Chem3D 8.0 Manual - CambridgeSoft

AdministratorChapter 8:Printing and Exporting Models. . . . . . 105Specifying Print Options. . . . . . . . . . . . . . 105Printing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106Exporting Models Using DifferentFile Formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106Publishing Formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107WMF and EMF . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107BMP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108EPS. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108TIF. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108GIF and PNG and JPG . . . . . . . . . . . . 1093DM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109AVI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109Formats for Chemistry ModelingApplications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109Alchemy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109Cartesian Coordinates . . . . . . . . . . . . . 109Connection Table . . . . . . . . . . . . . . . . 110Gaussian Input . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110Gaussian Checkpoint. . . . . . . . . . . . . . 111Gaussian Cube. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111Internal Coordinates . . . . . . . . . . . . . . 111MacroModel Files . . . . . . . . . . . . . . . 112Molecular Design Limited MolFile(.MOL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112MSI ChemNote . . . . . . . . . . . . . . . . . 112MOPAC Files. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112MOPAC Graph Files. . . . . . . . . . . . . . 113Protein Data Bank Files . . . . . . . . . . . 113ROSDAL Files (RDL) . . . . . . . . . . . . 114Standard Molecular Data (SMD) . . . . 114SYBYL Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114Job Description File Formats . . . . . . . . . . . . . 114JDF Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114JDT Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114Exporting With the Clipboard . . . . . . . . . . . . 114Transferring to ChemDraw . . . . . . . . . . . . 114Transferring to Other Applications. . . . . . 115Chapter 9: Computation Concepts . . . . 115Computational Methods Overview. . . . . . . . . 115Uses of Computational Methods. . . . . . . . 116Choosing the Best Method . . . . . . . . . . . . 116Molecular Mechanics MethodsApplications Summary. . . . . . . . . . . 117Quantum Mechanical MethodsApplications Summary. . . . . . . . . . . 117Potential Energy Surfaces. . . . . . . . . . . . . 118Potential Energy Surfaces (PES) . . . . 119Single Point Energy Calculations. . . . . . . 119Geometry Optimization . . . . . . . . . . . . . . 120Molecular Mechanics Theory in Brief . . . . . . 121The Force-Field . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122MM2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123Bond Stretching Energy . . . . . . . . . . . 123Angle Bending Energy . . . . . . . . . . . . 124Torsion Energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125Non-Bonded Energy . . . . . . . . . . . . . . 125van der Waals Energy. . . . . . . . . . . . . 125Cutoff Parameters for van der WaalsInteractions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126Electrostatic Energy . . . . . . . . . . . . . . 126charge/charge contribution . . . . . . . . . 126dipole/dipole contribution. . . . . . . . . . 126dipole/charge contribution . . . . . . . . . 126Cutoff Parameters for ElectrostaticInteractions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127OOP Bending . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127Pi Bonds and Atoms with Pi Bonds . . 127Stretch-Bend Cross Terms . . . . . . . . . 128User-Imposed Constraints. . . . . . . . . . 128Molecular Dynamics Simulation . . . . . . . 129Molecular Dynamics Formulas. . . . . . 129Quantum Mechanics Theory in Brief. . . . . . . 129Approximations to the Hamiltonian . . 130Restrictions on the Wave Function. . . 131Spin functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131LCAO and Basis Sets . . . . . . . . . . . . . 131The Roothaan-Hall Matrix Equation . 132Ab Initio vs. Semiempirical . . . . . . . . 132The Semi-empirical Methods . . . . . . . . . . 132Extended Hückel Method . . . . . . . . . . 133Methods Available in CS MOPAC . . . . . 133RHF. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133UHF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134Configuration Interaction . . . . . . . . . . 134Approximate Hamiltonians in MOPAC. . . . . 134iv • ContentsCambridgeSoft