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PLAQUETTE L3 10-02-2012 - Université Paris Diderot-Paris 7

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<strong>L3</strong> S5 : Premier Semestre<br />

TRONC COMMUN<br />

Parcours BBM<br />

Parcours BEE<br />

PROGRAMME des COURS, TD, TP<br />

UFR Sciences du Vivant : Bâtiment Lamarck - Case 7044<br />

35 rue Hélène Brion - 75205 <strong>Paris</strong> Cedex 13<br />

Scolarité : Marie CHARGELÈGUE<br />

e-mail : marie.chargelegue@univ-paris-diderot.fr<br />

01 57 27 82 30<br />

Directrice des Etudes : Josiane WANTYGHEM<br />

e-mail : josiane.wantyghem@univ-paris-diderot.fr<br />

01 57 27 82 51<br />

UFR SCIENCES du VIVANT<br />

ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />

<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />

Parcours BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />

Parcours BIOTECHNOLOGIE et<br />

ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE


FEUILLE de ROUTE : Année 2011-<strong>2012</strong><br />

Les Licences de Biochimie Biologie Moléculaire (BBM) et de Biotechnologie et Economie d’Entreprise<br />

(BEE) comportent 6 semestres. Le niveau <strong>L3</strong> correspond aux semestres S5 et S6.<br />

Le semestre <strong>L3</strong>S5 présenté dans ce document est commun aux 2 parcours.<br />

Il est constitué de 4 UE (Unité d’Enseignement) :<br />

• UE 30 UA CM 35 Métabolisme et Chimie (4 + 4 ECTS)<br />

• UE 30 UB ES 35 Enzymologie et Structure (4 + 4 ECTS)<br />

• UE 30 UC BG 35 Biologie Moléculaire et Génétique (6 + 2 ECTS)<br />

• UE 30 UD TP 35 Travaux pratiques à thème (6 ECTS)<br />

Un semestre comporte 30 ECTS (European credit transfert system).<br />

Rappel : 1 ECTS (ou crédit) correspond à <strong>10</strong> h de présence + <strong>10</strong> h de travail personnel.<br />

Contrôle des connaissances<br />

La note attribuée à chaque matière des UE UA-UC est la somme d’un contrôle dit partiel ou continu et de<br />

l’examen final. La participation exacte du contrôle continu sera affichée en octobre.<br />

Les contrôles continus sont obligatoires. Seuls les étudiants travaillant plus de 25 h par semaine<br />

pourront obtenir une dispense à condition qu’ils en fassent la demande avant le 23 octobre, avec<br />

un justificatif de leur activité.<br />

La note de l’UE de TP est la moyenne des notes obtenues à chaque séance de TP et de la note obtenue au<br />

cours d’hygiène et sécurité.<br />

A chaque matière est attribué un coefficient qui correspond aux ECTS.<br />

La session d’examen pour le semestre S 5 aura lieu du 03 au 18 janvier <strong>2012</strong>.<br />

Validation du diplôme de la licence<br />

Chaque semestre doit être validé individuellement.<br />

Au sein d’un semestre, les UEs se compensent entre elles.<br />

Au sein de la même UE, les 2 matières se compensent.<br />

Une compensation entre semestres pourra être accordée exceptionnellement par le jury de la Licence.<br />

Cette indulgence ne pourra vous être accordée qu’une seule fois sur les 3 années de licence.<br />

Quelques rappels :<br />

- Les TD et les TP sont obligatoires.<br />

• Lors de l’inscription pédagogique, vous choisissez un groupe de TD (5 possibles) et un groupe de TP<br />

(8 possibles). Vous devez respecter les horaires correspondant à votre groupe pour chaque matière.<br />

• Votre absence lors d’un TP ou toute absence prolongée devront être signalées (au secrétariat de<br />

Licence ou à J. Wantyghem). Une absence non justifiée sera sanctionnée par un zéro.<br />

Pour toutes les informations concernant l’organisation de l’enseignement (programme, modalités de contrôle<br />

des connaissances….), vous pourrez vous connecter sur le portail ENT de l’<strong>Université</strong>.<br />

Vie étudiante à l’<strong>Université</strong> P7<br />

Des élections auront lieu en cours d’année aux différents conseils de l’<strong>Université</strong> et de l’UFR.<br />

Il est important que vous envisagiez d’être candidat. C’est le meilleur moyen pour faire bouger les choses…<br />

et nous avons besoin de vous.<br />

Association Etudiants : Scivip7.Org (scivip7@gmail.com)<br />

Information sur le second semestre : une réunion aura lieu fin novembre/début décembre pour vous guider<br />

dans vos choix du second semestre.<br />

La plaquette correspondant aux options du second semestre (<strong>L3</strong>S6) peut être consultée sur le site de l’UFR<br />

Sciences du Vivant.<br />

VACANCES : du 16 décembre 2011 au 2 janvier <strong>2012</strong><br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE 2


PROGRAMME des DIFFÉRENTES U E<br />

30 BM EN 35 E N Z Y M O L O G I E 4 ECTS<br />

Enseignants : J-M. Dupret, F. Rodrigues-Lima, V. Arluison, J. Dairou, W. Grange<br />

Cours : 24 heures - TD : 18 heures<br />

PROGRAMME des COURS<br />

1 CINÉTIQUE RÉACTIONNELLE et ÉQUILIBRES CHIMIQUES<br />

Vitesse de réactions et constantes de vitesse de premier et deuxième ordres.<br />

Equilibres chimiques.<br />

Cinétique de formation des complexes.<br />

2 RÉACTION ENZYMATIQUE à UN SUBSTRAT<br />

Rappels sur les propriétés générales des enzymes.<br />

Modèles cinétiques.<br />

Hypothèse de l’état stationnaire.<br />

3 ANALYSE et SIGNIFICATION des PARAMÈTRES CINÉTIQUES<br />

Caractéristiques cinétiques des enzymes michaeliennes.<br />

Détermination pratique des paramètres cinétiques.<br />

Signification physique des paramètres cinétiques kcat, K M, kcat / K M<br />

Effet du pH sur les paramètres cinétiques.<br />

4 CATALYSE ENZYMATIQUE<br />

Les principaux mécanismes de catalyse : Catalyse acide-base.<br />

Catalyse covalente nucléophile ou électrophile.<br />

5-6 ENZYMES de DÉGRADATION des PROTÉINES<br />

i) Structure et fonction de protéases.<br />

ii) Mécanisme catalytique des protéases à sérine et à cystéine.<br />

iii) Implications pathologiques et thérapeutiques.<br />

7-8 INHIBITEURS d’ENZYMES et LEUR RÔLE THÉRAPEUTIQUE<br />

Rôle et intérêt thérapeutique des inhibiteurs d’enzymes.<br />

i) Inhibiteurs réversibles immédiats et à interaction lente.<br />

ii) Inhibiteurs irréversibles covalents : marqueurs d’affinité, inhibiteurs-suicide.<br />

iii) Application à des problèmes thérapeutiques majeurs.<br />

9-<strong>10</strong> IDENTIFICATION de RÉSIDUS ESSENTIELS par MARQUAGE CHIMIQUE et MUTAGENÈSE<br />

DIRIGÉE<br />

11 CINÉTIQUES à DEUX SUBSTRATS et DEUX PRODUITS<br />

Principaux types de réactions et de mécanismes à deux substrats et deux produits, séquentiels (aléatoires<br />

ou ordonnés) et non séquentiels (ping-pong).<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

1 - Cinétiques d’ordre I et pseudo-premier ordre<br />

Ordre de réaction (ordres zéro, un, pseudo 1 er ordre), loi de vitesse, constantes de vitesse.<br />

Ex : Cinétiques d'association apoenzyme / coenzyme, de dissociation d'un complexe récepteur hormone<br />

par dilution isotopique, de modification chimique de groupements NH2 d'une protéine par acétylation….<br />

2 - Interactions protéine - ligand et équilibres<br />

Complexes protéine - ligand. Détermination et signification de KD, fonction de saturation, fraction de<br />

sites occupés. Représentation de Scatchard et autres représentations.<br />

Ex : Interaction anticorps - antigène, comparaison de liaisons à haute et basse affinité.<br />

Exemple du complexe entre la NO - synthase et son substrat, l’arginine.<br />

3 - Equation de Michaelis - Vitesse initiale - Etat stationnaire - Constantes cinétiques<br />

Etude sur des exemples des courbes [P] = f (t), [S] = f (t); vi = f ([S0]); Vmax = f ([E]).<br />

Equation de Michaelis. Détermination et signification des constantes cinétiques K M, kcat, kcat / K M.<br />

4 - Mécanismes de catalyse enzymatique<br />

Catalyse enzymatique : catalyse générale acide et basique, catalyse électrophile par les métaux, catalyses<br />

covalentes nucléophile et électrophile.<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE 3


5 - Les enzymes de dégradation des protéines<br />

Intermédiaires multiples dans les réactions enzymatiques à plusieurs étapes.<br />

α-Chymotrypsine : mise en évidence de l'acyl-enzyme ; détermination des constantes de vitesse (état préstationnaire,<br />

état stationnaire).<br />

Caspases : mécanisme et intermédiaires de réaction.<br />

Subtilisine : mise en évidence d’acides aminés essentiels par mutagenèse dirigée,<br />

Comparaison des constantes cinétiques. Mécanisme catalytique.<br />

6, 7 - Inhibiteurs réversibles et inhibiteurs covalents - Analogues de l’état de transition - Marqueurs<br />

d’affinité - Inhibiteurs suicides<br />

Caractéristiques et analyse cinétique. Détermination des inhibitions mises en jeu et de leurs constantes<br />

cinétiques (K I, Ki, kinactivation).<br />

Marqueurs de photo-affinité.<br />

Intérêt pharmacologique des analogues d’état de transition, des marqueurs d'affinité, des inhibiteurs<br />

suicide. Etudes sur des exemples.<br />

Modification chimique de résidus essentiels : identification, inactivation.<br />

8 - Cinétiques à 2 substrats, effet du pH sur la cinétique, identification de résidus essentiels de protéines<br />

Analyse cinétique avec exemples de différents mécanismes.<br />

Effet inhibiteur par les produits.<br />

Etude en fonction du pH : Effet sur l’activité, sur la fixation du substrat, sur l’efficacité catalytique.<br />

9 - Problèmes d’ensemble sur enzymes impliqués dans des problématiques actuelles.<br />

MODALITES de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />

Examen final : 60%<br />

Contrôle continu : 40%<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE 4


30 BM ST 35 STRUCTURE et INTERACTIONS des MACROMOLÉCULES BIOLOGIQUES 4 ECTS<br />

Enseignants : C. Etchebest, N. Caulet, T. De Caldas, K. Moncoq, M. Roué<br />

Cours : 22 heures - TD : 18 heures<br />

PROGRAMME des COURS<br />

1 THERMOCHIMIE<br />

Notions fondamentales : Système et paramètres thermodynamiques - Energie interne - Grandeurs extensives<br />

et intensives liées.<br />

Rappels des propriétés des fonctions caractéristiques d'un système thermodynamique : Energie libre F.<br />

Entropie S - Enthalpie H et Enthalpie libre G - Potentiel chimique µ.<br />

Evolution d'un système : Critères d'évolution - Equilibres - Réactions chimiques - Nombre de sites - K D.<br />

Equation de Scatchard - Distribution d'un ligand sur n sites.<br />

2 TECHNIQUES d’ÉTUDE des MACROMOLÉCULES<br />

Calorimétrie : Titrage en H de K, détermination du S.<br />

Dialyse, loi de Donnan.<br />

Spectrométrie de masse.<br />

Absorption optique : UV, visible.<br />

Fluorescence : émission, excitation. Loi de Lehrer.<br />

Activité optique : pouvoir rotatoire et dichroïsme circulaire.<br />

3 ACIDES AMINÉS et PEPTIDES<br />

Acides aminés libres et Peptides.<br />

Propriétés physico-chimiques : Solubilité ; ionisation et détermination du pK des acides aminés ; pouvoir<br />

rotatoire.<br />

Propriétés chimiques.<br />

4 STRUCTURE des PROTÉINES<br />

Détermination de la séquence en acides aminés : Méthodes chimiques (Edman, Gray et Hartley) et<br />

enzymatiques, le séquenceur automatique.<br />

Diagramme de Ramachandran.<br />

Structures secondaires : hélices, feuillets ß, coudes.<br />

Prédiction de structures secondaires.<br />

Profil d'hydrophobicité (Kyte & Doolittle), moment d'amphiphilicité (Eisenberg).<br />

Structures tertiaires : protéines globulaires et fibreuses.<br />

Structures quaternaires.<br />

5 ACIDES NUCLÉIQUES<br />

Propriétés physico-chimiques des constituants.<br />

Tautomérie des bases et ionisation des groupes phosphates, bases et sucres.<br />

Appariement et coordonnées linéaires et angulaires.<br />

Conformation du squelette des acides nucléiques : Diagramme de Olson et Flory.<br />

Polymorphisme structural de l'ADN.<br />

6 GLUCIDES<br />

Oses : Structure linéaire et cyclique, filiation; effet anomère, propriétés chimique et principaux oses.<br />

Dérivés d'oses.<br />

Holosides ; principaux diholosides, méthodes d'étude ; polyosides homogènes ou mixtes ; hétérosides<br />

7 LIPIDES et MEMBRANES BIOLOGIQUES<br />

Les acides gras : Structure, propriétés physico-chimiques, méthodes d'analyse.<br />

Lipides majeurs : membranaires (phospholipides, stérols, glycolipides), circulants et non membranaires.<br />

Lipides mineurs à activité biologique spécifique (prostaglandines, leucotriènes, vitamines, hormones<br />

stéroïdes).<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE 5


PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

Thermodynamique chimique (1 séance)<br />

Potentiels chimique, électrochimique, REDOX.<br />

Détermination du Δ G.<br />

Force proton motrice ; réactions couplées.<br />

Détermination d'équilibres monomère / oligomère.<br />

Complexes protéine - ligand, nombre de sites, détermination du KD<br />

Structure primaire des protéines (1 séance)<br />

Analyse de séquence par exo- et endo-peptidases, réactions chimiques, séquenceur automatique.<br />

Charge des protéines : pK de l'acide aminé isolé et effet de l'environnement protéique, pI et pHi, titration<br />

acido-basique des protéines.<br />

Structure secondaire des protéines (1 séance)<br />

Diagramme de Ramachandran.<br />

Détermination de la structure secondaire des protéines en solution : ORD et spectroscopie infra-rouge.<br />

Energie des interactions non covalentes dans les protéines.<br />

Cas des Interactions hydrophobes. Amphiphilicité des hélices.<br />

Glucides (1 séance)<br />

Stéréoisomérie des oses. Propriétés chimiques des oses.<br />

Détermination de la structure d'oligosaccharides, de glucides de réserve (glycogène, amidon) : réactions<br />

enzymatiques, perméthylation<br />

Lipides (1 séance)<br />

Les acides gras : Structure, point de fusion, chromatographie en phase gazeuse.<br />

Triglycérides, phospholipides et autres lipides complexes : structure et propriétés chimiques, méthodes<br />

d'analyse.<br />

Structure de l'ADN (1 séance)<br />

Structure canonique de l'ADN, sites de courbure, étude de la fixation de petites molécules à l'ADN,<br />

dénaturation thermique.<br />

Interaction ADN / protéines (1 séance)<br />

Analyse de la fixation de peptides ou de protéines sur l'ADN B : Localisation de sites, interactions mises en<br />

jeu, modification de conformations induites<br />

Structure tertiaire des protéines / Application des techniques d'étude aux macromolécules (2 séances)<br />

Comportement hydrodynamique des protéines : coefficient de friction ; constantes de diffusion ; estima-tion<br />

des surfaces accessibles.<br />

Application de l'émission de fluorescence à l'étude des protéines.<br />

Contribution électrique à la stabilité des protéines : pH optimum, effet de la force ionique.<br />

Dénaturation des protéines.<br />

MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />

Examen : 70%<br />

Contrôle continu : 30% (2 contrôles continus)<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE 6


30 BM BM 35 B I O L O G I E M O L É C U L A I R E 6 ECTS<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Enseignants : P. Régnier, P. Vicart, D. Buffard, J.C. Cadoret, M. Franco, V. Régnier, G. Velasco<br />

Cours : 38 heures - TD : 22 heures<br />

1 TECHNIQUES de GÉNIE GÉNÉTIQUE<br />

L’ADN, caractérisation et détection.<br />

Isolement et caractérisation d’un fragment d’ADN particulier,<br />

PCR, clonage et séquençage, banques génomiques et ADNc.<br />

2 STRUCTURE de l’ADN<br />

Superstructure de l’ADN, compaction, courbure, super-enroulement, topologie de l’ADN circulaire.<br />

Interactions ADN - protéines : exemples et méthodes d’étude.<br />

3 RÉPLICATION de l’ADN<br />

L’ADN polymérase III de E. coli : mécanisme des étapes du démarrage et de l'élongation; problèmes<br />

topologiques. Réplication des plasmides : compatibilité et maintenance.<br />

4 GÉNÉRALITÉS sur la TRANSCRIPTION<br />

Les ARN polymérases : Exemples chez les phages, les procaryotes, les eucaryotes.<br />

Les promoteurs et la régulation de la transcription. Transcription des ARN ribosomaux et des ARN de<br />

transfert. Méthodes d’étude des transcrits.<br />

5 RÉGULATION de la TRANSCRIPTION<br />

L’opéron lactose, régulation par l’inducteur et répression catabolique.<br />

Régulation de la transcription chez les phages : Exemple des phages lambda et T4.<br />

Transcription eucaryote : Généralités ; régulations ; épissage.<br />

Les virus eucaryotes : Adénovirus. Notion de vecteur pour la thérapie génique.<br />

6 TRADUCTION et sa RÉGULATION<br />

Code génétique : Les ARNt assurent la correspondance triplet / acide aminé.<br />

Structure des ARNt et notions « d’identité » des ARNt, de codons synonymes et de Wobble.<br />

Mutants suppresseurs de non sens : Le code génétique est modifié.<br />

Le ribosome bactérien : Les sites A, P, E.<br />

La dynamique de la traduction : facteurs d’initiation, d’élongation et de terminaison.<br />

Régulation de la synthèse des protéines et des ARNr qui composent les ribosomes.<br />

Rôle des structures secondaires de l’ARNm dans la régulation de la traduction, accessibilité des sites de<br />

démarrage.<br />

7 TECHNIQUES d’ANALYSE de l’EXPRESSION<br />

Techniques mettant en jeu l’hybridation ARN-sonde spécifique.<br />

Gènes rapporteurs.<br />

Vecteurs d’expression.<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

Méthodes d’étude des acides nucléiques : PCR, clonage…<br />

Réplication de l’ADN<br />

Transcription<br />

Opérons : Régulation de l’expression<br />

Traduction<br />

Génie génétique<br />

MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />

Examen : 55%<br />

Contrôle continu : 45%<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE 7


30 BM GE 35 G É N É T I Q U E 2 ECTS<br />

Enseignants : P. Silar, F. Malagnac, S. Brun, P. Grognet, H. Lalucque<br />

Cours : 6 heures - TD : 14 heures<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Histoire de la génétique<br />

Génétique mendélienne : caractères, gènes et génomes<br />

Mitose - Méiose<br />

Relation génotype / phénotype<br />

Du gène à l'ADN<br />

La démarche génétique : crible de sélection de mutants<br />

Notions de Génétique Humaine<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

Mitose - Méiose<br />

Génétique mendélienne (Ségrégation)<br />

Sélection de mutants<br />

Pedigrees<br />

MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />

Examen : <strong>10</strong>0%<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE 8


30 BM ME 35 M É T A B O L I S M E 4 ECTS<br />

Enseignants : G. Richarme, O. Agbulut, F. Auchère, J. Wantyghem<br />

Cours : 24 heures - TD : 16 heures<br />

PROGRAMME des COURS<br />

1 MÉTABOLISME des SUCRES<br />

Glycolyse, néoglucogenèse, voie des pentoses.<br />

Glycogénolyse, glycogénogenèse.<br />

Métabolisme chez les microorganismes, plantes, vertébrés.<br />

Insuline, glucagon, diabète.<br />

2 CYCLE de KREBS<br />

Présentation.<br />

Aspect énergétique.<br />

Aspects anabolique et catabolique.<br />

Voies primitives du cycle de Krebs.<br />

3 RESPIRATION, FERMENTATION<br />

Chaîne respiratoire.<br />

Force proton motrice, potentiel de membrane, Δ pH.<br />

Synthèse d’ATP par l’ATP synthase.<br />

Respiration chez les différents organismes.<br />

Fermentations et synthèse d’ATP au niveau du substrat.<br />

Maladies et mutants des chaînes respiratoires.<br />

4 MÉTABOLISME des LIPIDES<br />

Acétyl ~ CoA, métabolite central.<br />

Dégradation des lipides.<br />

Synthèse des lipides.<br />

Anabolisme à partir des lipides ou de l’acétate : le shunt glyoxylique.<br />

Transport des lipides dans le sang.<br />

Régulations hormonales.<br />

5 MÉTABOLISME des ACIDES AMINÉS et de l’AZOTE<br />

Assimilation de N2 (nitrogénase), NH4 + , acides aminés.<br />

Glutamate déshydrogénase, glutamate synthase, glutamine synthétase, transaminases.<br />

Biosynthèse des acides aminés (acides aminés essentiels chez l’homme).<br />

Dégradation des acides aminés.<br />

Excrétion de l’azote sous forme de NH4 + , urée, acide urique, cycle de l’urée.<br />

Régulations hormonales du métabolisme des acides aminés.<br />

6 PHOTOSYNTHÈSE<br />

Absorption de la lumière par les photosystèmes.<br />

Chaînes de transport d’électrons de l’O2 vers NADPH et synthèse d’ATP.<br />

Assimilation du CO2, cycle de Calvin et cycle des plantes C4.<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

Les séances s’articulent sur des exercices ou des commentaires d’expériences portant sur les sujets suivants<br />

(donnés à titre d’exemple) :<br />

Cycles métaboliques essentiels, leur localisation dans la cellule, leur régulation.<br />

Oxydations phosphorylantes mitochondriales.<br />

Métabolisme des acides gras.<br />

Métabolisme de l’azote.<br />

Relations entre les voies cataboliques et anaboliques des glucides, des lipides et des acides aminés.<br />

MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />

Examen : 60%<br />

Contrôle continu : 15%<br />

Interrogations écrites en séances de TD : 15%<br />

Travail bibliographique et exposé oral : <strong>10</strong>%<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE 9


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BM CH 35 C H I M I E B I O-O R G A N I Q U E 4 ECTS<br />

Enseignants : N. Serradji, G. Anquetin, S. Zrig<br />

Cours: 24 heures - TD: 20 heures<br />

PROGRAMME des COURS : BASES de la SYNTHÈSE ORGANIQUE : Modifier et créer des molécules<br />

organiques<br />

1 STÉRÉOCHIMIE et RÉACTIVITÉ<br />

Les électrons dans les molécules<br />

Polarisation des liaisons σ et π. Liaisons hydrogène. Effets de substituants.<br />

Les molécules dans l'espace<br />

Rappels : Conformations, isoméries, chiralité, pro-chiralité et nomenclatures.<br />

Les molécules réagissent : Approche mécanistique<br />

Que savons-nous des réactions ?<br />

Quelles interrogations sur les réactions ?<br />

A : Pourquoi ? (Réactivité absolue et relative).<br />

B : Comment ? (Intermédiaires)<br />

C : Où ? Par où ? Vers quoi ? (sites réactifs, compétitions, contrôles cinétique et thermodynamique,<br />

régio/stéréo-sélectivité)<br />

D : Sous quelle forme ? (Conformations réagissantes)<br />

E : Dans quel milieu ? (Effets de solvants)<br />

2 MODIFICATIONS du SQUELETTE CARBONÉ<br />

Alkylation, arylation d'un carbonyle : organo-métalliques, action des acétylures et des cyanures.<br />

Alkylation en alpha d'un carbonyle : énolates, aldolisation, Claisen, Knoevanegel, énamines, Mannich,<br />

Favorsky.<br />

Alkylation en beta d'un carbonyle : Michael.<br />

Alkylation d'un aromatique : Friedel et Craft et substitution nucléophile aromatique.<br />

Alkylation d'un alcène : réarrangements et polymérisations.<br />

Alkylation, Acylation des RX : Wurtz, action des acétylures et des cyanures.<br />

Alkylation des époxydes.<br />

Réaction de Wittig.<br />

Electro-cyclisations (Diels-Alder).<br />

3 AMÉNAGEMENT FONCTIONNEL<br />

Désaménagement : L'élimination et sa stéréochimie ; Zaïtzev et Hofmann.<br />

Comment faire disparaître hydroxyle, amino et autres halogènes.<br />

Création de liaison C-O :<br />

Addition électrophile sur les liaisons multiples carbone-carbone, Markovnikov ou non.<br />

Hydro-boration et oxy-mercuration.<br />

Oxydations, époxydation.<br />

Désamination nitreuse.<br />

Substitution nucléophile : Hydrolyse des halogénures, Williamson.<br />

Addition nucléophile sur les carbonyles : Hydratation, acétalisation.<br />

Transposition : Baeyer-Villiger.<br />

Hydrolyse des esters, amides et chlorures d’acides.<br />

Estérification et trans-estérification.<br />

Coupures oxydantes des alcènes.<br />

Création de liaison C-N :<br />

Substitution nucléophile des halogènese et tosylates: Hofmann et Gabriel.<br />

Addition nucléophile sur le carbonyle : amides, imines, oximes (transposition de Beckman,<br />

dégradation de Wohl et hydrazones.<br />

Transposition: dégradation d'Hofmann.<br />

Réduction du groupe nitro.<br />

Création de liaison C-X :<br />

Addition électrophile sur les liaisons multiples carbone-carbone de HX, X2 et XOH : Régiosélectivité<br />

et stéréochimie, Markovnikov ou Karash.<br />

Substitution nucléophile des hydroxyles et tosylates : Stéréochimie.<br />

Substitution radicalaire sur les alcanes.<br />

<strong>10</strong>


Substitution en alpha, beta d'un carbonyle.<br />

Création de liaison C-H :<br />

Hydrogénation : alcènes, alcynes et autres.<br />

Réduction des carbonyles : hydrures, magnésiens, réaction MVP, Clemmensen.<br />

Réduction des carbonyles insaturés.<br />

Réduction des C = N (imines et oximes) : hydrures, Wolf-Kischner.<br />

Réduction des C = N : hydrures.<br />

Réduction des époxydes.<br />

Réaction de Birch sur aromatiques et alcènes (trans).<br />

Créations de liaisons C-S, C-P<br />

4 SYNTHÈSE ORGANIQUE<br />

Principes de l'analyse rétro-synthétique<br />

Protections de fonctions<br />

Synthèses asymétriques<br />

Exemples de synthèses multi-étapes<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS (<strong>10</strong> séances au total)<br />

TD 1 : Stéréo-isomères<br />

TD 2 : Mécanismes<br />

TD 3 : Modifications du squelette carboné<br />

TD 4 : Aménagement fonctionnel<br />

TD 5 : Synthèses multi-étapes<br />

Les n° des TD se rapportent aux chapitres du cours et ne correspondent pas directement au nombre de<br />

séances.<br />

MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />

Examen : 70%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

11


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 UD TP 35 T R A V A U X P R A T I Q U E S à T H É M E 6 ECTS<br />

Enseignant responsable : J. Wantyghem<br />

ENZYMOLOGIE : 2 JOURS<br />

1 Etude cinétique de l’activité de la chymotrypsine<br />

Etude de l’état stationnaire : Substrats étudiés : Deux paranitro-anilides de spécificité différente.<br />

Traitement des données cinétiques : Représentations graphiques permettant de déterminer KM et Vmax.<br />

Calcul de kcat et kcat / K M.<br />

Traitement statistique des données cinétiques - Ajustement des points expérimentaux à un modèle théorique.<br />

Utilisation du logiciel Sigma-plot.<br />

Confrontation des différentes déterminations.<br />

Titrage de sites actifs.<br />

Etude de l’état pré-stationnaire : Substrats étudiés : Para-nitrophénylesters.<br />

Phénomène de jet.<br />

Approfondissement du mécanisme réactionnel et détermination des constantes de vitesse des différentes<br />

étapes.<br />

2 Utilisation de la chymotrypsine pour sonder la structure tertiaire d'une protéine<br />

Intérêt d’une protéolyse ménagée.<br />

Visualisation des résultats sur un gel de poly-acrylamide de type SDS-PAGE-Tricine. Quantification des<br />

résultats par un logiciel d'analyse d'image (ImageJ).<br />

STRUCTURE et BIO-INFORMATIQUE : 2 JOURS<br />

1 Etude structurale de l’Alcool-Déshydrogénase (ADH)<br />

Etude de la cinétique de digestion de l’ADH par la trypsine.<br />

Analyse des fragments obtenus par électrophorèse en conditions dénaturantes sur gel de polyacrylamide<br />

(SDS-PAGE).<br />

Analyse des spectres de masse correspondant aux différents temps de digestion trypsique.<br />

Comparaison des résultats expérimentaux aux prédictions établies à partir de la séquence de l’ADH.<br />

Analyse du spectre de masse obtenu pour une digestion complète de l’ADH par la trypsine (mass peptide<br />

finger-printing).<br />

Spectre de fragmentation d’un des peptides issus de l’ADH par MS-MS et reconstitution de sa séquence.<br />

2 Traitement informatique des données<br />

Analyse des séquences primaire et secondaire et caractérisation de la structure tridimensionnelle des ADH.<br />

Recherche dans les banques de données de la carte d’identité de l’ADH (code Swiss Prot, séquence<br />

consensus….).<br />

Recherche de protéines homologues.<br />

Alignement de séquences des protéines homologues.<br />

Prédiction de structures secondaires des protéines homologues.<br />

Structure 3 D sous Rasmol, degré d’oligomérisation, visualisation du NADH et du zinc catalytique ou<br />

structural, accessibilité des peptides obtenus lors de la digestion ménagée de l’ADH par la trypsine….<br />

MÉTABOLISME : 2 JOURS<br />

Etude du métabolisme oxydatif de la levure de boulangerie<br />

Mesure de la vitesse de respiration des cellules entières.<br />

Préparation des mitochondries de levure et de fractions sub-mitochondriales.<br />

Vitesse de respiration des mitochondries et des fractions.<br />

Action des inhibiteurs.<br />

Localisation de la phosphorylation oxydative et de l’ordre des complexes de la chaîne respiratoire.<br />

12


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

IMMUNOLOGIE : 1,5 JOURS<br />

Purification d’immunoglobulines. Analyses quantitative et qualitative du matériel purifié.<br />

BIOLOGIE MOLÉCULAIRE : 2 JOURS<br />

Transformation bactérienne : Sélection par α-complémentation.<br />

Etablissement de cartes de restriction : Orientation d’un insert de plasmide recombinant.<br />

CHIMIE ORGANIQUE : 2 JOURS<br />

Les TP de Chimie ont pour but de familiariser les étudiants avec les méthodes de la synthèse organique :<br />

Préparation et purification des réactifs, conduite des réactions, séparation et identification des produits par<br />

leurs caractéristiques physiques.<br />

Les méthodes physiques telles que spectroscopies IR, UV, chromatographie, sont introduites et utilisées par<br />

les étudiants.<br />

Synthèse de la cholest-5-èn-3-one.<br />

MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />

Contrôle continu : <strong>10</strong>0%<br />

13


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

<strong>L3</strong> S6 : Second semestre<br />

UE obligatoires (UE E) : 6 ECTS<br />

Parcours spécifique BBM<br />

Parcours spécifique BEE<br />

UFR Sciences du Vivant : Bâtiment Lamarck - Case 7044<br />

35 rue Hélène Brion - 75205 <strong>Paris</strong> Cedex 13<br />

Scolarité : Marie CHARGELÈGUE<br />

e-mail : marie.chargelegue@univ-paris-diderot.fr<br />

01 57 27 82 30<br />

Directrice des Etudes : Josiane WANTYGHEM<br />

e-mail : josiane.wantyghem@univ-paris-diderot.fr<br />

01 57 27 82 51<br />

UFR SCIENCES du VIVANT<br />

ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />

<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />

Parcours BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />

Parcours BIOTECHNOLOGIE et<br />

ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE<br />

14


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

48 AN 3336 ANGLAIS SCIENTIFIQUE (ECUE 1) 3 ECTS<br />

Responsable de l’UE : Mme Carole CHAMPANHET<br />

Cet enseignement est obligatoire<br />

Cours : 22 heures 2 x 3 Groupes de niveau (test obligatoire)<br />

Mardi 16 h 30 - 18 h 30 Jeudi 17 h - 19 h<br />

Ces cours sont donnés au second semestre. Ils sont hebdomadaires à raison de deux heures consécutives. Un<br />

test de niveau (obligatoire) sera organisé pour constituer les groupes.<br />

CONTENU PÉDAGOGIQUE<br />

Dans le cadre de cet enseignement, les étudiants vont :<br />

- apprendre à faire un exposé sur un sujet général ou scientifique,<br />

- s’exercer à participer à une discussion à partir d’un exposé,<br />

- enrichir leur vocabulaire général et scientifique (autour des thèmes tels que movement and change,<br />

frequency, structures and processes, ainsi qu’à partir de la presse anglo-saxonne : Scientific American,<br />

Discover, etc),<br />

- approfondir leurs connaissances grammaticales,<br />

- s’exercer à la compréhension orale à partir d’exposés scientifiques donnés par des anglophones (audio- et<br />

vidéo-cassettes, BBC),<br />

- apprendre à rédiger dans le style scientifique anglais.<br />

Tous les étudiants, quel que soit leur niveau, suivront le même programme pédagogique dont l’objectif le<br />

plus concrètement visé est de développer les capacités nécessaires pour la participation aux conférences<br />

scientifiques en anglais et à un séjour professionnel dans un pays anglophone. La consolidation et le<br />

développement des connaissances grammaticales s’effectueront dans le cours de niveau moins élevé.<br />

BIBLIOGRAPHIE (obligatoire)<br />

Minimum Competence in Scientific English (Sue BLATTES, Véronique JANS, Jonathan UPJOHN)<br />

Collection Grenoble Sciences, nouvelle édition 2003, 2004.<br />

MODALITÉ d’ÉVALUATION<br />

Examen : 50%<br />

Contrôle continu : 50%<br />

Modalités du Contrôle continu (50% de la note)<br />

1 - Expression orale (Coefficient 2) : Chaque étudiant fera une présentation orale d’environ quinze minutes,<br />

à partir d’un article de presse portant sur un sujet d’intérêt général ou scientifique, tirés, par exemple, de :<br />

The New York Times, Science Section ; The Guardian Science and Technology ; Newsweek Science Section ;<br />

Scientific American, Discovery ; etc. Les étudiants ne doivent pas « avoir le nez » dans leurs notes mais<br />

peuvent utiliser un transparent (quelques mots-clés indiquant les différentes parties de l’exposé, avec<br />

éventuellement un graphique ou un dessin…).<br />

La participation dans la période de questions/réponses (5 minutes) après la présentation sera également prise<br />

en compte pour attribuer la note finale d’expression orale.<br />

2 - Contrôles de vocabulaire et grammaire (Coefficient 1) : Plusieurs contrôles sous forme « tests à trous »<br />

seront effectués pour évaluer l’assimilation du vocabulaire du livre Minimum Competence in Scientific<br />

English (MCSE).<br />

3 - « Reaction paper » (Coefficient 2) : résumé + discussion d’un article de presse choisi par l’étudiant.<br />

Si l’étudiant n’a pas choisi un sujet à caractère scientifique pour l’exposé, il convient qu’il le fasse pour le<br />

« reaction paper », et réciproquement.<br />

Devoir sur table en fin de semestre (50% de la note)<br />

1 - Le devoir sur table comportera une réévaluation du vocabulaire et de la grammaire étudiés pendant le<br />

semestre à partir de MCSE (traductions, fill in the blanks).<br />

2 - Il comportera aussi la rédaction d’un bref essai écrit (250-300 mots), à partir de la lecture d’un article<br />

scientifique. L’étudiant montrera qu’il a assimilé le vocabulaire et les expressions nécessaires pour s’exprimer<br />

dans un contexte scientifique professionnel.<br />

15


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BMBI 36 BIO-INFORMATIQUE (ECUE 2) 3 ECTS<br />

Enseignants : J-C. Gelly, S. Pasquali<br />

Cours : <strong>10</strong> heures - TD : 4 heures - TP : 8 heures<br />

Responsable de l’UE : Mme Samuela PASQUALI<br />

Cet enseignement est obligatoire.<br />

L’objectif de cet enseignement est d’initier l’étudiant à quelques principes de la bio-informatique,<br />

notamment la recherche de propriétés biologiques sur les serveurs WEB.<br />

PROGRAMME des COURS<br />

1 La bio-informatique : 2 heures<br />

Pour quoi faire ?<br />

2 Fondements : 2 heures<br />

Matrices<br />

Scores<br />

Alignements<br />

3 Bases de données biologiques : 4 heures<br />

Swiss-Prot<br />

Genbank<br />

prosite<br />

Prodom<br />

PDB<br />

PFAM<br />

Bases de génomes<br />

4 Recherche d’homologie et fonctions biologiques : 2 heures<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

Alignement de séquences<br />

Scores ; E-values et P-values ; Lois de distribution<br />

TRAVAUX PRATIQUES sur ORDINATEUR<br />

Les TP se déclinent sous forme d’un projet et visent essentiellement les deux points suivants :<br />

Alignements de séquences<br />

Recherche de fonctions et homologies<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Cours : 60%<br />

TP : 40%<br />

16


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

<strong>L3</strong> S6 : Second semestre<br />

COMPLÉMENT de FORMATION : 12 ECTS (UE F)<br />

AU CHOIX l’une des options suivantes :<br />

Biologie quantitative (30 UFBQ 36)<br />

Chimie du Vivant (30 UFCH 36)<br />

Physiologie cellulaire et intégrative (30 UFPH 36)<br />

17


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 UFBQ 36 BIOLOGIE QUANTITATIVE 12 ECTS<br />

Responsable de la filière : Mme Anne BADEL<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Biologie quantitative du parcours<br />

BBM.<br />

L’UE Biologie quantitative comporte un enseignement de statistique de base [30BMB336] et deux éléments<br />

plus spécifiques, [30BMB136] qui introduit les méthodes de modélisation et d’analyse des modèles mathématiques<br />

simples et [30BMB236] qui fournit des éléments de base en Bio-informatique moléculaire et en<br />

analyse de séquences.<br />

Les étudiants intéressés par cette formation peuvent s’orienter ensuite vers les Masters de Biologie-<br />

Informatique, In silico Drug Design et de Bio-Mathématiques (<strong>Paris</strong> 6 - <strong>Paris</strong> 7).<br />

30 BMB 136 MODÉLISATION des SYSTÈMES BIOLOGIQUES 4 ECTS<br />

Responsable : M. Selim ESKIIZMIRLILER<br />

Cours : 20 heures - TD : 20 heures<br />

PROGRAMME des COURS<br />

L'informatique est maintenant un outil du quotidien du biologiste. D'une part, l'abondance des données<br />

générées par les techniques à haut débit (puces à ADN, spectroscopie de masse, banques de données, traitement<br />

et analyse des images biologiques, etc.) oblige les biologistes à travailler avec des logiciels plus<br />

spécifiques et de plus en plus sophistiqués, d'autre part, le savoir faire des méthodes de modélisation et de<br />

simulation - réservé jusqu'à récemment à l'usage des ingénieurs pour la conception et/ou la production des<br />

produits industriels - devient aussi de plus en plus indispensable pour l'étude et l'analyse et ainsi pour la<br />

compréhension des phénomènes naturels.<br />

Ce cours présente, avant tout, les notions de programmation en informatique utiles pour parvenir à cette<br />

capacité de traiter les grands jeux de données, et aussi pour formaliser ces connaissances au sein des modèles<br />

fondés sur les principes mathématiques et physiques en vue de les employer dans la modélisation et la<br />

simulation du fonctionnement (comme le bactériophage, la division cellulaire, la génération des potentiels<br />

d'action par des neurones, etc.) et/ou du comportement (évolution dans le temps, réponse aux changements<br />

des conditions environnementales, etc.) des systèmes biologiques. Dans ce but, la révision des méthodes<br />

numériques de résolution des équations et des systèmes d’équations différentielles sera faite en parallèle avec<br />

l'apprentissage et les applications en langages Python et Scilab, les plus utilisés actuellement en bioinformatique.<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS (en Salle d’informatique)<br />

Un point important de cet enseignement est d'accorder une large part à la pratique afin de permettre à l'étudiant<br />

d'acquérir son autonomie. Ainsi, chaque séance de cours est suivie d'une séance de TP sur ordinateur.<br />

Attention, l'apprentissage d'un langage informatique demande un travail régulier, aussi cet enseignement<br />

s'appuie sur des outils de suivi à distance (via l'ENT de l'<strong>Université</strong>) et demande un travail assidu et continu.<br />

La notation est obtenue par un contrôle continu et la réalisation d'un projet final.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen : 70%<br />

TP : 30%<br />

30 BMB 236 ANALYSE du GÉNOME 4 ECTS<br />

Responsable : Mme Delphine FLATTERS<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Biologie quantitative du parcours BBM.<br />

Enseignants : D. Flatters, D. Casane, G. Moroy<br />

Cours : 16 heures - TD : 16 heures - TP : 2 x 3 heures<br />

Les 2 séances de travaux pratiques ont lieu en fin de semestre en salle informatique.<br />

Objectif : L’enseignement dispensé dans le cadre de ce module a pour but de donner une formation de base<br />

aux étudiants dans le domaine de l’analyse de séquences biologiques (nucléiques ou protéiques). Les principales<br />

méthodes bio-mathématiques et bio-informatique de recherche de motifs, d’alignement de séquences,<br />

18


de modèles d’évolution moléculaire et de construction d’arbres phylogénétiques y sont abordées. Ces notions<br />

de base permettront aux étudiants de mieux appréhender le domaine de la bio-informatique génomique.<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Recherche de motifs et alignement de séquences<br />

Rappel de probabilités et alignement de séquences<br />

Recherche de motifs par la méthode de hachage<br />

Statistiques des mots répétés ou en commun<br />

Alignements global ou local<br />

Modèles d’évolution moléculaires et distances génétiques<br />

Modèle à un paramètre de Jukes et Cantor<br />

Modèle à deux paramètres de Kimura<br />

Construction d’arbres phylogénétiques<br />

Méthodes basées sur les distances : UPGMA, Neighbor Joining<br />

Méthodes de parcimonie.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 40%<br />

Contrôle continu : 40%<br />

TP : 20%<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BMB 336 STATISTIQUES pour BIOLOGIE 4 ECTS<br />

Responsable : Mme Anne BADEL<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Biologie quantitative du parcours<br />

BBM ou peut constituer une UE libre du parcours BBM.<br />

Enseignants : A. Badel, R. Poncet<br />

Cours : <strong>10</strong> x 1 heure 30 - TD : 13 x 2 heures<br />

Les travaux dirigés ont lieu en salle informatique (SCRIPT).<br />

Objectifs : L’enseignement dispensé dans le cadre de ce module a pour but de donner une formation de base<br />

aux étudiants dans le domaine des statistiques appliquées à la biologie. Le programme de statistiques et de<br />

probabilités doit permettre aux étudiants de comprendre, d’appliquer et d’interpréter correctement les méthodes<br />

fondamentales de ce domaine.<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Probabilités et statistiques<br />

Rappel de probabilités (processus probabilistes, lois discrètes et continues).<br />

Notion de variabilité.<br />

Intervalle de confiance des variables.<br />

Théorie des tests<br />

Test de conformités (processus probabilistes, lois discrètes et continues)<br />

Tests du χ2<br />

Analyse de variance. Plans factoriels<br />

Coefficient de corrélations et régression linéaire.<br />

Statistiques avancées<br />

Régression linéaire<br />

Régression linéaire multiple<br />

Régression logistique<br />

Pratique d’un logiciel statistique : Application à l’analyse d’un jeu de données sous forme de projet.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Cours : 40%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

TP : 30%<br />

19


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 UFCH 36 CHIMIE du VIVANT 12 ECTS<br />

Responsable de la filière : Mme Nawal SERRADJI<br />

30 BMC 136 BIO - MOLÉCULES 3 ECTS<br />

Synthèse - Structure - Réactivité - Applications<br />

Responsable : M. Aazdine LAMOURI<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Chimie du Vivant du parcours<br />

BBM ou peut constituer une UE libre du parcours BBM.<br />

Enseignants : A. Lamouri<br />

Cours : <strong>10</strong> heures - TD : 20 heures<br />

PROGRAMME des COURS<br />

1 Les sucres<br />

Classification.<br />

Corrélation de configuration et réactions caractéristiques.<br />

Structure hémi-acétal et représentations.<br />

Chimie des monosaccharides, oligo-, homo- et hétéro-polysaccharides.<br />

Les monosaccharides considérés comme pourvoyeurs de synthons en synthèse asymétrique. Exemple de<br />

synthèse.<br />

Applications industrielles.<br />

2 Synthèse peptidique<br />

Détermination des structures primaires des polypeptides : Principe et mécanismes réactionnels.<br />

Synthèse peptidique en phase liquide et en phase solide.<br />

Applications.<br />

3 Nucléosides - Nucléotides - Acides nucléiques<br />

Rappels sur les constituants des acides nucléiques.<br />

Méthodes des synthèses d’oligo-nucléotides en phase solide.<br />

Applications.<br />

4 Les lipides<br />

Définition, classification, extraction.<br />

Des glycérides aux glycéro-phospholipides : Stratégies de synthèse.<br />

Les phospholipases.<br />

Les médiateurs de l’inflammation issus du métabolisme des phospholipides membranaires (cascade de<br />

l’acide arachidonique, prostaglandines, leucotriènes, Platelet-Activating Factor).<br />

La lactone de Corey et la synthèse de PGE2 et PGF2-α.<br />

5 Les terpènes<br />

Définition, classification.<br />

Biosynthèse du cholestérol et des hormones stéroïdiennes.<br />

Synthèse chimique des stéroïdes.<br />

Recherche bibliographique<br />

Rapport sur des publications scientifiques : Un travail bibliographique est réalisé par binôme d’étudiants sur<br />

un sujet relatif aux bio-molécules ou aux médicaments. Il est présenté sous forme de document écrit, illustré<br />

principalement par des synthèses chimiques.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen : 70%<br />

Rapport bibliographique : 30%<br />

20


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BMC 236 TRAVAUX EXPÉRIMENTAUX PERSONNALISÉS 3 ECTS<br />

De la molécule au médicament<br />

Coordinatrice : Melle Nawal SERRADJI<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Chimie du Vivant du parcours<br />

BBM.<br />

Enseignants : N. Serradji, A. Lamouri, CZ. Dong<br />

Pourquoi une UE expérimentale de Chimie ?<br />

Les Travaux expérimentaux personnalisés (TEXP) permettront à l’étudiant d’acquérir une formation dans les<br />

techniques expérimentales spécialisées de différents domaines de la Chimie. Ce travail pourra être réalisé en<br />

binôme ou individuellement et comporte plusieurs points forts : lecture de publications, mise en œuvre expérimentale,<br />

interprétation des résultats, rédaction d’un rapport, présentation lors d’une très brève soutenance.<br />

Quel intérêt dans un cursus de Biochimie ?<br />

Les TEXP sont proposés sur la thématique « de la molécule au médicament ».<br />

Ces projets permettront aux étudiants de mettre en pratique les grandes réactions de la chimie organique, les<br />

techniques d’analyse et de purification classiques pour obtenir des composés d’intérêt pharmacologique.<br />

Organisation pratique : Répartition des 3 ECTS la semaine du 04-04-2011<br />

3 heures de travail personnel : lecture de un à trois articles bibliographiques fournis par l’enseignant<br />

chercheur qui propose le thème du travail expérimental. L’étudiant lit ces documents et élabore un protocole<br />

expérimental qu’il fait valider par l’enseignant.<br />

24 heures de travail expérimental au service de TP de Chimie, réparties en 3 journées de 8 heures (lundi,<br />

mardi et mercredi).<br />

Sur un groupe de 24 étudiants (fréquentation moyenne de la filière Chimie) répartis dans trois salles de TP,<br />

on peut concevoir de réaliser entre 4 et 6 projets expérimentaux différents.<br />

3 heures de présentation des manipulations devant tout le groupe d’étudiants (Vendredi 08/04/11 matin).<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

70% de la note attribuée au compte rendu et à l’expérimentation<br />

30% de la note attribuée à la présentation orale du travail expérimental.<br />

30 BMC 336 PHYSICO-CHIMIE EXPÉRIMENTALE 6 ECTS<br />

Responsable : M. Mohamed JOUINI<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Chimie du Vivant du parcours<br />

BBM.<br />

Enseignants : M. Jouini, S. Aeiyach<br />

Cours : 22 heures - TD : 22 heures - TP : 2 x 8 heures<br />

COMPÉTENCES VISÉES<br />

Accès aux informations relatives aux structures des molécules et particulièrement à celles des bio-molécules<br />

par la technique adéquate : élucidation partielle (parties fonctionnelles) ou totale des structures.<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Notions fondamentales et applications des spectroscopies :<br />

optique (UV, visible), de fluorescence, de phosphorescence, IR, Raman, Dichroïsme circulaire.<br />

de résonance (RMN, RPE).<br />

de masse.<br />

MODALITÉS D’ÉVALUATION :<br />

Examen : 50%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

TP : 20%<br />

21


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 UFPH 36 PHYSIOLOGIE CELLULAIRE et INTÉGRATIVE 12 ECTS<br />

Responsable de la filière : Mme Virginie ROUILLER-FABRE<br />

30 BMP 136 PHYSIOLOGIE des GRANDES FONCTIONS 4 ECTS<br />

Responsables : Anne WIJKHUISEN et Hervé LE STUNFF<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Physiologie cellulaire et intégrative<br />

du parcours BBM.<br />

Enseignants : V. Rouiller-Fabre, A. Wijkhuisen, J-S. Silvestre, H. Le Stunff, M. Amar<br />

Cours : 22 heures - TD : 8 heures + Exposés (Travail personnel + présentation) : <strong>10</strong> h<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Sang - Hémostase<br />

Physiologie cardiaque<br />

Physiologie vasculaire<br />

Exemple de physiologie intégrée : La régulation de la pression artérielle<br />

Physiologie de la respiration<br />

Physiologie rénale<br />

Régulation des équilibres hydrique, électrolytique et acido-basique.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 60%<br />

Contrôle continu : 25%<br />

Exposés : 15%<br />

30 BMP 236 ENDOCRINOLOGIE GÉNÉRALE 4 ECTS<br />

Responsable : M. Christophe MAGNAN<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : complément de formation de Physiologie cellulaire et intégrative<br />

du parcours BBM.<br />

Enseignants : C. Magnan, J. Corvisier, C. Cruciani, C. Tourel<br />

Cours : 16 heures - TD : 6 heures - TP : 2 jours<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Place de la signalisation endocrine dans les systèmes d’intégration de l’organisme.<br />

Contrôle de la synthèse et de la libération des hormones.<br />

Interaction entre hormones et cellule - cibles.<br />

Exemples illustrant les modalités de la signalisation endocrine : métabolisme énergétique, métabolisme<br />

phospho-calcique.<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS et de TRAVAUX PRATIQUES<br />

TD 1 : Notion de K D, Vmax, liaison aux récepteurs.<br />

TD 2 : Effet biologique de l’insuline.<br />

TD 3 : Effet biologique des catécholamines, corticoïdes et hormones thyroïdiennes.<br />

TP : Contrôle du métabolisme glucidique et lipidique par les corticoïdes.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 60%<br />

Contrôle continu : 25%<br />

TP : 15%<br />

22


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BMP 336 PHYSIOLOGIE de la REPRODUCTION 4 ECTS<br />

Responsable : M. René HABERT<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Physiologie cellulaire et intégrative<br />

du parcours BBM.<br />

Enseignants : R. Habert, V. Rouiller-Fabre, G. Livera, C. Racine, V. Simon.<br />

Cours : 18 heures - TD : 8 heures - TP : 1 jour et demi.<br />

PROGRAMME des COURS<br />

La sexualité et la sexualisation<br />

La physiologie de la reproduction masculine<br />

La physiologie de la reproduction féminine<br />

La maîtrise de la reproduction humaine<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS et TRAVAUX PRATIQUES<br />

TD : Analyse de résultats expérimentaux et illustration du cours<br />

TP : Contrôle endocrine des fonctions différenciées de la cellule de Leydig adulte.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 60%<br />

Contrôle continu : 25%<br />

TP : 15%<br />

23


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

UFR SCIENCES du VIVANT<br />

ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />

<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />

Parcours BIOTECHNOLOGIE et<br />

ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE<br />

<strong>L3</strong> S6 : Second semestre<br />

FILIÈRE de SPÉCIALITÉ : 18 ECTS (UE F)<br />

Biotechnologie majeure<br />

ou Economie de l’Entreprise majeure<br />

24


L’objectif des deux filières du parcours BEE est de permettre l’acquisition de compétences en Biotechnologies<br />

et en Economie de l’Entreprise. Cette orientation qui tend vers une bi-compétence est un atout pour<br />

une future insertion professionnelle des étudiants biochimistes.<br />

Dans l’option Biotechnologie majeure, les trois UE de Biotechnologie (11 ECTS) sont obligatoires. Elles<br />

sont associées à deux UE d’Economie (7 ECTS) avec trois combinaisons possibles en tenant compte de la<br />

capacité d’accueil limitée pour l’Economie générale (Jeu de l’île) :<br />

(1) Economie de l’entreprise (30 BEEC 36 = 4 ECTS) + Economie générale (30 BEJI 36 = 3 ECTS)<br />

(2) Economie de l’entreprise (30 BEEC 36 = 4 ECTS) + Marketing 2 (30 BEMK 26 = 3 ECTS)<br />

(3) Marketing 1 (BEMK 16 = 4 ECTS) + Economie générale (30 BEJI 36 = 3 ECTS)<br />

Dans l’option Economie de l’Entreprise majeure, les trois UE d’Economie sont obligatoires ainsi que les<br />

UE Biotechnologie I et II.<br />

Ce parcours, au même titre que le parcours BBM, est bien adapté à la poursuite d’études dans les Masters<br />

(recherche ou pro) BC2T et IMVI de l’UFR Sciences du Vivant.<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 UF BT36 BIOTECHNOLOGIE MAJEURE 18 ECTS<br />

Responsable de la filière : Mme Dominique Buffard<br />

Depuis la fin du XX e siècle, les biotechnologies ont connu un essor considérable. Les UE théoriques de Biotechnologie<br />

s’attachent à montrer comment les différentes disciplines des Sciences du Vivant - biologie<br />

moléculaire, biochimie, génétique, physiologie - mises en œuvre de manière coordonnée, ont permis des<br />

avancées majeures dans divers domaines tels que : santé, agronomie, environnement, énergie, industries<br />

agro-alimentaires et pharmaceutiques.<br />

Dans l’option « Biotechnologie majeure », elles sont associées à un solide apprentissage expérimental<br />

(Biotechnologie appliquée) réalisé sur deux semaines dans des conditions proches de celles rencontrées en<br />

laboratoire. Les thèmes abordés : « Diagnostic génotypique de la mucoviscidose » et « Production d’une<br />

protéine recombinante (HSP) de Plasmodium » complètent les éléments de cours et permettent de se<br />

confronter aux problèmes de mise en œuvre de techniques telles que la PCR.<br />

30 UF EC36 ECONOMIE MAJEURE 18 ECTS<br />

Responsable de la filière : Mme Annie Piffeteau<br />

Cet enseignement, rarement rencontré dans les formations universitaires scientifiques, est bien établi et<br />

reconnu. Il évolue avec l’actualité. Cette filière ne nécessite aucun pré-requis en économie.<br />

Notre objectif est de faire acquérir aux étudiants scientifiques non-spécialistes une réelle connaissance de<br />

l’entreprise et un complément de formation qui facilitera leur insertion professionnelle et, à court terme, leur<br />

entrée dans le Master de leur choix.<br />

En M2, certains étudiants renforcent cette double compétence de scientifique et d'économiste et intègrent des<br />

formations spécialisées d’Ecoles de commerce.<br />

En Licence, l'enseignement est constitué de trois modules différents : Economie générale ou jeu de l’île, Economie<br />

de l'Entreprise et Marketing approfondi appliqué aux Bio-industries. Il peut être complété en Master<br />

IMVI ou BC2T par un enseignement de « Gestion de l’Entreprise : Analyse financière de projets ».<br />

L’UE de Marketing peut également faire partie du cursus de M1 BC2T et IMVI.<br />

L'enseignement est assuré essentiellement par des professionnels extérieurs à l'<strong>Université</strong>, choisis pour leurs<br />

compétences dans le domaine concerné et par quelques universitaires économistes industriels.<br />

25


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BEBT 16 BIOTECHNOLOGIE I : Les grands axes des Biotechnologies 4 ECTS<br />

Responsable : Mme Jacqueline London<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F du parcours BEE.<br />

Enseignants : D. Buffard, J. London, P. Régnier, V. Régnier<br />

Cours - TD : 30 heures Dossier bibliographique<br />

PROGRAMME des COURS - TD<br />

1 : Biotechnologie végétale<br />

Particularités de la cellule végétale et applications biotechnologiques : Paroi et pâte à papier, ADN mitochondrial<br />

et stérilité mâle cytoplasmique.<br />

Les cultures in vitro et leur place dans un programme de sélection : Fusion de protoplastes, cultures<br />

d’embryons immatures, cultures d’anthères, embryogenèse somatique.<br />

Les techniques de transfert de gènes : Transfert direct et transfert par Agrobacterium.<br />

Les plantes transgéniques actuelles : Résistances aux herbicides, aux insectes, aux virus.<br />

Les potentialités des plantes transgéniques.<br />

Les bio-carburants.<br />

2 : Biotechnologie animale<br />

Notions de mutations et mode de transmission des mutations.<br />

Maladies mono-génétiques, pluri-génétiques et multi-factorielles ; analyse des mutants.<br />

Obtention de modèles pour l’étude de mutants naturels : transgénèse.<br />

Invalidation de gènes dans différents organismes : Drosophile, C. elegans, souris.<br />

Maladies métaboliques : Déficit enzymatique et mucoviscidose.<br />

Les myopathies de Duchenne, les cardiomyopathies.<br />

3 : Microorganismes et enzymes d’intérêt industriel<br />

Microorganisme d’intérêt industriel : Production industrielle de métabolites.<br />

Fermentations : Production d’éthanol.<br />

Enzymes d’intérêt industriel et industrie agro-alimentaire.<br />

4 : Ethique et Biotechnologie<br />

Notions d’Ethique et de Bioéthique.<br />

Législation française en matière d’Ethique.<br />

Tests génétiques.<br />

Diagnostic prénatal et pré-implantatoire des maladies génétiques.<br />

Plantes génétiquement modifiées.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 60%<br />

Contrôle continu y compris Dossier bibliographique : 40%<br />

30 BEBT 36 BIOTECHNOLOGIE I (option) 3 ECTS<br />

Cet enseignement peut constituer une UE libre du parcours BBM.<br />

Programme identique à celui de Biotechnologie I sans dossier bibliographique<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 70%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

26


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BEBT 26 BIOTECHNOLOGIE II : Stratégies et Méthodologies 3 ECTS<br />

Responsable : Mme Dominique Buffard<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F de la filière de spécialité du parcours BEE.<br />

Enseignants : D. Buffard, A. Goarin, P. Lafaye, J. London, I. Verstraete.<br />

Cours : 20 heures - TD : <strong>10</strong> heures<br />

PROGRAMME DES COURS - TD<br />

1 : Génie génétique et génomique<br />

Etude de l’expression des gènes : Aspects quantitatifs (Northern, RT-PCR et PCR quantitative).<br />

Génomique des microorganismes : Séquençage, transcriptome, protéome.<br />

∗ Applications : Le métabolisme carboné de Lactococcus lactis.<br />

Application de la technologie des puces :<br />

∗ à la détection de nouvelles stratégies médicamenteuses.<br />

∗ au suivi thérapeutique (mucoviscidose, cancers...).<br />

Génomique fonctionnelle végétale : Création et étude de mutants par insertion de T-ADN<br />

2 : Production<br />

Production de métabolites secondaires par les plantes : Utilisation de cellules en culture, hairy-roots,<br />

élicitation.<br />

Immunotechnologie<br />

∗ Production d’anticorps monoclonaux à usage thérapeutique<br />

∗ Problème de l’immunogénicité des fragments murins :<br />

anticorps humanisés, sélection de Fab humains par phage display.<br />

Utilisation thérapeutique des anticorps monoclonaux.<br />

Production d’anticorps par les plantes.<br />

3 : Traçabilité, sécurité alimentaire et sanitaire<br />

Détection des plantes transgéniques : Gènes de résistance « marqueurs » de transformation, promoteur du<br />

transgène, produit du transgène.<br />

Diagnostic microbiologique : Techniques de biologie moléculaire et applications à la détection de contaminations<br />

dans le domaine alimentaire.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen : 70%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

30 BETBT6 BIOTECHNOLOGIE EXPÉRIMENTALE 4 ECTS<br />

Responsable : Mme Vinciane RÉGNIER<br />

Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F de la filière Biotechnologie majeure du parcours BEE.<br />

Enseignants : V. Joliot, V. Régnier<br />

PROGRAMME des TRAVAUX PRATIQUES : sur 2 semaines<br />

* Mise en œuvre de quelques techniques fondamentales d’analyse de l’ADN.<br />

Application au génotypage de deux loci appartenant au gène CFTR ou lui étant génétiquement<br />

liés : Diagnostic génotypique de la mucoviscidose.<br />

* Analyses d’interactions protéine-protéine.<br />

Application à l’étude de l’interaction entre la protéine de l’hétéro-chromatine HP1α et le facteur de<br />

transcription myoD.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Contrôle continu : <strong>10</strong>0%<br />

27


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BEEC 36 ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE 4 ECTS<br />

Responsable : Mme Annie Piffeteau<br />

13 Conférences de 2 heures (Jeudi 17-19 h) + travail de chargé d’étude en entreprise.<br />

Les conférences sont assurées par des professionnels, spécialistes du domaine concerné.<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Présentation de l'entreprise, de ses grands secteurs et des fonctions qui s’y rattachent<br />

Introduction au Marketing.<br />

La Recherche-Développement - La production.<br />

La conduite de projet.<br />

Formation au développement durable et assurance Qualité.<br />

Le recrutement, le projet professionnel.<br />

La recherche d’emploi : une démarche marketing.<br />

La Gouvernance d’entreprise.<br />

La Propriété industrielle.<br />

Les juniors-entreprises et la bi-compétence.<br />

La création d’entreprise.<br />

COMPÉTENCES VISÉES<br />

Connaissance des fonctions, des enjeux et de la structuration de l’entreprise racontée par ceux qui y travaillent.<br />

Développement de l’initiative, du travail de groupe par l’étude et l’analyse d’un problème concret,<br />

technique et économique sur le terrain d’une entreprise.<br />

Apprentissage de la rédaction claire et synthétique et de l’argumentation orale de propositions de<br />

solutions.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Etude en entreprise<br />

Elle consiste en une étude qui analyse et apporte des solutions techniques et économiques à un problème<br />

précis qui se pose à une entreprise. Cela peut consister en une étude de marché ou en un problème de<br />

production, de propriété industrielle, de ressources humaines, de logistique... Les étudiants, par groupes de 2<br />

ou 3, jouent le rôle de chargés d’étude. Ils recherchent eux-mêmes leur sujet en contactant des sociétés et en<br />

présentant leur savoir-faire.<br />

Le suivi de ce sujet de travail est assuré par Mme Annie Piffeteau qui guide les étudiants sur la durée du<br />

semestre.<br />

La rédaction de l'étude et la soutenance orale devant un jury comprenant un professionnel sont prises en compte pour la<br />

note finale d’examen.<br />

30 BEEC 46 ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE (en option) 3 ECTS<br />

En fonction des places disponibles, cette UE peut être prise en UE optionnelle de pré-professionnalisation ou<br />

libre (ECTS 30 BEEC 46 = 3 ECTS).<br />

Programme identique à celui de 30 BEEC36.<br />

Le volume et la difficulté de l’étude en entreprise seront aménagés afin que la charge de travail corresponde<br />

à 3 ECTS.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Identiques à celles de 30 BEEC 36<br />

28


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BEMK 16 MARKETING APPLIQUÉ aux BIO-INDUSTRIES 4 ECTS<br />

(MARKETING 1)<br />

Responsables : Mme Annie Piffeteau et M. Philippe Cazes, professionnel<br />

L’enseignement Marketing 1 est obligatoire dans l’UE F de la filière Economie majeure du parcours BEE.<br />

Cours et Conférences : 30 heures - Etude de cas : 12 heures<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Cet enseignement est composé de trois cycles spécifiques comprenant chacun des cours - conférence, le<br />

témoignage d’un professionnel et une étude de cas par thème.<br />

Les thèmes de ces trois cycles sont :<br />

1 : Les études de marché<br />

Les études documentaires et les banques de données.<br />

Etudes qualitatives. Etudes quantitatives : sondages, panels.…<br />

La segmentation dans l’analyse de marché.<br />

2 : La stratégie<br />

La fixation des objectifs.<br />

Le marketing-mix.<br />

Plan de marketing et plan d’action commerciale.<br />

Les outils du contrôle de la progression.<br />

3 : La mise en place de la stratégie<br />

Le choix et l’animation des circuits de distribution.<br />

Le management des forces de vente.<br />

La stratégie de communication.<br />

L’enseignant coordonnateur, M. Philippe CAZES, est un professionnel ayant une expérience de formateur à<br />

l’ADETEM (Association Nationale du Marketing). Il est accompagné de professionnels en marketing.<br />

COMPÉTENCES VISÉES<br />

La consistance, le volume et le niveau de l’apprentissage du Marketing ainsi que la compétence des professionnels<br />

font de cette UE une véritable formation dans la discipline qui peut être développée par la suite.<br />

Cette UE est habilitée à la fois en <strong>L3</strong> et en Master. Les exemples en bio-industries s’intègrent parfaitement à<br />

notre domaine scientifique.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen : 60%<br />

Contrôle continu : 40%<br />

Les trois études de cas, menées en groupes sur place, sont notées et constituent 40% de la note d’examen<br />

(contrôle continu) et l’examen final écrit 60%.<br />

30 BEMK 26 MARKETING APPLIQUÉ aux BIO-INDUSTRIES 3 ECTS<br />

(MARKETING 2)<br />

L’enseignement Marketing 2 est proposé comme UE de 3 ECTS de la filière Biotechnologie majeure du parcours<br />

BEE.<br />

Programme identique à celui de Marketing 1 (30 BEMK 16)<br />

Seules les études de cas des thèmes 1 et 3 seront obligatoires.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen : 60%<br />

Contrôle continu : 40%<br />

29


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BEJI 36 ÉCONOMIE GÉNÉRALE : JEU de l’ÎLE 3 ECTS<br />

Responsables : Mme Annie Piffeteau et Mme Anne Corcos, Professeur d’Economie industrielle<br />

(<strong>Université</strong> de Picardie)<br />

Cet enseignement se déroule sur une semaine en continu (35 heures) sous forme d’un jeu, le « jeu de<br />

l’île », dans une salle spécialement affectée.<br />

Un effectif de 18 à 21 étudiants (6-7 x 3 groupes) est l’idéal pour une bonne dynamique du jeu.<br />

PROGRAMME<br />

L’objectif est de faire découvrir et comprendre les mécanismes économiques fondamentaux, de faire<br />

acquérir le vocabulaire économique de base par un jeu d'initiation, « le jeu de l'île », qui se déroule sur<br />

quatre jours, en une vingtaine de séquences. Les étudiants y tiennent les rôles de producteurs, de<br />

consommateurs, d’entrepreneurs et de financiers. Un retour sur le jeu a lieu le cinquième jour pour amorcer<br />

la réflexion et la rédaction.<br />

Au cours du jeu sont abordées les phases successives d'autarcie, d'échanges, de troc, les introductions de<br />

la monnaie et de la banque, de l'Etat, de la Bourse, de l'entreprise et du salariat. Seront assimilées les<br />

notions de marché, de consommation finale, de consommation intermédiaire, de produit net, de coût de<br />

production, d'investissement, de financement.…<br />

COMPÉTENCES VISÉES<br />

Acquérir le vocabulaire économique de base et la compréhension de l’évolution du contexte économique<br />

afin de faciliter l’insertion dans cette réalité économique.<br />

Prendre des décisions en groupe et analyser les répercussions de cette prise de décision sur la collectivité<br />

environnante.<br />

Les deux enseignants responsables encadrent les étudiants à plein temps.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Rédaction d'un mémoire racontant l'histoire économique de la zone au cours de la semaine analysant des décisions<br />

prises au cours du jeu et évaluant les conséquences de l'une de ces décisions.<br />

Recherche dans la presse écrite d’un ou plusieurs articles illustrant les notions acquises dont les analogies<br />

avec les phases du jeu seront dégagées.<br />

30


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

UFR SCIENCES du VIVANT<br />

ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />

<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />

UE APPROFONDIES<br />

<strong>L3</strong> S6 - Second semestre<br />

UE APPROFONDIES (UE G)<br />

3 au choix pour le parcours BBM soit 9 ECTS<br />

2 au choix pour le parcours BEE soit 6 ECTS<br />

31


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BMVI 36 IMMUNOLOGIE - MICROBIOLOGIE - VIROLOGIE 3 ECTS<br />

Responsable de l’UE : Mme Mireille Viguier<br />

Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans le parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans le<br />

parcours BBM.<br />

MICROBIOLOGIE<br />

Enseignants : O. Dussurget, K. Moncoq, O. Soutourina<br />

PROGRAMME des COURS (Mercredi matin : 5 x 2 h)<br />

1 : Les bactéries dans le monde du vivant : La notion d’espèces bactériennes.<br />

2 : Les bactéries et le cycle de l’azote : Un exemple d’écosystème et d’un métabolisme symbiotique.<br />

3 : Les bactéries et l’homme : Commensalisme, pathogénicité, virulence….<br />

4 : Génétique bactérienne : Bactériophages, plasmides, intégrons et autres.<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

TD 1 : Métabolisme<br />

TD 2 : Génétique<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 70%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

VIROLOGIE<br />

Enseignants : S. Van Der Werf, PE. Ceccaldi, I. Leclercq, D. Moisy, E. Petit-Koskas<br />

PROGRAMME des COURS (Mercredi matin : 5 x 2 h)<br />

1 : Poliomyélite, Hépatite A, Méningites virales, Rhumes….. : Les Picornavirus.<br />

Structure, cycle, classification, pathologies associées et lutte antivirale.<br />

2 : Grippe et Para-influenza humains : Ortho et Paramyxovirus.<br />

Structure, cycle, classification, pathologies associées et lutte antivirale.<br />

3 : Cancers, Leucémies, SIDA : Les rétrovirus.<br />

Structure, cycle, classification, pathologies associées et lutte antivirale.<br />

4 : Arboviroses, Hépatite C : Les Flavivirus.<br />

Structure, cycle, classification, pathologies associées et lutte antivirale.<br />

5 : Les Adénovirus et les Virus Adéno-Associés (AAV).<br />

Structure, cycle, classification, pourquoi n’y a-t-il pas de lutte antivirale ?<br />

PROGRAMMES des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

TD 1 : Emergence et SRAS.<br />

TD 2 : Les fièvres hémorragiques.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 70%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

IMMUNOLOGIE<br />

Enseignants : M. Viguier, A. Couëdel, H. Moreau<br />

PROGRAMME des COURS (Mercredi matin : 2 x 4 h)<br />

1 : Reconnaissance immunitaire naturelle.<br />

2 : Reconnaissance immunitaire spécifique d’antigène.<br />

3 : Réaction immunitaire.<br />

4 : Tolérance immunitaire.<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

TD 1 : Analyse de la réaction immunitaire lors d’une infection virale.<br />

TD 2 : Analyse de la réaction immunitaire lors d’une infection bactérienne.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 70%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

32


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BMGE 36 GÉNÉTIQUE APPROFONDIE 3 ECTS<br />

Responsable de l’UE : M. Philippe SILAR<br />

Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />

le parcours BBM.<br />

Enseignants : P. Silar, S. Brun, H. Lalucque, F. Malagnac<br />

Cours : 14 heures - TD : 16 heures<br />

PROGRAMME des COURS<br />

1 : La génétique bactérienne<br />

La résistance d’Escherichia coli au phage lambda : Mutation, mutagenèse et identification de gènes.<br />

La virulence de Klebsiella : Mutagenèse par transposition.<br />

2 : La génétique eucaryote<br />

Les mutants de vieillissement chez Caenorhabditis elegans : La sélection et l’analyse de mutants par<br />

complémentation et recombinaison chez un diploïde, le clonage positionnel et l’épistasie.<br />

Les suppresseurs de coloration d’ascospores chez Podospora anserina.<br />

Le mutant peloric chez Linaria vulgaris : L’épigénétique.<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

Génétique bactérienne.<br />

Ségrégation chez les eucaryotes.<br />

Complémentation chez les eucaryotes.<br />

Suppression et épistasie.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 70%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

30 BMEM 36 ENDOCRINOLOGIE MÉTABOLIQUE 3 ECTS<br />

Responsables : M. Christophe MAGNAN et M. Gilbert RICHARME<br />

Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />

le parcours BBM.<br />

Enseignants : C. Magnan, G. Richarme, F. Auchère<br />

Cours : 16 heures - TD : 14 heures (6 h en commun avec <strong>L3</strong> BCP + 8 h).<br />

Les cours et certains travaux dirigés de cette UE sont communs avec ceux de l’ECUE 30 BMP236 Endocrinologie<br />

générale de la filière Physiologie cellulaire et intégrative du parcours BBM.<br />

PROGRAMME des COURS<br />

1 : Les grands principes de l’endocrinologie et la réponse au stress.<br />

Axe corticotrope, catécholamines.<br />

2 : La régulation de l’homéostasie énergétique.<br />

Glycémie, prise alimentaire : Pancréas endocrine et le tissu adipeux comme glande endocrine.<br />

3 : L’équilibre hydrominéral.<br />

Aldostérone, rénine angiotensine et le métabolisme phosphocalcique.<br />

4 : La glande pinéale et la mélatonine, la glande thyroïde.<br />

PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />

1 : Données expérimentales et analyse de résultats sur les thèmes :<br />

TD 1 : Notion de K D, V max, liaison aux récepteurs.<br />

TD 2 : Effet biologique des catécholamines, corticoïdes.<br />

TD 3 : Effet biologique de l’insuline.<br />

2 : 3 séances de Cours - TD à la place des TP de l’UE 30 BMP236 d’Endocrinologie générale<br />

TD 4 et 5 : Signalisation cellulaire, transmission du signal hormonal, présentation des différents types de<br />

récepteurs hormonaux, seconds messagers<br />

TD 6 et 7 : Analyse d’articles, Récepteurs adrénergiques<br />

33


MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen : 60%<br />

Contrôles continus : 25% et 15%<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BMEN 36 ENZYMES et PATHOLOGIES HUMAINES 3 ECTS<br />

Responsable de l’UE : M. Fernando Rodrigues-Lima<br />

Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />

le parcours BBM.<br />

Enseignants : N. Janel, F. Rodrigues-Lima, J. Dairou, V. Serre + Intervenants extérieurs<br />

Cours : 14 heures - TD : <strong>10</strong> heures - Analyse d’articles : 6 heures<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Protéases et Cancer<br />

Exemples de pathologies métaboliques<br />

1 : Métabolisme de l'homocystéine<br />

Les principales anomalies génétiques affectant ce métabolisme sont le déficit en cystathionine β<br />

synthase (CBS) et le déficit en méthylène tétrahydrofolate réductase (MTHFR).<br />

2 : Métabolisme du glycogène<br />

La maladie de McArdle est due à un déficit en glycogène phosphorylase responsable d’une surcharge<br />

en glycogène dans le muscle strié.<br />

3 : Pathologies mitochondriales<br />

Marqueurs enzymatiques et pathologies cardiaques<br />

Epilepsie et glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase (GAPDH).<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen : <strong>10</strong>0%<br />

30 BMBM 36 BIOLOGIE MOLÉCULAIRE APPROFONDIE 3 ECTS<br />

Responsable de l’UE : Mme Jacqueline London<br />

Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />

le parcours BBM.<br />

Enseignants : J. London, D. Buffard, M. Franco<br />

Cours : 20 heures - TD : <strong>10</strong> heures Présentation d’un article scientifique<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Phage λ<br />

Régulation de l’expression des gènes eucaryotes<br />

Obtention des banques génomiques et des ADNc<br />

Les gènes de globine : Organisation, expression et régulations, rôle de l’hème et du fer ; Thalassémies<br />

Clonage et expression du gène de la dystrophine<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen : 60%<br />

Contrôle continu : 40%<br />

34


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

30 BMTB 36 BIOLOGIE MOLÉCULAIRE EXPÉRIMENTALE 3 ECTS<br />

Responsable de l’UE : Mme Mélanie Franco<br />

Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />

le parcours BBM.<br />

Enseignants : D. Buffard, M. Franco, V. Régnier<br />

PROGRAMME des TRAVAUX PRATIQUES : 2 x 2 jours (Vendredi - Samedi).<br />

Mutagenèse par insertion d’un transposon chez Escherichia coli.<br />

Sélection de diverses mutations dans l’opéron lactose.<br />

Construction de méro-diploïdes par conjugaison et test de dominance et récessivité pour diverses mutations<br />

de lac I, gène du répresseur de l’opéron lactose.<br />

Localisation des modifications provoquées sur la structures tridimensionnelle de la protéine.<br />

Importance du dosage de gène pour une régulation.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen : <strong>10</strong>0%<br />

30 BMNA 36 NANO-BIOTECHNOLOGIES 3 ECTS<br />

Responsable de l’UE : M. Vincent Noël<br />

Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />

le parcours BBM.<br />

Cours : 18 h - TD : 12 h (Jeudi matin 8 h 30-<strong>10</strong> h 30)<br />

OBJECTIFS PÉDAGOGIQUES<br />

Cette UE a pour objectif de présenter les nano-biotechnologies en soulignant l’aspect pluridisciplinaire du<br />

domaine. Ce cours propose une vue d’ensemble des applications (capteurs, électronique moléculaire....) utilisant<br />

les savoir-faire en biochimie structurale, enzymologie… et en physico-chimie (contrôle de la synthèse<br />

de nano-particules, assemblage programmé….). Cette UE permettra de présenter les nombreuses connexions<br />

entre les nano-sciences et les sciences du vivant et l’intérêt de combiner ces deux disciplines pour le développement<br />

de dispositifs innovants.<br />

PROGRAMME des COURS<br />

Introduction<br />

Historique des nano-sciences.<br />

Contexte national et international des nano-sciences : marché / emploi.<br />

Les fondamentaux en nano-sciences<br />

Structure de la matière à l’échelle du nanomètre.<br />

Structure atomique et cohésion des nano-systèmes.<br />

Propriétés électroniques et optiques.<br />

Méthodes de caractérisation des nano-objets<br />

Imager des objets de quelques nanomètres.<br />

Principes de fonctionnement des microscopies à champ proche, des microscopies électroniques.<br />

Synthèse et fonctionnalisation des nano-objets<br />

Comment manipuler et modifier des nano-objets (nano-particules, nano-fils….).<br />

Synthèse par voie chimique, par voie enzymatique.<br />

Réalisation d’édifices nano-structurés<br />

Comment assembler des particules de quelques nanomètres.<br />

Nano-Lego.<br />

Méthodes d’auto-assemblage.<br />

Reconnaissance bio-moléculaire….<br />

Applications<br />

Electronique moléculaire, Bio-capteurs, Vectorisation, Imagerie médicale.<br />

MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />

Examen final : 70%<br />

Contrôle continu : 30%<br />

35


<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

UFR SCIENCES du VIVANT<br />

ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />

<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />

U E LIBRE (UE H)<br />

<strong>L3</strong> S6 - Second semestre<br />

U E LIBRE (UE H)<br />

Parcours BBM : 3 ECTS<br />

36


Liste des UE pouvant être prises comme UE libre de 3 ECTS dans le parcours BBM<br />

<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />

Les différentes UEs mentionnées dans la liste ci-dessous peuvent être prises comme UE libre<br />

à condition de ne pas être déjà prises comme UE APPROFONDIE<br />

dans le parcours BBM<br />

Pour les programmes, se reporter aux pages précédentes<br />

30 BMVI36 Infectiologie / Microbiologie / Virologie / Immunologie<br />

30 BMGE36 Génétique approfondie<br />

30 BMEM36 Endocrinologie métabolique<br />

30 BMNA36 Nano-biotechnologies<br />

30 BMTB36 Biologie Moléculaire expérimentale<br />

30 BMBM36 Biologie moléculaire approfondie<br />

30 BMB336 Statistiques pour Biologie<br />

30 BMC136 Bio-molécules : Synthèse, structure, réactivité et applications industrielles<br />

30 BEBT36 Biotechnologie I (en option)<br />

30 BEEC46 Economie de l’Entreprise (en option)<br />

30 BMEXT6 Option extérieure<br />

Vous pouvez choisir l’UE libre dans une autre UFR.<br />

30 BMEXT6 Option extérieure<br />

Renseignez-vous auprès de l’UFR de Chimie et de la Licence SDV BCP.<br />

Vous pouvez également choisir une UE de sport, de langue… (dans la mesure des places disponibles).<br />

ECUE langue : Espagnol, Arabe, Russe…, Français pour les étudiants étrangers.<br />

Engagement étudiant (3 ECTS sans notation, validation par rédaction d’un rapport et entretien)<br />

P7EETDL0 : ECUE Engagement étudiant<br />

P7U1EEL0 : Tutorats d’accompagnement pédagogique et BRI<br />

P7U2EEL0 : Action solidaire (Relais Handicap Santé, AFEV….)<br />

P7U3EEL0 : Assistanat à l’étranger<br />

P7U4EEL0 : Associations culturelles<br />

P7U5EEL0 : Responsabilités sportives<br />

Contact : Florent Busi florent.busi@univ-paris-diderot.fr<br />

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