Bioinformatik für Biochemiker - Applied Bioinformatics Group ...
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ROSETTA<br />
• Modell<br />
– Torsionswinkelraum, reduziert auf<br />
Fragmente<br />
– Seitenketten auf C β reduziert<br />
• Potenzialfunktion<br />
– Wahrscheinlichkeitsbasiert (Bayes-Ansatz)<br />
• Algorithmus<br />
– Simulated Annealing:<br />
MMC mit linear sinkender Temperatur<br />
– Feste Anzahl Schritte (10000)<br />
ROSETTA – Ergebnisse CASP5<br />
Loop-Datenbanken<br />
• Clustering liefert<br />
große Zahl sehr<br />
ähnlicher Fragmente<br />
• Cluster werden<br />
üblicherweise auf<br />
einzelne<br />
Repräsentanten<br />
reduziert<br />
• Methoden<br />
– Hierarchisches<br />
Clustering<br />
– Nächste Nachbarn<br />
Fechteler, Dengler, Schomburg, J. Mol. Biol. (1995), 253, 114-131<br />
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