度 å¹´ 二 十 二 成 å¹³ - è¾²æ¥­ç”Ÿç‰©è³‡æºç ”ç©¶æ‰€ - 農林水産省 農林水産技術 ...

平 成 22 年 度
アクセス 数
担 当 室 内 容 アドレス
インディカ 品 種 カラサ
スのBACライブラリー
BLAST 検 索 サイト
イネタンパク 構 造
データベース
昆 虫 ゲノム
17,066 植 物 ゲノム 研 究
ユニット
27,782 ゲノムリソース
センター
インディカイネ「カサラス」は 日 本 晴 との 交 雑 集 団 を 用
いて 高 密 度 連 鎖 地 図 の 作 成 、 出 穂 期 、 脱 粒 性 、 穂 発 芽 性
など 農 業 上 重 要 な 遺 伝 子 の 宝 庫 です。イネゲノム 研 究 の
中 でカサラスのゲノムクローン(BAC)が 構 築 されてお
り、47194クローンの 端 の 配 列 計 78427を 解 読 し、 日
本 晴 にマップすることによってゲノム 地 図 を 作 成 しまし
た。 本 サイトは 研 究 者 の 調 べたい 配 列 を 持 つクローンを
blastによって 検 索 し、インディカ 種 イネのゲノム 解 析 や
遺 伝 子 単 離 を 容 易 にする 目 的 で 公 開 されました。
イネタンパク 質 構 造 データベースは、イネ、ソルガム、
トウモロコシ、 大 麦 、 小 麦 、シロイヌナズナ、 大 豆 のタ
ンパク 質 357 種 の 構 造 のデータベースです。また、イネ
のゲノムにコードされる 全 タンパク 質 の 配 列 データを 解
析 した 結 果 をまとめたGTOPデータベースも 含 みます。
http://rgp.dna.affrc.
go.jp/blast/runblast.
html
http://structure.rice.
dna.affrc.go.jp/
カイコゲノム 情
報 データベース
(KAIKObase)
32,437,908 昆 虫 ゲノム 研 究 ・
情 報 解 析 ユニット
カイコゲノム 情 報 データは、 平 成 21 年 2 月 に 日 本 と 中 国
双 方 で 解 読 したデータを 東 京 大 学 のコンピュータープロ
グラムでつなぎ 合 わせて、ほぼ 完 全 な 塩 基 配 列 情 報 とし
たものです。KAIKObaseは 統 合 化 されたゲノムブラウザ
で、4つの 地 図 ブラウザと1つの 遺 伝 子 ビューアから 構 成
されています。
http://sgp.dna.affrc.
go.jp/KAIKObase/
農
業
生
物
資
源
研
究
所
年
報
1
1
1
カイコプロテオー
ムデータベース
(KAIKO 2DDB)
カイコcDNA(EST)
情 報 (KAIKOcDNA)
カイコゲノムデー
タBLAST 検 索
(KAIKOBLAST)
カイコゲノム
アノテーション
データベース
(KAIKOGAAS)
159,062 タンパク 質 機 能
研 究 ユニット
1,729,869 昆 虫 ゲノム 研 究 ・
情 報 解 析 ユニット
291,329 昆 虫 ゲノム 研 究 ・
情 報 解 析 ユニット
28,791,469 昆 虫 ゲノム 研 究 ・
情 報 解 析 ユニット
カイコプロテオームデータベースはカイコの 各 遺 伝 子 が
いつどこで 発 現 しているか、 時 系 列 的 ・ 網 羅 的 に 調 べた
ものです。このデータベースは8つの 主 要 組 織 で 発 現 し
ているタンパク 質 を 同 定 するばかりでなく、 時 系 列 的 に
成 虫 までの22 日 間 に 渡 って 調 査 をしています。 本 データ
ベースはカイコゲノム 情 報 その 他 と 直 接 リンクできるよ
うに 設 計 しています。
この 情 報 はカイコの 様 々な 組 織 や 異 なる 発 生 段 階 の 組 織
から 作 成 された40 種 類 のcDNAライブラリーから 得 られ
た4 万 個 以 上 のESTを 収 集 ・ 分 類 し、 自 動 アノーテーショ
ンがつけたものです。このデータベース 内 で、キーワー
ド 検 索 、クローン 名 検 索 、BLASTによるホモロジー 検 索
が 行 えるようになっています。
WGS (Whole Genome Shotgun) 法 によるカイコゲノム
シーケンスデータ、 日 本 、 中 国 で 公 開 されているEST 情
報 、カイコ 末 端 シーケンス 情 報 に 対 してBLASTによるホ
モロジー 検 索 が 行 えます。
http://kaiko2ddb.
dna.affrc.go.jp/cgibin/search_2DDB.
cgi
http://kaikocdna.
dna.affrc.go.jp/
http://kaikoblast.
dna.affrc.go.jp/
KAIKOGAASはカイコゲノム 解 析 用 に 設 定 された 自 動 ア http://kaikogaas.
ノーテーションシステムです。このシステムは 遺 伝 子 予 dna.affrc.go.jp/
測 とタンパク 質 コード 領 域 の 構 造 解 析 機 能 を 持 っていま
す。 含 まれるソフトウェアは、コード 領 域 予 測 プログラ
ム、スプライスサイト 予 測 プログラム、DNAシーケンス
ホモロジー 検 索 プログラム、tRNA 遺 伝 子 予 測 プログラム、
繰 り 返 し 配 列 解 析 プログラム、 膜 タンパク 質 分 類 および
二 次 構 造 予 測 プログラムを 含 んでいます。
トビイロウンカ
EST 情 報 (UNKA
(BPH)EST)
30,298 昆 虫 ・ 微 生 物 間
相 互 作 用 研 究
ユニット
イネ 害 虫 トビイロウンカの18の 組 織 ・ステージ 別 cDNA
ライブラリーから 任 意 のクローンの 塩 基 配 列 を 解 読 し
た、5 万 以 上 のクローンからデータを 整 理 し、 最 終 的 に
約 37,122のESTを 選 び 出 したものです。このトビイロウ
ンカのサイトではESTのクローン 名 でデータを 取 り 出 す
他 に、ESTに 対 するブラスト 検 索 、gene ontologyによる
検 索 も 可 能 です。
http://bphest.dna.
affrc.go.jp/