Catálogo de Servicios Genómicos y Proteómicos CIC

3. Breve Descripción De Los Servicios OfertadosSecuenciación de ADN contenido en plásmidos o de fragmentos de PCR utilizando unsecuenciador ABI-3130 xl (Applied Biosystems). Este sistema permite también el genotipado yanálisis de SNPs cuyo servicio es ofertado en otro programa de la Red. El precio sólo incluye losprimers universal y/o reverso.El sistema BioAnalyzer de Agilent permite un estudio cuantitativo y cualitativo de muestras deRNA o proteína. En el caso de RNA, da una estimación exacta de la concentración, grado dedegradación y grado de contaminación (por ejemplo, de rRNA en muestras de mRNA).Extracción de ADNs y purificación de productos de PCR automatizada empleando el Biorobot3000 de QIAGEN.Impresión de microarrays en portas de vidrio usando el arrayer MGII (Biorobotics). Las muestrasa imprimir deben ser proporcionadas por el usuario. El servicio incluye la generación de ficherospara el posterior ajuste y análisis de datos.Hibridación y lavado automático de hasta 12 chips mediante el sistema robotizado hs4800prode Tecan. El uso de este equipamiento da resultados muy reproducibles y backgrounds másreducidos y homogéneos que la hibridación manual. El usuario suministra los chips y las muestrasmarcadas.Se ofrece el escaneado de chips de vidrio hibridados usando el scanner GenePix4000B (Axon) eintegración de datos posterior (ajuste de la red y extracción de datos en crudo) mediante elsoftware GenePix 4.0.Uso del aCGH 1Mb array para estudios de CGH. Este array consta de 10.500 spots (3500 BAC-PAC clones humanos, cada uno de ellos por triplicado). Los clones seleccionados para este arrayestán espaciados a lo largo de todo el genoma a intervalos de 1Mb. Además como controlesnegativos se incluyen diversos clones de D. melonogaster.Servicios con tecnología Affymetrix. Éstos incluyen los siguientes módulos de trabajo:1 ● Análisis completo de expresión génica diferencial utilizando el sistema GeneChip deAffymetrix en diferentes organismos:-Gene Chip Human Genome U133 Plus 2.0-Gene Chip Mouse Genome 430 2.0-Gene Chip Rat Genome 230 2.0 Array-Gene Chip Arabidopsis ATH1 Genome Array-Gene Chip Drosophila Genome 2.0 Array-Gene Chip Yeast Genome 2.0 ArrayMás información sobre estos chips se puede encontrar en www.affymetrix.comEl cliente tendrá que suministrar el RNA total (5 µg, puede ser menos). Recomendamos el uso delkit “RNAeasy” (Qiagen Cat # 74104 o similar). No se recomienda la obtención de RNA usando elmétodo de Trizol o similares (si se ha purificado con Trizol, se necesita una segunda purificacióncon RNAeasy). Nuestra unidad se encarga de todo lo demás.4

El precio incluye:1) Análisis de cantidad y calidad de los RNA suministrados usando el BioAnalyzer (Agilent).2) Síntesis de cDNA.3) Síntesis de cRNA biotinilado.4) Hibridación con chips humanos, de ratón u otros.5) Integración informática de los resultados obtenidos.6) El cliente recibe los datos tanto en papel como en CD en un formato compatible con su uso enotros programas informáticos de análisis genómicos. Los datos que se suministrarán contendrán ellistado total de genes con su detección (Presencia/Ausencia) y su señal.El servicio tarda por lo general 2-3 semanas si el cliente avisa con antelación del suministro de lasmuestras.Éxito garantizado. El precio incluido es por el servicio completo. Si el investigador suministra yael cRNA marcado, los precios serán reducidos (contactar con servicio para precios de serviciosparciales).En el CIC, a través de su Unidad de Bioinformática, puede también realizar, a petición delusuario, análisis estadísticos y de anotación funcional de los resultados obtenidos. Más informaciónsobre este servicio adicional, que no se incluye en el precio de los chips dados en este catálogo,puede encontrase en la página web: http://ubioinfo.cicancer.org2 ● Otros servicios que se ofrecen en la Unidad del Genómica del CICGene Chip Human Mapping 250K NspI/StyI ArraysArrays para realizar análisis de polimorfismos SNPs y de variación del número de copias (CopyNumber). Más información sobre este chip puede encontrarse en: www.affymetrix.comPara este servicio, el usuario deberá suministar 500 ng de ADN genómico, no degradado y sincontaminantes, diluído en “reduced TE-EDTA buffer”. La mitad de esta muestra se empleará parala hibridación del NspI-array. La mitad restante se utilizará en el StyI-array. Según el métodoestándar en uso, 250 ng de ADN genómico son digeridos inicialmente con las enzimas derestricción StyI o NspI, posteriormente ligados a un adaptador común usando la DNA ligasa de T4 yamplificados por PCR. Los productos de PCR una vez purificados y normalizados, sonfragmentados con DNAsaI y finalmente marcados usando desoxinucleotidil transferasa, paraposteriormente hibridar en el correspondiente 250 K array.Al cliente se le entrega un informe en papel y un DVD con todos los ficheros obtenidos, incluyendolos generados mediante el uso del software GTYPE.NOTA IMPORTANTE: Dada la complejidad del estudio bioinformático que conllevan estosestudios, la Unidad de Genómica del CIC dará como servicio sólo los datos en crudo (es decir losarchivos .CEL). El usuario deberá realizar el estudio final en su laboratorio o, alternativamente,contactar con la Unidad de Bioinformática del CIC (http://ubioinfo.cicancer.org).Gene Array System- Gene Chip Human Gene 1.0 ST Array- Gene Chip Mouse Gene 1.0 ST Array- Gene Chip Rat Gene 1.0 ST ArrayNueva versión (2007) de arrays para estudios de expresión diferencial más completo y económicoque los clásicos GeneChip Arrays. Más información sobre estos chips puede encontrarse en lapágina web: www.affymetrix.com5

● El cliente debe suministrar el RNA Total (aproximadamente 5 μl a una concentración de 100ng/μl) Recomendamos el uso del kit “RNAeasy” (Qiagen Cat # 74104 o similar). No serecomienda la obtención de RNA usando el método de Trizol o similares (si se ha purificado conTrizol, se necesita una segunda purificación con RNAeasy). Nuestra unidad se encarga de todo lodemás.El precio incluye:1) Análisis de cantidad y calidad de los RNA suministrados usando el BioAnalyzer (Agilent).2) Síntesis de cDNA.3) Síntesis de cRNA4) Síntesis de la cadena DNA con sentido DNA SS (+)5) Hidrólisis y limpieza del DNA SS(+)6) Fragmentación del DNA SS(+)7) Marcaje del DNA SS (+) fragmentado8) Hibridación con chips humanos, de ratón u otros9) Integración informática de los resultados obtenidos.10) El cliente recibe los datos tanto en papel como en CD en un formato compatible con su uso enotros programas informáticos de análisis genómicosNOTA: Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir losarchivos .CEL). El usuario deberá realizar el estudio final en su laboratorio o, alternativamente,contactar con la Unidad de Bioinformática del CIC (http://ubioinfo.cicancer.org).Exon Array System- Gene Chip Human Exon 1.0 ST Array- Gene Chip Mouse Exon 1.0 ST Array- Gene Chip Rat Exon 1.0 ST ArrayPermiten analizar expresión diferencial y splicing alternativo de genes.Para más información ver www.affymetrix.com● El cliente debe suministrar el RNA Total (aproximadamente 5 μl a una concentración de 400ng/μl). Recomendamos el uso del kit “RNAeasy” (Qiagen Cat # 74104 o similar). No serecomienda la obtención de RNA usando el método de Trizol o similares (si se ha purificado conTrizol, se necesita una segunda purificación con RNAeasy). Nuestra unidad se encarga de todo lodemás.El precio incluye:1) Análisis de cantidad y calidad de los RNA suministrados usando el BioAnalyzer (Agilent).2) Reducción RNA ribosomal3) Análisis del RNA reducido usando el BioAnalizer (Agilent).4) Síntesis de cDNA5) Síntesis de cRNA6) Síntesis de la cadena DNA con sentido DNA SS (+)7) Hidrólisis y limpieza del DNA SS(+)8) Fragmentación del DNA SS(+)9) Marcaje del DNA SS (+) fragmentado10) Hibridación con chips humanos, de ratón u otros11) Integración informática de los resultados obtenidos.12) El cliente recibe los datos tanto en papel como en CD en un formato compatible con su uso enotros programas informáticos de análisis genómicosNOTA IMPORTANTE: Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (esdecir los archivos .CEL).6

El usuario deberá realizar el estudio final en su laboratorio o, alternativamente, contactar con laUnidad de Bioinformática del CIC; http://ubioinfo.cicancer.orgTiling Array System- Gene Chip S.pombe Tiling 1.0 FR ArrayArrays para la identificación de zonas promotoras reguladoras a nivel genómico medianteimmunoprecipitación (ChIP-on-chip). Como cubren todo el genoma de la levadura S. pombe,también sirven para muchos otros tipos de estudios de hibridación a nivel del genoma completo.Más información en www.affymetrix.com● El cliente debe suministrar el RNA Total( 7 µg, en 7µl)Recomendamos el uso del kit “RNAeasy” (Qiagen Cat # 74104 o similar). No se recomienda laobtención de RNA usando el método de Trizol o similares (si se ha purificado con Trizol, senecesita una segunda purificación con RNAeasy). Nuestra unidad se encarga de todo lo demás.El precio incluye:1) Análisis de cantidad y calidad de los RNA suministrados usando el BioAnalyzer (Agilent).2) Síntesis del cDNA3) Fragmentación del cDNA4) Marcaje del cDNA fragmentado5) Hibridación con chips humanos, de ratón u otros6) Integración informática de los resultados obtenidos.7) El cliente recibe los datos tanto en papel como en CD en un formato compatible con su uso enotros programas informáticos de análisis genómicosNOTA: Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir losarchivos .CEL).El usuario deberá realizar el estudio final en su laboratorio o, alternativamente, contactar con laUnidad de Bioinformática del CIC; http://ubioinfo.cicancer.org7

CENTRO DE INVESTIGACIÓN DEL CÁNCER DESALAMANCARED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCERPROGRAMA DE GENÓMICA Y PROTEÓMICACATÁLOGO DE OFERTA DE SERVICIOS PROTEÓMICOSI. INFORMACIÓN GENERAL:NOMBRE DE UNIDAD: Unidad de Genómica y ProteómicaCENTRO DE LA RED: Centro de Investigación del CáncerRESPONSABLE DEL GENERAL DE LA UNIDAD: Xosé R. BusteloTELÉFONO DE CONTACTO: 923-29-4802E-MAIL DE CONTACTO: xbustelo@usal.esRESPONSABLE DIRECTO DE LA UNIDAD: Xosé R. BusteloNOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO: Nieves IbarrolaE-MAIL DE CONTACTO: nibarrola@usal.esTELÉFONO DE CONTACTO: 923-294817FAX DE CONTACTO: 923-294743DIRECCIÓN PARA FACTURACIÓN:NOMBRE: Antonio Mata (amata@usal.es)INSTITUCIÓN: Fundación para la Investigación del Cáncer en la Univ deSalamanca (FICUS)CALLE: CIC, Univ. Salamanca-CSIC, Campus Unamuno s/nCÓDIGO POSTAL: 37007 LOCALIDAD: SalamancaDIRECCIÓN PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS:NOMBRE: Nieves Ibarrola (Laboratorio 17)INSTITUCIÓN: Centro de Investigación del CáncerCALLE: Univ. Salamanca-CSIC, Campus Unamuno s/nCÓDIGO POSTAL: 37007 LOCALIDAD: Salamanca6

Recorte de manchas o bandas proteicas en geles manualmente o usando elrobot picador Proteineersp (Bruker), seguido de digestión tríptica manual oautomática con el robot digestor Proteineerdp (Bruker) e identificación usando elespectrómetro de masas MALDI-ToF, UltraFlex, Bruker.5.- Zip-tipDesalación y concentración de digestiones trípticas mediante C186.-Análisis y procesamiento de imágenUsando el software Melanie 5.07.- Identificación de proteínas por ESI-TRAMPA ionicaLos procedimientos incluyen digestión tríptica en solución, purificación y análisis deresultados.7.1- Identificación de proteínas en muestras de baja

1011.1-Separación de muestras proteicas11.2-Fraccionamiento de digestiones trípticas de mezclas complejas deproteínas, normalmente como paso previo para la identificación por LC-MS/MSSe dispone de un sistema de HPLC Agilent 1100 series, Agilent