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平 成 22 年 度
アクセス 数
担 当 室 内 容 アドレス
イネ 遺 伝 子 発 現 デー
タベース (RiceXPro)
(※1)
525,907 ゲノムリソース
センター
イネの 生 育 過 程 を 通 して 様 々な 器 官 ・ 組 織 のサンプリン http://ricexpro.dna.
グを 実 施 し、マイクロアレイ 解 析 によって 遺 伝 子 発 現 情 affrc.go.jp/
報 を 収 集 しました。RiceXProはその 遺 伝 子 発 現 情 報 を 公
開 するために 構 築 されたデータベースです。2011 年 4 月
現 在 、 器 官 ・ 組 織 網 羅 的 遺 伝 子 発 現 データ、 及 び 田 植 え
から 刈 取 りまでの 期 間 における 定 期 的 な 葉 の 遺 伝 子 発 現
データを 閲 覧 することができます。このデータベースは、
簡 単 な 解 析 ツールも 実 装 しているため、 目 的 とする 遺 伝
子 の 発 現 情 報 に 容 易 にアクセスすることができるように
なっています。
イネ 完 全 長 cDNAデー
タベース(KOME)
43,536,441 植 物 ゲノム 研 究
ユニット
イネゲノムプロジェクトの 一 環 として2000 年 1 月 から、 http://cdna01.dna.
2003 年 9 月 末 までに 遂 行 された「イネ 完 全 長 cDNAプ affrc.go.jp/cDNA/
ロジェクト」で 収 集 、マッピング、 意 味 づけされた 約
28,000の 完 全 長 cDNAクローンの 情 報 を 公 開 しています。
イネ 遺 伝 子 発 現 デー
タベース(RMOS)
334,833 植 物 ゲノム 研 究
ユニット
約 32,000 存 在 するイネ 遺 伝 子 の 網 羅 的 発 現 解 析 を 行 うた
めにマイクロアレイ 法 という 技 術 が1999 年 来 立 ち 上 げ
られていますが、その 技 術 紹 介 と9000,22,000, 44,000
の 遺 伝 子 を 固 定 したマイクロアレイデータを 紹 介 してい
ます。
http://cdna01.dna.
affrc.go.jp/RMOS/
main.html
全 塩 基 アノテーショ
ンゲノムブラウザー
(WhoGA)(※2)
11,497,591 植 物 ゲノム 研 究
ユニット
日 本 型 イネ「 日 本 晴 」 全 塩 基 配 列 解 析 の 配 列 Build04 と
様 々なイネデータを 利 用 し、 全 染 色 体 のマニュアルアノ
テーションを 行 いました。WhoGA ではこれらアノテー
ション 結 果 を 染 色 体 の 位 置 毎 に 簡 単 に 閲 覧 する 事 が 出
来 ます。また 確 実 な 予 測 遺 伝 子 以 外 にも、「 full length
cDNA は 存 在 しているが 遺 伝 子 が 組 めない 偽 遺 伝 子 」、
「 既 知 遺 伝 子 と 有 意 な 相 同 性 を 示 しながらも 遺 伝 子 が 組 め
ない 領 域 」、「 一 つ の 予 測 プログラムでしか 支 持 されてい
ない ORF」、も 同 時 に 表 示 する 為 、 遺 伝 子 単 離 を 目 指 す
研 究 者 の 利 便 性 を 考 慮 した 予 測 遺 伝 子 表 示 を 行 っていま
す。
http://rgp.dna.affrc.
go.jp/whoga/index.
html.ja
ミュータントパネ
ルデータベース
(Tos17)
シスエレメントモ
チーフ 検 索 データ
ベース (PLACE)
978,702 ゲノムリソース
センター
123,202 ゲノムリソース
センター
農 業 生 物 資 源 研 究 所 で 作 出 された 遺 伝 子 破 壊 系 統 (5 万 http://tos.nias.affrc.
系 統 )の 表 現 型 と 破 壊 された 遺 伝 子 を 整 理 したデータ go.jp/~miyao/pub/
ベースです。RAP-DBでアノテートされた 全 てのイネの tos17/
遺 伝 子 情 報 も 保 持 しており、それぞれの 遺 伝 子 の 破 壊 部
位 と 対 応 する 系 統 、 及 び、その 表 現 型 情 報 が 閲 覧 できま
す。33,000ヶ 所 を 上 回 る 破 壊 部 位 情 報 が 登 録 されており、
種 子 が 必 要 な 場 合 は、 系 統 のリンクよりゲノムリソース
センターへ 分 譲 依 頼 ができます。
高 等 植 物 遺 伝 子 のプロモーター 等 の 発 現 制 御 に 関 わる 領
域 (シスエレメント)の 塩 基 配 列 モチーフ( 特 定 の 塩 基
配 列 パターン)を 論 文 から 収 集 し、 解 説 や 文 献 などの 情
報 を 付 加 したデータベースです。キーワード 検 索 機 能 、
解 析 ツールSignalScanによる 検 索 機 能 などを 有 します。
http://www.dna.
affrc.go.jp/PLACE/
事
業
1
1
1
イネゲノムアノテ-
ションデータベース
(RiceGAAS)
336,293 ゲノムリソース
センター
このシステムは、イネゲノムの 自 動 アノテーションシス
テムです。このシステムは、タンパク 質 をコードする 遺
伝 子 構 造 の 予 測 と 解 析 を 行 う 統 合 プログラムです。
http://ricegaas.dna.
affrc.go.jp/
イネプロテオーム
データベース
2,281 作 物 研 究 所
( 大 豆 生 理 研 究
チーム)
イネの 生 育 時 期 ・ 器 官 特 異 的 、および 細 胞 内 局 在 性 を 示
すタンパク 質 群 に 関 するデータベースです。 二 次 元 電 気
泳 動 上 のタンパク 質 群 の 配 列 情 報 、 分 子 量 や 等 電 点 情 報
のみならず、 検 索 機 能 も 有 しています。
http://gene64.dna.
affrc.go.jp/RPD/
main.html
イネミトコンドリア
ゲノム 情 報 (RMG
information)
6,810 ジーンバンク イネミトコンドリアゲノムの 情 報 を 公 開 しているページ
です。 生 物 研 と 東 京 大 学 は2002 年 に、イネのミトコン
ドリアゲノム 全 構 造 を 決 定 し、その 詳 細 と 特 徴 について
解 説 しています。 単 子 葉 植 物 で 初 めて、 農 作 物 で 初 めて
の 例 であり、イネの 研 究 に 加 え、コムギ、トウモロコシ
などの 研 究 にも 役 立 っています。
http://rmg.rice.dna.
affrc.go.jp/