Unix 十大实用命令 - abc - 北京大学

实 用 生 物 信 息 教 程
北 京 大 学 罗 静 初
Unix 十 大 实 用 命 令
命 令 功 能 实 例
1 head 头 head 209hba.list
head –n 20 209hba.list
2 tail 尾 tail 209hba.list
tail –n 5 209hba.list
3 cut 剪 接 cut –f 1,3 209hba.list
cut –f 1,3 209hba.list
cut –d ’ ’ –f 3- taxon.list
4 paste 合 并 paste 209hba.id 209hba.ac
5 diff 差 异 diff 10hba.id 10hbb.id
6 wc 计 数 wc hba.list
ls | wc
7 sort 排 序 sort hba_taxon.list
sort –k 3 hba_taxon.list
8 uniq 归 并 uniq hba_hbb.id
uniq –u hba_hbb.id
uniq –d hba_hbb.id
9 grep 匹 配 grep “>” sars10.fasta
grep “Primate” 209hba.list
10 Sed 替 换 sed ‘s/HBA_//g’ 209hba.id
sed ‘s/NNNNN/N/g’ seq1

实 用 生 物 信 息 教 程
北 京 大 学 罗 静 初
命 令 1:head
用 途 : 显 示 文 件 头
实 例 1:head 209hba.list
含 义 : 显 示 文 件 209hba.list 中 前 10 行 内 容
实 例 2 head –n 20 209hba.list
含 义 : 显 示 文 件 209hba.list 中 前 20 行 内 容
命 令 2:tail
用 途 : 显 示 文 件 尾
实 例 1:tail 209hba.list
含 义 : 显 示 文 件 209hba.list 中 最 后 10 行 内 容
实 例 2:tail –5 209hba.list
含 义 : 显 示 文 件 209hba.list 中 最 后 5 行 内 容
命 令 3:cut
用 途 : 按 字 段 提 取 表 格 类 文 件 信 息
实 例 1:cut –f 1 209hba.list
含 义 : 提 取 文 件 209hba.list 中 第 1 字 段 信 息 , 各 字 段 间 按 制 表 键 分 隔
实 例 2:cut –f 1,3 209hba.list
含 义 : 提 取 文 件 209hba.list 中 第 1、3 字 段 信 息 , 各 字 段 间 按 制 表 键 分 隔
实 例 3:cut –d ’ ’ –f 3- taxon.list
含 义 : 提 取 文 件 taxon.list 中 第 3 字 段 开 始 所 有 各 字 段 信 息 , 各 字 段 间 按 空 格 分 隔
命 令 4:paste
用 途 : 按 字 段 合 并 表 格 类 文 件 信 息
实 例 1:paste 209hba.id 209hba.ac
含 义 : 将 文 件 209hba.id 和 209hba.ac 按 字 段 逐 行 合 并 , 个 字 段 间 以 制 表 键 分 隔
命 令 5:diff
用 途 : 显 示 文 件 差 异
实 例 1:diff 10hba.id 10hbb.id
含 义 : 逐 行 显 示 文 件 10hba.id 和 10hbb.id 差 别

实 用 生 物 信 息 教 程
北 京 大 学 罗 静 初
命 令 6:wc
用 途 : 计 数
实 例 1:wc hba.list
含 义 : 统 计 并 显 示 文 件 hba.list 中 行 数 、 字 段 数 和 字 符 数
实 例 2:ls | wc
含 义 : 统 计 并 显 示 当 前 目 录 下 文 件 数
命 令 7:sort
用 途 : 排 序
实 例 1:sort hba_taxon.list
含 义 : 将 文 件 hba_taxon.list 按 字 母 表 顺 序 排 序
实 例 2:sort –k 3 hba_taxon.list
含 义 : 以 第 3 字 段 为 关 键 词 , 将 文 件 taxon.list 按 字 母 表 顺 序 排 序
命 令 8:uniq
用 途 : 归 并
实 例 1:uniq hba_hbb.id
含 义 : 归 并 已 排 序 文 件 hba_hbb.id 中 相 同 行 , 若 有 重 复 行 , 只 显 示 一 次
实 例 2:uniq –d hba_hbb.id
含 义 : 归 并 已 排 序 文 件 hba_hbb.id 中 相 同 行 , 只 显 示 有 重 复 的 行
实 例 3:uniq –u hba_hbb.id
含 义 : 归 并 已 排 序 文 件 hba_hbb.id 中 相 同 行 , 只 显 示 没 有 重 复 的 行
命 令 9:grep
用 途 : 字 串 匹 配
实 例 1:grep “>” sars.fasta
含 义 : 检 索 并 显 示 文 件 sars.fasta 中 以 大 于 号 ”>” 起 始 的 注 释 行
实 例 2:grep “Primate” 209hba.list
含 义 : 检 索 并 显 示 文 件 209hba.list 中 含 单 词 ”Primate” 的 行 , 区 分 大 小 写
命 令 10:sed
用 途 : 字 串 替 换
实 例 1:sed ‘s/Hemoglobin alpha chain/HBA/g’ 209hba.fasta

实 用 生 物 信 息 教 程
北 京 大 学 罗 静 初
含 义 : 将 文 件 209hba.fasta 中 “Hemoglobin alpha chain” 替 换 成 “HBA”
实 例 2:sed ‘s/HBA_//g’ 209hba.id
含 义 : 将 文 件 209hba.id 中 “HBA_” 删 除
实 例 3:sed ‘s/NNNNN/N/g’ seq1
含 义 : 将 文 件 seq1 中 连 续 5 个 字 母 “N” 替 换 成 1 个 “N”