Bioinformatik für Biochemiker - Applied Bioinformatics Group ...
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Alignment mit DP<br />
• Alignmentalgorithmen<br />
– Trivial<br />
– Dyn. Programmierung<br />
• Scoringmatrizen<br />
• Begriff der Komplexität<br />
• Implementierung<br />
• Tools<br />
– Alignments<br />
– Dotplots<br />
Ähnlichkeit und Distanz<br />
Merkl, Waack, <strong>Bioinformatik</strong> interaktiv<br />
• Wie kann man die Ähnlichkeit zweier Sequenzen<br />
beschreiben?<br />
• Einfachste Möglichkeit: „Zählen“ identischer Zeichen<br />
GATCGTTCG<br />
|| |||<br />
CATGGTTGA<br />
• Problem: Was bei Sequenzen unterschiedlicher Länge?<br />
GATCGTTCG GATCGTTCG GATCGTTCG<br />
||| | ||| |<br />
---GGTTGA G---GTT-GA -GGTTGA--<br />
Ähnlichkeit: (Anzahl Matches)<br />
3 5 0<br />
Analog die Distanz (Anzahl Mismatches):<br />
6 5 9<br />
Alignments<br />
• Beispiel: Berechnen des Scores zweier Alignments von<br />
A = ACGTAGTAGCA und B = ACTTAGTACGT<br />
ACGTAGTAGC-A ACGTAGTA-GCA<br />
|| | ||| | | || | || | |<br />
ACTT-GTACGTA ACTTG-TACGTA<br />
Beobachtung:<br />
Die Alignments der Präfixe der Länge vier von A und B<br />
sind identisch. Damit auch die Scores der Alignments<br />
dieser Präfixe.<br />
) Wir berechnen die Scores vieler Teilalignments<br />
immer wieder!<br />
Idee:<br />
Merke die besten Scores dieser Teilalignments und<br />
berechne sie nicht ständig neu.<br />
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