hemoglobinopatilerin mikroarray yöntemiyle belirlenmesi
hemoglobinopatilerin mikroarray yöntemiyle belirlenmesi
hemoglobinopatilerin mikroarray yöntemiyle belirlenmesi
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
Mikroarray uygulamaları ve sekanslama tabanlı metodlar gen ekspresyon<br />
çalışmalarına ve dolayısıyla genomik çalışmalara yeni boyutlar katmışlardır. Sahip<br />
oldukları özelliklerden dolayı sekanslama tabanlı yöntemler kantitatif düzeyde gen<br />
ekspresyonunu belirlemede oldukça etkilidirler. En yaygın kullanım alanlarından birisi<br />
gen ekspresyon profillerinin izlenmesidir. Genomik DNA’dan transkripsiyona uğrayan<br />
genlerin tamamına transkriptom veya gen ekspresyon profili adı verilmektedir. Bir<br />
hücrenin fenotipi ve fonksiyonu transkriptomu tarafından belirlenir. Genom hücreden<br />
hücreye sabit olmasına karşın gen ekspresyon profili hücrenin içinde bulunduğu<br />
koşullara göre hızla değişebilen bir yapıdadır. Çeşitli koşullarda genlerin ekspresyon<br />
düzeylerindeki değişimler takip edilerek bu genlerin kodladığı proteinlerin işlevleri<br />
hakkında önemli ipuçları elde edilebilir 20,71 .<br />
Mikroarrayler çeşitli fizyolojik veya patolojik süreçlerde gen ekspresyon<br />
paternlerindeki değişimi izlemek için kullanılmaktadır. Nükleik asit arrayleri gen<br />
ekspresyon profillerinin yanı sıra polimorfizm analizinde, mutasyon analizinde,<br />
evolüsyonel çalışmalarda ve sekanslamada da kullanılabilmektedir. Bunların yanı sıra<br />
potansiyel terapötik ajanların bulunmasında, geliştirilmesinde, optimizasyonunda ve<br />
klinik değerlendirmelerinde <strong>mikroarray</strong>lerden yararlanılmaktadır 20,71<br />
2.3.3. Mikroarray Tekniğinin Aşamaları<br />
Mikroarray teknolojisi nükleik asitlerin seçici ve farklılığına dayanan<br />
hibridizasyon yöntemi ile elde edilen gen ekspresyon analiz sonuçlarını kullanır. Bu<br />
teknolojide ilk olarak iki farklı koşulda tutulan iki ayrı örnekten izole edilen messenger<br />
RNA (mRNA)’lardan RT yöntemi ile cDNA’lar sentezlenip sonra bu örneklerin biri<br />
siyanin 3 [cyanine, Cy3, (565-615nm)] rhodamin içeren kırmızı renkli floresan boya ile<br />
ve diğeri de siyanin 5 [cyanine, Cy5 (649-670nm)] flourescein içeren yeşil renkli<br />
floresan boya ile etiketlenip işaretlenerek iki farklı probu oluşturur. Cy5 ve Cy3 iki<br />
farklı boya olup farklı emme ve uyarılma özelliğine sahip olmalarından dolayı iki farklı<br />
renk, kırmızı ve yeşil olarak üretilirler. Bu iki farklı boyayla etiketlenip işaretlenen ve<br />
iki farklı örnekten elde edilen cDNA’lar karıştırılır ve oligonükleotidları veya cDNA<br />
baz dizilerini içeren ve binlerce geni ifade eden genomik DNA <strong>mikroarray</strong>le analiz<br />
edilebilir. Genomdaki her bir geni temsil eden bu cDNA parçacıkları hibridizasyon<br />
sırasında farklı sinyaller vermektedir. Hibridizasyon sırasında üretilen sinyallerin<br />
yoğunluğu örneklerdeki mRNA miktarları ile orantılıdır. Sonra bağlanmayan probları<br />
29
Change language