Bioinformatik für Biochemiker - Applied Bioinformatics Group ...

Betriebssystem, Shell und GUI
• Jedes Programm (Applikation,
“Befehl”) braucht eine
Schnittstelle zum Rechner
• Unterste Schnittstelle:
Betriebssystem
• Betriebssystem stellt
Applikationen (Programmen,
“Befehlen”) Grundfunktionalität
zur Verfügung
– Verwaltung von Dateien
– Zugriff auf Benutzerdaten
Python – Schleifen
Programm
Betriebs-
system
Rechner
(Hardware)
• Python kennt For-Schleifen, bei denen eine Schleifenvariable eine
Folge von Werten durchläuft und für jeden dieser Werte der
Rumpf ausgeführt wird
• Der Kopf definiert dabei die Schleifenvariable und die möglichen
Werte
• Der Rumpf wird vom Kopf durch Einrückung unterschieden
• Der Rumpf kann eine oder mehrere Zeilen Code enthalten
• Die Funktion range(Wert) erzeugt dabei eine Liste von Wert
Zahlen, die bei 0 anfangen und jeweils um eins erhöht werden
for i in range(10):
print i
• Dieses kurze Programm gibt dementsprechend die Zahlen von 0
bis 9 aus
Laufzeitanalyse
for i in range(n):
for j in range(n):
for k in range(n):
a = a + …
for i in range(n):
a = a + …
for i in range(5*n):
a = a + …
for i in range(10*n):
a = a + …
• Möchte man die Laufzeit zweier Programme analysieren, so „zählt“
man üblicherweise die Rechenoperationen die auszuführen sind.
• Interessant ist dabei der Vergleich, wie die Zahl mit der Größe der
Eingabe (z.B. Sequenzlänge n variiert)
• In den obigen Beispielen können wir zum Beispiel die Anzahl der
Additionen („a = a + …“) betrachten.
Beispiel: n = 3 n = 20
Links: 3 * 3 * 3 = 27 Additionen 20 * 20 * 20 = 8000
Rechts: 3 + 15 + 30 = 48 Additionen 20 + 100 + 200 = 320
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