Bioinformatik für Biochemiker - Applied Bioinformatics Group ...
Bioinformatik für Biochemiker - Applied Bioinformatics Group ...
Bioinformatik für Biochemiker - Applied Bioinformatics Group ...
Sie wollen auch ein ePaper? Erhöhen Sie die Reichweite Ihrer Titel.
YUMPU macht aus Druck-PDFs automatisch weboptimierte ePaper, die Google liebt.
ENTREZ<br />
BLAST – w-mere<br />
• Für jede Anfrage S konstruiert BLAST zunächst eine Liste aller in<br />
S vorkommenden w-mere, dann eine Liste aller dazu ähnlichen<br />
w-mere (gemäß Scoringmatrix)<br />
• Nach diesen w-meren wird dann in D gesucht<br />
• Da keine Gaps zugelassen werden und nur direkte Identität mit<br />
sehr kurzen Sequenzen getestet werden muss, geht dies sehr<br />
schnell<br />
S<br />
BLAST-Ausgabe<br />
BLASTP 2.2.8 [Jan-05-2004]<br />
w-mere aus S Ähnliche k-mere<br />
Treffer in D<br />
Treffer in D<br />
Datenbanksequenz D<br />
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro<br />
A. Schaffer,<br />
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman<br />
(1997),<br />
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein<br />
database search<br />
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.<br />
Query= 1HSO:B CLASS I ALCOHOL DEHYDROGENASE 1, ALPHA SUBUNIT<br />
(374 letters)<br />
Database: Arabidopsis_chr1.fasta<br />
7493 sequences; 3,192,001 total letters<br />
Searching...............done<br />
7
Change language