Bioinformatik für Biochemiker - Applied Bioinformatics Group ...
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PDB – Der erste Eintrag!<br />
PDB-Format<br />
Beispiel: ATOM-Records <strong>für</strong> VAL<br />
Röntgenstrukturen<br />
ATOM 1 N VAL 1 -2.900 17.600 15.500 enthalten 1.00 0.00 nur Schweratome<br />
2 1MBN 72<br />
ATOM 2 CA VAL 1 -3.600 16.400 15.300 1.00 0.00 2 1MBN 73<br />
ATOM 3 C VAL 1 -3.000 15.300 16.200 Valin 1.00 (VAL) 0.00 enthält 2 1MBN dann 74<br />
ATOM 4 O VAL 1 -3.700 14.700 17.000 1.00 0.00 2 1MBN 75<br />
sieben Atome:<br />
ATOM 5 CB VAL 1 -3.500 16.000 13.800 1.00 0.00 2 1MBN 76<br />
ATOM 6 CG1 VAL 1 -2.100 15.700 13.300 N, 1.00 CA, C, 0.00 O – Rückgrat 2 1MBNP 4<br />
ATOM 7 CG2 VAL 1 -4.600 14.900 13.400 1.00 0.00 2 1MBNL 8<br />
ATOM 8 N LEU 2 -1.700 15.100 16.000 CB, 1.00 CG1, 0.00 CG2 – 1 Seitenkette<br />
1MBN 79<br />
ATOM 9 CA LEU 2 -.900 14.100 16.700 1.00 0.00 1MBN 80<br />
ATOM 10 C LEU 2 -1.000 13.900 18.300 1.00 0.00 1MBN 81<br />
ATOM 11 O LEU 2 -.900 14.900 19.000 1.00 0.00 1MBN 82<br />
ATOM 12 CB LEU 2 .600 14.200 16.500 1.00 0.00 1MBN 83<br />
ATOM 13 CG LEU 2 1.100 14.300 15.100 1.00 0.00 1 1MBN 84<br />
ATOM 14 CD1 LEU 2 .400 15.500 14.400 1.00 0.00 1 1MBNL 9<br />
Record- Nummer + Name +<br />
typ Name des Nummer<br />
Atoms des Rests<br />
BALLView<br />
X Y Z<br />
Koordinaten<br />
10
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