Indlæg - CBS

Ud over indførelsen af de ekstra begreber i figur 9 er inddelingskriteriet og trækspecifikationerne
for de tre begreber allosteric inhibition, substrate inhibition og product
inhibition ændret. Det der karakteriserer begrebet allosteric inhibition er trækket BIN-
DING SITE OF INHIBITOR, medens de to begreber substrate inhibition og product
inhibition adskiller sig mht. INHIBITOR OF PROCESS. Værdierne til trækket ME-
CHANISM i figur 7 svarede nærmest til hele forklaringer, for eksempel: ’the substrate
itself is the inhibitor’ på begrebet substrate inhibition. I figur 9 er de ændret til kortere
formuleringer, for eksempel for substrate inhibition er værdien til INHIBITOR OF
PROCESS ‘substrate’. Ideelt set bør værdierne i trækspecifikationerne svare til begreber.
De her nævnte ændringer er ikke gennemdrøftet i projektgruppen, og derfor ikke
indført i databasen.
KONKLUSION
Vores arbejde har identificeret uklarheder og inkonsistenser i eksisterende opslagsværker
inden for området enzymkemi. Vi har anvendt terminologiske metoder til opbygning
af ontologier baseret på karakteristiske træk og til udarbejdelse af definitioner,
og kan konkludere, at der på basis af ontologierne kan udarbejdes korte, klare og
konsistente definitioner.
Vi har arbejdet med to afgrænsede delområder, enzyminhibering og proteinstruktur,
men vi mener at principperne kan anvendes på større områder.
I vores ontologi for inhibition er nogle af begreberne defineret ved en kombination
af karakteristiske træk. Dette udfordrer teorien om, at der skal være netop ét adskillende
træk for hvert begreb i en terminologisk ontologi. Vi foreslår en metode til at undgå
dette problem (jf. også indlægget ”Terminologiske ontologier og beskrivelseslogik”
(Zambach & Madsen 2009).
Vi kan konkludere, at terminologiarbejde bør udføres i et samarbejde mellem kemikere
og terminologer, og at det er hensigtsmæssigt at anvende et begrebsmodelleringsværktøj,
som for eksempel i-Model (særligt modul i i-Term).
Vi foreslår et fælles IUPAC-IUBMB projekt mhp. at udbygge vores resultater og at
opstille retningslinjer for fremtidigt arbejde.
ACKNOWLEDGEMENTS
Annemette Wenzel og Lone Bo Sisseck, begge tidligere medarbejdere ved DAN-
TERMcentret, deltog i de tidlige faser af pilotprojektet.
NORDTERM 2009, København 9.-12. juni 2009 49