Indlæg - CBS

I figur 8 vises definitionerne til de tre begreber allosteric inhibition, substrate inhibition
og product inhibition. Af figur 7 fremgår det at disse tre begreber adskiller sig
mht. MECHANISM, og derfor skulle definitionerne for disse begreber fokusere på
mechanism. Dette fremgår imidlertid ikke af definitionerne fra ODBMB i figur 8, hvor
de karakteristiske træk fra i figur 7 også er vist.
Concept Definition from ODBMB Characteristic feature
allosteric inhibition Any inhibition of an enzyme by
a negative allosteric effector.
substrate inhibition The inhibition of an enzyme's
activity by its substrate by an allosteric
mechanism.
product inhibition The inhibition of an enzymic reaction
caused by increased concentration
of one or more products of
that reaction
MECHANISM:
the inhibitor binds at a place different
from the active site
MECHANISM:
the substrate itself is the inhibitor
MECHANISM:
a product of the reaction is the inhibitor
FIGUR 8. Definitioner fra ODBMB og tilsvarende karakteristiske træk fra termbasen
Brud på princippet om adskillende træk
Ifølge de principper for opbygning af ontologier, som er foreslået i forbindelse med
udviklingen af en prototype i CAOS-projektet, Computer-Aided Ontology Structuring,
jf. for eksempel Madsen og Thomsen (2006), skal to sideordnede begreber altid adskilles
af ét karakteristisk træk. De fire begreber i figur 7, som er underbegreber til
reversible inhibition, adskiller sig mht. trækket KINETICS, som er et sammensat træk,
hvis værdi består af to trækspecifikationer med attributterne: MICHAELIS CON-
STANT og MAXIMUM RATE.
Dette kan accepteres hvis ontologien primært skal bruges til begrebsafklaring, men
hvis det nævnte princip skal overholdes, og hvis man vil formalisere ontologier mhp.
konsistenskontrol skal ontologien i figur 7 ændres.
Løsningen kan for eksempel være at introducere et niveau af ”kunstige” begreber
mhp. at opnå polyhierarki. Disse “kunstige” begreber eksisterer logisk set, men er ikke
leksikaliseret. Dette fænomen er ikke ualmindeligt.
Nyt udkast til ontologi for inhibition
I figur 9 introduceres tre begreber, som adskiller sig mht. MICHAELIS CONSTANT,
og to begreber, som adskiller sig mht. MAXIMUM RATE. På denne måde får de fire
begreber på det laveste niveau to overordnede begreber (polyhierarki) og dermed arver
de ét karakteristisk træk fra hvert overordnet begreb. Yderligere forskning inden for
området enzymkemi kan evt. lede til forslag om andre løsninger. Diagrammet i figur 9
NORDTERM 2009, København 9.-12. juni 2009 47