松树AP2家族两个基因的生物信息学分析 - abc

静 止 中 心 位 于 根 尖 分 生 组 织 中心 , 干 细 胞 围 绕 在 静 止 中 心 细 胞周 围 。 静 止 中 心 形 成 和 干 细 胞区 特 化 是 植 物 根 尖 分 生 组 织 确立 的 标 志 。依 赖 于 生 长 素 调 控 的 PLT 基 因维 持 静 止 中 心 细 胞 稳 定 的 作 用 。

本 课 题 首 先 关 注 的 是 :如 何 找 到 拟 南 芥 PLT1 在 松 树 中 的 直 系 同 源 基 因 ?

二 直 系 同 源 基 因 的 寻 找 方 法直 系 同 源 基 因 (Orthology) 最 初 的 定 义 是 由 最 近 祖 先 物种 的 一 个 基 因 在 两 个 不 同 物 种 中 分 别 演 化 而 来 的 基 因 。现 在 很 多 研 究 人 员 认 为 直 系 同 源 基 因 是 在 不 同 物 种 中 行使 相 同 功 能 的 基 因 。

双 向 blast(bidirectional best hit method in BLAST): 用 物 种 A 的基 因 组 的 序 列 搜 索 (BLAST) 物 种 B 的 基 因 组 的 序 列 , 搜 到的 最 高 相 似 的 序 列 反 过 来 再 BLAST 物 种 A 的 基 因 组 ( 阈 值 E小 于 1e一 10 )。 如 果 两 条 序 列 在 这 两 个 BLAST 中 均 是 最 相 似的 称 为 “ 双 向 BLAST 最 高 相 似 蛋 白 ”), 则 认 为 是 直 系 同源 关 系 。

Orthology,paralogyand proposedclassification forparalog subtypesTRENDS inGenetics Vol.18No.12 December2002存 在 一 ( 多 ) 对 多 的 直 系 同 源 关 系 , 若 在 物 种 形 成 后 所 产生 的 旁 系 同 源 基 因 还 相 当 保 守 或 者 还 没 有 明 显 异 化 , 此 时可 看 成 各 旁 系 同 源 体 簇 之 间 是 直 系 同 源 关 系 。

用 拟 南 芥 PLT1 基 因 搜 索 转 录 组 数 据 库 :gene 1 (8868) 与 拟 南 芥 基 因 进 行 序 列 比 对 结 果 :gene 2 (21784) 与 拟 南 芥 基 因 进 行 序 列 比 对 结 果 :

用 拟 南 芥 AIL5 基 因 搜 索 转 录 组 数 据 库 :我 们 推 测 基 因 1 和 2 与 PLT1 和 AIL5 都 是 同 源 直 系 的 关 系 。

三 基 因 的 生 物 信 息 学 分 析SMART 程 序 分 析 :gene 1:gene 2:

被 子 植 物 门双 子 叶 植 物 : 拟 南 芥 25 个 AP2 基 因 (Ath)单 子 叶 植 物 : 水 稻 的 27 个 AP2 基 因 (Osi)裸 子 植 物 门白 云 衫 的 7 个 AP2 基 因 (Pg)火 炬 松 的 4 个 AP2 基 因 (Pta)本 课 题 研 究 的 Gene A、B蕨 类 植 物 门江 南 卷 柏 的 16 个 AP2 基 因 (Smo)苔 藓 门 植 物 : 小 立 碗 藓 的 14 个 基 因 (Ppa)藻 类莱 茵 衣 藻 的 9 个 AP2 基 因 (Cre)

最 大 似 然 法莱 茵 衣 藻 (Cre)、 江 南 卷 柏 (smo) 、 火 炬 松 (Pta)、 水 稻 (Osi)、 拟 南 芥 (Ath)

用 拟 南 芥 25 个 AP2 基 因 与 GeneA、B 建 树 : 最 大 似 然 法

用 拟 南 芥 PLT1、 其 推 测 的 直 系 同 源 基 因 与 GeneA、B 建 树 : 最 大 似 然 法微 单 胞 菌 属 (Mrc)、 江 南 卷 柏 (smo) 、 大 豆 (Gma)、 木 瓜 (Cpa)、 黄 瓜 (Csg)、 百 脉 根 (Lja)、 桃 (Ppe)苜 蓿 (Mtr)、 蓖 麻 (Rco)、 杨 树 (Pth)、 木 薯 (Mes)、 葡 萄 (Vvi)、 猴 面 花 (Mgu)、 拟 南 芥 (Ath)

拟 南 芥 PLT1 直 系 同 源 基 因 保 守 结 构 域 分 析 (MEME)

江 南 卷 柏 (smo)蓖 麻 (Rco)

用 DNAMAN 进 行 全 序 列 比 对 :蓖 麻 (Rco)微 单 胞 菌 属 (Mrc)

江 南 卷 柏 (smo)

信 号 肽 分 析C score: 剪 切 位 点 分 值S score: 信 号 肽 分 值Y score: 综 合 剪 切 点 分 值

理 化 性 质 分 析柔 性 分 析 :(EXPASSY Protscale)基 因 A:PLT1:

溶 剂 可 及 性 分 析 :基 因 A:PLT1:

蛋 白 二 级 结 构 预 测 (GOR)基 因 A:PLT1:

谢 谢 大 家 !