Program ve Bildiri Özetleri Kitabı - Ankara Mikrobiyoloji Derneği
Program ve Bildiri Özetleri Kitabı - Ankara Mikrobiyoloji Derneği
Program ve Bildiri Özetleri Kitabı - Ankara Mikrobiyoloji Derneği
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
5. ULUSAL MOLEKÜLER VE TANISAL MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ<br />
MOLEKÜLER TİPLENDİRME YÖNTEMLERİNİN HASTANE ENFEKSİYONLARININ<br />
KONTROLÜNDEKİ YERİ: GÜNCEL BİLGİLER IŞIĞINDA GENEL BİR BAKIŞ<br />
Y. Doç. Dr. İ. Çağatay ACUNER<br />
Ondokuz Mayıs Üni<strong>ve</strong>rsitesi Tıp Fakültesi, <strong>Mikrobiyoloji</strong> Anabilim Dalı, Kurupelit, Samsun.<br />
Epidemiyoloji, “insan popülasyonlarında, yaralanma <strong>ve</strong> hastalıkların dağılımının (‘distributions’)<br />
<strong>ve</strong> belirleyicilerinin (‘determinants’) araştırılmasıdır” biçiminde tanımlanabilir 1 . Enfeksiyon<br />
hastalıkları epidemiyolojisi <strong>ve</strong> hastane epidemiyolojisinin bir alt-bölümü olarak hastane (enfeksiyonlarının)<br />
epidemiyolojisi, bu tanımın ilgili alanlardaki alt disiplinleridir 2 (Şekil.1.) Enfeksiyon<br />
hastalıklarının moleküler epidemiyolojisi ise, “moleküler biyolojik yöntemler kullanılarak,<br />
enfeksiyon hastalıklarının dağılımının <strong>ve</strong> belirleyicilerinin araştırılmasıdır” biçiminde tanımlanabilir<br />
1 . Günümüzde, klinik tıp, evrimsel biyoloji, ekoloji, popülasyon genetiği, matematik <strong>ve</strong><br />
biyoinformatik gibi birçok disiplinin, moleküler epidemiyoloji çalışma alanının multi-disipliner<br />
(<strong>ve</strong>ya trans-disipliner) yapısına katkısı olduğu bilinmektedir 3-10 . Giderek daha fazla sayıdaki<br />
mikrobiyal genomların tam dizilerinin ortaya çıkarılması (tamamlanmış n=679, sürmekte olan<br />
n=972, Nisan 2008, http:// www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/lproks.cgi) ile oluşan genomik devrim<br />
öylesine etkili olmuştur ki, biyokimya, ekoloji, biyoinformatik, popülasyon biyolojisi, epidemiyoloji<br />
<strong>ve</strong> tıbbi mikrobiyoloji arasındaki sınırlar belirsizleşmiştir 11 . Moleküler epidemiyoloji,<br />
filom/metagenom düzeyinden, fenotipik önemi olan tek lokustaki nükleotid dizisi fragmanlarına<br />
dek, genetik determinantları kullanarak, mikroorganizmaların farklı operasyonel taksonomik<br />
birimleri arasındaki/içindeki (örn. cinsler, türler, tür-altı varyantlar <strong>ve</strong>ya tipler), popülasyonlararası<br />
<strong>ve</strong> -içi (sub-popülasyonlar), ağaçsı (<strong>ve</strong>rtikal) <strong>ve</strong>ya ağsı (horizontal/lateral ilişkileri de içeren)<br />
yapıdaki dinamiklerini, ekolojik nişlerdeki <strong>ve</strong>ya patojen-konak ilişkilerindeki ağsı dinamiklerin<br />
(kolonizasyon-taşıyıcılıktan epidemilere dek) yapısıyla ilişkilendirerek inceler 12-21 . Böylelikle,<br />
filogenetik analizden evrimsel biyolojiye, popülasyon genetiğinden biyoinformatiğe dek bir çok<br />
disiplinden yararlanarak, makro- <strong>ve</strong> mikro- -evrim <strong>ve</strong> -epidemi dinamiklerini açıklar 4,6,22 (Tablo;<br />
A1). Bu özellikleriyle, moleküler epidemiyoloji, hastalıkların etyolojisine ilişkin çalışmalara ayrı<br />
bir boyut katar <strong>ve</strong> klasik epidemiyolojinin sağlayamadığı bilişiyi sağlar 6 .<br />
Şekil 1. Epidemiyoloji alanının içinde<br />
moleküler epidemiyolojinin yeri.<br />
EH-E; enfeksiyon hastalıklarının epidemiyolojisi,<br />
SBİ; sağlık bakımı ile ilişkili, HE-E; hastane<br />
enfeksiyonlarının epidemiyolojisi, EN-HE; endemik<br />
hastane enfeksiyonları, EP-HE; epidemik hastane<br />
enfeksiyonları, G-E; gözlemsel epidemiyoloji,<br />
İ(Exp)-E; inter<strong>ve</strong>nsiyonel (eksperimental)<br />
epidemiyoloji, B-E; betimleyici epidemiyoloji, A-E;<br />
analitik epidemiyoloji, K(NM)-E; konvansiyonel<br />
(non-moleküler) epidemiyoloji, M-E; moleküler<br />
epidemiyoloji.<br />
28
Change language