Hội nghị Khoa học thường niên ĐH KH Tự Nhiên ... - Website cá nhân

IV-O-5.5DỰ ĐOÁN EPITOPE TẾ BÀO B KHÔNG LIÊN TỤC TRÊN PROTEINMATRIX CỦA VIRUS H5N1 PHỤC VỤ PHÁT TRIỂN VẮCXIN INSILICOTrần Ngọc Vinh, Võ Cẩm Quy, Trần Linh ThướcKhoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-Tp. HCMTóm tắtHiện nay các phương pháp dự đoán epitope tế bào B đa số đều tập trung vào dự đoánepitope liên tục. Trong khi đó epitope không liên tục chiếm đến 90% trong tổng số, tuynhiên việc dự đoán phải dựa trên cấu trúc nên rất khó khăn. Bên cạnh đó, lượng dữ liệu thựcnghiệm về cấu trúc protein cũng như cấu trúc epitope còn ít cũng là một thách thức cho việcdự đoán epitope không liên tục. Chúng tôi đã xử dụng phương pháp mô hình hóa tươngđồng để tạo ra cấu trúc cho các protein matrix của virus H5N1, sau đó sử dụng các cấu trúcnày để dự đoán epitope không liên tục. Chúng tôi so sánh kết quả với các epitope dự đoánbằng server CEP (Conformational Epitope Prediction), có 60 trên 72 vị trí dự đoán giống vớikết quả từ CEP. Kết quả cho thấy phương pháp này có khả năng dự đoán tốt các peptidethuộc epitope không liên tục.Từ khóa: Epitope tế bào B không liên tục, protein matrix, H5N1DISCONTINUOUS B-CELL EPITOPE PREDICTION OF MATRIXPROTEIN OF H5N1 VIRUS FOR VACCINE DEVELOPMENT IN SILICOTran Ngoc Vinh, Vo Cam Quy, Tran Linh ThuocFaculty of Biology, University of Science, VNU-HCMCAbstractMost of the B-cell epitope prediction methods today focus on predicting continuousepitope, whereas discontinuous epitope makes up 90% of total quantity. The fact thatprediction has to depend on structure has caused very much difficulty. In addition, the smallamount of experimental facts on structures of protein as well as epitope is also a challengeto discontinuous epitope prediction. We have used the homology modeling method togenerate the structure of matrix protein of H5N1 virus, then predicting discontinuousepitope from these structures. We compared the results with CEP (Conformational EpitopePrediction) server, and there were 60/72 residues having the same results as epitopepredicted by CEP. The result shows that the peptides of discontinuous epitope can be wellpredicted by our mehod.Key words: Discontinuous B-cell epitope, matrix protein, H5N1256