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平 成 22 年 度
アクセス 数
担 当 室 内 容 アドレス
家 畜 ゲノム
ブタcDNA(EST) 情
報
21,764,013 家 畜 ゲノム 研 究
ユニット
ブタ 各 種 臓 器 の 完 全 長 cDNAライブラリ( 発 現 している
遺 伝 子 を 収 集 したもの)を 構 築 し、それらを 用 いて 解 読
した 発 現 遺 伝 子 の 断 片 16 万 個 以 上 、また 全 長 cDNA 配 列
1 万 個 以 上 について、ヒト、マウス、ウシ、イヌなど 他
の 動 物 種 の 遺 伝 子 との 相 同 性 検 索 を 行 うことで、 遺 伝 子
の 機 能 について 明 らかにした 結 果 など、ブタの 総 合 的 な
発 現 遺 伝 子 情 報 を 提 供 するシステムです。
http://pede.dna.
affrc.go.jp/
ブタのDNAマーカー
情 報
30,147 家 畜 ゲノム 研 究
ユニット
マイクロサテライトマーカーなどのブタゲノム 上 に 存 在
するDNA 多 型 マーカーについて、そのPCR 増 幅 のための
プライマーやマーカーの 位 置 情 報 について 提 供 していま
す。 連 鎖 地 図 、 及 び 放 射 線 雑 種 細 胞 パネルで 作 製 された
地 図 (RHマップ)の 情 報 にもリンクしています。
http://agp.gene.
staff.or.jp/agp/db/
marker/marker.html
その 他
比 較 ゲノムデータ
ベース (SALAD)
176,053 植 物 ゲノム 研 究
ユニット
比 較 ゲノムデータベースは、 主 要 作 物 であるイネ、 実 験 http://salad.dna.
植 物 であるシロイヌナズナ、 比 較 対 照 の 紅 藻 の3 種 類 の affrc.go.jp/salad/
植 物 について 全 ゲノム 情 報 を 整 理 整 頓 しました。そして、
ユーザーが 一 目 で 判 断 できるように、タンパク 質 の 違 い
を 色 違 いでビジュアル 的 に 簡 単 に 分 かるように 表 示 しま
した。
作 物 学 データベース
(※3)
38,952 東 京 大 学 大 学 院
( 農 学 生 命 科 学
研 究 科 )
作 物 学 データベースとは、 作 物 学 における 研 究 の 蓄 積 を
他 分 野 の 研 究 者 および 一 般 の 利 用 者 に 提 供 するもので
す。 誰 もが 簡 単 に 作 物 関 連 の 論 文 を 検 索 することができ
ます。「 自 然 文 検 索 」では、 入 力 された 語 句 と 関 連 の 深 い
論 文 を 自 動 的 に 探 し 出 しますので、 専 門 用 語 を 知 らなく
ても 目 的 の 論 文 を 見 つけることが 可 能 です。
http://mitochon.
gs.dna.affrc.
go.jp:81/csdb/
index.html
生 体 内 分 子 の 三 次 元
構 造 データベース
(3DMET)
イネいもち 病 菌
ESTデータベース
(MgNEST-DB)
70,533 ゲノム 情 報 研 究
ユニット
70,533 ゲノム 情 報 研 究
ユニット
生 体 内 の 物 質 は 多 数 のキラル 中 心 を 持 つため、 絶 対 配 置
の 正 しい 構 造 を 集 めることは 重 要 です。これまで 種 々の
構 造 コンバータにより 生 体 内 低 分 子 物 質 の 構 造 を 三 次 元
化 してきており、その 結 果 自 動 的 には 変 換 不 可 能 な 構 造
が 多 数 あることが 判 明 していました。このデータベース
はマニュアル 入 力 ・ 修 正 による 構 造 作 成 を 行 っており、
自 動 的 に 作 成 できなかった 天 然 物 質 構 造 の 収 録 を 進 めて
公 開 しています。
イネいもち 病 菌 cDNAクローン18,821を 作 製 し、それ
らのクローンの 両 端 から 数 百 塩 基 の 配 列 を 決 定 し、 読 み
取 った 約 3 万 5 千 のEST 配 列 情 報 をデータベース 化 しまし
た。 公 開 したデータベースには、 解 読 したEST 配 列 のほ
か、コンピューター 解 析 により 得 られた 遺 伝 子 の 構 造 や
機 能 に 関 する 情 報 が 格 納 されています。また、このデー
タベースは 遺 伝 子 の 名 前 や 機 能 に 関 連 するキーワードで
検 索 ができ、 検 索 結 果 を 分 かりやすく 表 示 できるブラウ
ザを 備 えています。
http://www.3dmet.
dna.affrc.go.jp/
http://mg.dna.affrc.
go.jp/
事
業
1
1
1
イネ 白 葉 枯 病 菌 ゲ
ノムデータベース
(Xanthobase)
95,332 植 物 ・ 微 生 物 間
相 互 作 用 研 究
ユニット
農 業 生 物 資 源 研 究 所 でゲノム 解 析 を 行 ったイネの 重 要 な
細 菌 病 、イネ 白 葉 枯 病 の 病 原 細 菌 (Xanthomonas oryzae
pv. oryzae)のゲノムデータベースです。ゲノム 解 読 菌
は、 本 所 微 生 物 ジーンバンク 保 存 のMAFF311018(レー
スI) 株 で す。 ゲ ノ ム の 概 要 、ORF、Blast 検 索 、 他 の
Xanthomonas 属 細 菌 との 比 較 解 析 等 があります。
http://microbe.
dna.affrc.go.jp/
Xanthomonas/
※1:「イネ 遺 伝 子 発 現 データベース(RiceXPro)」は、 平 成 22 年 11 月 より 公 開 された。
※2:「 全 塩 基 アノテ-ションゲノムブラウザー(WhoGA)」 単 独 では 測 定 しておらず、「イネゲノム 研 究 プログラム」のホームページとし
てカウントした。
※3:「 作 物 学 データベース」は、 平 成 22 年 6 月 ~ 平 成 23 年 3 月 までのログを 解 析 。