DICOM3
DICOM3
DICOM3
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
Selvitys tiedostoformaatista<br />
<strong>DICOM3</strong><br />
versio 1.1<br />
TTKK Porin<br />
korkeakouluyksikkö<br />
Tekijä: Juha Lähteenmäki Tulostettu: 25.10.2003<br />
Jakelu: Prof. Pekka Loula<br />
Dokumentin tila: työversio Muokattu: 25.10.2003
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
25.10.03 2/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
VERSIOHISTORIA<br />
Versio Päiväys<br />
(valm. pv<br />
1.0<br />
lihavoitu)<br />
26.6 -18.7<br />
1.1<br />
31.7 - 21.8<br />
Tekijät Selite (muutokset, korjaukset...)<br />
Juha Lähteenmäki<br />
Juha Lähteenmäki<br />
Ensimmäinen kommentoitavaksi<br />
jaeltava versio<br />
Toinen korjattu versio<br />
Muutokset/korjaukset:<br />
Luku 1 (lisäyksiä ja päivityksiä)<br />
Luku 2 (kirjoitettu pääosin<br />
uudelleen)<br />
Luku3 (Ulkoasua ja järjestelyä<br />
parannettu. Paljon uusia osia)<br />
Luku4 (lähes ennallaan )<br />
Luku5 (lähes ennallaan)<br />
25.10.03 3/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
SISÄLLYSLUETTELO<br />
1. JOHDANTO ..................................................................................................................................... 7<br />
1.1 TARKOITUS JA KATTAVUUS .......................................................................................................... 7<br />
1.1.1 Varoitus! :-) ........................................................................................................................ 7<br />
1.2 MÄÄRITELMÄT, TERMIT JA LYHENTEET ........................................................................................ 7<br />
1.3 VIITTEET..................................................................................................................................... 11<br />
1.4 DOKUMENTIN RAKENNE ............................................................................................................. 12<br />
1.5 YLEISKATSAUS DOKUMENTTIIN.................................................................................................. 12<br />
2. DICOM???...................................................................................................................................... 14<br />
2.1 MIKÄ DICOM ON?..................................................................................................................... 14<br />
2.2 DICOM:IIN LIITTYVIÄ VÄÄRINKÄSITYKSIÄ JA SELVITYKSEN ONGELMIA? ................................. 14<br />
2.2.1 Yleiset harhaluulot DICOM:sta......................................................................................... 14<br />
2.2.2 Epäselvyydet versionimissä ja osalukumäärissä... DICOM, DICOM Version 3, ACR-<br />
NEMA Version 2, "draft-versio"....????..................................................................................... 15<br />
2.2.3 Mitä DICOM sitten oikein takaa?...................................................................................... 15<br />
2.3 DICOM:N HISTORIA JA SEN KEHITYSVAIHEET ............................................................................ 16<br />
2.4 DICOM:N KOMMUNIKAATION MALLI......................................................................................... 18<br />
2.5 DICOM:N RAKENNE JA OSAT ..................................................................................................... 20<br />
2.5.1 Osa 1: Introduction and Overview [DICM/1] ................................................................... 21<br />
2.5.2 Osa 2: Conformance [DICM/2] ........................................................................................ 21<br />
2.5.3 Osa 3: Information Object Definitions (IODs) [DICM/3]................................................. 22<br />
2.5.4 Osa4: Service Class Specifications [DICM/4] .................................................................. 22<br />
2.5.5 Osa5: Data Structure and Semantics [DICM/5] ............................................................... 22<br />
2.5.6 Osa6: Data Dictionary [DICM/6] ..................................................................................... 22<br />
2.5.7 Osa 7: Message Exchange [DICM/7]................................................................................ 22<br />
2.5.8 Osa 8: Network Communication Support for Message Exchange [DICM/8] ................ 23<br />
2.5.9 Osa 9: Point to Point Communication Support for Message Exchange [DICM/9] ......... 23<br />
2.5.10 Osa 10: Media Storage and File Format for Media Interchange [DICM/10] .............. 23<br />
2.5.11 Osa 11: Media Storage Application Profiles [DICM/11] .............................................. 23<br />
2.5.12 Osa 12: Media Formats and Physical Media for Media Interchange [DICM/12]......... 24<br />
2.5.13 Osa13: Print Management Point-to-Point Communication Support [DICM/13] .......... 24<br />
2.6 DICOM:N TULEVAISUUS ........................................................................................................... 24<br />
3. <strong>DICOM3</strong> KUVA-TIEDOSTON RAKENNE JA OSAT ............................................................. 26<br />
3.1 DICOM-TIEDOSTO - MUTKIKAS PALAPELI.................................................................................. 26<br />
25.10.03 4/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
3.2 DICOM TIEDOSTON PERUSOSAT ("PALAPELIN" KEHYKSET) ....................................................... 26<br />
3.3 DICOM DATA SET ("PALAPELIN" KUVAPALIKKA JA SEN TIETO PALASET) ................................ 27<br />
3.3.1 Data-alkiot ("palapelin" palaset) Data Set:in ja DICOM tiedoston perustana............... 27<br />
3.3.2 Data Setin data-alkiot jaotellaan ominaisuusryhmiin ....................................................... 30<br />
3.4 DICOM FILE META INFORMATION ("PALAPELIN" PURKAMIS OHJEET) ...................................... 37<br />
3.5 DATA-ALKIOIDEN KOODAUS JA PAKKAUS................................................................................... 39<br />
3.5.1 Big Endian ja Little Endian (Tavujen järjestely Datan koodauksessa) ..................... 39<br />
3.5.2 DICOM-tiedoston syntaksi................................................................................................. 40<br />
3.5.3 Pikselidata ......................................................................................................................... 40<br />
3.6 ESIMERKKI.................................................................................................................................. 40<br />
4. SELVITYS <strong>DICOM3</strong> -TIEDOSTON MUUNNOKSESTA....................................................... 40<br />
4.1 OLEMASSA OLEVAT DICOM KATSELU- JA MUUNNOSOHJELMAT................................................ 40<br />
4.1.1 ImageJ................................................................................................................................ 40<br />
4.1.2 eViewBox ja JDicomViewer............................................................................................... 40<br />
4.1.3 MRIcro ja EzDicom ........................................................................................................... 40<br />
4.1.4 Osiris.................................................................................................................................. 40<br />
4.2 YLEISIÄ DICOM - MUUNNOKSESSA TARVITTAVIA TIETOJA........................................................ 40<br />
4.2.1 Data-alkioiden tunnistus.................................................................................................... 40<br />
4.2.2 Dataryhmän (Data Group) ja Data-alkion (Data-element) pituus................................... 40<br />
4.3 MUUNNOSPROSESSIN VAIHEET (YLEISELLÄ TASOLLA)................................................................ 40<br />
4.3.1 Vaihe 1: Tarkista että muunnettava tiedosto kelvollinen <strong>DICOM3</strong>-Tiedosto................... 40<br />
4.3.2 Vaihe2 : Tarkista tiedoston "syntaksi" (Transfer Syntax UID).......................................... 40<br />
4.3.3 Vaihe3: Tarkista mitä attribuutteja tiedosto sisältää (tiedoston pituus).......................... 40<br />
4.3.4 Vaihe4: Tarkista että tiedosto sisältää kaikki muunnosta varten tarvittavat data-alkiot . 40<br />
4.3.5 Vaihe5: Lue tarvittavat data-alkiot ja pura niiden sisältämä data syntaksin mukaisesti . 40<br />
4.3.6 Vaihe6: Suorita tarvittavat muunnosprosessit ja kirjoita uudelleen koodattu pikseli-data<br />
kohdetiedostoon. ......................................................................................................................... 40<br />
4.4 DICOM -TIEDOSTON MUUNNOKSEN ONGELMIA......................................................................... 40<br />
5. MISTÄ SAAN LISÄTIETOA? (LINKKILISTA JA LIITTEET)............................................. 40<br />
5.1 YLEISTÄ...................................................................................................................................... 40<br />
5.2 SÄHKÖISEN LIITEARKISTON SISÄLTÖ .......................................................................................... 40<br />
5.2.1 Esimerkkejä -kansio........................................................................................................... 40<br />
5.2.2 Omat -kansio...................................................................................................................... 40<br />
5.2.3 Perusinfo -kansio ............................................................................................................... 40<br />
5.2.4 Projekteja -kansio .............................................................................................................. 40<br />
5.2.5 Sekalaista -kansio .............................................................................................................. 40<br />
5.2.6 Softa -kansio ...................................................................................................................... 40<br />
25.10.03 5/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
5.2.7 standardi(viimeisin99draft) -kansio................................................................................... 40<br />
5.3 LINKKILISTA SELITYKSINEEN...................................................................................................... 40<br />
6. ONNITTELUT! .............................................................................................................................. 40<br />
25.10.03 6/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
1. JOHDANTO<br />
1.1 Tarkoitus ja kattavuus<br />
1.1.1 Varoitus! :-)<br />
Tämä dokumentti on tehty kesätyönä Porin korkeakouluyksikölle<br />
selvitykseksi <strong>DICOM3</strong> -Standardin mukaisesta lääketieteellisestä<br />
kuvatiedosto-formaatista. Selvitys on osa tulevaisuudessa<br />
mahdollisesti toteutuvaa Porin korkeakouluyksikön ja Soneran välistä<br />
yhteistyöprojektia.<br />
Dokumentissa on käsitelty pääasiassa <strong>DICOM3</strong>-kuvatiedoston<br />
rakennetta lähinnä kuvatiedoston muunnosprosessia silmälläpitäen.<br />
Tarkoituksena oli luoda pienimuotoinen selvitys ko. formaatista Webpohjaisen<br />
Konsultaatio-järjestelmän suunnittelutyötä ajatellen, sekä<br />
tarjota mahdollisuus lisätietojen nopeaan hankkimiseen<br />
lähdemateriaalin, viittausten ja sähköisessä muodossa olevan<br />
liitearkiston avulla. Tässä liitearkistossa on myös ACR-NEMAN<br />
DICOM -standardi ("draft"-versio (1999)) .<br />
Huom!!! Vaikka kaikki mahdollinen on tehty tämän dokumentin<br />
oikeellisuuden ja kattavuuden varmistamiseksi kirjoitushetkellä, ei<br />
Dokumentin kirjoittaja vastaa hengellään, omaisuudellaan tai edes<br />
teekkari-lakillaan siitä, mikäli jokin tieto tässä dokumentissa on<br />
epätäydellinen tai väärä. Käytä tätä dokumenttia muun informaation<br />
(virallisen painetun DICOM-standardin) lisänä ja ymmärtämisen<br />
apuna. Tämä varoittelu siitä syystä että DICOM-standardista ja<br />
DICOM-tiedostomuodosta on olemassa tuhansia eri tulkintoja jotka<br />
standardin yksikäsitteisyydestä huolimatta eivät aina ole<br />
yhteensopivia. Myöskään kirjoittajan käytössä ja tämän dokumentin<br />
sähköisessä liitearkistossa oleva standardin sähköinen "draft"-versio<br />
(1999) ei välttämättä kaikilta kohdiltaan ole virallisen painetun<br />
DICOM-standardin (DICOM Version 3) mukainen. Virallinen<br />
painettu versio on tilattavissa maksua vastaan NEMA:lta<br />
(http://medical.nema.org/dicom.html)<br />
1.2 Määritelmät, termit ja lyhenteet<br />
Seuraavassa taulukossa on listattu aakkosjärjestyksessä dokumentissa<br />
esiintyvät termit, määritelmät tai lyhenteet, jotka saattaisivat<br />
25.10.03 7/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
mahdollisesti aiheuttaa sekaannusta dokumenttia luettaessa tai<br />
tarvitsevat muuten selvitystä tai tarkennusta.<br />
Termi tai lyhenne: Selitys<br />
ACR<br />
ACSE<br />
American College of Radiology<br />
OSI Association Control Service Element<br />
Atribuutti (attribute) Tarkenne, ominaisuus (tässä eritoten tietyn ominaisuusryhmän<br />
Big Endian<br />
yksittäinen jäsen)<br />
Binääridatan koodaustapa<br />
CT<br />
Data-alkio (Data<br />
Element)<br />
Datajoukko (Data<br />
Set)<br />
DICOM / <strong>DICOM3</strong> /<br />
DICM3 /DICM<br />
DIMSE<br />
"draft"-versio<br />
GIF<br />
HYTT<br />
IEC<br />
Information Object /<br />
"informaatio objekti"<br />
IOD<br />
ISO<br />
Computed Tomography<br />
Lääketieteellinen kuvausmenetelmä<br />
informaatio-objektin atribuutti, jolle on annettu joku yksilöllinen arvo.<br />
Joukko data-alkioita. Esim. DICOM tiedostossa data-joukko sisältää<br />
tiedoston varsinaisen datan.<br />
Dicital Imaging and Communication standard<br />
ACR-NEMAN Standardi lääketieteellisistä kuvaformaateista. (Huom.<br />
DICOM = <strong>DICOM3</strong> koska standardi nimettiin DICOM:ksi vasta 3:ssa<br />
versiossa) Tässä dokumentissa tarkoitetaan lisäksi DICOM:sta<br />
puhuttaessa <strong>DICOM3</strong>:n tällä hetkellä viimeisintä sähköistä ns. "draft"versiota<br />
(1999) (ks. "draft"-versio)<br />
DICOM Message Service Element<br />
DICOM standardin julkisesti saatavilla oleva testikäyttöön tarkoitettu<br />
standardin "ehdotelma"-versio.<br />
compuserve Graphics Interchange Format<br />
Häviöttönästi pakattu kuva formaatti. GIF-formaatissa tallennettu kuva<br />
voi sisältää enintään 256 erilaista sävyä<br />
Tampereen teknillisen korkeakoulun ohjelmistotekniikan laitoksella<br />
käytössä oleva: Hyväksytty Yleinen ToimintaTapa [Dokuty98]<br />
International Electrotechnical Commission<br />
Informaatio objekti on reaalimaailman käsite joka jollain tapaa voi<br />
liittyä lääketieteellisen kuvantamiseen. DICOM-standardin tuntemat<br />
informaatio objektit on määritelty standardin osassa 3. [DICM/3].<br />
Kullakin informaatio objektilla on omat atribuuttinsa<br />
Information Object Definition<br />
International Standards Organization<br />
25.10.03 8/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
JPEG:iä (JPG)<br />
Little Endian<br />
NEMA<br />
ominaisuusryhmä<br />
(tässä<br />
ominaisuusryhmä =<br />
module)<br />
OB<br />
OSI-malli<br />
Joint Photographic Expert Group<br />
Häviöllinen (myös häviötön JPEG olemassa)<br />
pakkausalgoritmi/kuvaformaatti. Jpeg :in yhteydessä käytettävästä<br />
koodauksesta tarkemmin [DICM/5](8.2.1)<br />
Binääridatan koodaustapa<br />
National Electrical Manufacturers Association<br />
Ominaisuusryhmä (Information Object Module) on ryhmä informaatio-<br />
objektin samankaltaisia atribuutteja (data-alkioita). Yhdellä<br />
informaatio-objektilla on usein monta eri ominaisuusryhmää (modules).<br />
Eräs VR:N mahdollinen arvo<br />
Open System Interconnection<br />
ISO:n Standardiin perustuva 7-kerroksinen laitteiden/sovellusten välisen<br />
kommunikaation malli. OSI –malli perustuu ns.<br />
vertaiskommunikaatioon, jossa kaksi saman kerroksen oliota<br />
keskustelee ko. kerroksen yhteyskäytännön mukaisesti. Mallin N:s<br />
kerros perustuu aina N-1:n kerroksen tarjoamiin palveluihin. OSI –<br />
mallin kerrokset ovat alhaalta ylös:<br />
1) Peruskerros (Fyysinen kerros) (Physical) --> siirtää bittejä,<br />
2) Siirtokerros (Link) -->Siirtää datan verkon naapurisolmujen välillä<br />
3) Verkkokerros (Network) --> sanomien reititys verkon läpi<br />
4) Kuljetuskerros(Transport) -->nostaa verkkokerroksen palvelut<br />
yhteyskerroksen tasolle<br />
5) Yhteyskerros(Session) --> tarjoaa synkronoidun ja organisoidun<br />
tiedonsiirron esitystapa kerrokselle.<br />
6) Esitystapakerros (Presentation) --> Suorittaa esitystapa muunnoksia<br />
paikallisen ja siirtoesitysmuodon välillä sekä neuvottelee käytettävän<br />
siirtoesitysmuodon<br />
7) Sovelluskerros (Application) -->liitäntä sovellusprosessin ja<br />
tietoliikennemaailman välillä<br />
25.10.03 9/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
Kuva 1.1 OSI-malli [OSI]<br />
OSI ULS OSI Upper Layer Service<br />
OW<br />
PIXEL CELL:<br />
(pikselisolu)<br />
PIXEL DATA<br />
(pikselidata)<br />
PKY<br />
RGB<br />
RLE<br />
SOP<br />
Service-Object Pair<br />
(SOP) Instance:<br />
STN<br />
"syntaksi"<br />
Tagi / Tag<br />
TIFF (TIF)<br />
TTKK<br />
Eräs VR:N mahdollinen arvo<br />
Pienin kuvadatan osa, joka sisältää yksittäisen pikselin<br />
näytearvon<br />
Graafinen data (kuvadata) jossa kukin piste esitetään tietyllä<br />
kuvapisteen arvolla pixelillä.<br />
PorinKorkeakouluYksikkö<br />
Red Green Blue<br />
Additiivinen eli lisäävä värien muodostus- (ja koodaus) tapa<br />
Run Length Encoding Compression, häviötön pakkausalgoritmi.<br />
Service-Object Pair<br />
Informaatio objektin ja kommunikaatio käsitteen käytännön ilmentymä..<br />
DICOM Session/ Transport / Profile<br />
kieli, merkitys; tässä Transfer Syntax joka ilmaisee DICOM-tiedoston<br />
kuvadatan koodauksen<br />
data-alkion tunnisteosa<br />
Tagged Interface File Format, kuvaformaatti runsassävyisille kuville.<br />
Tampereen teknillinen korkeakoulu<br />
25.10.03 10/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
UID<br />
VR<br />
Unique identifier<br />
Value Representation, (data-alkion kenttä) spesifioi data-kentän<br />
arvon/arvojen tyypin ja muodon<br />
Taulukko 1.1 Dokumentissa käytettävät termit ja lyhenteet (joita ei ole selitetty<br />
esiintymisensä yhteydessä tai jotka vaativat lisä selvennystä).<br />
lihavointi ja kursivointi<br />
[hakasuluissa]<br />
(suluissa)<br />
/ kauttaviiva<br />
Taulukko 1.2 Dokumentissa käytettävät merkintätavat.<br />
1.3 Viitteet<br />
lihavointia ja kursivointia on<br />
käytetty ainoastaan selvennys<br />
tarkoituksessa<br />
viittaukset<br />
tarkennukset<br />
vaihtoehtoinen tapa<br />
Tässä kappaleessa on listattuna ja selitettynä dokumenttissa käytetyt<br />
viitteet Varsinainen liite- ja linkkilista on omassa luvussaan (luku 5).<br />
[Barre]<br />
[Chris]<br />
[DICM/X ]<br />
http://www.hds.utc.fr/~barre/medical/samples/in<br />
dex.html#transfer-syntax<br />
Tietoa DICOM - tiedostoformaatista:<br />
http://www.mrccbu.cam.ac.uk/personal/chris.rorden/<br />
dicom.htm<br />
<strong>DICOM3</strong> -standardi (sähköinen "draft" -versio<br />
25.10.03 11/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
[Dokuty98]<br />
[EDU]<br />
[LukuX]<br />
[NEMA]<br />
[DICM/status]<br />
[OSI]<br />
1.4 Dokumentin rakenne<br />
1999) osa X<br />
Dokumentoinnin tyyliohje, 30.8.1998, versio 1.0,<br />
TTKK, Ohjelmistotekniikka, http://www.cs.tut.fi<br />
/cgi-bin/laatu/sivuhaku.pl? nk_no=2&nk_id=189.<br />
PRODUCT 4.23 - INFORMATICS STANDARDS<br />
IN HEALTH http://www.eihms.surrey.ac.uk<br />
/abbott/IT-EDUCTRA/html/p423_13.htm<br />
Viittaa tämän dokumentin lukuun X (1-6)<br />
NEMA:n standardi-sivu<br />
http://www.nema.org/standards/<br />
http://idt.net/~dclunie/dicom-status/status.html<br />
http://www.tml.hut.fi/Opinnot/Tik-<br />
110.350/1999/Kalvot/TKV170299/index.htm<br />
Tämän dokumentin rakenne noudattaa TTKK:n ohjelmistotekniikan<br />
laitoksen Hyväksyttyä Yleistä ToimintaTapaa soveltuvin osin<br />
(HYTT) [Dokuty98].<br />
1.5 Yleiskatsaus dokumenttiin<br />
Luku 1 on johdanto dokumenttiin. Johdanto selvittää dokumentin<br />
tarkoituksen, rakenteen ja laajuuden sekä selittää dokumentissa<br />
käytetyt termit ja viittemerkinnät. Ensimmäinen luku tarjoaa myös<br />
kiireiselle lukijalle hyödyllisen yleiskatsauksen dokumenttiin (tämä<br />
osa) ,jossa käydään lyhyesti läpi dokumentin sisältö.<br />
Luku 2 esittelee lyhyesti <strong>DICOM3</strong> -standardin ja sen rakenteen.<br />
Tämän luvun tarkoituksena on antaa lukijalle yleiskäsitys<br />
<strong>DICOM3</strong>:sta jotta dokumentin seuraaminen helpottuu.<br />
Luku 3 käy läpi <strong>DICOM3</strong> kuvatiedoston rakenteen ja<br />
tiedostoformaatin. Ennenkaikkea tarkastellaan tiedoston rakennetta<br />
DICOM- tiedoston muunnoksen kannalta.<br />
Luku 4 käsittelee varsinaisen <strong>DICOM3</strong> -tiedoston muuntamisen<br />
muihin kuvatiedosto formaatteihin. Muunnos käydään läpi vaiheittain<br />
25.10.03 12/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
yleisellä tasolla, mutta itse muunnosprosessin yksityiskohtiin ei<br />
mennä kovin syvällisesti. Tarkoituksena on antaa yleiskuva niistä<br />
toimenpiteistä ja asioista, joita <strong>DICOM3</strong> -muotoisen tiedoston<br />
muuntamiseen liittyy. Luvussa 4 esitellään myös joitakin saatavilla<br />
olevia muunnos- ja katseluohjelmia ja niiden ominaisuuksia.<br />
Luku 5 sisältää tärkeää informaatiota lisätiedon etsintään aiheesta.<br />
Tässä luvussa käydään läpi yksityiskohtaisesti sähköisen liitearkiston<br />
sisältö. Lukuun 5 kuuluu myös linkkilista selityksineen aiheeseen<br />
liittyen.<br />
25.10.03 13/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
2. DICOM???<br />
2.1 Mikä DICOM on?<br />
DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine)<br />
on mailmanlaajuisesti käytetty lääketieteellisen kuvantamisen<br />
standardi, joka määrittelee lääketieteellisen kuvaformaatin ja tarjoaa<br />
kuvauslaitteille yhteensopivan tavan kommunikoida keskenään sekä<br />
ulkomaailman kanssa. Yksinkertaistaen voidaankin todeta, että<br />
DICOM määrittelee lääketieteellisen kuvauksen "kielen" ja luo<br />
"kehykset" lääketieteellisille kuville.<br />
DICOM on pohjimmiltaan amerikkalainen standardi. Sen takana on<br />
kahden standardin potetiaalisen käyttäjän ACR (American College of<br />
Radiology) ja NEMA (National Electrical Manufacturer's<br />
Association) (ACR-NEMA) yhteenliittymä. DICOM on siis lähtenyt<br />
käyttäjien tarpeesta. Tämä on mahdollistanut sen, että DICOM:sta on<br />
myös voinut kehittyä hyvin käytännön tarpeet täyttävä standardi.<br />
Toisaalta käytännön lähtökohtien huomioiminen on varmasti osaltaan<br />
syynä siihen, miksi DICOM ei ole ehkä niitä selkeä lukuisimpia<br />
standardeja. Tunnettu tosiasiahan on, että käytännöllisyys, yleisyys ja<br />
monimutkaisuus kulkevat käsi kädessä.<br />
2.2 DICOM:iin liittyviä väärinkäsityksiä ja selvityksen<br />
ongelmia?<br />
Osittain ehkä DICOM:n monimutkaisuudesta johtuen siitä on<br />
olemassa useitakin vääriä käsityksiä ja huhuja, jotka osaltaan<br />
hankaloittavat standardin ymmärtämistä.<br />
2.2.1 Yleiset harhaluulot DICOM:sta<br />
DICOM ei sinänsä puutu mitenkään varsinaisen kuvadatan sisältöön<br />
eikä näin ollen itsessään paranna kuvan laatua.<br />
DICOM ei ota kantaa kuvan lääketieteellisen sisällön oikeellisuuteen<br />
tai tarkkuuteen. Se ei siis määrittele kuinka tarkka esim. MR-kuvan<br />
pitäisi olla, jotta sitä voitaisiin käyttää diagnosointiin.<br />
DICOM ei takaa sitä, että DICOM:a tukevat laitteet ja niiden kuvat<br />
olisivat täysin yhteensopivia. DICOM:n hienoin idea on juuri siinä,<br />
25.10.03 14/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
että se ei rajoita käyttäjän luovuutta. Se vain määrittelee tietyt minimi<br />
vaatimukset, mutta ei kaikilta osin anna aina ehdotonta mallia miten<br />
jokin asia pitäisi tehdä. Varsinainen yhteensopivuus on aina<br />
varmistettava laitevalmistajan "yhteensopivuus väittämästä"<br />
(conformance statement) esim. valmistajan kotivuilta. Tästä<br />
"yhteensopivuus väittämästä" ilmenee millä tavoin valmistajan tuote<br />
ja sen kuvat ovat DICOM yhteensopivia.<br />
2.2.2 Epäselvyydet versionimissä ja osalukumäärissä... DICOM,<br />
DICOM Version 3, ACR-NEMA Version 2, "draft-versio"....????<br />
DICOM ei eroa mitenkään DICOM Version 3:sta. ACR-NEMA<br />
Version1 ja ACR-NEMA Version2 ovat DICOM:n "aiempien<br />
versioiden" nimet, eikä DICOM 1:stä, DICOM 2:sta tai DICOM 3:sta<br />
ole virallisesti olemassa. Sekavuutta saattaa lisätä vielä verkon kautta<br />
jaeltava "draft" - eli kehitysversio, joka kuitenkin vastaa käytännössä<br />
melko hyvin standardin uusinta painettua versiota.<br />
DICOM:sta ei siis ole olemassa tällä hetkellä useampia kuin yksi<br />
virallinen painettu (ja maksullinen) versio nimeltään DICOM<br />
Version 3. Tässä versiossa on nykyisin (vuoden 1999 lopussa)<br />
alkuperäisen 1993 julkaistun standardin 9 osaa ja näihin myöhemmin<br />
lisätyt 5 lisäosaa (liitettä) eli yhteensä 14 osaa. Mainitsen<br />
osalukumäärät tässä siksi, että nimenomaan niiden kohdalla esiintyy<br />
monesti epäselvyyksiä (tämän dokumentin edellinen versio<br />
mukaanlukien) kun joissain yhteyksissä puhutaan muiden kuin<br />
alkuperäisten 9:n osan kohdalla liitteistä (supplements). Pahiten asiaa<br />
kuitenkin sotkee se, että standardia päivitetään jatkuvasti ja uusia<br />
kohtia lisäillään samalla kun vanhentuneita poistetaan. Tämä saattaa<br />
aiheuttaa sen, että standardin osienkin lukumäärä voi jo ensi vuonna<br />
olla täysin eri kuin tänä vuonna. Oman sotkunsa soppaan lisäävät vielä<br />
käytössä olevat standardien vanhemmat painokset ja monet muut<br />
lähteet kun puhutaan DICOM:n sisältävän 9, 10 tai 13 osaa. Vaikka<br />
osien lukumäärällä ei käytännössä ole juurikaan merkitystä, se antanee<br />
kalpean aavistuksen DICOM:n ylläpidon hankaluuksista. Kun<br />
liikutaan tietotekniikan kaltaisilla nopeasti muuttuvilla alueilla, vaatii<br />
toimivan standardinkin ylläpito jatkuvia muutoksia uusien<br />
tekniikoiden kehittyessä ja yleistyessä.<br />
2.2.3 Mitä DICOM sitten oikein takaa?<br />
Kaiken yllä olevan negatiivisen pyörityksen jälkeen lukijalle saattaa<br />
herätä kysymys, mitä DICOM yhteensopivuus sitten oikein takaa?<br />
Periaatteessa vastaus voisi kuulua ei mitään, sillä DICOM: n<br />
väljyydestä johtuen sillä voidaan tehdä melkein mitä tahansa.<br />
Käytännössä se oikein käytettynä kuitenkin varmistaa, että kuvista on<br />
25.10.03 15/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
saatavissa ja kuviin on liitettävissä kaikki tarpeellinen data järkevällä<br />
ja yksikäsitteisellä tavalla, vieläpä siten että kuvan rakennekin säilyy<br />
järkevänä, yksikäsitteisenä sekä laitteisto/ympäristö riippumattomana.<br />
Kun tähän ylevään lauseeseen vielä lisätään, että kaikki tämä on<br />
mahdollista myös käytännön kuvauslaitteille ja suhteellisen vähän<br />
luovuutta rajoittavasti, voidaan hyvällä syyllä todeta että DICOM<br />
mahdollistaa paljon, vaikkei pelkkä väittämä "DICOM<br />
yhteensopiva" itsessään takaakaan paljon mitään. Juuri tämä<br />
lienee se DICOM:n menestyksen salaisuus. ;-)<br />
2.3 DICOM:n historia ja sen kehitysvaiheet<br />
Ensimmäiset ajatukset lääketieteellisen kuvastandardin kehittämiselle<br />
heräsivät jo 1970 -luvulla, kun mikroprosessorien kehityksen myötä<br />
tietokoneiden ja tietotekniikan määrä sairaaloissa kasvoi<br />
voimakkaasti. Ongelmana oli tuolloin eritoten kuvauslaitteiden ja<br />
kuvien keskinäinen yhteensopimattomuus ja hankala siirreltävyys, kun<br />
kukin laite käytti ja ymmärsi ainoastaan tietyn tyyppisiä kuvia.<br />
Vuonna 1983 ACR (American College of Radiology) ja NEMA<br />
(National Electrical Manufacturer's Association) saivat vihdoin<br />
pitkällisten alkuvalmistelujen jälkeen muodostetuksi komitean, joka<br />
ryhtyi kehittämään lääketieteellisen kuvauksen standardia lähinnä<br />
radiologian tarpeisiin. Kehittäjiensä mukaan standardi sai nimekseen<br />
ACR-NEMA. Ensimmäistä versiota seurasi pian toinen, mutta<br />
kumpikaan ei saavuttanut juurikaan suosiota varsinkaan Amerikan<br />
mantereen ja radiologian ulkopuolella. Ongelmana oli lähinnä<br />
standardin kapea-alaisuus, verkkotuen puuttuminen ja<br />
epäyhteensopivuudet muihin Digitaalisen kommunikaation<br />
standardeihin nähden.<br />
Jo melko pian ACR-NEMA:n toisen version jälkeen kävi ilmeiseksi,<br />
ettei standardi tulisi yleistymään ainakaan radiologian ulkopuolella.<br />
Eurooppalaiset kehittelivät jo vauhdilla omaa MEDICOM<br />
standardiaan, jonka oli tarkoitus korvata rakenteeltaan osittain<br />
vanhentunukin ACR-NEMA euroopassa. ACR ja NEMA olivat<br />
vaikean päätöksen edessä. Jatkaako edelleen standardin kehittelyä<br />
suppealle kohdejoukolle, vai lähteäkö kehittämään standardia alusta<br />
alkaen uudelleen? Lopulta päädyttiin jälkimmäiseen ratkaisuun.<br />
Datarakenne päätettiin kuitenkin säilyttää, koska se oli saavuttanut<br />
melkoisesti suosiota laitevalmistajien keskuudessa. Sen sijaan<br />
vanhentuneet matalan tason kommunikaatio protokollat jätettiin<br />
syrjemmälle, ja uusi OSI-mallin pohjalta rakenneltu verkkopohjaisen<br />
kommunikaation malli luotiin. Muutenkin yhteensopivuutta muihin<br />
standardeihin parannettiin ja standardi pyrittiin suuntaamaan<br />
mahdollisimman laajalle sovellusalueelle.<br />
25.10.03 16/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
Työtä tekemään nimettiin useita komiteoita, jotka työskentelivät<br />
paljolti yhteistyössä eurooppalaista MEDICOM:ia kehittävän CEN<br />
TC 251 -työryhmän ja muidenkin standardoimis organisaatioiden<br />
kanssa. Vuoteen 1993 mennessä standardin runko alkoi olla valmis ja<br />
standardin jakelu alkoi marraskuussa 1993.<br />
Syntynyt uusi lääketieteellisen kuvantamisen standardi, joka sai<br />
nimekseen DICOM Version 3, tuntui vihdoin riittävän<br />
yleispätevältä. Se vaati kuitenkin vielä monelta osin tarkennuksia ja<br />
täsmennyksiä. Merkittävin tehtävä oli määritellä tarkemmin<br />
tiedostoformaatti ja spesifioida eri tallennus mediat ja niiden<br />
rajapinnat, jotka alkuperäinen standardi periaatteessa jätti avoimeksi.<br />
Kehitystyötä päätettiin jatkaa lisäämällä uusia osia (liitteitä)<br />
alkuperäiseen standardiin. Liitteitä valmistuikin vähitellen ja vuoden<br />
1998 aikana DICOM oli saanut lähes nykyisen (1999) ulkoasunsa<br />
(kaikki 14 osaa).<br />
DICOM levisi vauhdilla. Jo vuoteen 1996 mennessä, se oli<br />
saavuttanut vankan jalansijan Euroopassakin. Leviämistä Eurooppaan<br />
auttoi osaltaan se, että alunperin puhtaasti omaksi standardikseen<br />
suunniteltu eurooppalainen kuvantamisen standardi MEDICOM<br />
pohjautui yhteistyön ansiosta lähes täysin DICOM:iin. Myös<br />
laitteistovalmistajien siirtyminen DICOM:iin kävi helposti, koska<br />
standardin datarakenne vastasi ACR-NEMA:n datarakennetta, joka<br />
useimmilla valmistajilla oli jo käytössä. Erityisesti yleistyminen<br />
kardiologian alueella oli merkitävä läpimurto DICOM:lle. Se osoitti<br />
ensimmäistä kertaa myös käytännössä, että alunperin radiologian<br />
tarpeisiin suunniteltu standardi pystyi onnistuneesti toimimaan myös<br />
muilla lääketieteen alueilla. DICOM:sta tuli kuvauksen ja<br />
kuvauslaitteiden "de facto"-standardi, joka on käytössä ympäri<br />
maailmaa.<br />
Seuraavassa taulukossa on kuvattu lyhyesti DICOM standardin<br />
tärkeimmät kehitysetapit.<br />
1983 ACR ja NEMA muodostavat komitean<br />
lääketieteellisen kuvastandardin kehittämiseksi<br />
1985<br />
1988<br />
Standardin ensimmäinen versio valmistuu. Tämä<br />
ACR-NEMA standardi ei kuitenkaan saavuta laajaa<br />
suosiota.<br />
Standardin 2. versio julkaistaan. Versioon 2 on lisätty<br />
mm. tuki kuvadatan pakkaukselle.<br />
1989 Aloitetaan standardin 3:n version kehitystyö.<br />
Tarkoituksena on luoda kokonaan uudistettu versio,<br />
joka pohjautuu paremmin olemassa oleviin<br />
kommunikaation standardeihin. Erotukseksi edellisistä<br />
25.10.03 17/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
1991<br />
1993<br />
1994<br />
1995<br />
1998<br />
Taulukko 2.1 DICOM -standardin kehitysvaiheet.<br />
2.4 DICOM:n kommunikaation malli<br />
Medical Imaging Application<br />
versioista standardi päätetään nimetä DICOM:ksi<br />
Ensimmäiset DICOM-standardin osat (1 ja 8)<br />
valmistuvat<br />
Standardin osat 1-9 otetaan käyttöön. Standardin<br />
nimeksi tulee DICOM Version 3. Vaikka standardin<br />
3:s versio katsotaan virallisesti valmistuneeksi sen<br />
kehitystyö jatkuu edelleen<br />
Liite 1 (Supplement 1) eli käytännössä osa 10, (part<br />
10 Media Storage and File Format) valmistuu<br />
Liitteet 2, 3 ja 4 (Parts 11, 12 , 13) valmistuvat<br />
Tällä hetkellä viimeisin Liite 5 (Part 14) valmistuu<br />
DICOM Application Entity (DICOM sovellusyksikkö)<br />
Service Class specifications<br />
Information Object Definitions<br />
Data Structure and Encoding<br />
File Format Message Exchange<br />
DICOM File service<br />
Media format and physical<br />
media specifications<br />
Off Line Communication<br />
DICOM Session/<br />
Transport /<br />
Profile<br />
STN<br />
DICOM<br />
DataLink<br />
DICOM<br />
Physic. (50 pin)<br />
OSI ULS (OSI Upper layer service) -rajapinta<br />
DICOM UpperLayer<br />
Protocol for TCP/IP<br />
ACSE<br />
OSI Presentation Kernel<br />
OSI Session Kernel<br />
OSI Transport<br />
OSI Network<br />
LLC (Link)<br />
Kuva 2.1 DICOM:n kommunikaation malli ja tuetut kommunikaatio protokollat.<br />
25.10.03 18/53<br />
TCP<br />
IP<br />
Standard network physical layer<br />
(Ethernet, ISDN ...etc)<br />
"Point to Point" -Ympäristö Verkko -Ympäristö<br />
On Line Communication
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
DICOM standardi rakentuu oikeastaan kerroksellisen<br />
kommunikaation mallin pohjalta. On hyvä muistaa, että ACR-NEMA<br />
standardia lähdettiin aikanaan uudistamaan osaksi juuri puutteellisen<br />
verkkotuen takia. Tarvittiin standardia, joka mahdollistaisi joustavasti<br />
eri laitteiden ja sovellusten välisen kommunikaation erilaisista<br />
ympäristöistä huolimatta.<br />
DICOM:a suunniteltaessa otettiinkin tavoitteeksi, että mikä tahansa<br />
ulkopuolinen lääketieteellisen kuvauksen sovellus ja kuvauslaite<br />
voisivat "keskustella" keskenään standardin tarjoamien<br />
"kommunikaatio reittien" (pinot = stacks) avulla. Tältä perustalta<br />
syntyi kerroksellinen kommunikaation malli, joka on esitetty kuvassa<br />
2.1. Kommunikaatio mallia katseltaessa voi havaita ISO:n OSI mallin<br />
keskeisyyden. Jo kerroksellinen rakenne pohjautuu alunperin OSI:iin,<br />
mutta tärkeimpänä liittymäkohtana on kuitenkin OSI:iin pohjautuvan<br />
rajapinnan ottaminen mukaan malliin. Seuraavissa kappaleissa on<br />
hieman tarkemmin selostettu DICOM:n kommunikaatio mallin<br />
sisältöä.<br />
Ylimpänä mallissa on DICOM sovellusyksikkö (DICOM application<br />
entity) Tämä sovellusyksikkö sisältää palvelu luokkien ja informaatio<br />
objektien määritelmät. Lisäksi se spesifioi standardin data rakenteen,<br />
datan koodauksen.ja määrittelee viestinnän- sekä tiedoston formaatin.<br />
DICOM sovellusyksikkö siis kuvaa standardin kielen ja osaset, joita<br />
tarvitaan yhteyksien pitämiseen ulkomaailman kanssa.<br />
DICOM sovellusyksikkö voi kommunikoida ulkomaailman kanssa<br />
periaatteessa kahden raja-pinnan välityksellä. DICOM File Servicen<br />
välityksellä DICOM tiedostot kommunikoivat fyysisen<br />
tallennusmedia palasen kanssa, joka pitää sisällään DICOM:n tukemat<br />
tallennusvälineet. Koska tämä palikka menee fyysiselle tasolle asti<br />
voidaan sen välityksellä DICOM tiedostoja tallentaa hyvinkin<br />
monentyyppisissä ympäristöissä tuetuille tallennusvälineille.<br />
DICOM sovellusyksikön varsinaiset on-line yhteydet alaspäin<br />
hoituvat OSI ULS (OSI Upper Layer Service) -rajapinnan kautta. OSI<br />
ULS on pääosin OSI-mallin ACSE(OSI Association Control Service<br />
Element ), OSI Presentation Kernel ja OSI Session Kernel palasiin<br />
perustuva, DICOM:n Message Exchange -palikan tarjoama palvelu,<br />
joka mahdollistaa yhteydet DICOM:n ylempiin kerroksiin. Koska<br />
OSI-ULS rajapinta on pääosin yhteinen kaikille DICOM:n tukemille<br />
"on line" -kommunikaatio protokollille, se toimii ikäänkuin<br />
yhdistävänä siltana DICOM sovellusyksikön ja tuettujen<br />
kommunikaatio protokollien välillä.<br />
25.10.03 19/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
DICOM tukee kaikkiaan kolmea erillistä (on-line) kommunikaatio<br />
protokollaa. Näistä DICOM:n oma "Point to Point" on mukana<br />
lähinnä yhteensopivuus syistä edellisiin "ACR-NEMA" -standardeihin<br />
nähden. Verkkopohjaisista protokollista DICOM tukee TCP/IP:tä ja<br />
OSI:a. Kuten kuvasta 2.1 voi havaita DICOM ei mitenkään joudu<br />
muuttelemaan näitä protokollia, vaan soveltaa niitä sellaisinaan, mikä<br />
mahdollistaa laajan yhteensopivuuden eri laitteiden suhteen. OSI<br />
protokollasta on erotettavissa kaikki seitsemän kerrosta (ACSE<br />
kuuluu 7:een kerrokseen) ks. kuva 2.1. Pohjimmaisena oleva fyysinen<br />
kerros<br />
( Standard Network Physical Layer) on yhteinen sekä TCP/IP:lle että<br />
OSI:lle. Tämän jälkeen seuraavat OSI:n puolella kaikki muut sen<br />
kerrokset järjestyksessä 6:een saakka ja viimeisenä<br />
sovelluskerrokseen kuuluva ACSE. Vastaavasti TCP/IP:llä tulevat sen<br />
kerrokset IP ja TCP, sekä päälimmäinen DICOM:n oma kerros<br />
(DICOM UpperLayer Protocol for TCP/IP) joka vastaa OSI-mallin<br />
ylempiä kerroksia ja sovittaa TCP/IP:n OSI:in pohjautuvaan DICOM<br />
ULS:ään. Vastaavia tehtäviä hoitaa DICOM:n oman "Point to Point"<br />
protokollan puolella STN kerros, joka tukee DICOM ULS:ää<br />
tarpeellisilta osin.<br />
2.5 DICOM:n rakenne ja osat<br />
Osa 1 OverView<br />
Osa 2<br />
Confor-<br />
mance<br />
Osa 14<br />
(liite 5)<br />
Graysc.<br />
Stand.<br />
Disp.<br />
Funct.<br />
Osa 8<br />
(Comm.Network<br />
Support) (OSI)<br />
Osa 4 Service Classes Specification<br />
Osa 3 Information Objects<br />
Osa 6<br />
Data Dictionary<br />
Osa 7<br />
Message Exchange<br />
Osa 9<br />
(Comm.Point<br />
to Point..)<br />
Osa 5<br />
Data Structures<br />
Osa 13 (liite 4)<br />
(Print Man.<br />
Point to Point..)<br />
Osa 10 (liite 1)<br />
(Storage Media<br />
and File Form.)<br />
Part 12 (liite3)<br />
(Media formats<br />
and fys. media)<br />
Osa 11<br />
(liite2)<br />
Media<br />
storage<br />
Appli-<br />
cation<br />
Profiles<br />
Kuva 2.2 DICOM -Standardin osat ja rakenne (1999). Alkuperäisten osien ääriviivat<br />
on vahvennettu, vanhentuneet osat (tod.näk seuraavasta versiosta<br />
poistuvat) kuvattu tummemman harmaalla ja DICOM sovellusyksikkö<br />
25.10.03 20/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
(Application Entity) on ympäröity katkoviivalla. Huomaa että osien<br />
sijoittelu kuvaa standardin rakennetta (kerroksellisuus)(vrt kuva 2.1)<br />
Edellisessä kappaleessa todettiin jo sivumennen, että DICOM:n<br />
rakenne perustuu kommunikaation malliin. Tämä on itse asiassa<br />
järkevääkin, sillä sopiihan kommunikaation standardin (jollainen<br />
DICOM:kin on) lähtökohdaksi aivan luonnollisesti kommunikaation<br />
malli. Suuremmaksi ongelmaksi muodostuikin standardia<br />
suunniteltaessa järkevä osajako, eli miten jakaa standardi toisiaan<br />
tukeviin, mutta samalla irrallisiin toiminnallisiin palasiin, jotka vielä<br />
sopisivat kommunikaation mallin kerroksellisuuteen. Lopulta<br />
päädyttiin kuvan 2.2 mukaiseen ratkaisuun. Kun vertaa kuvaa 2.2<br />
kommunikaatio mallin kaavioon, (kuva 2.1) huomaa varmasti melko<br />
helposti yhtenäisyydet erityisesti DICOM sovellusykön ja<br />
katkoviivoitetun alueen välillä. Tämä palikka pohjautuukin lähes<br />
sellaisenaan kommunikaation malliin. Niin ikään alemman tason<br />
kommunikointi kerroksien välillä näkyy selvä yhteys, varsinkin jos<br />
sisällyttää "point to point" tulostuksen hallinnan (osa 13) "point to<br />
point" protokollan yhteyteen. Yleisestikin on huomattava, että vaikka<br />
kaikkia osia ei kommunikaatiomallissa näykään, niin silti näilläkin<br />
osilla on oma tärkeä tehtävänsä standardissa. Monet näistä kuten osa 2<br />
(conformance) ja osa 11 (Media Storage application profiles) toimivat<br />
useamman kerroksen alueella, asettaen rajat standardille ja sen<br />
soveltamiselle (Kuvattu muita osia rajoittavina pylväinä). Seuraavissa<br />
kappaleissa on vielä käyty lyhyesti läpi kaikki standardin osat ja<br />
niiden keskeisimmät tehtävät.<br />
2.5.1 Osa 1: Introduction and Overview [DICM/1]<br />
(Esittely ja yleiskatsaus)<br />
Tämä osa on eräänlainen johdanto standardiin, joka asettaa päämäärät<br />
standardille ja sen toiminnoille. Siinä käydään läpi standardin<br />
tavoitteet, historia ja rakenne. Lisäksi osassa 1 on lyhyt yhteenveto<br />
standardin kustakin osasta (osat 1-9 ei liite-osia 10 - 14).<br />
2.5.2 Osa 2: Conformance [DICM/2]<br />
(Yhteensopivuus)<br />
Määrittelee yleiset yhteensopivuus vaatimukset joiden täytyy täyttyä,<br />
jotta tuote voisi olla yhteensopiva DICOM -standardin kanssa. Tämä<br />
osa on erittäin tärkeä standardin kannalta koska se tavallaan asettaa<br />
rajat standardin tulkinnoille ja soveltamiselle. Conformance osa antaa<br />
niin ikään mallin laitevalmistajien käyttämille yhteensopivuus<br />
väittämille (conformance statements) joiden rakenteen pitäisi olla sen<br />
mukainen.<br />
25.10.03 21/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
2.5.3 Osa 3: Information Object Definitions (IODs) [DICM/3]<br />
("informaatio objectejen" määritelmät)<br />
Määrittelee täydellisesti käsitteen "informaatio objekti". Esittää<br />
määritelmät käytännön "informaatio objekteista" (käsitteistä, jotka voivat<br />
liittyä lääketieteellisen digitaalisen tiedon välittykseen) ja kaikista niihin<br />
liittyvistä attribuuteista joita standardi tukee. Määrittelee DICOM:n<br />
informaatio mallin ja mallin reaalimaailmasta.<br />
2.5.4 Osa4: Service Class Specifications [DICM/4]<br />
(Palveluluokan spesifikaatiot)<br />
Määrittelee palveluluokan (Service Class) käsitteen ja SOP:n (Service<br />
Object Pair). Kuvaa käsitteiden välisen vuorovaikutuksen mallin, joka<br />
on yksi standardin peruspylväistä. Lopuksi käy läpi ja määrittelee eri<br />
palveluluokat (Service Class), sekä niihin kuhunkin liittyvät SOP:t.<br />
2.5.5 Osa5: Data Structure and Semantics [DICM/5]<br />
(Tiedon rakenne ja semantiikka)<br />
Määrittelee tiedon rakenteen ja koodauksen. Käyttää hyväkseen<br />
osassa 3 esittettyjä informaatio-objektien määritelmiä ja luo näiden<br />
pohjalta "rakennus piirrustukset" standardin välityksellä esitettävälle<br />
datalle. ("standardin kielioppi")<br />
2.5.6 Osa6: Data Dictionary [DICM/6]<br />
(Tieto sanasto)<br />
Sisältää rekisterin kaikista DICOM:n data-alkioista ("rakennus<br />
palikat") ja niiden merkinnöistä<br />
("standardin sanakirja")<br />
2.5.7 Osa 7: Message Exchange [DICM/7]<br />
(Viestintä)<br />
Määrittelee DICOM:n viestipalvelin osan (DIMSE). DIMSE:n<br />
käyttämä DIMSE-protokolla puolestaan määrittelee ylemmän tason<br />
koodaus säännöt joita tarvitaan viestien välittämiseksi ja sitä kautta<br />
myös DICOM ULS:n. Viesti välitetään DIMSE:n mukaan<br />
komentojoukkona (Command Set)(sisältää tietoa lähetetyn Data-Setin<br />
tulkintaa varten), jota seuraa Datajoukko (DataSet). Viesti formaatti<br />
muistuttaa suuresti DICOM tiedostoformaattia (tiedostoformaattia on<br />
tarkemmin käsitelty seuraavassa luvussa)<br />
25.10.03 22/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
2.5.8 Osa 8: Network Communication Support for Message<br />
Exchange [DICM/8]<br />
(Verkkopohjaisen viestinnän tuki)<br />
Määrittelee DICOM:n verkkopohjaisen kommunikaation mallin (ks.<br />
kuva 2.1), jota voidaan pitää koko DICOM:n rakenteen perustuksena.<br />
Tämä osa sisältää myös kuvauksen siitä miten DICOM ULS -<br />
muodostetaan ja miten ne liittyvät OSI -mallin kerroksiin. Niin ikään<br />
osassa 8 on käsitelty DICOM:n verkkopohjaiset protokollat ja<br />
spesifioitu niiden yhteydet toisiinsa<br />
2.5.9 Osa 9: Point to Point Communication Support for Message<br />
Exchange [DICM/9]<br />
("Point to Point"- viestinnän tuki)<br />
Osa 9 määrittelee DICOM:n oman "Point to Point" protokollan ja sen<br />
liittynnän OSI -pohjaiseen rajapintaan DICOM ULS:ään. Tämä osa on<br />
mukana lähinnä DICOM:n edeltäjän ACR-NEMA -standardin<br />
tukemiseksi. Tulevista DICOM:n versioista se todennäköisesti jää<br />
pois.<br />
2.5.10 Osa 10: Media Storage and File Format for Media Interchange<br />
[DICM/10]<br />
(Tiedon säilöminen ja tiedostoformaatti )<br />
Määrittelee yleisen (kerroksellisen) mallin tiedon tallennukseen,<br />
DICOM tiedostomuodon ja DICOM tiedostopalvelun. Malli luo<br />
"kehykset" lääketieteellisen kuvainformaation tallennukselle ja eri<br />
kuvaformaattien vuorovaikutukselle. Tämän osan sisältöön on<br />
perusteellisemmin paneuduttu seuraavassa DICOM:n<br />
tiedostoformaattia käsittelevässä luvussa.<br />
2.5.11 Osa 11: Media Storage Application Profiles [DICM/11]<br />
(Tiedon tallennuksen sovellutuksia)<br />
Tarkentaa ja kuvaa edelleen yleistä tiedon tallennuksen mallia.<br />
Mahdollistaa yhteentoimivuuden esittämällä standardin osat, jotka<br />
sopivat tiettyyn erityiseen kliiniseen tarpeeseen.<br />
25.10.03 23/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
2.5.12 Osa 12: Media Formats and Physical Media for Media<br />
Interchange [DICM/12]<br />
( Tiedon muodot ja fyysinen media tiedon vuorovaikutukseen)<br />
Helpottaa tiedon siirtoa eri kuvauslaitteiden ja tietojärjestelmien<br />
välillä , määrittelemällä yhteyden yleisen tiedon tallennus mallin (Osa<br />
10) ja tietyn fyysisen median ja tallennusmuodon välille. Määrittelee<br />
tuettujen fyysisten medioden ominaispiirteet ja niihin liittyvät tiedon<br />
formaatit.<br />
2.5.13 Osa13: Print Management Point-to-Point Communication<br />
Support [DICM/13]<br />
(Tulostuksen hallinnan tuki)<br />
Määrittelee palvelut ja protokollat, jotka ovat tarpeellisia DICOM:n<br />
tulostuksen hallinnassa. Tämä osa perustuu läheisesti DICOM:n omaan<br />
"Point to Point" -protokollaan (ks. 2.5.9) ja on näin myös siltä osaltaan<br />
hieman vanhentunut.<br />
2.5.13.1 Osa14: Grayscale Standard Display Function [DICM/14]<br />
(Standardoitu funktio harmaasävyjen esittämiseksi)<br />
Osa 14 on DICOM:iin vuoden 2000 alkuun mennessä tehty viimeisin<br />
lisäys. Se pyrkii määrittelemään standardoidun tavan harmaasävykuvien<br />
esittämiseen. Lisäksi se esittää esimerkkejä kuvausjärjestelmän<br />
sovittamiseksi määriteltyyn funktioon.<br />
2.6 DICOM:n tulevaisuus<br />
DICOM:n asema lääketieteellisen kuvantamisen ykkös-standardina on<br />
tällä hetkellä selvä. Standardi on saavuttanut paitsi laitevalmistajien,<br />
myös kuvausalan asiantuntijoiden suosion ympäri maailmaa. Useat<br />
muutkin lääketieteellisen kuvauksen standardoimisjärjestöt, kuten<br />
japanilainen JIRA (Japanese Industry Association for Radiation<br />
Apparatus) ja Eurooppalainen CEN TC 251 ovat ottaneet DICOM:n<br />
omien standardiensa ja suositustensa pohjaksi. Tästäkään huolimatta<br />
ACR-NEMA:lla ei ole varaa levätä laakereillaan. Lähi tulevaisuuden<br />
haasteina DICOM:lla on ennen kaikkea multimedian liittäminen<br />
mukaan kuvaan. Ongelmia on tuottanut myös 3D - kuvaus, vaikkakin<br />
DICOM:n nykyiset versiot periaatteessa tukevatkin sitä. Työtä<br />
tehdäänkin tällä hetkellä eritoten 3D-ultraääni objektien, MPEG:n ja<br />
moni osaisten kuvien tuen parantamiseksi. Myös datan turvallisuutta<br />
25.10.03 24/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
yritetään parantaa kehittämällä tukea mm. Digitaalisille<br />
allekirjoituksille.<br />
Vaikka DICOM voikin turvallisin mielin katsella uudelle<br />
vuosituhannelle, riittää sille tulevaisuudessakin haasteita. Levitäkseen<br />
edelleen ja säilyttääkseen asemansa, sen tulee pystyä ennakoimaan<br />
tulevaisuuden tarpeet riittävän ajoissa ja myös vastaamaan niihin<br />
riittävän nopeasti. Tämä on vaikea tehtävä nykyisenä tietotekniikan<br />
"salamakehityksen" aikakautena. DICOM:lla on kuitenkin hallussaan<br />
samat valttikortit, jotka nostivat sen aikanaan yleiseen suosioon:<br />
avoimuus, joustavuus ja tarkkaan mietitty muutokset kestävä rakenne.<br />
Mikäli nämä asiat pidetään edelleen mielessä standardia uudistettaessa<br />
ja kehitettäessä, ei ole mitään epäselvyyttä siitä etteikö DICOM<br />
selviäsi voittajana tälläkin vuosituhannella.<br />
25.10.03 25/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
3. <strong>DICOM3</strong> KUVA-TIEDOSTON RAKENNE JA OSAT<br />
3.1 DICOM-tiedosto - mutkikas palapeli<br />
DICOM on monessa suhteessa väljä standardi. Tämä pätee myös<br />
tiedosto formaattiin. Standardi ei sinänsä määrää tarkkaan tiedoston<br />
koostumusta, vaan tarjoaa kuvalle tarvittavat rakennuspalikat ja<br />
asettaa rajat sille, mitä palikoita kunkin tyyppisessä kuvassa voi olla.<br />
Itse asiassa DICOM kuvatiedosto ei ole sen kummallisempi otus, kuin<br />
kasa tälläisiä rakennuspalikoita (data-alkioita) tietyssä järjestyksessä.<br />
Data-alkiot puolestaan sisältävät tietoja kuvasta, kuvatusta potilaasta,<br />
sekä tietenkin varsinaisen kuvan pikselidatan. DICOM -tiedosto<br />
eroaakin normaaleista kuvista juuri siinä, että itse kuvatiedostossa on<br />
muutakin kuin pelkkiä pikseleitä. Toivon mukaan seuraava<br />
leikkimielinen vertaus selventää hiukan DICOM kuvan rakennetta :-).<br />
Ajatellaanpa DICOM tiedostoja vaikkapa palapeleinä, joita kootaan<br />
suuresta määrästä erityyppisiin palapeleihin sopivia palasia (dataalkiota).<br />
Kokoamisohje (DICOM standardi) määrittelee kaikki<br />
käytettävissä olevat palaset ja ryhmittelee sekä yksilöi ne.<br />
Kokoamisohje määrää myös tietyt pakolliset palaset, jotka kaikissa ja<br />
toisaalta tietyntyyppisissä palapeleissä on oltava. Lisäksi se määrää<br />
palasten järjestyksen. Sen sijaan se ei rajoita palapelin palasten<br />
kokonaismäärää tai sitä, mitä valinnaisia palasia kokooja haluaa<br />
palapelissään käyttää.<br />
Jos edellinen ajatusleikki meni "yli hilseen" ei vielä kannata tässä<br />
vaiheessa masentua ja heittää tätä selvitystä mappi-Ö:n. Vertauksen<br />
tarkoituksena oli lähinnä antaa lukijalle jonkinmoinen kokonaiskäsitys<br />
asiasta, joka auttaa pysymään selvillä siitä missä mennään, kun<br />
seuraavissa kappaleissa pureudutaan tiedoston rakenteen<br />
yksityiskohtiin.<br />
3.2 DICOM tiedoston perusosat ("palapelin" kehykset)<br />
Kaikista DICOM tiedostoista voidaan erottaa kaksi rakenteellista<br />
perusosaa: DICOM File Meta Information ja DICOM Data Set<br />
25.10.03 26/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
Kuva 3.1 Dicom tiedoston perusosat [DICM/10]<br />
Tämä rakennemalli vastaa DICOM kommunikaatio mallissa käytettyä<br />
viestin rakennetta (ks. 2.5.7). Nyt vain "Command Set":n korvaa<br />
DICOM File Meta information. Kuten "Command Set":kin myös File<br />
Meta Information ryhmä sisältää Data Set:in lukemisessa tarvittavaa<br />
tietoa. Tällä tavalla DICOM ikään kuin kehystää tallennettavan datan<br />
liittämällä jokaiseen tiedostoon mukaan datapaketin siitä itsestään. On<br />
kuitenkin huomattava että "kehystäminen" ei tässä tapauksessa<br />
tarkoita tiedoston pituuden vakioittamista, vaan sekä "File Meta<br />
Information" että Data Set:n pituus (ja tietenkin tiedoston<br />
kokonaispituuskin) voi vaihdella kuten jatkossa tullaan huomaamaan.<br />
Seuraavissa kappaleissa on käyty läpi tarkemmin sekä Data Set että<br />
File Meta Information. Vaikka käsittely järjestys saattaa tuntua<br />
hieman takaperoiselta (Data Set:hän on DICOM tiedostossa vasta File<br />
Meta Information osan jälkeen ), se on perusteltavissa sillä, että File<br />
Meta Information osan ymmärtäminen ja käsittely ennen Data-Set:in<br />
käsittelyä olisi hankalampaa.<br />
3.3 DICOM Data Set ("palapelin" kuvapalikka ja sen tieto<br />
palaset)<br />
DICOM tiedoston varsinainen sisältö on tallennettu Data Set:iin<br />
Juuri Data Set sisältää tiedot potilaasta, kuvauslaitteistosta,<br />
kuvatyypistä jne. Data Set sisältää myös itse kuvan pikselit yhtenä<br />
data-alkiona (Pixel Data).<br />
3.3.1 Data-alkiot ("palapelin" palaset) Data Set:in ja DICOM<br />
tiedoston perustana<br />
Data Set koostuu data-alkioista ("palapelin" palaset) (data elements).<br />
Data-alkion koostumusta on selvitetty seuraavassa kuvassa.<br />
25.10.03 27/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
Kuva 3.2 Data Set,Data-alkio (Data Element) ja sen kentät[DICM/5]<br />
Data-alkiot rakentuvat osasista joita kutsutaan kentiksi(fields).<br />
Seuraavissa kappaleissa on käsitelty kukin kentistä lyhyesti.<br />
Tarkempia tietoja data-alkion kenttien sisällöstä ja eri rakenne<br />
vaihtoehdoista löytyy DICOM-standardin osasta 5 [DICM/5] (7.1.1).<br />
3.3.1.1 Data-alkion kentät<br />
3.3.1.1.1 Tagi (Tag) –kenttä<br />
Kaikilla data-alkioilla (ja informaatio-objektin atribuuteilla) on oltava<br />
yksilöllinen tunnistekenttä eli Tagi (Tag). Tagi on järjestetty pari 16<br />
bittisiä etumerkittömiä (ei negatiivisia) lukuja. Tagin ensimmäistä<br />
numeroa sanotaan ryhmänumeroksi (Group Number) ja toista osaa<br />
alkionumeroksi (Element Number).<br />
Esim. data-alkion "Patient name" Tagi on (heksalukuna) (0010,0010).<br />
DICOM tiedostoissa ei siis ole data-alkion yhteydessä alkion nimeä<br />
vaan ainoastaan (binääri muotoinen) tagi, josta tiedostoa käsittelevät<br />
ohjelmat tietävät mitä alkiota ne juuri ovat lukemassa.<br />
Koska data-alkioita on paljon on luonnollista järjestellä niitä<br />
tiedostossa jollain järkevällä tavalla. Helpoimman tavan<br />
järjestämiseen tarjoaa juuri Tagi. Tagin ryhmänumero jakaa dataalkiot<br />
ensin ryhmiin. Ensimmäisenä tiedostossa tulevat ryhmät joiden<br />
Tagin ryhmänumero on pienin. Esim 0008 ryhmänumeron omaavat<br />
data-alkiot tulevat ennen 0010 ryhmää jne. Alkionumero taas määrää<br />
järjestyksen ryhmän sisällä. Näin esimerkiksin Tagin (0008 , 0060)<br />
(Modality) omaava data-alkio on tiedostossa ennen data-alkiota<br />
(Manufacturer) jonka Tagi on (0008, 0070)<br />
3.3.1.1.2 Value Representation -kenttä<br />
Value Representation on 2 tavua pitkän merkkijonon sisältävä kenttä<br />
,joka kertoo minkätyyppistä dataa data-alkion arvokenttä (value field)<br />
25.10.03 28/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
sisältää. Tiedoston ”Transfer Syntax” ominaisuus (käsitelty myöhemmin)<br />
määrää onko data-alkiossa Value Representation kenttää vai ei.<br />
3.3.1.1.3 Value Length -kenttä<br />
Value Length -kenttä (16 tai 32 bit) määrittää arvokentän pituuden<br />
tavuina tai jos arvokentän pituus on määrittelemätön, se sisältää luvun<br />
FFFFFFFF.<br />
3.3.1.1.4 Arvokenttä eli Value Field<br />
Arvokenttä sisältää varsinaisen data-alkion arvon. Pääosin tiedoston<br />
"Transfer syntax" -ominaisuudesta riippuu se, miten arvokentän<br />
binääridata on koodattu. Arvokenttä sisältää kuitenkin aina parillisen<br />
määrän tavuja ja tästä syystä saatetaan arvokentän loppuun toisinaan<br />
joutua liittämään ylimääräisiä bittejä.<br />
3.3.1.2 Data-alkion yleinen rakenne ja VR eli Value Representation<br />
Edellä oli puhetta data-alkion kenttärakenteesta. Samassa yhteydessä<br />
esiteltiin jo Value Representation- eli VR-kenttä, joka tavallaan<br />
ilmaisi data-alkion arvokentän rakenteen. VR:llä on kuitenkin<br />
DICOM:n data-alkioiden tulkinnan kannalta paljon VR-kenttää<br />
laajempikin merkitys. Se määrää tavallaan koko data-alkion<br />
rakenteen. Ts. data-alkion rakenne riippuu siitä, minkätyyppinen VR<br />
siinä on käytössä. VR-ää on periaatteessa kahta tyyppiä<br />
Eksplisiittinen VR (Explicit VR) ja Implisiittinen VR (Implicit VR).<br />
Seuraavissa suoraan DICOM:sta lainatuissa taulukoissa on esitetty<br />
data-alkion rakenteen erot eri VR:lle [DICM/5](Tables 7.1-1 – 7.1-3)<br />
25.10.03 29/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
Kuva 3.3 Data-alkion rakenne eksplisiittisen VR:n yhteydessä (DICOM tables 7.1-1<br />
ja 7.1-2 [DICM/5])<br />
Kuva 3.4 Data-alkion rakenne implisiittisen VR:n yhteydessä (DICOM table 7.1-3)<br />
3.3.2 Data Setin data-alkiot jaotellaan ominaisuusryhmiin<br />
Kukin data-alkio liittyy aina johonkin DICOM:n määrittelemään<br />
"informaatio-objektiin". Esim. edellä esimerkkinä mainittu "Patient<br />
name" alkio liittyy "Patient" infromaatio-objektiin. Informaatioobjekti<br />
on standardin määrittelemä kuvaustapahtumaan ja<br />
informaation kulkuun jollain tavalla vaikuttava osatekijä.<br />
25.10.03 30/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
DICOM standardin 3:s osassa [DICM/3] määritellään useimmat<br />
informaatio-objektit ja niihin liittyvät data-alkiot. Yksittäiset<br />
informaatio-objektitkin ovat kuitenkin vielä melkoisen laajoja.<br />
Esimerkiksi "Patient" informaatio-objektiin liittyy satoja data-alkioita.<br />
Tästä johtuen on aivan selvää että data-alkioiden sujuvaa määrittelyä<br />
varten informaatio-objektitkin on pilkottava pienemmiksi<br />
kokonaisuuksi. Tällä tavoin saatuja ryhmiä kutsutaan DICOM:ssa<br />
nimellä "Information Object Module" eli lyhyesti suomennettuna<br />
ominaisuusryhmiksi<br />
Ominaisuusryhmän jäseniä taas kutsutaan virallisesti ko.<br />
informaatio-objektin attribuuteiksi. Nyt lukija saattaa ihmetellä,<br />
miten data-alkiosta tulikin yht äkkiä ominaisuusryhmän attribuutti?<br />
Itse asiassa nämä DICOM:n ominaisuusryhmiensä yhteydessä<br />
määrittelemät attribuutit ovat juuri niitä tutun "tiedosto palapelimme"<br />
palikoita data-alkioita, mutta niille vain ei ole vielä annettu arvoja.<br />
DICOM standardi ei siis määrittele [DICM/3] tarkasti ottaen dataalkioita,<br />
vaan "Informaatio - objekteja" ja niiden attribuutteja, joita<br />
tiedostossa ollessaan kutsutaan data-alkioiksi, kun niillä on joku arvo.<br />
Tässä selvityksessä puhun kuitenkin tuttavallisesti aina data-alkioista<br />
(silloinkin kun kyseessä virallisesti olisi informaatio objektin<br />
attribuutti) lukijalle muutoinkin varmasti käsittämätöntä termisekasotkua<br />
helpottaakseni.<br />
Seuraavissa kappaleissa on käyty läpi muutamia tärkeimpiä "DICOM<br />
Data Set:in" ominaisuusryhmiä ja niiden data-alkioiden määritelmiä.<br />
Koska data-alkioita ja ominaisuusryhmiä on paljon!!!, ei tässä ole<br />
mitään mieltä lähteä käsittelemään niitä kaikkia. Tavoitteena on<br />
lähinnä antaa lukijalle kuva siitä, mitä kaikkea DICOM -tiedosto voi<br />
sisältää. Jos asia ei Sinua kiinnosta, voit huoletta hypätä kappaleeseen<br />
3.4. Toisaalta lisää luetteloja informaatio-objekteista ja vastaavien<br />
data-alkioiden määritelmistä on saatavissa n. 300 sivun verran<br />
DICOM standardin osasta 3 [DICM/3] (Suosittelen erityisesti<br />
unettomuudesta kärsiville :-) )<br />
3.3.2.1 Kuvan ominaisuuksiin liittyvät data-alkiot<br />
Kuvan ominaisuuksiin liittyvät data-alkiot ovat tiedoston<br />
muuntamisen kannalta tärkeitä koska tätä kautta päästään käsiksi<br />
kuvan kokoon, kuvatiedostossa olevien "yksittäisten kuvien määrään"<br />
sekä kuvan väritykseen. Monet DICOM-tiedostoja muuntavat ja<br />
käsittelevät ohjelmat lukevatkin vain tämän osion tietoja kuvan koosta<br />
ja bittien määrästä, koska muilla ei juurikaan ole merkitystä<br />
muunnosprosessin kannalta [Chris]. Seuraavissa on kappaleissa<br />
taulukoituna muutamia tärkeimpiä ominaisuusryhmiä ja niihin<br />
liittyviä data-alkoita.<br />
25.10.03 31/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
3.3.2.1.1 "General Image Module “<br />
Atribuutin<br />
(data-alkion)<br />
nimi:<br />
Tagi:<br />
(tunniste)<br />
Esim. arvo Atribuutin kuvaus:<br />
Instance Number 0020,0013 --- Numero joka yksilöi kuvan<br />
Patient<br />
Orientation<br />
0020,0020<br />
---<br />
Potilaan "asento" suhteessa kuvan<br />
tasoon. Asentoa kuvataan<br />
kahdella arvolla jotka kuvaavat<br />
anatomista suuntaa. ( Positiivinen<br />
Vaaka-akseli (vasemmalta<br />
oikealle) ja Positiivinen<br />
Pystyakseli (ylhäältä alas)).<br />
(Ks.[DICM/3](C.7.6.1.1.1))<br />
(pakollinen jos varsinaisen kuva-<br />
tyypin data-alkioissa ei vastaavaa)<br />
Image Date 0008,0023 --- Päivämäärä jolloin kuvadatan<br />
generointi alkoi. (pakollinen<br />
ajallisisti sarjassa peräkkäin<br />
olevissa kuvissa)<br />
Image Time 0008,0033 --- Aika jolloin kuvadatan generointi<br />
Image Type<br />
0008,0008<br />
---<br />
alkoi. (ks. Image Date)<br />
data-alkio joka yksilöi tärkeitä<br />
kuvan tunnistamista auttavia<br />
piirteitä.<br />
(ks. [DICM/3](C.7.6.1.1.2))<br />
kertoo onko kuva pakattu<br />
25.10.03 32/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
Lossy Image<br />
Compression<br />
Lossy Image<br />
Compression<br />
Ratio<br />
0028,2110 --- hävittävällä pakkausalgoritmilla.<br />
0028,2112<br />
---<br />
Mahdolliset arvot:<br />
00 = kuvaa ei pakattu hävittävällä<br />
pakkausalgoritmilla.<br />
01 = kuva on pakkattu<br />
hävittävällä<br />
pakkausalgoritmilla.<br />
Kertoo (hävittävällä<br />
pakkausalgoritmilla pakatun)<br />
kuvan arvioidu pakkaussuhteen.<br />
Taulukko 3.1 "General Image Module "ominaisuusryhmän tärkeimmät data-alkiot.<br />
[DICM/3](table C.7-7)<br />
3.3.2.1.2 "Image Pixel module "<br />
Atribuutin nimi:<br />
(DICOM 3 standardissa)<br />
Samples per Pixel<br />
Photometric<br />
Interpretation<br />
Tagi:<br />
(tunniste)<br />
0028,0002<br />
0028,0004 MONOCHR<br />
Esim. arvo Atribuutin kuvaus:<br />
1<br />
OME2.<br />
Erillisten tasojen lukumäärä<br />
kuvassa. Standardissa määriteltyjä<br />
arvoja ovat 1, 3 tai 4 tasoa.<br />
Mustavalkoisissa (harmaasävy)<br />
kuvissa tasojen lukumäärä on<br />
yleensä 1. RGB kuvissa 3.<br />
Määrittelee pikselin tulkintatavan.<br />
Rows 0028,0010 109 Kuvassa olevien (vaaka)rivien<br />
lukumäärä.<br />
Columns 0028,0011 91 Kuvassa olevien sarakkeiden<br />
(pystyrivien) lukumäärä.<br />
25.10.03 33/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
Bits Allocated 0028,0100 8 Varattujen bittien lukumäärä<br />
(tasoa) näytettä (sample) kohti<br />
(yleensä Bits Allocated = Bits<br />
Strored)<br />
Bits Stored 0028,0101 8 Käytettyjen bittien lukumäärä<br />
tasoa (näytettä) (sample) kohti<br />
High Bit 0028,0101 7 Eniten merkitsevä bitti pikseli<br />
Pixel<br />
Representation<br />
Pixel Data 7FE0,0010 ----<br />
datassa<br />
0028,0103 0 Pikseli näytteiden (tasojen)<br />
(19838 bytes)<br />
kuvaama data. Jokaista näytettä<br />
vastaa sama kuvaus.<br />
Mahd. Arvot:<br />
0000H=etumerkitön kokonaisluku<br />
0001H=kakkosen komplementti<br />
Varsinainen kuvadata<br />
Taulukko 3.2 " Image Pixel module " ominaisuusryhmän tärkeimmät data-alkiot.<br />
[DICM/3](table C.7.9)<br />
3.3.2.1.3 "Multi-Frame Module "<br />
Atribuutin nimi:<br />
(DICOM 3 standardissa)<br />
Number of Frames<br />
Tagi: (tunniste) Esim. arvo Atribuutin kuvaus:<br />
0028,0008<br />
2<br />
Ilmaisee kuvatiedostoon<br />
sisältyvien "erillisten<br />
kuvien" lukumäärän.<br />
Taulukko 3.3 " Multi-Frame Module" ominaisuusryhmän tärkeimmät data-alkiot.<br />
[DICM/3](table C.7-12)<br />
25.10.03 34/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
3.3.2.1.4 "Image plane module "<br />
Atribuutin nimi:<br />
(DICOM 3 standardissa)<br />
Pixel Spacing<br />
Tagi: (tunniste) Esim. arvo Atribuutin kuvaus:<br />
0028,0030<br />
2.00\2.00<br />
Fyysinen etäisyys potilaassa<br />
/mm vastataten kahden<br />
pixelin välistä etäisyyttä /mm<br />
Slice Thickness 0018,0050 2.00 Nimellinen "siivun" paksuus<br />
/mm<br />
Taulukko 3.4 " Image plane module " ominaisuusryhmän tärkeimmät data-alkiot.<br />
[DICM/3](table C.7-8)<br />
3.3.2.2 Potilastietoihin liittyvät ominaisuusryhmät<br />
Kuten aiemmin jo todettiin DICOM-tiedosto sisältää varsinaisen<br />
kuvadatan ja sen ominaisuus tietojen lisäksi informaatiota myös<br />
potilaasta. Nämä tiedot eivät ole tärkeitä itse DICOM-muunnos<br />
prosessin kannalta, mutta niillä oma keskeinen merkityksensä potilaan<br />
tietosuojan ja yksilöimisen kannalta. Siksi tässä käsitellään lyhyesti<br />
tärkeimmät potilastietoihin liittyvät ominaisuusryhmät, jotka on<br />
sisällytetty <strong>DICOM3</strong> tiedosto formaattiin.<br />
3.3.2.2.1 "Patient identification module "<br />
Atribuutin nimi:<br />
(DICOM 3 standardissa)<br />
Patient's Name<br />
Tästä ominaisuusryhmästä (0010, osittain) löytyy potilaan<br />
tunnistetiedot. "Patient identification modulin" data-alkioita ovat mm.<br />
potilaan nimi, henkilötunnus jne. Ko. kentän data-alkiot on listattu<br />
seuraavassa taulukossa:<br />
Tagi: (tunniste) Esim. arvo Atribuutin kuvaus:<br />
0010,0010<br />
----<br />
Kuvatun potilaan nimi.<br />
Patient's ID 0010,0020 --- Ensisijainen potilaan<br />
25.10.03 35/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
tunnistenumero (esim. Henk.<br />
tunnus)<br />
Taulukko 3.5 "Patient identification module " ominaisuusryhmän tärkeimmät dataalkiot.<br />
[DICM/3](table C.2-2)<br />
3.3.2.2.2 "Patient Demographic Module "<br />
Tämän ominaisuusryhmän data-alkiot sisältävät tiedot potilaan iästä,<br />
siviilisäädystä , syntymäajasta, painosta jne.<br />
Tarkemmat tiedot tämän ryhmän data-alkioista löytyy taulukosta C.2-<br />
3 DICOM -standardin osasta 3 [DICM/3] (table C.2-3)<br />
3.3.2.2.3 "Patient Medical Module "<br />
Tästä ominaisuusryhmästä löytyy tietoa potilaan sairauksista,<br />
allergioista, lääkityksestä jne.<br />
Tarkemmat tiedot tämän ryhmän data-alkioista löytyy taulukosta C.2-<br />
4 DICOM -standardin osasta 3 [DICM/3] (table C.2-4)<br />
3.3.2.3 Kuvaustavasta<br />
ilmaiseminen<br />
riippuvat data-alkiot ja kuvaustavan<br />
Edellä on käsitelty tärkeimpiä DICOM-muotoiseen tiedostoon<br />
mahdollisesti upotettuja tietoja ominaisuusryhmittäin. Kyseiset<br />
ominaisuusryhmät ovat löydettävissä miltei kaikentyyppisissä<br />
<strong>DICOM3</strong> tiedostoista. DICOM muotoisissa kuvissa on kuitenkin vielä<br />
paljon muutakin tärkeää tietoa, riippuen siitä minkä tyyppinen kuva<br />
on kyseessä.<br />
3.3.2.3.1 Imaging modality (0008,0060)<br />
Imaging modality data-alkio (Tag: 0008,0060) on keskeinen DICOM<br />
tiedoston rakenteen kannalta, sillä siitä riippuu minkä tyyppisiä tietoja<br />
standardi kuvalta edellyttää Standardin osassa 3 kappaleessa<br />
C.7.3.1.1.1 [DICM/3] (C.7.3.1.1.1) on listattu Imaging modality:n<br />
kaikki mahdolliset arvot. Seuraavassa taulukossa muutamia<br />
tärkeimpiä. Sivunumerot viittaavat DICOM-standardin sähköiseen<br />
versioon osaan 3 [DICM/3] joka on pdf-muodossa tämän dokumentin<br />
liitteenä.<br />
HUOM. Ensimmäiset sivunumerot viittaavat sivun ylälaidassa ja<br />
sisällysluettelossa oleviin sivunumeroihin, jälkimmäiset taas pdftiedoston<br />
sivunumeroihin<br />
25.10.03 36/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
Arvo ja sen selite sivut ja viitteet: [DICM/3]<br />
CT = Computed Tomography Table C.8-3<br />
CT IMAGE MODULE<br />
MR = Magnetic Resonance<br />
ATTRIBUTES (s. 181 - 183)(196<br />
- 198)<br />
Table C.8-4<br />
MR IMAGE MODULE<br />
NM = Nuclear Medicine<br />
ATTRIBUTES (s. 184 - 188)<br />
(199 - 203)<br />
Table C.8-9<br />
NM IMAGE MODULE<br />
ATTRIBUTES (s.189-214)(204 -<br />
229)<br />
RTIMAGE = Radiotherapy Image Table C.8-34—RT IMAGE<br />
US=Ultrasound<br />
MODULE ATTRIBUTES (s.259 -<br />
266) (274 - 281)<br />
Table C.8-18<br />
US IMAGE MODULE<br />
ATTRIBUTES<br />
(s.215 -235) (230 - 250)<br />
Taulukko 3.6 Joitakin Imaging Modality:n sallittuja arvoja sekä viitteet standardin<br />
kohtiin josta löytyy selvitys minkätyyppiset data-alkiot mahdollisia<br />
3.4 DICOM File Meta Information ("palapelin" purkamis ohjeet)<br />
DICOM -standardi määrittelee kaikille standardin mukaisille<br />
tiedostoille ainakin yhden yhteisen ja pakollisen osan: DICOM File<br />
Meta Information. Myös File Meta Information koostuu<br />
samantyyppisistä data-alkioista kuin Data Set- osakin. Erona on<br />
ainoastaan että File Meta Information -ryhmän data-alkiot eivät<br />
sisälläkkään tietoa kuvasta, vaan itse tiedostosta ja siitä miten<br />
tiedoston Data Set osaa pitäisi lukea. Tätä tietoa tarvitaan tiedoston<br />
Data-Set:n tulkitsemisessa. File Meta Information -ryhmällä on myös<br />
tärkeä merkitys tiedoston muodon varmentamisessa. Seuraavassa<br />
25.10.03 37/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
Atribuutin(data-<br />
alkion) nimi:<br />
(DICOM 3 standardissa)<br />
File Preamble<br />
Dicom Prefix<br />
Group Length<br />
File Meta<br />
Information<br />
Version<br />
Transfer Syntax<br />
taulukossa on listattu tyypillisimpiä (kaikkiaan 12:sta mahdollisesta)<br />
File Meta Information -ryhmän data-alkiosta ja niiden kuvauksia.<br />
Lisäksi kutakin data-alkiota vastaten on listattu sen tunniste eli Tagi<br />
(jos sellainen on ) ja myös joku yleinen esim. arvo.<br />
Tagi:<br />
(tunniste)<br />
---<br />
---<br />
0002,0000<br />
0002,0001<br />
0002,0010<br />
Esim. arvo Atribuutin kuvaus:<br />
(00H)<br />
"DICM"<br />
132<br />
256<br />
1.2.840.<br />
Kuvaus tiedoston erityisestä<br />
käyttötavasta. Ei yleensä käytössä<br />
DICOM -tiedostoissa (silti<br />
pakollinen). Jos osaa ei käytetä<br />
kaikki tavut pitäisi asettaa arvoon<br />
00H. (pituus kiinteä 128 tavua)<br />
Tunniste DICOM tiedoston<br />
tunnistamista varten. Jos tiedosto<br />
on DICOM tiedosto tunniste<br />
sisältää merkkijonon: "DICM"<br />
(pakollinen kaikissa <strong>DICOM3</strong> -<br />
Standardin mukaisissa tiedostoissa)<br />
(pituus kiinteä 4 tavua)<br />
Ilmaisee ryhmään "File Meta<br />
information" kuuluvien tavujen<br />
lukumäärän itsensä jälkeen<br />
2 tavua pitkä kenttä, joka ilmaisee<br />
ko. DICOM -tiedoston (File Meta<br />
Information osan ) version<br />
Määrittelee DICOM-tiedoston data<br />
25.10.03 38/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
UID 10008.1.2.1. osion koodaus "syntaksin"<br />
(mahdolliset arvot listattu<br />
seuraavassa kuvassa). (Oletus<br />
syntaksina on implisiittinen VR<br />
Little Endian) Syntaksilla on suora<br />
vaikutus siihen, miten kuvan<br />
Pikselidataa käsitellään.Yleisimmät<br />
syntaksit on listattu alapuolella.<br />
Taulukko 3.7 "DICOM File Meta Information " ryhmän tärkeimmät data-alkiot.<br />
(kaikkiaan 12:sta mahdollisesta) [DICM/10](table 7.1-1)<br />
3.5 Data-alkioiden koodaus ja pakkaus<br />
Kun DICOM tiedoston osaset "palapelin" palat on vihdoin saatu<br />
käsiteltyä, on aika kurkistaa hieman palan (data-alkion) varsinaiseen<br />
sisältöön eli arvoon. Jotta tämä arvo olisi ilmaistavissa<br />
yksikäsitteisesti se täytyy koodata jollain tavalla. Binääri datan<br />
koodaukseen on yleisesti ottaen olemassa kaksi tavallista vaihtoehtoa:<br />
Big Endian ja Little Endian.<br />
3.5.1 Big Endian ja Little Endian (Tavujen järjestely Datan<br />
koodauksessa)<br />
Little Endian (Tavallisin <strong>DICOM3</strong>:ssa) koodauksessa useamman<br />
tavun kokonaisluvut (16bit ,32bit,...) koodataan niin, että vähiten<br />
merkitsevä (least significant) tavu koodataan ensin ja sitten<br />
merkisevyysjärjestyksessä seuraava jne. (merkitsevyys lisääntyy<br />
loppua kohti)<br />
Merkkijoissa (jotka sisältävät Useita 8 bit. yksittäisiä tavuja) taas<br />
kirjaimet koodataan esiintymisjärjestyksessä (vasemmalta oikealle)<br />
Big Endian koodauksessa useamman tavun kokonaisluvuissa<br />
koodataan eniten merkitsevä tavu ensin ja sitten<br />
merkitsevyysjärjestyksessä seuraava jne. (merkitsevyys vähenee<br />
loppua kohti). Merkkijonoissa noudatetaan samaa koodaustapaa kuin<br />
Little Endian koodauksessa.<br />
25.10.03 39/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
3.5.2 DICOM-tiedoston syntaksi<br />
Mm. se kumpaa tavukoodausta (Little Endian vai Big Endian)<br />
DICOM-tiedostossa käytetään selviää tiedoston "syntaksista". Käytän<br />
tässä lainausmerkkejä sanan syntaksi ympärillä koska termi on<br />
virallisesti "transfer syntax" eli sananmukaisesti "lauseoppi siirrosta"<br />
:-) . Kyseessä on kuitenkin oikeastaan DICOM -tiedoston dataalkioiden<br />
"koodaustapa" joka ilmaisee miten tiedoston dataa tulisi<br />
tulkita. Yleisimmät DICOM:n tukemat syntaksit on listattu alla<br />
olevassa kuvassa.<br />
Kuva 3.5 DICOM "transfer syntaxes"[Barre] Pakattuun DICOM -formaattiin<br />
liittyvät syntaksit on ilmaistu kuvakkeella .<br />
25.10.03 40/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
3.5.3 Pikselidata<br />
Syntaksi ilmoitetaan tiedoston ryhmän " DICOM File Meta<br />
Information " "transfer syntax UID" data-alkiolla. Käytännössä siis<br />
data-alkio (0002,0010) määrää tiedoston tulkinnassa käytettävän<br />
syntaksin.<br />
DICOM -tiedostossa varsinaisen koodatun kuvadatan välitykseen<br />
käytetään Pixel Data Element (7FE0,0010) -data-alkiota (ts. kuvan<br />
pikselidata on alkiossa (7FE0,0010)).<br />
Pikselidata (Pixel Data) koostuu pikselialkioista tai pikselisoluista<br />
(Pixel Cell), joista kukin sisältää yksittäisen pikselin näytearvon.<br />
Image Pixel module –ominaisuusryhmän data-alkiot Bits Allocated,<br />
Bits Strored ja High Bit antavat pikselisolujen tulkintaan tarvittavat<br />
perustiedot. Bits Allocated (0028, 0100) ilmaisee varatut bitit , Bits<br />
Strored (Tag: 0028, 0101) käytetyt bitit ja High Bit (0028,) eniten<br />
merkitsevän bitin (Most Significant Bit).<br />
Pikselidata voi riippuen tiedoston syntaksista (Transfer syntax UID)<br />
olla joko pakattussa (Encapsulated format) tai pakkaamattomassa<br />
muodossa (Native Format)<br />
3.5.3.1 Pakkaamaton pikselidatan koodaus (Native)<br />
Pakkaamattoman pikselidatan VR:nä (Value Reprentation) käytetään<br />
yleensä yleensä OW:tä (ks. kuva 3.3). OB:tä voidaan käyttää<br />
ainoastaan kun data-alkion Bits allocated arvo on pienempi tai<br />
yhtäsuuri kuin 8, mutta silloinkin vain explisiittisen VR:n yhteydessä.<br />
Pikselisolut koodataan yksinkertaisesti liittämällä kunkin solun bitit<br />
yhteen siten, että seuraavan solun merkitsevin bitti seuraa aina<br />
edellisen solun vähiten merkitsevintä bittiä. (ks [DICM/5](8.2))<br />
3.5.3.2 Pakatun pikselidatan koodaus (Encapsulated)<br />
Pakatun pikselidatan yhteydessä käytetään VR:nä aina OB:tä.<br />
Pakkauksen yhteydessä käytettävät koodaustavat on määritelty<br />
DICOM standardin osassa 5 [DICM/5](Annex A). Pakkaus<br />
algoritmina voidaan käyttää joko JPEG:iä (ks. [DICM/5](8.2.1)) tai<br />
RLE :tä (Run Length Encoding Compression) (Ks. [DICM/5] (8.2.2)).<br />
25.10.03 41/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
3.6 Esimerkki<br />
Päätämme tutkimusmatkamme DICOM -tiedosto palapelin<br />
ihmeelliseen maailmaan toivottavasti havainnolliseen esimerkkiin.<br />
Tarkastelun kohteena on tavallinen kaksiosainen MR-kuva.<br />
Kuva 3.6 DICOM- muotoinen kaksiosainen MR-kuva ja sen data-alkiot<br />
järjestyksessä, sellaisina kuin monet DICOM –muunnosohjelmat ne<br />
näyttävät [Chris]. Potilaasta kertovat data-alkiot (0010,xxxx) on<br />
jätetty yksilösuojan säilyttämiseksi pois. Huomaa että tavumäärät<br />
(794 bytes ja 19838 bytes) liittyvät vain ja ainoastaan esimerkki<br />
kuvaan.<br />
Käydään vielä läpi yo. kuvan sisältö. Aivan ensimmäiseksi on<br />
kuitenkin syytä todeta, että kuvassa 3.5 esitettäviä data-alkioiden<br />
nimiä ei todellisessa DICOM- tiedostossa tietenkään ole. Lisäksi<br />
kaikki data on luonnollisesti binääri-muodossa.<br />
Seuraavassa taulukossa on käyty läpi esimerkki kuvan kukin dataalkio<br />
ja se mitä ko. alkio kuvastamme kertoo.<br />
Data-alkion<br />
Tagi<br />
Mitä ko. alkio kertoo kuvasta<br />
25.10.03 42/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
---- (ens. 128 bytes) ----<br />
(Ensimmäiset 128 tavua ovat useimmiten DICOM<br />
tiedostoissa käyttämättä ja ne voidaan hypätä yli)<br />
----(4 bytes<br />
merkkijono ’DICM’)<br />
Kertoo kuvatiedostomme olevan DICOM muotoa<br />
0002,0000 Kertoo ”File Meta information ” ryhmän pituuden<br />
olevan 132 tavua (lukuunottamatta tagitonta<br />
alkuosaa ja itseään)<br />
0002,0001 Kertoo tiedoston File Meta Information ryhmän<br />
versionumeron olevan 256<br />
0002,0010 Kertoo data-alkioiden koodaustavan olevan<br />
DICOM:n oletus syntaksi eli Implisiittinen VR,<br />
Little Endian.<br />
0008,0000 Kertoo 0008 ryhmän pituuden 152 tavua<br />
0008,0060 Kertoo kuvan olevan MR-kuva<br />
0008,0070 Kertoo että kuvan luoneen sovelluksen tai<br />
kuvauslaitteen valmistajana on toiminut MRIcro<br />
0018,0000 Kertoo 0018 ryhmän pituuden olevan 28 tavua<br />
0018,0050 Kertoo yhden ”kuvasiivun” paksuuden olleen 2 mm<br />
0018,1020 Kertoo kuvan luoneen softan versio tiedot<br />
0028,0000 Kertoo 0028 ryhmän pituuden olevan 148 tavua<br />
0028,0002 Kertoo näytteitä otetun 1/pikseli<br />
0028,0004 Väritys = harmaasävyt<br />
0028,0008 Kuva on 2 osainen (sis. erillisiä kuvia 2kpl)<br />
0028,0010 Kuvadatassa on 109 riviä<br />
0028, 0011 Kuvadatassa 91 saraketta<br />
0028,0030 Kuvan suurennus = 1:1 (ei tietenkään päde tälle<br />
pienennetylle versiolle ko. kuvasta)<br />
0028,0100 Varattujen bittien lukum /pikselisolu = 8 (1 tavu)<br />
0028,0101 Käytettyjen bittien lukum/pikselisolu = 8 (1 tavu)<br />
0028,0102 Eniten merkitsevä bitti = 7.<br />
0028,0103 Pikseleitä kuvaava binääridata unsigned integer<br />
tyyppiä<br />
0028,1052 (Rescale Intercept) b=0.00 tallennetun arvon(SV) ja<br />
Hounsfield(HU) suhteessa. HU =m*SV+b<br />
0028,1053 (Rescale Slope) m = 0,00392157 tallennetun<br />
arvon(SV) ja Hounsfield(HU) suhteessa. HU<br />
=m*SV+b<br />
7FE0,0000 Pikseli dataryhmän 7FE0 pituus 19850 tavua<br />
7FE0,0010 Sisältää varsinaisen kuvan eli pikseli datan<br />
Taulukko 3.8 Esimerkki kuvan analysointi<br />
25.10.03 43/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
4. SELVITYS <strong>DICOM3</strong> -TIEDOSTON MUUNNOKSESTA<br />
DICOM- tiedoston muuntaminen on sinänsä yksinkertainen asia.<br />
Saatavana on valmiita ratkaisuja jopa selainpohjaisillekin<br />
tiedostomuuntimille tai DICOM-tiedostojen katseluohjelmille.<br />
Joitakin ongelmia muuntamiseen kuitenkin liittyy kuten pakatut<br />
tiedostoformaatit jne. DICOM-standardin vapaus, joka toisaalta on<br />
luonut edellytykset tiedostomuodon laajalle leviämiselle, tuo<br />
mukanaan myös omat haasteensa muunnosprosessille.<br />
4.1 Olemassa olevat DICOM katselu- ja muunnosohjelmat<br />
4.1.1 ImageJ<br />
DICOM -tiedostojen muuntamiseen ja katseluun on olemassa useita<br />
joko ilmaisia tai shareware -periaatteella jaeltavia apuohjelmia.<br />
Testasin kaikkiaan noin kymmenkunta tälläistä ohjelmaa. Seuraavassa<br />
on listattuna joitakin huomioita ja kokemuksia muutamasta mielestäni<br />
hyvästä ohjelmasta.<br />
Huom: Useimmat tässä mainitut ohjelmat ovat kaikkine lisätietoineen<br />
jne. tämän dokumentin sähköisessä liitearkistossa<br />
ImageJ on Java pohjainen ilmaisohjelma DICOM- ja muidenkin<br />
kuvaformaattien katseluun. Ohjelma pystyy lukemaan normaaleita<br />
pakkaamattomia DICOM-tiedostoja. ImageJ:llä pystyy suorittamaan<br />
myös pieniä kuvankäsittely operaatioita ja tallentamaan kuvia gif, tiff,<br />
jpeg ym. tiedostomuodoissa. Mainittakoon että Jpeg muunnoksessa<br />
muunnoksen laatu on asetettavissa. Jpeg muunnos ei kuitenkaan<br />
onnistu 16 tai 32 bit harmaasävy kuville (tosin muunnos tällöinkin on<br />
mahdollinen muuttamalla kuvan moodiksi ensin 8bit, jolloin laatu<br />
tietenkin hiukan kärsii). Myös lähdekoodi ja useita Plugin<br />
komponentteja on saatavilla.<br />
Lisätietoja ja ohjelmaa vastaava appletti testattavissa Web-sivulla:<br />
http://rsb.info.nih.gov/ij/<br />
4.1.2 eViewBox ja JDicomViewer<br />
eViewBox on java-pohjainen ilmaisohjelma jolla voi katsella<br />
useitakin DICOM-kuvia kerralla jopa URL: osoitteen kautta. Kuvat<br />
25.10.03 44/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
pystyy myös muuntamaan gif-muotoon. JDicomViewer on saman<br />
kirjoittajan niin ikään Java-pohjainen ilmaisohjelma. JDicomViewer<br />
vastaa muuten eViewBox ohjelmaa paitsi että siinä kuvia voi olla<br />
kerralla auki vain 1 kpl. Myös vastaava appletti on saatavilla. 10$<br />
hintaan yksityisille ja 200$ hintaan muille kirjoittaja lupaa myös<br />
lähdekoodin sekä vapaan oikeuden käyttää DICOM-decoder applettia<br />
osana Web-sivua.<br />
Lisätietoja EViewBox:ista:<br />
http://www.derhy.com/DICOM/EViewBox.html<br />
Vastaava appletti testattavissa osoitteessa:<br />
http://www.derhy.com/DICOM/JFR98/DicomApplet/DicomApplet.ht<br />
ml<br />
Lisätietoja JDicomViewer:istä osoitteessa:<br />
http://wwwusers.imaginet.fr/~sderhy/dicJava.html<br />
appletti testattavissa osoitteessa:<br />
http://wwwusers.imaginet.fr/~sderhy/DicomApplet.html<br />
4.1.3 MRIcro ja EzDicom<br />
MRIcro on helppokäyttöinen ja nopea windows-ilmaisohjelma<br />
DICOM- ja muidenkin kuva-tiedostojen katseluun, muokkaamiseen ja<br />
muuntamiseen. Ohjelma lukee melkein kaikkia DICOM-tyyppejä.<br />
DICOM-tiedostot voi myös muuntaa moniin yleisimpiin<br />
kuvaformaatteihin kuten: Jpeg, Bmp, Tiff jne.<br />
EzDicom on saman tekijän (ilmais)ohjelma joka on suunnattu<br />
enemmän varsinaisten DICOM-tiedostojen katseluun ja tulkintaan.<br />
Helppokäyttöisenä ja nopeana sopii erittäin hyvin DICOM -<br />
tiedostojen katseluun Windows:ssa. Myös DICOM -tiedoston<br />
muunnokset muihin kuvaformaatteihin käyvät helposti.<br />
Kumpikin EM. ohjelmista on pienikokoinen eikä vaadi asennusta.<br />
Toimivat kaikissa 32bit windows-ympäristöissä. Myös lähdekoodit<br />
EZDicom:iin ovat saatavilla. Vaikka helpit puuttuvatkin lähes<br />
kokonaan, erinomainen info tiedosto sekä ohjelmista että <strong>DICOM3</strong><br />
tiedostoformaatista on saatavissa WWW:n kautta:<br />
http://www.mrc-cbu.cam.ac.uk/personal/chris.rorden/mricro.htm<br />
DICOM -infoa<br />
http://www.mrc-cbu.cam.ac.uk/personal/chris.rorden/dicom.htm<br />
25.10.03 45/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
4.1.4 Osiris<br />
Osiris on perustyökalu DICOM-tiedostojen katseluun, analysointiin ja<br />
muokkaamiseen. Osiris lukee ja kirjoittaa ainakin pakkaamattomia<br />
DICOM-, papyrys3 -, papyrys2- ja tiff- formaatteja. Ohjelma on<br />
ilmainen ja saatavana lähes kaikkiin ympäristöihin (Windows, Linux,<br />
Unix jne.) Kattava (joskin joiltain osin hieman vanhentunut)<br />
käyttöopas on saatavissa Web-sivulta:<br />
http://www.expasy.ch/www/UIN/html1/projects/osiris/osiris.html<br />
4.2 Yleisiä DICOM - muunnoksessa tarvittavia tietoja<br />
4.2.1 Data-alkioiden tunnistus<br />
DICOM-tiedosto koostuu ominaisuusryhmien attribuuttien arvoista eli<br />
data-alkioista. Kullakin data-alkiolla on yksilöllinen tunnisteosa eli<br />
Tagi (Tag) (ks. 3.3.1.1.1) Tagi on muunnosprosessin ja yleensäkin<br />
DICOM-tiedostojen käsittelyn kannalta tärkeä, koska se kertoo mistä<br />
data-alkiosta kulloinkin on kysymys. Kaikkien DICOM -dataalkioiden<br />
käsittely (lukuun ottamatta File Preamble ja Dicom Prefix<br />
alkioita) perustuu siihen että alkio ensin tunnistetaan Tagin avulla.<br />
Data-alkioiden järjestyskin määräytyy Tagin perusteella<br />
4.2.2 Dataryhmän (Data Group) ja Data-alkion (Data-element) pituus<br />
Monesti myös tiedoston pituuden ja sen eri osien pituuksien<br />
tunteminen ovat tärkeitä tiedostoa käsitteleville ohjelmille. Erityisen<br />
tärkeäksi tämä muodostuu DICOM-tiedostoita käsiteltäessä koska<br />
data-alkioiden määrä voi vaihdella suurestikin samankin tyyppisessä<br />
kuvassa. Eräs perustehtävistä DICOM-tiedostoa muunnettaessa onkin<br />
tiedoston ja sen data-alkioiden sekä dataryhmien pituuksien<br />
selvittäminen.<br />
4.2.2.1 Data-ryhmän pituus<br />
Data-alkiot on järjestelty Tagin ryhmänumeron mukaan dataryhmiksi<br />
(Data Group) Dataryhmät eivät ole kuitenkaan vakiopituisia mistä<br />
saattaisi aiheutua ongelmia tiedostoa käsitteleville ohjelmille mikäli<br />
ryhmän pituutta ei olisi tiedossa. Pituus onkin yleensä aina ilmaistu<br />
ko. ryhmän ensimmäisenä alkiona eli alkionumerolla 0000h.<br />
25.10.03 46/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
4.2.2.2 Data-alkion pituus<br />
Myös Data-alkion pituus on yleensä ilmaistu. Pituuden ilmoittamiseen<br />
käytetään alkion Value Length -kenttää. Joissain tilanteissa (riippuen<br />
tiedoston syntaksista) voidaan käyttää myös määrittelemättömän<br />
pituisia data-alkioita (Undefined Length). Tällöin data-alkion -<br />
pituuskentän arvoksi on asetettava luku FFFFFFFFh.<br />
4.3 Muunnosprosessin vaiheet (yleisellä tasolla)<br />
DICOM-tiedoston muuntamiseen esim. Jpeg:ksi liittyy useita osittain<br />
mutkikkaitakin toimenpiteitä. Tässä kappaleessa on kuitenkin yritetty<br />
mahdollisimman yksinkertaisesti ja yleisellä tasolla selvittää<br />
muunnosprosessin tärkeimpiä vaiheita. On huomattava että esitettyjen<br />
kuvausten ei ole tarkoituskaan mennä yksityiskohtiin, vaan<br />
pikemminkin luoda kokonaisvaltainen näkökulma asioista joita<br />
muunnokseen liittyy. Myöskään siihen mihin muotoon DICOMtiedostoa<br />
halutaan muuntaa ei oteta kantaa vaan esitettyjen<br />
toimenpiteiden pitäisi olla yleispäteviä muunnettiinpa DICOMtiedostoa<br />
mihin formaattiin tahansa.<br />
4.3.1 Vaihe 1: Tarkista että muunnettava tiedosto kelvollinen<br />
<strong>DICOM3</strong>-Tiedosto<br />
Aivan ensimmäiseksi on syytä tarkistaa, että muunnettava tiedosto on<br />
kelvollista <strong>DICOM3</strong> -muotoa. <strong>DICOM3</strong> -standardi tarjoaa tähän<br />
yksiselitteisen ja helpon tavan määrittelemällä, että kaikissa<br />
standardin mukaisissa <strong>DICOM3</strong> tiedostoissa on oltava "File Meta<br />
Information" -kentässä toisena alkiona merkkijono "DICM" (DICOM<br />
prefix) (ks. taulukko 3.1). <strong>DICOM3</strong> yhteensopivuuden varmennus<br />
saadaankin yksinkertaisesti tehtyä esim. lukemalla DICOM- tiedoston<br />
alusta tavut 129, 130, 131, 132 ja tarkistetamalla, että nämä tavut<br />
sisältävät merkkijonon 'D' 'I' 'C' 'M'.<br />
4.3.2 Vaihe2 : Tarkista tiedoston "syntaksi" (Transfer Syntax UID)<br />
Seuraavaksi kannattanee tarkistaa tiedoston "syntaksi" eli "File Meta<br />
Information" -osasta data-alkio 0002, 0010 ("Transfer Syntax UID"<br />
)(ks. taulukko 3.x). Tämä alkio on tärkeä kuvadatan lukemisen<br />
kannalta, sillä se määrää tavan (kertoo kuvan koodauksessa käytetyn<br />
kielen) jolla kuvadataa tulisi käsitellä. "Transfer syntaksin"<br />
tavallisimmat arvot on listattu kuvassa 3.x<br />
25.10.03 47/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
4.3.3 Vaihe3: Tarkista mitä attribuutteja tiedosto sisältää (tiedoston<br />
pituus).<br />
Vaiheena 3 voidaan vaikkapa käydä nopeasti läpi tiedoston kaikki<br />
ominaisuusryhmät ja tarkistaa mitä data-alkioita tiedosto sisältää.<br />
Samalla kannattaa selvittää myös kunkin Dataryhmän ja data-alkion<br />
pituus<br />
4.3.4 Vaihe4: Tarkista että tiedosto sisältää kaikki muunnosta varten<br />
tarvittavat data-alkiot<br />
Vaihe4 on olennainen muunnoksen onnistumisen kannalta, koska<br />
siinä varmistetaan, että tiedoston otsikko-osa sisältää muunnoksen<br />
kannalta tärkeät data-alkiot. Mikäli jotakin tarvittavaa data-alkiota ei<br />
löydy keskeytetään muunnos. Tarpeellisia data-alkioita ovat esim.<br />
kuvan koon ja bittimäärän yksilöivät alkiot.<br />
4.3.5 Vaihe5: Lue tarvittavat data-alkiot ja pura niiden sisältämä data<br />
syntaksin mukaisesti<br />
Tässä vaiheessa suoritetaan varsinainen tiedoston purku-prosessi eli<br />
otetaan tiedostosta irti kuvadata ja puretaan sen "koodaus" tiedoston<br />
syntaksin ("transfer syntax") edellyttämällä tavalla. On huomattava,<br />
että vaiheet 4 ja 5 kuuluvat läheisesti yhteen, ja monesti ne voidaan<br />
myös käytännössä yhdistää. Tässä ne on kuitenkin listattu selkeyden<br />
vuoksi kumpikin omina vaiheinaan.<br />
4.3.6 Vaihe6: Suorita tarvittavat muunnosprosessit ja kirjoita<br />
uudelleen koodattu pikseli-data kohdetiedostoon.<br />
Kun kuva on purettu normaaleiksi pikseli-alkioiksi, sitä voidaan<br />
edelleen jatkokäsitellä kunkin kohdetiedosto-formaatin vaatimalla<br />
tavalla, ja sitten kirjoittaa uudelleen koodattu data kohdetiedostoon.<br />
Kuvadataa voidaan esim. pakata joko häviöttömillä- (esim. gif) tai<br />
häviöllisillä (esim. häviöllinen Jpeg) pakkausalgoritmeilla.. Varsinkin<br />
häviöllisillä pakkausalgoritmeilla pakattaessa on kuitenkin<br />
muistettava että kuvan laatu on säilytettävä riittävän korkeana kutakin<br />
tarkoitusta varten.<br />
25.10.03 48/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
(Huom: Se mitä tarkoitetaan tässä riittävän korkealla laadulla, riippuu<br />
paljolti siitä minkä tyyppiseen diagnosointiin kuvaa on tarkoitus<br />
käyttää. Peukalosääntönä voidaan kuitekin todeta, että häviöllisen<br />
pakkauksen kanssa tulisi olla äärimmäisen varovainen.)<br />
4.4 DICOM -tiedoston muunnoksen Ongelmia<br />
Kuten kaikkiin käytännön asiohin, myös DICOM-muunnokseen liittyy<br />
tiettyjä ongelmia. On selvää ettei ympäri maailman käytössä olevaa<br />
standardia tulkita ja sovelleta kaikkialla aina aivan samalla tavalla.<br />
Eniten "harmaita bittejä" aiheuttavat todennäköisesti eri syntaksit,<br />
joita DICOM-standardin puitteissakin on melkoinen määrä. Samoin<br />
pakatun tiedostoformaatin käsittelyyn liittyy omat koukeronsa.<br />
Yleisesti ottaen DICOM-muunnoksen vaikein puoli on kuitenkin<br />
standardin syvällinen ymmärtäminen edes tiedostoformaatin osalta,<br />
joka vaatii aina oman aikansa. Kun tämä puoli on kunnossa, ei<br />
muunnos-ohjelman suunnitteleminen ole enää mikään mutkikas<br />
temppu. Tässä asiassa auttavat varmasti myös valmiit DICOMmuunnos<br />
ja katseluohjelmien lähdekoodit, joita on ilmaiseksi<br />
saatavissa useistakin lähteistä. Tämän dokumentinkin sähköisessä<br />
liite-arkistossa on lähdekoodit muutamasta ratkaisusta sekä Java, C++<br />
että Object Pascal (Delphi) kielellä.<br />
25.10.03 49/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
5. MISTÄ SAAN LISÄTIETOA? (LINKKILISTA JA LIITTEET)<br />
5.1 Yleistä<br />
<strong>DICOM3</strong> on tietotekniikan standardina jo melkoisen vanha ja lisäksi<br />
maailman laajuisesti käytössä, joten tiedon löytäminen ei sinänsä ole<br />
vaikeaa. Kuvaavaa on että yksinkertaisella sanahaulla (<strong>DICOM3</strong>)<br />
esim. Alta Vista- hakukoneella löytyi kaikkiaan useita tuhansia sivuja.<br />
Suurempana ongelmana onkin sen "oikean" tiedon kaivaminen<br />
valtaisasta tietotulvasta. Tätä silmälläpitäen pyrinkin keräämään<br />
joitakin olennaista tietoa sisältäviä Web-sivuja, ohjelmia ja muuta<br />
dokumentaatiota tämän raportin liitteeksi. Liitteet ovat sähköisessä<br />
muodossa, erityisessä liitearkistossa josta tarkemmin seuraavassa<br />
kappaleessa. Lisäksi kokosin joukon hyödyllisiä linkkejä, joista myös<br />
saattaa löytyä apua DICOM:ia koskevissa asioissa. Osa näidenkin<br />
linkkien kohteista sisältyy liite-arkistoon. Linkit on tarkemmin<br />
läpikäyty kappaleessa 5.3.<br />
5.2 Sähköisen liitearkiston sisältö<br />
Sähköinen liite-arkisto sisältää runsaasti materiaalia (kaikkiaan n. 150<br />
MT) liittyen DICOM:iin ja lääketieteellisiin kuvaformaatteihin<br />
yleensä. Arkisto koostuu seuraavista kansioista:<br />
Kuva 5.1 Sähköisen liite-arkiston kansiot<br />
5.2.1 Esimerkkejä -kansio<br />
Tämä kansio sisältää kokoelman <strong>DICOM3</strong>-muotoisia erilaisia<br />
tiedostoja lähinnä testiohjelmia ja kuvan muunnoksen testausta varten.<br />
Kansioon on sisällytetty myös erinäisistä lähteistä saatuja tiedostoja<br />
joita väitettiin DICOM-tiedostoiksi mutta joita en saanut avatuksi<br />
millään testaamallini ohjelmalla. Nämä tiedostot ovat Esimerkkejä<br />
hakemiston alikansiossa: "Tuntematonta muotoa".<br />
25.10.03 50/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
5.2.2 Omat -kansio<br />
Omat kansio sisältää tämän dokumentin doc-muodossa ja<br />
mahdollisesti muuta tekijän itse kirjoittamaa/tuottamaa<br />
dokumentaatiota.<br />
5.2.3 Perusinfo -kansio<br />
Perusinfo sisältää tärkeää informaatiota DICOM:sta. PerusInfon<br />
sisältämät tiedostot jotka ovat pääsasiassa html-muotoa ja niihin<br />
kuuluvia kuvia. Perusinfo -kansiossa olevat dokumentit on nimetty<br />
uudelleen ko. informaatiota kuvaavalla tavalla. Tämä dokumentti<br />
perustuu DICOM -standardin lisäksi pääosin perusinfo kansiossa<br />
olevaan dokumentaatioon.<br />
5.2.4 Projekteja -kansio<br />
Projekteja kansioon on koottu tietoja DICOM-tiedostomuunnokseen<br />
liittyvistä projekteista ( Huom: ei sisällä apuohjelmiin liittyvää tietoa<br />
kuten lähdekoodeja)<br />
5.2.5 Sekalaista -kansio<br />
Sekalaista kansioon on koottu kaikki järjestelemätön dokumentti<br />
materiaali.<br />
5.2.6 Softa -kansio<br />
Tämä kansio on sisällöltään kaikkein laajin sisältäen lajitellut<br />
muunnosohjelmat omina kansioinaan. Sekalaiset alikansio sisältää<br />
lajittelemattomat ohjelmat. Mahdolliset kuhunkin ohjelmaan liittyvät<br />
lähdekoodit löytyvät ko. ohjelman kansion alta alikansiosta<br />
lähdekoodi tai vastaavasta.<br />
5.2.7 standardi(viimeisin99draft) -kansio<br />
Sisältää tämän dokumentin kirjoitushetkellä viimeisimmän "draft"version<br />
DICOM standardista . Tästä kansiosta löytyvät myös<br />
tiedostot: ChangesRelativeTo98.pdf ja<br />
98ChangesRelativeToOfficial.pdf jotka sisältävät kuvauksen niistä<br />
eroista joita standardin "draft" -versio edelliseen standardin versioon<br />
nähden.<br />
5.3 Linkkilista selityksineen<br />
Ikäänkuin lisäporkkanana tiedon hankintaan asiasta kiinnostuneille<br />
kokosin myös pienen linkkilistan joka kaikkien DICOM-fanien<br />
kannattaa heti paikalla lisätä selaimensa "bookmarkkeihin" tai<br />
25.10.03 51/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
suosikkeihin :-). Linkit on myös pyritty esittämään jonkimoisessa<br />
tärkeysjärjestyksessä ja lisäksi kutakin linkkiä kohden on lyhyt kuvaus<br />
linkin kohteessa olevasta informaatiosta.<br />
http://idt.net/~dclunie/medical-image-faq/html/part8.html<br />
Kaikki linkit ja viitteet maan ja taivaan väliltä liittyen DICOM -<br />
standardiin ja tiedostomuotoon. Yhteensä 21 sivullista pelkkiä<br />
linkkejä. (heikkohermoiset ja kärsimättömät älkööt vaivautuko)<br />
http://medical.nema.org/dicom.html<br />
Neman DICOM -standardin kotisivu<br />
http://www.mrc-cbu.cam.ac.uk/personal/chris.rorden/dicom.htm<br />
Erinomainen ja käytännön läheinen (helppolukuinen!!!) kuvaus<br />
DICOM-tiedostosta. Älä jätä tätä väliin.<br />
http://www.bookcase.com/library/faq/archive/medical-imagefaq/part1.html<br />
Erinomainen, käytännön läheinen, edellistä linkkiä hiemän enemmän<br />
yksityiskohtiin menevä kuvaus DICOM-tiedoston rakenteesta. Ks.<br />
myös ... part2 - part8.<br />
http://crnet4.carelian.fi/euromed/wwwdcm/wwwdcm.html<br />
Vastaavan tyyppinen projekti johon osana kuului DICOM -kuvien<br />
esittäminen selaimella<br />
http://www.eihms.surrey.ac.uk/abbott/IT<br />
EDUCTRA/html/p423_13.htm<br />
Yleistä tietoa DICOM -standardista ja sen sisällöstä. Tarjoaa nopean<br />
katsauksen standardista ja sen sisällöstä hätäisemmille.<br />
http://www.bookcase.com/library/humor/<br />
Kun olet käynyt läpi kaikki edellä olevat linkit voit tarvita hieman<br />
kevennystä.... :-)<br />
25.10.03 52/53
TTKK(PKY) Selvitys <strong>DICOM3</strong> tiedostoformaatista Versio 1.1<br />
6. ONNITTELUT!<br />
Onnittelut , mikäli pääsit tänne asti torkahtamatta kertaakaan välillä<br />
tai hyppimättä yli sivuja, olet todella kiinnostunut DICOMtiedostoformaatista.<br />
Jos vieläkin jäit kaipaamaan lisäinformaatiota tai<br />
olet halukas antamaan rakentavia parannus/lisäys ehdotuksia, voit<br />
ottaa vapaasti yhteyttä dokumentin kirjoittajaan. Kaikki mahdolliset<br />
kommentit liittyen tähän dokumenttiin tai DICOM:iin yleensä ovat<br />
tervetulleita. Parhaiten minut tavoittaa sähköpostin välityksellä<br />
osoitteesta: lahteenj@hotmail.com<br />
25.10.03 53/53