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2 BloodBrain
Alternate Affy Gene Expression Summary Methods. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
knn3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
maxDissim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
mdrr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
nearZeroVar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
normalize.AffyBatch.normalize2Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
normalize2Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
oil . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
panel.needle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
plot.train . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
plot.varImp.train . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
plotClassProbs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
plotObsVsPred . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
plsda . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
postResample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
pottery . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
preProcess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
predict.bagEarth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
predict.knn3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
print.confusionMatrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
print.train . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
resampleHist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
resampleSummary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
roc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
sensitivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
spatialSign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
summary.bagEarth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
tecator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
train . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
trainControl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
varImp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Index 60
BloodBrain
Blood Brain Barrier Data
Description
Mente and Lombardo (2005) develop models to predict the log of the ratio of the concentration
of a compound in the brain and the concentration in blood. For each compound, they computed
three sets of molecular descriptors: MOE 2D, rule-of-five and Charge Polar Surface Area (CPSA).
In all, 134 descriptors were calcualted. Included in this package are 208 non-proprietary literature
compounds. The vector logBBB contains the concentration ratio and the data fame bbbDescr
contains the descriptor values.