PLAQUETTE L3 10-02-2012 - Université Paris Diderot-Paris 7

L3 BBM / BEE
30 UFBQ 36 BIOLOGIE QUANTITATIVE 12 ECTS
Responsable de la filière : Mme Anne BADEL
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Biologie quantitative du parcours
BBM.
L’UE Biologie quantitative comporte un enseignement de statistique de base [30BMB336] et deux éléments
plus spécifiques, [30BMB136] qui introduit les méthodes de modélisation et d’analyse des modèles mathématiques
simples et [30BMB236] qui fournit des éléments de base en Bio-informatique moléculaire et en
analyse de séquences.
Les étudiants intéressés par cette formation peuvent s’orienter ensuite vers les Masters de Biologie-
Informatique, In silico Drug Design et de Bio-Mathématiques (Paris 6 - Paris 7).
30 BMB 136 MODÉLISATION des SYSTÈMES BIOLOGIQUES 4 ECTS
Responsable : M. Selim ESKIIZMIRLILER
Cours : 20 heures - TD : 20 heures
PROGRAMME des COURS
L'informatique est maintenant un outil du quotidien du biologiste. D'une part, l'abondance des données
générées par les techniques à haut débit (puces à ADN, spectroscopie de masse, banques de données, traitement
et analyse des images biologiques, etc.) oblige les biologistes à travailler avec des logiciels plus
spécifiques et de plus en plus sophistiqués, d'autre part, le savoir faire des méthodes de modélisation et de
simulation - réservé jusqu'à récemment à l'usage des ingénieurs pour la conception et/ou la production des
produits industriels - devient aussi de plus en plus indispensable pour l'étude et l'analyse et ainsi pour la
compréhension des phénomènes naturels.
Ce cours présente, avant tout, les notions de programmation en informatique utiles pour parvenir à cette
capacité de traiter les grands jeux de données, et aussi pour formaliser ces connaissances au sein des modèles
fondés sur les principes mathématiques et physiques en vue de les employer dans la modélisation et la
simulation du fonctionnement (comme le bactériophage, la division cellulaire, la génération des potentiels
d'action par des neurones, etc.) et/ou du comportement (évolution dans le temps, réponse aux changements
des conditions environnementales, etc.) des systèmes biologiques. Dans ce but, la révision des méthodes
numériques de résolution des équations et des systèmes d’équations différentielles sera faite en parallèle avec
l'apprentissage et les applications en langages Python et Scilab, les plus utilisés actuellement en bioinformatique.
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS (en Salle d’informatique)
Un point important de cet enseignement est d'accorder une large part à la pratique afin de permettre à l'étudiant
d'acquérir son autonomie. Ainsi, chaque séance de cours est suivie d'une séance de TP sur ordinateur.
Attention, l'apprentissage d'un langage informatique demande un travail régulier, aussi cet enseignement
s'appuie sur des outils de suivi à distance (via l'ENT de l'Université) et demande un travail assidu et continu.
La notation est obtenue par un contrôle continu et la réalisation d'un projet final.
MODALITÉS d’ÉVALUATION
Examen : 70%
TP : 30%
30 BMB 236 ANALYSE du GÉNOME 4 ECTS
Responsable : Mme Delphine FLATTERS
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Biologie quantitative du parcours BBM.
Enseignants : D. Flatters, D. Casane, G. Moroy
Cours : 16 heures - TD : 16 heures - TP : 2 x 3 heures
Les 2 séances de travaux pratiques ont lieu en fin de semestre en salle informatique.
Objectif : L’enseignement dispensé dans le cadre de ce module a pour but de donner une formation de base
aux étudiants dans le domaine de l’analyse de séquences biologiques (nucléiques ou protéiques). Les principales
méthodes bio-mathématiques et bio-informatique de recherche de motifs, d’alignement de séquences,
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