 行 状 态 。c). 你 会 看 到 表 示 emma 的 那 个 矩 形 填 充 成 粉 红 色 , 这 表 示 这 个 程 序 以 成 功 运 行 完 。 如果 程 序 正 在 运 行 , 在 矩 形 为 橄 榄 绿 , 如 果 出 错 , 则 为 红 色 。 你 可 以 在 下 面 的 表 格 中 查 看 提 交程 序 的 详 细 运 行 信 息 。19

WebLab 中 文 使 用 文 档根 据 上 面 的 步 骤 你 可 以 选 择 下 一 个 要 执 行 的 程 序 直 到 Protocol 结 束 。 要 说 明 的 是 在Protocol 执 行 的 过 程 中 , 你 可 以 调 整 每 个 程 序 的 参 数 。·Macro 的 运 行运 行 macro 的 过 程 与 运 行 Protocol 的 过 程 完 全 不 同 。 唯 一 的 相 似 点 就 是 在 运 行 Protocol中 的 a),b),c) 步 骤 仍 然 是 必 要 的 。 不 过 , 有 一 些 不 同 的 地 方 需 要 注 意 。· 在 macro 中 , 只 有 一 个 提 交 页 面 。 因 此 在 macro 运 行 前 需 要 填 入 所 有 必 须 的 参数 。· 一 旦 macro 被 提 交 , 内 嵌 的 工 作 流 引 擎 将 根 据 相 应 的 DAG 执 行 macro 中 定 义 的所 有 程 序 。· 在 你 首 次 进 入 查 看 macro 运 行 状 态 的 页 面 时 , 在 大 多 数 情 况 下 , 你 的 macro 还没 结 束 。 一 般 都 会 有 几 个 程 序 正 在 运 行 。 在 所 有 的 程 序 执 行 完 或 出 错 结 束 前 ,你 需 要 不 断 的 载 入 该 页 面 查 看 macro 的 状 态 。Macro 最 显 著 的 特 征 是 你 只 需 提 交 一 个 无 需 干 涉 便 可 运 行 完 整 个 工 作 流 。用 户 自 定 义 工 作 流虽 然 WebLab 提 供 了 一 些 预 定 义 的 Protocol 和 Macro, 但 这 对 于 实 际 的 分 析 工 作 来 说 是远 远 不 够 的 。 因 此 ,WebLab 提 供 了 让 注 册 用 户 自 定 义 Protocol 和 Macro 的 机 制 。注 :WebLab 将 引 导 你 定 义 一 个 正 确 能 运 行 的 工 作 流 。 但 你 要 包 证 你 的 工 作 流 是 有 效 的 ,这 是 WebLab 所 不 能 担 保 的 。· 定 义 工 作 流注 册 用 户 即 可 定 义 Protocol 又 可 定 义 Macro。 定 义 的 过 程 是 有 所 不 同 的 。 下 面 是 一 个 构建 Macro 的 例 子 。 因 为 构 建 Macro 比 构 建 Protocol 相 对 复 杂 些 , 所 以 当 看 完 这 个 例 子 后 你应 该 就 会 构 建 Protocol 了 。首 先 , 点 击 “create your Macros” 按 钮 来 开 始 构 建 工 作 流 。20

WebLab 中 文 使 用 文 档(1). 构 建 Macro/Protocal 的 第 一 步 是 要 填 写 一 些 关 于 要 构 建 的 工 作 流 的 基 本 信 息 , 包 括名 字 , 标 签 ( 简 短 的 描 述 ), 详 细 的 描 述 。(2). 选 择 开 始 程 序 , 工 作 流 ( 系 统 预 定 义 的 或 自 己 已 定 义 的 ) 或 算 子 。 在 该 例 中 , 我 们选 择 程 序 emma。注 :Macro/protocol 的 名 字 由 数 字 , 字 母 和 下 划 线 来 构 成 。(3). 点 击 “next step”, 设 置 所 选 程 序 的 参 数 。 你 可 以 看 到 你 正 在 构 建 的 Macro/Protocol当 前 的 DAG。在 Macro 执 行 前 , 通 过 复 选 框 选 择 你 想 调 整 的 参 数 , 也 可 对 参 数 默 认 值 进 行 修 改 。注 : 对 于 没 有 默 认 值 的 必 须 参 数 ,WebLab 将 替 你 选 中 。 因 为 假 如 没 有 这 些 参 数 ,Macro不 能 正 确 的 运 行 。通 过 点 击 “save parameters and continue” 接 着 构 建 工 作 流 , 点 击 “finish activity selection”完 成 创 建 。 现 在 我 们 选 中 “save parameters and continue”。21

WebLab 中 文 使 用 文 档(4). 现 在 你 进 入 了 扩 展 工 作 流 的 页 面 。 在 此 你 也 能 看 到 你 当 前 构 建 工 作 流 的 DAG。在 页 面 的 上 面 , 选 择 工 作 流 中 已 有 的 一 个 源 程 序 和 一 个 目 标 程 序 。 目 标 程 序 可 为 新 程 序或 一 个 结 束 算 子 来 形 成 一 个 新 的 指 向 路 径 。 在 页 面 的 下 面 , 可 选 择 去 除 工 作 流 中 已 有 的 程 序节 点 。注 : 你 无 法 删 除 有 后 子 节 点 的 程 序 节 点 。多 注 意 一 下 这 一 步 。22

WebLab 中 文 使 用 文 档注 :WebLab 将 对 子 节 点 能 否 接 受 父 节 点 的 输 出 做 基 本 的 判 断 。 如 果 子 节 点 的 输 入 与 父 节 点的 输 出 矛 盾 , 下 拉 菜 单 的 该 程 序 被 标 为 红 色 。 不 过 , 如 果 你 认 为 这 个 流 程 是 合 理 的 , 请 在 选择 这 个 标 为 矛 盾 的 程 序 时 不 要 犹 豫 。注 : 当 选 择 分 支 作 为 父 节 点 时 , 你 需 要 确 定 一 个 判 断 值 以 运 行 不 同 的 程 序 。 对SeqTypeConditioner 来 说 , 判 断 值 是 “protein” 和 “dna”。然 后 点 击 “add it”, 进 入 新 选 择 程 序 的 参 数 设 置 页 面 。 重 复 上 面 的 两 个 步 骤 知 道 完 成 工作 流 的 构 建 。23

WebLab 中 文 使 用 文 档对 Protocol 来 说 , 点 击 “finish Protocol” 完 成 Protocol 的 构 建 。对 Macro, 在 点 击 “finish activity selection” 后 , 还 有 重 要 的 事 要 做 。(5). 为 了 每 一 个 Macro 程 序 在 运 行 中 都 能 得 到 恰 当 的 输 入 , 你 需 要 为 每 个 程 序 选 择 输 入参 数 的 类 型 。 这 里 有 三 种 输 入 参 数 的 类 型 。·user provided: 在 提 交 Macro 时 , 用 户 需 提 供 该 类 型 参 数 的 值 。 也 就 是 说 这 些 参 数 是Macro 的 全 局 输 入 参 数 。·pipe: 这 种 类 型 的 参 数 或 者 接 受 其 它 程 序 的 输 入 或 者 使 用 “user provided” 参 数 。 在下 部 中 WebLab 就 会 引 导 你 为 pipe 类 型 的 参 数 指 派 数 据 源 。·do not use: 在 Macro 执 行 中 , 这 些 参 数 是 可 以 不 用 的 。 一 般 来 说 , 这 些 参 数 不 是 必须 参 数 。注 :WebLab 给 每 一 个 输 入 参 数 都 指 定 了 一 个 默 认 类 型 。指 定 完 参 数 类 型 后 , 点 “save selection” 按 钮 。24

WebLab 中 文 使 用 文 档(6). 现 在 进 入 Macro 构 建 的 最 后 一 步 。 在 本 步 中 , 为 pipe 类 型 的 参 数 指 定 数 据 源 。注 :WebLab 为 每 个 pipe 参 数 都 指 定 了 一 个 默 认 的 数 据 源 。现 在 , 点 击 “Save IO Pipe Association” 完 成 Macro 的 构 建 。25

WebLab 中 文 使 用 文 档· 删 除 和 编 辑 工 作 流你 可 以 通 过 点 击 “remove” 来 删 除 相 应 的 用 户 自 定 义 的 Protocol 或 Macro。 而 且 你 还可 以 通 过 “edit” 按 钮 来 编 辑 相 应 的 工 作 流 。编 辑 过 程 是 工 作 流 创 建 过 程 的 一 个 延 伸 。 你 可 以 在 此 通 过 “remove it” 删 除 特 定 的 节点 和 加 入 新 的 节 点 。 如 果 你 修 改 的 是 Macro 工 作 流 , 在 最 后 还 要 设 置 参 数 的 类 型 及 pipe 参数 的 数 据 源 。26

WebLab 中 文 使 用 文 档4). 任 务 控 制 —— 你 是 你 的 任 务 的 主 人 !任 务 状 态一 个 任 务 可 以 是 如 下 五 个 状 态 之 一 :·submitted: 当 用 户 输 入 参 数 发 送 请 求 运 行 程 序 , 一 个 任 务 被 创 建 被 设 为 “submitted”状 态 。·running: 当 通 过 参 数 验 证 并 存 入 数 据 库 , 请 求 被 推 进 入 任 务 调 度 , 任 务 的 状 态 改为 “running”。·in queue: 如 果 拥 有 请 求 程 序 的 所 有 节 点 都 在 高 负 荷 运 行 , 任 务 状 态 设 为 “in queue”。·finished: 任 务 顺 利 完 成 , 结 果 存 入 “my data”, 状 态 改 为 “finished”。·failed: 如 果 由 于 某 些 原 因 造 成 任 务 失 败 或 非 正 常 退 出 。 状 态 改 为 “failed” 并 记录 和 显 示 详 细 的 警 告 信 息 。任 务 历 史注 册 用 户 可 以 在 “History” 中 监 视 提 交 任 务 的 最 新 状 态 。任 务 控 制对 于 一 些 运 行 了 很 长 时 间 的 任 务 , 你 可 以 选 择 杀 掉 该 进 程 。注 : 你 最 多 可 同 时 运 行 30 个 任 务 。27

WebLab 中 文 使 用 文 档5). 我 的 工 具 箱工 具 箱 中 存 放 你 最 爱 的 服 务 或 程 序 。“my toolbox” 是 一 个 类 似 “my data” 的 用 户 空 间 。注 册 用 户 可 用 它 来 方 便 的 收 集 和 管 理 WebLab 中 的 程 序 ,Protocols,macros 和 utilities。使 用 工 具 箱WebLab 上 所 有 服 务 的 提 交 页 面 上 都 有 一 个 “add to Toolbox” 按 钮 。 如 果 你 任 务 这 个 服务 有 用 , 点 击 此 按 钮 便 可 将 其 加 入 工 具 箱 。28

WebLab 中 文 使 用 文 档6). 资 源 —— 获 取 源 数 据WebLab 提 供 resource 模 块 供 用 户 方 便 的 提 取 生 物 数 据 库 中 大 量 的 数 据 。 而 且 , 还 可 将这 些 数 据 保 存 入 “my data” 中 供 进 一 步 分 析 。29

WebLab 中 文 使 用 文 档提 取 数 据目 前 ,WebLab 提 供 提 取 BioMart, planttfdb, hlpp 和 SRS 中 数 据 的 用 户 界 面 。·BioMartBioMart 是 OiCR 和 EBI 共 同 开 发 的 一 个 数 据 检 索 管 理 系 统 。通 过 BioMart 获 得 数 据 , 你 需 要 首 先 选 择 要 检 索 的 数 据 库 。然 后 BioMart 为 你 收 集 相 关 的 属 性 和 过 滤 。在 选 择 一 些 属 性 和 过 滤 后 ,BioMart 会 给 出 结 果 。 此 外 , 你 可 以 设 置 文 件 名 , 指 定 数 据格 式 , 选 择 存 储 数 据 的 目 录 。 你 也 可 以 选 择 保 存 检 索 条 件 。 然 后 点 击 “save to my data”, 结果 就 会 存 入 你 的 数 据 空 间 。30

WebLab 中 文 使 用 文 档·PlantTFDBPlantTFDB 是 CBI 开 发 的 一 个 综 合 的 植 物 转 录 因 子 数 据 库 。 检 索 PlantTFDB 的 过 程 与检 索 BioMart 类 似 。 不 同 的 是 在 这 我 们 还 提 供 blast 功 能 。31

WebLab 中 文 使 用 文 档·SRS序 列 检 索 系 统 SRS 是 世 界 上 第 一 个 整 合 , 分 析 和 显 示 生 物 数 据 的 生 物 信 息 学 工 具 。在 此 , 我 们 提 供 两 种 检 索 方 式 。·SRS ID/AC 检 索用 户 需 要 选 择 数 据 库 , 数 据 格 式 , 填 入 感 兴 趣 的 序 列 的 编 号 。 每 行 填 一 个 序 列 编 号 。·SRS 关 键 字 检 索选 择 数 据 库 和 数 据 格 式 , 输 入 关 键 字 进 行 检 索 。检 索 结 果 如 下 图 所 示 。 用 户 可 选 择 感 兴 趣 的 序 列 并 保 存 。5. 和 同 事 一 起 工 作 —— 分 组 策 略 及 分 享 机 制32

WebLab 中 文 使 用 文 档1). 概 述生 物 学 研 究 者 通 常 需 要 和 合 作 者 分 享 他 们 的 分 析 数 据 , 感 兴 趣 的 文 献 和 工 作 经 验 。 为了 便 于 组 内 的 合 作 研 究 ,WebLab 提 供 了 分 享 和 分 组 机 制 。 组 内 成 员 之 间 几 乎 可 以 方 便 的 分享 任 何 WebLab 上 的 东 西 。2). 分 组 —— 你 不 是 一 个 人 在 工 作WebLab 的 分 组 机 制组 是 一 群 用 户 的 集 合 。 每 一 个 注 册 用 户 可 以 点 击 “My Group” 查 看 组 的 状 态 。 你 可 以 检查 你 所 创 建 组 ( 上 面 的 粉 红 框 内 ) 和 参 加 组 ( 下 面 的 绿 框 内 ) 的 详 细 信 息 。创 建 组每 一 个 注 册 用 户 都 有 权 创 建 并 管 理 自 己 的 组 。 点 击 “Create Your Group” 进 入 创 建 组 页 面 。33

WebLab 中 文 使 用 文 档按 照 一 下 步 骤 创 建 自 己 的 组 :· 填 写 组 的 基 本 信 息 : 包 括 组 名 及 组 的 简 短 描 述 。· 添 加 组 员 : 输 入 组 员 的 账 号 ( 每 次 一 个 ), 加 入 组 中 。 在 创 建 组 的 过 程 中 , 你 可 以 动态 的 修 改 组 员 列 表 。 注 意 , 一 个 组 内 最 多 不 得 超 过 15 个 成 员 。注 意 : 如 果 你 想 分 享 该 组 的 数 据 和 知 识 请 记 着 把 自 己 加 入 该 组 中 。· 点 击 “save group” 完 成 组 的 创 建 。组 操 作· 作 为 所 创 建 组 的 管 理 员 , 你 可 以 点 击 “delete” 删 除 相 应 的 组 , 或 点 击 “edit” 修 改组 的 基 本 信 息 和 添 加 删 除 组 员 。· 如 果 你 发 现 参 加 的 组 非 常 无 聊 , 可 以 点 击 “quit” 退 出 该 组 。注 : 组 操 作 会 改 变 WebLab 系 统 中 分 享 的 数 据 和 知 识 信 息 。3). 分 享34

WebLab 中 文 使 用 文 档分 享 数 据 , 文 献 和 MetaPackage数 据 , 文 献 和 MetaPackage 的 分 享 模 型 是 链 接 分 享 。 在 数 据 库 中 只 存 在 一 分 拷 贝 和 他的 分 享 链 接 信 息 。 分 享 内 容 的 所 有 改 动 都 能 被 提 供 者 和 分 享 者 同 时 看 到 。· 如 何 分 享 数 据 , 文 献 和 MetaPackage选 择 目 录 My Data,my literature 或 my MetaPackage, 然 后 点 “share” 分 享 。注 : 用 户 既 不 能 分 享 根 目 录 , 也 不 能 导 入 根 目 录 。选 择 目 录 及 权 限 ( 只 读 , 读 写 ) 分 享 给 其 它 组 或 用 户 。· 只 读 权 限 只 允 许 授 权 用 户 读 取 数 据 而 不 能 修 改 文 件 或 向 分 享 目 录 写 入 文 件 。· 读 写 权 限 允 许 用 户 读 , 修 改 文 件 并 能 向 分 享 目 录 写 入 文 件 。根 据 分 享 类 度 的 不 同 , 分 享 的 目 录 被 标 记 成 不 同 的 颜 色 。分 享 给 单 个 用 户 。分 享 给 整 个 组 。既 分 享 给 单 个 用 户 又 分 享 给 一 个 组 。如 果 想 取 消 分 享 , 点 击 “cancel share” 按 钮 。35

WebLab 中 文 使 用 文 档你 可 以 获 得 你 所 分 享 数 据 的 所 有 信 息 。 点 击 “cancel share ” 停 止 某 个 分 享 。· 如 何 导 入 数 据 , 文 献 和 MetaPackage当 知 道 某 人 分 享 给 你 或 你 所 属 的 组 东 西 , 可 通 过 点 击 “import” 按 钮 来 查 看 与 你 有 关的 分 享 信 息 。36

WebLab 中 文 使 用 文 档你 可 以 查 看 与 你 有 关 的 所 有 分 享 的 详 细 信 息 , 然 后 选 择 导 入 你 感 兴 趣 的 数 据 。导 入 的 目 录 根 据 分 享 粒 度 和 权 利 的 不 同 被 标 上 不 同 的 颜 色 。导 入 的 目 录 是 分 享 给 单 个 用 户 的 只 有 读 权 限 的 目 录 。导 入 的 目 录 是 分 享 给 单 个 用 户 的 有 读 写 权 限 的 目 录 。导 入 的 目 录 是 分 享 给 一 个 组 的 只 有 读 权 限 的 目 录 。导 入 的 目 录 是 分 享 给 一 个 组 的 有 读 写 权 限 的 目 录 。注 : 对 于 Metapackage, 你 既 可 以 在 “My MetaPackage” 中 看 到 导 入 的 资 源 , 又 可 以 在 相 应程 序 的 提 交 界 面 的 上 把 其 作 为 输 入 。分 享 知 识 : 分 发 工 作 流工 作 流 的 分 享 机 制 与 数 据 , 文 献 和 MetaPackage 的 分 享 机 制 不 同 。· 工 作 流 的 分 享 是 基 于 单 个 工 作 流 (macro 或 Protocol) 而 不 是 一 个 目 录 。· 由 于 WebLab 提 供 递 归 的 工 作 流 设 计 , 为 了 避 免 影 响 分 享 者 的 递 归 工 作 流 ,WebLab用 分 发 代 替 了 分 享 。 分 发 工 作 流 意 味 着 一 旦 用 户 导 入 工 作 流 , 则 他 得 到 的 是 这 个 工作 流 的 一 分 拷 贝 而 不 是 一 个 链 接 。 你 可 以 对 此 工 作 流 做 任 何 改 动 而 不 会 改 变 分 发 者的 工 作 流 。· 如 何 分 发 工 作 流注 册 的 用 户 可 以 分 发 任 何 自 定 义 的 或 导 入 的 工 作 流 。37

WebLab 中 文 使 用 文 档选 中 的 工 作 流 可 以 分 发 给 某 个 用 户 或 你 所 参 加 的 组 。注 : 在 工 作 流 的 分 发 上 没 有 权 限 选 项 。根 据 分 发 粒 度 的 不 同 , 分 发 的 工 作 流 被 标 上 不 同 的 颜 色 。分 发 给 单 个 用 户 。分 发 给 整 个 组 。既 分 发 给 单 个 用 户 又 分 发 给 一 个 组 。如 果 你 想 停 止 分 发 , 只 要 点 击 “cancel distribute macro” 或 “cancel distribute Protocol”按 钮 便 可 。38

WebLab 中 文 使 用 文 档你 可 以 看 你 所 分 发 的 工 作 流 的 所 有 信 息 。 点 “cancel distribute” 按 钮 停 止 分 发 。· 如 何 导 入 工 作 流当 知 道 有 人 分 发 给 你 或 你 所 属 的 组 工 作 流 后 , 点 击 “Import Macros”/“Import Protocols”按 钮 来 查 看 与 你 有 关 的 分 发 信 息 。39

WebLab 中 文 使 用 文 档你 可 以 查 看 与 你 有 关 的 所 有 分 发 的 详 细 信 息 , 然 后 选 择 你 感 兴 趣 的 工 作 流 导 入 。一 旦 你 导 入 了 某 个 工 作 流 , 它 就 和 你 自 己 定 义 的 工 作 流 一 样 , 你 可 以 编 辑 , 删 除 和 分 发 。40