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Sophie ARNAUD-HAOND - Candidature à une Habilitation à Diriger des Recherches, Février 2008
3. Résumé des travaux de Recherche
II.2
Within-population spatial genetic structure, neighbourhood size and
clonal subrange in the seagrass Cymodocea nodosa. Molecular Ecology,
2005.
Dans le cadre de la thèse de Filipe Alberto, l'étude de la dispersion clonale
versus sexuée chez Cymodocea nodosa a été réalisée dans des herbiers présentant
des niveaux de perturbation contrastés. Nous avons développé et appliqué le
principe de clonal subrange (qui corresponds à l’éventail des distances minimales
d’extension clonale) afin d’estimer les distances de dispersion par voie clonale
(Figure 8a). Cette méthode permet d’obtenir la distribution de la probabilité d’identité
génétique en fonction de la distance, et de visualiser la distance maximale observée
entre deux unités d’échantillonnage appartenant à la même lignée clonale.
0.25
0.20
0.15
0.10
0.05
0.00
-0.05
-0.10
○Coancestry (f ij ): ramets
● Coancestry (f ij ): genets
■ Probabilité d’identité clonale
5 10 15 20 25 30 35 40
Figure 8: Autocorrélation spatiale et Clonal
subrange : distribution des coefficients de
parenté sur le jeu de données complet
(ramets), ou en excluant les distances entre
réplicats (uniquement entre genets), et
probabilité d’identité génotypique/clonale en
fonction de la distance entre échantillons.
Logiquement, la probabilité devient nulle à
l’endroit ou les courbes de parenté entre
ramets et entre genets convergent.
Nous avons également adapté les méthodes classiques d’autocorrélation
spatiale à des jeux de données dans lesquels le même ‘individu génétique’ peut
apparaître plusieurs fois sur différentes coordonnées géographiques. Trois
méthodes ont testées pour exclure les réplicats et pratiquer les analyses à l’échelle
des genets : choix des coordonnées centrales, choix des plus proches, ou
permutations. L’approche sur permutation, qui permet d’obtenir une enveloppe de
distribution des coefficients de parenté ou distances génétiques versus distance
géographique, nous a paru préférable car elle s’applique sous des conditions moins
restrictives (avec moins d’hypothèses a priori sur la dispersion) que les deux autres.
Nous avons donc choisi cette approche pour estimer les tailles de voisinages, bien
que dans le cas de la Cymodocée, les résultats se soient avérés identiques
qualitativement (significativité du patron) et similaires quantitativement (distance de
dispersion ou taille de voisinage) avec les trois méthodes testées.
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