WebLab 中文使用文档 - abc

WebLab 中 文 使 用 文 档工 作 流 模 型 在 服 务 器 的 文 件 系 统 中 是 以 XML 格 式 表 示 的 , 在 内 存 中 是 以 DAG( 有向 无 环 图 )。 在 DAG 中 , 矩 形 节 点 表 示 一 个 程 序 或 macro—— 这 个 表 示 WebLab 支 持 定 义 递归 工 作 流 , 你 可 以 使 用 macro 作 为 其 它 工 作 流 的 节 点 。 菱 形 节 点 表 示 算 子 , 边 表 示 数 据 流 。算 子 控 制 着 工 作 流 的 执 行 顺 序 。 目 前 在 模 型 中 有 两 种 类 型 的 算 子 。a). 选 择 算 子 : 这 类 算 子 将 更 加 输 入 条 件 判 断 下 一 步 要 执 行 的 分 析 。注 : 目 前 在 WebLab 中 有 一 种 类 型 的 选 择 算 子 —— 序 列 类 型 选 择 算 子 , 通 过 该 算 子 判 断序 列 是 蛋 白 序 列 还 是 核 酸 序 列 , 然 后 选 择 不 同 的 分 析 步 骤 。选 择 算 子 由 选 择 分 支 与 选 择 终 止 组 成 。 分 支 算 子 将 工 作 流 分 成 不 同 的 分 支 , 当 然 只 有其 中 的 一 个 分 支 被 选 择 执 行 。 选 择 终 止 算 子 将 不 同 的 分 支 合 为 一 支 。b). 平 行 算 子 : 该 算 子 可 以 使 得 几 个 程 序 同 时 分 析 同 一 输 入 。 这 对 分 析 具 有 相 同 功 能 的不 同 软 件 的 结 果 非 常 有 用 。平 行 算 子 由 平 行 分 支 和 平 行 终 止 组 成 。 平 行 分 支 让 输 入 数 据 流 向 几 个 相 应 的 程 序 。 平行 终 止 将 几 个 数 据 流 合 在 一 起 。· 预 定 义 工 作 流WebLab 已 定 义 好 了 几 个 工 作 流 , 包 括 DNA 分 析 , 蛋 白 分 析 , 系 统 发 育 分 析 和 代 谢 通路 识 别 等 以 方 便 用 户 的 使 用 。工 作 流 的 运 行 :·Protocol 的 运 行下 面 的 例 子 将 示 范 如 何 在 WebLab 上 运 行 工 作 流 。 例 中 的 工 作 流 仅 包 含 两 个 程 序 。 第 一个 为 emma, 一 个 多 序 列 比 对 的 程 序 。 第 二 个 为 cons, 它 将 从 emma 生 成 的 多 序 列 比 对 中 提取 保 守 区 域 。 原 则 上 , 你 可 以 点 击 任 何 程 序 来 运 行 , 但 一 般 来 说 , 你 应 该 点 击 起 始 程 序 ( 没有 父 程 序 的 程 序 ), 在 该 例 中 通 过 emma 来 启 动 整 个 工 作 流 。注 : 在 每 个 工 作 流 中 有 且 仅 有 一 个 起 始 程 序 。a). 工 作 流 程 序 的 提 交 界 面 和 单 个 程 序 的 界 面 类 似 。 唯 一 的 不 同 就 是 你 可 以 在 页 面 的 上半 部 看 到 工 作 流 的 DAG。 在 填 写 了 合 适 的 参 数 后 , 点 运 行 来 提 交 工 作 流 程 序 。18