PLAQUETTE L3 10-02-2012 - Université Paris Diderot-Paris 7
PLAQUETTE L3 10-02-2012 - Université Paris Diderot-Paris 7
PLAQUETTE L3 10-02-2012 - Université Paris Diderot-Paris 7
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<strong>L3</strong> S5 : Premier Semestre<br />
TRONC COMMUN<br />
Parcours BBM<br />
Parcours BEE<br />
PROGRAMME des COURS, TD, TP<br />
UFR Sciences du Vivant : Bâtiment Lamarck - Case 7044<br />
35 rue Hélène Brion - 75205 <strong>Paris</strong> Cedex 13<br />
Scolarité : Marie CHARGELÈGUE<br />
e-mail : marie.chargelegue@univ-paris-diderot.fr<br />
01 57 27 82 30<br />
Directrice des Etudes : Josiane WANTYGHEM<br />
e-mail : josiane.wantyghem@univ-paris-diderot.fr<br />
01 57 27 82 51<br />
UFR SCIENCES du VIVANT<br />
ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />
<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />
Parcours BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
Parcours BIOTECHNOLOGIE et<br />
ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE
FEUILLE de ROUTE : Année 2011-<strong>2012</strong><br />
Les Licences de Biochimie Biologie Moléculaire (BBM) et de Biotechnologie et Economie d’Entreprise<br />
(BEE) comportent 6 semestres. Le niveau <strong>L3</strong> correspond aux semestres S5 et S6.<br />
Le semestre <strong>L3</strong>S5 présenté dans ce document est commun aux 2 parcours.<br />
Il est constitué de 4 UE (Unité d’Enseignement) :<br />
• UE 30 UA CM 35 Métabolisme et Chimie (4 + 4 ECTS)<br />
• UE 30 UB ES 35 Enzymologie et Structure (4 + 4 ECTS)<br />
• UE 30 UC BG 35 Biologie Moléculaire et Génétique (6 + 2 ECTS)<br />
• UE 30 UD TP 35 Travaux pratiques à thème (6 ECTS)<br />
Un semestre comporte 30 ECTS (European credit transfert system).<br />
Rappel : 1 ECTS (ou crédit) correspond à <strong>10</strong> h de présence + <strong>10</strong> h de travail personnel.<br />
Contrôle des connaissances<br />
La note attribuée à chaque matière des UE UA-UC est la somme d’un contrôle dit partiel ou continu et de<br />
l’examen final. La participation exacte du contrôle continu sera affichée en octobre.<br />
Les contrôles continus sont obligatoires. Seuls les étudiants travaillant plus de 25 h par semaine<br />
pourront obtenir une dispense à condition qu’ils en fassent la demande avant le 23 octobre, avec<br />
un justificatif de leur activité.<br />
La note de l’UE de TP est la moyenne des notes obtenues à chaque séance de TP et de la note obtenue au<br />
cours d’hygiène et sécurité.<br />
A chaque matière est attribué un coefficient qui correspond aux ECTS.<br />
La session d’examen pour le semestre S 5 aura lieu du 03 au 18 janvier <strong>2012</strong>.<br />
Validation du diplôme de la licence<br />
Chaque semestre doit être validé individuellement.<br />
Au sein d’un semestre, les UEs se compensent entre elles.<br />
Au sein de la même UE, les 2 matières se compensent.<br />
Une compensation entre semestres pourra être accordée exceptionnellement par le jury de la Licence.<br />
Cette indulgence ne pourra vous être accordée qu’une seule fois sur les 3 années de licence.<br />
Quelques rappels :<br />
- Les TD et les TP sont obligatoires.<br />
• Lors de l’inscription pédagogique, vous choisissez un groupe de TD (5 possibles) et un groupe de TP<br />
(8 possibles). Vous devez respecter les horaires correspondant à votre groupe pour chaque matière.<br />
• Votre absence lors d’un TP ou toute absence prolongée devront être signalées (au secrétariat de<br />
Licence ou à J. Wantyghem). Une absence non justifiée sera sanctionnée par un zéro.<br />
Pour toutes les informations concernant l’organisation de l’enseignement (programme, modalités de contrôle<br />
des connaissances….), vous pourrez vous connecter sur le portail ENT de l’<strong>Université</strong>.<br />
Vie étudiante à l’<strong>Université</strong> P7<br />
Des élections auront lieu en cours d’année aux différents conseils de l’<strong>Université</strong> et de l’UFR.<br />
Il est important que vous envisagiez d’être candidat. C’est le meilleur moyen pour faire bouger les choses…<br />
et nous avons besoin de vous.<br />
Association Etudiants : Scivip7.Org (scivip7@gmail.com)<br />
Information sur le second semestre : une réunion aura lieu fin novembre/début décembre pour vous guider<br />
dans vos choix du second semestre.<br />
La plaquette correspondant aux options du second semestre (<strong>L3</strong>S6) peut être consultée sur le site de l’UFR<br />
Sciences du Vivant.<br />
VACANCES : du 16 décembre 2011 au 2 janvier <strong>2012</strong><br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE 2
PROGRAMME des DIFFÉRENTES U E<br />
30 BM EN 35 E N Z Y M O L O G I E 4 ECTS<br />
Enseignants : J-M. Dupret, F. Rodrigues-Lima, V. Arluison, J. Dairou, W. Grange<br />
Cours : 24 heures - TD : 18 heures<br />
PROGRAMME des COURS<br />
1 CINÉTIQUE RÉACTIONNELLE et ÉQUILIBRES CHIMIQUES<br />
Vitesse de réactions et constantes de vitesse de premier et deuxième ordres.<br />
Equilibres chimiques.<br />
Cinétique de formation des complexes.<br />
2 RÉACTION ENZYMATIQUE à UN SUBSTRAT<br />
Rappels sur les propriétés générales des enzymes.<br />
Modèles cinétiques.<br />
Hypothèse de l’état stationnaire.<br />
3 ANALYSE et SIGNIFICATION des PARAMÈTRES CINÉTIQUES<br />
Caractéristiques cinétiques des enzymes michaeliennes.<br />
Détermination pratique des paramètres cinétiques.<br />
Signification physique des paramètres cinétiques kcat, K M, kcat / K M<br />
Effet du pH sur les paramètres cinétiques.<br />
4 CATALYSE ENZYMATIQUE<br />
Les principaux mécanismes de catalyse : Catalyse acide-base.<br />
Catalyse covalente nucléophile ou électrophile.<br />
5-6 ENZYMES de DÉGRADATION des PROTÉINES<br />
i) Structure et fonction de protéases.<br />
ii) Mécanisme catalytique des protéases à sérine et à cystéine.<br />
iii) Implications pathologiques et thérapeutiques.<br />
7-8 INHIBITEURS d’ENZYMES et LEUR RÔLE THÉRAPEUTIQUE<br />
Rôle et intérêt thérapeutique des inhibiteurs d’enzymes.<br />
i) Inhibiteurs réversibles immédiats et à interaction lente.<br />
ii) Inhibiteurs irréversibles covalents : marqueurs d’affinité, inhibiteurs-suicide.<br />
iii) Application à des problèmes thérapeutiques majeurs.<br />
9-<strong>10</strong> IDENTIFICATION de RÉSIDUS ESSENTIELS par MARQUAGE CHIMIQUE et MUTAGENÈSE<br />
DIRIGÉE<br />
11 CINÉTIQUES à DEUX SUBSTRATS et DEUX PRODUITS<br />
Principaux types de réactions et de mécanismes à deux substrats et deux produits, séquentiels (aléatoires<br />
ou ordonnés) et non séquentiels (ping-pong).<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
1 - Cinétiques d’ordre I et pseudo-premier ordre<br />
Ordre de réaction (ordres zéro, un, pseudo 1 er ordre), loi de vitesse, constantes de vitesse.<br />
Ex : Cinétiques d'association apoenzyme / coenzyme, de dissociation d'un complexe récepteur hormone<br />
par dilution isotopique, de modification chimique de groupements NH2 d'une protéine par acétylation….<br />
2 - Interactions protéine - ligand et équilibres<br />
Complexes protéine - ligand. Détermination et signification de KD, fonction de saturation, fraction de<br />
sites occupés. Représentation de Scatchard et autres représentations.<br />
Ex : Interaction anticorps - antigène, comparaison de liaisons à haute et basse affinité.<br />
Exemple du complexe entre la NO - synthase et son substrat, l’arginine.<br />
3 - Equation de Michaelis - Vitesse initiale - Etat stationnaire - Constantes cinétiques<br />
Etude sur des exemples des courbes [P] = f (t), [S] = f (t); vi = f ([S0]); Vmax = f ([E]).<br />
Equation de Michaelis. Détermination et signification des constantes cinétiques K M, kcat, kcat / K M.<br />
4 - Mécanismes de catalyse enzymatique<br />
Catalyse enzymatique : catalyse générale acide et basique, catalyse électrophile par les métaux, catalyses<br />
covalentes nucléophile et électrophile.<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE 3
5 - Les enzymes de dégradation des protéines<br />
Intermédiaires multiples dans les réactions enzymatiques à plusieurs étapes.<br />
α-Chymotrypsine : mise en évidence de l'acyl-enzyme ; détermination des constantes de vitesse (état préstationnaire,<br />
état stationnaire).<br />
Caspases : mécanisme et intermédiaires de réaction.<br />
Subtilisine : mise en évidence d’acides aminés essentiels par mutagenèse dirigée,<br />
Comparaison des constantes cinétiques. Mécanisme catalytique.<br />
6, 7 - Inhibiteurs réversibles et inhibiteurs covalents - Analogues de l’état de transition - Marqueurs<br />
d’affinité - Inhibiteurs suicides<br />
Caractéristiques et analyse cinétique. Détermination des inhibitions mises en jeu et de leurs constantes<br />
cinétiques (K I, Ki, kinactivation).<br />
Marqueurs de photo-affinité.<br />
Intérêt pharmacologique des analogues d’état de transition, des marqueurs d'affinité, des inhibiteurs<br />
suicide. Etudes sur des exemples.<br />
Modification chimique de résidus essentiels : identification, inactivation.<br />
8 - Cinétiques à 2 substrats, effet du pH sur la cinétique, identification de résidus essentiels de protéines<br />
Analyse cinétique avec exemples de différents mécanismes.<br />
Effet inhibiteur par les produits.<br />
Etude en fonction du pH : Effet sur l’activité, sur la fixation du substrat, sur l’efficacité catalytique.<br />
9 - Problèmes d’ensemble sur enzymes impliqués dans des problématiques actuelles.<br />
MODALITES de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />
Examen final : 60%<br />
Contrôle continu : 40%<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE 4
30 BM ST 35 STRUCTURE et INTERACTIONS des MACROMOLÉCULES BIOLOGIQUES 4 ECTS<br />
Enseignants : C. Etchebest, N. Caulet, T. De Caldas, K. Moncoq, M. Roué<br />
Cours : 22 heures - TD : 18 heures<br />
PROGRAMME des COURS<br />
1 THERMOCHIMIE<br />
Notions fondamentales : Système et paramètres thermodynamiques - Energie interne - Grandeurs extensives<br />
et intensives liées.<br />
Rappels des propriétés des fonctions caractéristiques d'un système thermodynamique : Energie libre F.<br />
Entropie S - Enthalpie H et Enthalpie libre G - Potentiel chimique µ.<br />
Evolution d'un système : Critères d'évolution - Equilibres - Réactions chimiques - Nombre de sites - K D.<br />
Equation de Scatchard - Distribution d'un ligand sur n sites.<br />
2 TECHNIQUES d’ÉTUDE des MACROMOLÉCULES<br />
Calorimétrie : Titrage en H de K, détermination du S.<br />
Dialyse, loi de Donnan.<br />
Spectrométrie de masse.<br />
Absorption optique : UV, visible.<br />
Fluorescence : émission, excitation. Loi de Lehrer.<br />
Activité optique : pouvoir rotatoire et dichroïsme circulaire.<br />
3 ACIDES AMINÉS et PEPTIDES<br />
Acides aminés libres et Peptides.<br />
Propriétés physico-chimiques : Solubilité ; ionisation et détermination du pK des acides aminés ; pouvoir<br />
rotatoire.<br />
Propriétés chimiques.<br />
4 STRUCTURE des PROTÉINES<br />
Détermination de la séquence en acides aminés : Méthodes chimiques (Edman, Gray et Hartley) et<br />
enzymatiques, le séquenceur automatique.<br />
Diagramme de Ramachandran.<br />
Structures secondaires : hélices, feuillets ß, coudes.<br />
Prédiction de structures secondaires.<br />
Profil d'hydrophobicité (Kyte & Doolittle), moment d'amphiphilicité (Eisenberg).<br />
Structures tertiaires : protéines globulaires et fibreuses.<br />
Structures quaternaires.<br />
5 ACIDES NUCLÉIQUES<br />
Propriétés physico-chimiques des constituants.<br />
Tautomérie des bases et ionisation des groupes phosphates, bases et sucres.<br />
Appariement et coordonnées linéaires et angulaires.<br />
Conformation du squelette des acides nucléiques : Diagramme de Olson et Flory.<br />
Polymorphisme structural de l'ADN.<br />
6 GLUCIDES<br />
Oses : Structure linéaire et cyclique, filiation; effet anomère, propriétés chimique et principaux oses.<br />
Dérivés d'oses.<br />
Holosides ; principaux diholosides, méthodes d'étude ; polyosides homogènes ou mixtes ; hétérosides<br />
7 LIPIDES et MEMBRANES BIOLOGIQUES<br />
Les acides gras : Structure, propriétés physico-chimiques, méthodes d'analyse.<br />
Lipides majeurs : membranaires (phospholipides, stérols, glycolipides), circulants et non membranaires.<br />
Lipides mineurs à activité biologique spécifique (prostaglandines, leucotriènes, vitamines, hormones<br />
stéroïdes).<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE 5
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
Thermodynamique chimique (1 séance)<br />
Potentiels chimique, électrochimique, REDOX.<br />
Détermination du Δ G.<br />
Force proton motrice ; réactions couplées.<br />
Détermination d'équilibres monomère / oligomère.<br />
Complexes protéine - ligand, nombre de sites, détermination du KD<br />
Structure primaire des protéines (1 séance)<br />
Analyse de séquence par exo- et endo-peptidases, réactions chimiques, séquenceur automatique.<br />
Charge des protéines : pK de l'acide aminé isolé et effet de l'environnement protéique, pI et pHi, titration<br />
acido-basique des protéines.<br />
Structure secondaire des protéines (1 séance)<br />
Diagramme de Ramachandran.<br />
Détermination de la structure secondaire des protéines en solution : ORD et spectroscopie infra-rouge.<br />
Energie des interactions non covalentes dans les protéines.<br />
Cas des Interactions hydrophobes. Amphiphilicité des hélices.<br />
Glucides (1 séance)<br />
Stéréoisomérie des oses. Propriétés chimiques des oses.<br />
Détermination de la structure d'oligosaccharides, de glucides de réserve (glycogène, amidon) : réactions<br />
enzymatiques, perméthylation<br />
Lipides (1 séance)<br />
Les acides gras : Structure, point de fusion, chromatographie en phase gazeuse.<br />
Triglycérides, phospholipides et autres lipides complexes : structure et propriétés chimiques, méthodes<br />
d'analyse.<br />
Structure de l'ADN (1 séance)<br />
Structure canonique de l'ADN, sites de courbure, étude de la fixation de petites molécules à l'ADN,<br />
dénaturation thermique.<br />
Interaction ADN / protéines (1 séance)<br />
Analyse de la fixation de peptides ou de protéines sur l'ADN B : Localisation de sites, interactions mises en<br />
jeu, modification de conformations induites<br />
Structure tertiaire des protéines / Application des techniques d'étude aux macromolécules (2 séances)<br />
Comportement hydrodynamique des protéines : coefficient de friction ; constantes de diffusion ; estima-tion<br />
des surfaces accessibles.<br />
Application de l'émission de fluorescence à l'étude des protéines.<br />
Contribution électrique à la stabilité des protéines : pH optimum, effet de la force ionique.<br />
Dénaturation des protéines.<br />
MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />
Examen : 70%<br />
Contrôle continu : 30% (2 contrôles continus)<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE 6
30 BM BM 35 B I O L O G I E M O L É C U L A I R E 6 ECTS<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Enseignants : P. Régnier, P. Vicart, D. Buffard, J.C. Cadoret, M. Franco, V. Régnier, G. Velasco<br />
Cours : 38 heures - TD : 22 heures<br />
1 TECHNIQUES de GÉNIE GÉNÉTIQUE<br />
L’ADN, caractérisation et détection.<br />
Isolement et caractérisation d’un fragment d’ADN particulier,<br />
PCR, clonage et séquençage, banques génomiques et ADNc.<br />
2 STRUCTURE de l’ADN<br />
Superstructure de l’ADN, compaction, courbure, super-enroulement, topologie de l’ADN circulaire.<br />
Interactions ADN - protéines : exemples et méthodes d’étude.<br />
3 RÉPLICATION de l’ADN<br />
L’ADN polymérase III de E. coli : mécanisme des étapes du démarrage et de l'élongation; problèmes<br />
topologiques. Réplication des plasmides : compatibilité et maintenance.<br />
4 GÉNÉRALITÉS sur la TRANSCRIPTION<br />
Les ARN polymérases : Exemples chez les phages, les procaryotes, les eucaryotes.<br />
Les promoteurs et la régulation de la transcription. Transcription des ARN ribosomaux et des ARN de<br />
transfert. Méthodes d’étude des transcrits.<br />
5 RÉGULATION de la TRANSCRIPTION<br />
L’opéron lactose, régulation par l’inducteur et répression catabolique.<br />
Régulation de la transcription chez les phages : Exemple des phages lambda et T4.<br />
Transcription eucaryote : Généralités ; régulations ; épissage.<br />
Les virus eucaryotes : Adénovirus. Notion de vecteur pour la thérapie génique.<br />
6 TRADUCTION et sa RÉGULATION<br />
Code génétique : Les ARNt assurent la correspondance triplet / acide aminé.<br />
Structure des ARNt et notions « d’identité » des ARNt, de codons synonymes et de Wobble.<br />
Mutants suppresseurs de non sens : Le code génétique est modifié.<br />
Le ribosome bactérien : Les sites A, P, E.<br />
La dynamique de la traduction : facteurs d’initiation, d’élongation et de terminaison.<br />
Régulation de la synthèse des protéines et des ARNr qui composent les ribosomes.<br />
Rôle des structures secondaires de l’ARNm dans la régulation de la traduction, accessibilité des sites de<br />
démarrage.<br />
7 TECHNIQUES d’ANALYSE de l’EXPRESSION<br />
Techniques mettant en jeu l’hybridation ARN-sonde spécifique.<br />
Gènes rapporteurs.<br />
Vecteurs d’expression.<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
Méthodes d’étude des acides nucléiques : PCR, clonage…<br />
Réplication de l’ADN<br />
Transcription<br />
Opérons : Régulation de l’expression<br />
Traduction<br />
Génie génétique<br />
MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />
Examen : 55%<br />
Contrôle continu : 45%<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE 7
30 BM GE 35 G É N É T I Q U E 2 ECTS<br />
Enseignants : P. Silar, F. Malagnac, S. Brun, P. Grognet, H. Lalucque<br />
Cours : 6 heures - TD : 14 heures<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Histoire de la génétique<br />
Génétique mendélienne : caractères, gènes et génomes<br />
Mitose - Méiose<br />
Relation génotype / phénotype<br />
Du gène à l'ADN<br />
La démarche génétique : crible de sélection de mutants<br />
Notions de Génétique Humaine<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
Mitose - Méiose<br />
Génétique mendélienne (Ségrégation)<br />
Sélection de mutants<br />
Pedigrees<br />
MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />
Examen : <strong>10</strong>0%<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE 8
30 BM ME 35 M É T A B O L I S M E 4 ECTS<br />
Enseignants : G. Richarme, O. Agbulut, F. Auchère, J. Wantyghem<br />
Cours : 24 heures - TD : 16 heures<br />
PROGRAMME des COURS<br />
1 MÉTABOLISME des SUCRES<br />
Glycolyse, néoglucogenèse, voie des pentoses.<br />
Glycogénolyse, glycogénogenèse.<br />
Métabolisme chez les microorganismes, plantes, vertébrés.<br />
Insuline, glucagon, diabète.<br />
2 CYCLE de KREBS<br />
Présentation.<br />
Aspect énergétique.<br />
Aspects anabolique et catabolique.<br />
Voies primitives du cycle de Krebs.<br />
3 RESPIRATION, FERMENTATION<br />
Chaîne respiratoire.<br />
Force proton motrice, potentiel de membrane, Δ pH.<br />
Synthèse d’ATP par l’ATP synthase.<br />
Respiration chez les différents organismes.<br />
Fermentations et synthèse d’ATP au niveau du substrat.<br />
Maladies et mutants des chaînes respiratoires.<br />
4 MÉTABOLISME des LIPIDES<br />
Acétyl ~ CoA, métabolite central.<br />
Dégradation des lipides.<br />
Synthèse des lipides.<br />
Anabolisme à partir des lipides ou de l’acétate : le shunt glyoxylique.<br />
Transport des lipides dans le sang.<br />
Régulations hormonales.<br />
5 MÉTABOLISME des ACIDES AMINÉS et de l’AZOTE<br />
Assimilation de N2 (nitrogénase), NH4 + , acides aminés.<br />
Glutamate déshydrogénase, glutamate synthase, glutamine synthétase, transaminases.<br />
Biosynthèse des acides aminés (acides aminés essentiels chez l’homme).<br />
Dégradation des acides aminés.<br />
Excrétion de l’azote sous forme de NH4 + , urée, acide urique, cycle de l’urée.<br />
Régulations hormonales du métabolisme des acides aminés.<br />
6 PHOTOSYNTHÈSE<br />
Absorption de la lumière par les photosystèmes.<br />
Chaînes de transport d’électrons de l’O2 vers NADPH et synthèse d’ATP.<br />
Assimilation du CO2, cycle de Calvin et cycle des plantes C4.<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
Les séances s’articulent sur des exercices ou des commentaires d’expériences portant sur les sujets suivants<br />
(donnés à titre d’exemple) :<br />
Cycles métaboliques essentiels, leur localisation dans la cellule, leur régulation.<br />
Oxydations phosphorylantes mitochondriales.<br />
Métabolisme des acides gras.<br />
Métabolisme de l’azote.<br />
Relations entre les voies cataboliques et anaboliques des glucides, des lipides et des acides aminés.<br />
MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />
Examen : 60%<br />
Contrôle continu : 15%<br />
Interrogations écrites en séances de TD : 15%<br />
Travail bibliographique et exposé oral : <strong>10</strong>%<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE 9
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BM CH 35 C H I M I E B I O-O R G A N I Q U E 4 ECTS<br />
Enseignants : N. Serradji, G. Anquetin, S. Zrig<br />
Cours: 24 heures - TD: 20 heures<br />
PROGRAMME des COURS : BASES de la SYNTHÈSE ORGANIQUE : Modifier et créer des molécules<br />
organiques<br />
1 STÉRÉOCHIMIE et RÉACTIVITÉ<br />
Les électrons dans les molécules<br />
Polarisation des liaisons σ et π. Liaisons hydrogène. Effets de substituants.<br />
Les molécules dans l'espace<br />
Rappels : Conformations, isoméries, chiralité, pro-chiralité et nomenclatures.<br />
Les molécules réagissent : Approche mécanistique<br />
Que savons-nous des réactions ?<br />
Quelles interrogations sur les réactions ?<br />
A : Pourquoi ? (Réactivité absolue et relative).<br />
B : Comment ? (Intermédiaires)<br />
C : Où ? Par où ? Vers quoi ? (sites réactifs, compétitions, contrôles cinétique et thermodynamique,<br />
régio/stéréo-sélectivité)<br />
D : Sous quelle forme ? (Conformations réagissantes)<br />
E : Dans quel milieu ? (Effets de solvants)<br />
2 MODIFICATIONS du SQUELETTE CARBONÉ<br />
Alkylation, arylation d'un carbonyle : organo-métalliques, action des acétylures et des cyanures.<br />
Alkylation en alpha d'un carbonyle : énolates, aldolisation, Claisen, Knoevanegel, énamines, Mannich,<br />
Favorsky.<br />
Alkylation en beta d'un carbonyle : Michael.<br />
Alkylation d'un aromatique : Friedel et Craft et substitution nucléophile aromatique.<br />
Alkylation d'un alcène : réarrangements et polymérisations.<br />
Alkylation, Acylation des RX : Wurtz, action des acétylures et des cyanures.<br />
Alkylation des époxydes.<br />
Réaction de Wittig.<br />
Electro-cyclisations (Diels-Alder).<br />
3 AMÉNAGEMENT FONCTIONNEL<br />
Désaménagement : L'élimination et sa stéréochimie ; Zaïtzev et Hofmann.<br />
Comment faire disparaître hydroxyle, amino et autres halogènes.<br />
Création de liaison C-O :<br />
Addition électrophile sur les liaisons multiples carbone-carbone, Markovnikov ou non.<br />
Hydro-boration et oxy-mercuration.<br />
Oxydations, époxydation.<br />
Désamination nitreuse.<br />
Substitution nucléophile : Hydrolyse des halogénures, Williamson.<br />
Addition nucléophile sur les carbonyles : Hydratation, acétalisation.<br />
Transposition : Baeyer-Villiger.<br />
Hydrolyse des esters, amides et chlorures d’acides.<br />
Estérification et trans-estérification.<br />
Coupures oxydantes des alcènes.<br />
Création de liaison C-N :<br />
Substitution nucléophile des halogènese et tosylates: Hofmann et Gabriel.<br />
Addition nucléophile sur le carbonyle : amides, imines, oximes (transposition de Beckman,<br />
dégradation de Wohl et hydrazones.<br />
Transposition: dégradation d'Hofmann.<br />
Réduction du groupe nitro.<br />
Création de liaison C-X :<br />
Addition électrophile sur les liaisons multiples carbone-carbone de HX, X2 et XOH : Régiosélectivité<br />
et stéréochimie, Markovnikov ou Karash.<br />
Substitution nucléophile des hydroxyles et tosylates : Stéréochimie.<br />
Substitution radicalaire sur les alcanes.<br />
<strong>10</strong>
Substitution en alpha, beta d'un carbonyle.<br />
Création de liaison C-H :<br />
Hydrogénation : alcènes, alcynes et autres.<br />
Réduction des carbonyles : hydrures, magnésiens, réaction MVP, Clemmensen.<br />
Réduction des carbonyles insaturés.<br />
Réduction des C = N (imines et oximes) : hydrures, Wolf-Kischner.<br />
Réduction des C = N : hydrures.<br />
Réduction des époxydes.<br />
Réaction de Birch sur aromatiques et alcènes (trans).<br />
Créations de liaisons C-S, C-P<br />
4 SYNTHÈSE ORGANIQUE<br />
Principes de l'analyse rétro-synthétique<br />
Protections de fonctions<br />
Synthèses asymétriques<br />
Exemples de synthèses multi-étapes<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS (<strong>10</strong> séances au total)<br />
TD 1 : Stéréo-isomères<br />
TD 2 : Mécanismes<br />
TD 3 : Modifications du squelette carboné<br />
TD 4 : Aménagement fonctionnel<br />
TD 5 : Synthèses multi-étapes<br />
Les n° des TD se rapportent aux chapitres du cours et ne correspondent pas directement au nombre de<br />
séances.<br />
MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />
Examen : 70%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
11
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 UD TP 35 T R A V A U X P R A T I Q U E S à T H É M E 6 ECTS<br />
Enseignant responsable : J. Wantyghem<br />
ENZYMOLOGIE : 2 JOURS<br />
1 Etude cinétique de l’activité de la chymotrypsine<br />
Etude de l’état stationnaire : Substrats étudiés : Deux paranitro-anilides de spécificité différente.<br />
Traitement des données cinétiques : Représentations graphiques permettant de déterminer KM et Vmax.<br />
Calcul de kcat et kcat / K M.<br />
Traitement statistique des données cinétiques - Ajustement des points expérimentaux à un modèle théorique.<br />
Utilisation du logiciel Sigma-plot.<br />
Confrontation des différentes déterminations.<br />
Titrage de sites actifs.<br />
Etude de l’état pré-stationnaire : Substrats étudiés : Para-nitrophénylesters.<br />
Phénomène de jet.<br />
Approfondissement du mécanisme réactionnel et détermination des constantes de vitesse des différentes<br />
étapes.<br />
2 Utilisation de la chymotrypsine pour sonder la structure tertiaire d'une protéine<br />
Intérêt d’une protéolyse ménagée.<br />
Visualisation des résultats sur un gel de poly-acrylamide de type SDS-PAGE-Tricine. Quantification des<br />
résultats par un logiciel d'analyse d'image (ImageJ).<br />
STRUCTURE et BIO-INFORMATIQUE : 2 JOURS<br />
1 Etude structurale de l’Alcool-Déshydrogénase (ADH)<br />
Etude de la cinétique de digestion de l’ADH par la trypsine.<br />
Analyse des fragments obtenus par électrophorèse en conditions dénaturantes sur gel de polyacrylamide<br />
(SDS-PAGE).<br />
Analyse des spectres de masse correspondant aux différents temps de digestion trypsique.<br />
Comparaison des résultats expérimentaux aux prédictions établies à partir de la séquence de l’ADH.<br />
Analyse du spectre de masse obtenu pour une digestion complète de l’ADH par la trypsine (mass peptide<br />
finger-printing).<br />
Spectre de fragmentation d’un des peptides issus de l’ADH par MS-MS et reconstitution de sa séquence.<br />
2 Traitement informatique des données<br />
Analyse des séquences primaire et secondaire et caractérisation de la structure tridimensionnelle des ADH.<br />
Recherche dans les banques de données de la carte d’identité de l’ADH (code Swiss Prot, séquence<br />
consensus….).<br />
Recherche de protéines homologues.<br />
Alignement de séquences des protéines homologues.<br />
Prédiction de structures secondaires des protéines homologues.<br />
Structure 3 D sous Rasmol, degré d’oligomérisation, visualisation du NADH et du zinc catalytique ou<br />
structural, accessibilité des peptides obtenus lors de la digestion ménagée de l’ADH par la trypsine….<br />
MÉTABOLISME : 2 JOURS<br />
Etude du métabolisme oxydatif de la levure de boulangerie<br />
Mesure de la vitesse de respiration des cellules entières.<br />
Préparation des mitochondries de levure et de fractions sub-mitochondriales.<br />
Vitesse de respiration des mitochondries et des fractions.<br />
Action des inhibiteurs.<br />
Localisation de la phosphorylation oxydative et de l’ordre des complexes de la chaîne respiratoire.<br />
12
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
IMMUNOLOGIE : 1,5 JOURS<br />
Purification d’immunoglobulines. Analyses quantitative et qualitative du matériel purifié.<br />
BIOLOGIE MOLÉCULAIRE : 2 JOURS<br />
Transformation bactérienne : Sélection par α-complémentation.<br />
Etablissement de cartes de restriction : Orientation d’un insert de plasmide recombinant.<br />
CHIMIE ORGANIQUE : 2 JOURS<br />
Les TP de Chimie ont pour but de familiariser les étudiants avec les méthodes de la synthèse organique :<br />
Préparation et purification des réactifs, conduite des réactions, séparation et identification des produits par<br />
leurs caractéristiques physiques.<br />
Les méthodes physiques telles que spectroscopies IR, UV, chromatographie, sont introduites et utilisées par<br />
les étudiants.<br />
Synthèse de la cholest-5-èn-3-one.<br />
MODALITÉS de CONTRÔLE des CONNAISSANCES<br />
Contrôle continu : <strong>10</strong>0%<br />
13
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
<strong>L3</strong> S6 : Second semestre<br />
UE obligatoires (UE E) : 6 ECTS<br />
Parcours spécifique BBM<br />
Parcours spécifique BEE<br />
UFR Sciences du Vivant : Bâtiment Lamarck - Case 7044<br />
35 rue Hélène Brion - 75205 <strong>Paris</strong> Cedex 13<br />
Scolarité : Marie CHARGELÈGUE<br />
e-mail : marie.chargelegue@univ-paris-diderot.fr<br />
01 57 27 82 30<br />
Directrice des Etudes : Josiane WANTYGHEM<br />
e-mail : josiane.wantyghem@univ-paris-diderot.fr<br />
01 57 27 82 51<br />
UFR SCIENCES du VIVANT<br />
ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />
<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />
Parcours BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
Parcours BIOTECHNOLOGIE et<br />
ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE<br />
14
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
48 AN 3336 ANGLAIS SCIENTIFIQUE (ECUE 1) 3 ECTS<br />
Responsable de l’UE : Mme Carole CHAMPANHET<br />
Cet enseignement est obligatoire<br />
Cours : 22 heures 2 x 3 Groupes de niveau (test obligatoire)<br />
Mardi 16 h 30 - 18 h 30 Jeudi 17 h - 19 h<br />
Ces cours sont donnés au second semestre. Ils sont hebdomadaires à raison de deux heures consécutives. Un<br />
test de niveau (obligatoire) sera organisé pour constituer les groupes.<br />
CONTENU PÉDAGOGIQUE<br />
Dans le cadre de cet enseignement, les étudiants vont :<br />
- apprendre à faire un exposé sur un sujet général ou scientifique,<br />
- s’exercer à participer à une discussion à partir d’un exposé,<br />
- enrichir leur vocabulaire général et scientifique (autour des thèmes tels que movement and change,<br />
frequency, structures and processes, ainsi qu’à partir de la presse anglo-saxonne : Scientific American,<br />
Discover, etc),<br />
- approfondir leurs connaissances grammaticales,<br />
- s’exercer à la compréhension orale à partir d’exposés scientifiques donnés par des anglophones (audio- et<br />
vidéo-cassettes, BBC),<br />
- apprendre à rédiger dans le style scientifique anglais.<br />
Tous les étudiants, quel que soit leur niveau, suivront le même programme pédagogique dont l’objectif le<br />
plus concrètement visé est de développer les capacités nécessaires pour la participation aux conférences<br />
scientifiques en anglais et à un séjour professionnel dans un pays anglophone. La consolidation et le<br />
développement des connaissances grammaticales s’effectueront dans le cours de niveau moins élevé.<br />
BIBLIOGRAPHIE (obligatoire)<br />
Minimum Competence in Scientific English (Sue BLATTES, Véronique JANS, Jonathan UPJOHN)<br />
Collection Grenoble Sciences, nouvelle édition 2003, 2004.<br />
MODALITÉ d’ÉVALUATION<br />
Examen : 50%<br />
Contrôle continu : 50%<br />
Modalités du Contrôle continu (50% de la note)<br />
1 - Expression orale (Coefficient 2) : Chaque étudiant fera une présentation orale d’environ quinze minutes,<br />
à partir d’un article de presse portant sur un sujet d’intérêt général ou scientifique, tirés, par exemple, de :<br />
The New York Times, Science Section ; The Guardian Science and Technology ; Newsweek Science Section ;<br />
Scientific American, Discovery ; etc. Les étudiants ne doivent pas « avoir le nez » dans leurs notes mais<br />
peuvent utiliser un transparent (quelques mots-clés indiquant les différentes parties de l’exposé, avec<br />
éventuellement un graphique ou un dessin…).<br />
La participation dans la période de questions/réponses (5 minutes) après la présentation sera également prise<br />
en compte pour attribuer la note finale d’expression orale.<br />
2 - Contrôles de vocabulaire et grammaire (Coefficient 1) : Plusieurs contrôles sous forme « tests à trous »<br />
seront effectués pour évaluer l’assimilation du vocabulaire du livre Minimum Competence in Scientific<br />
English (MCSE).<br />
3 - « Reaction paper » (Coefficient 2) : résumé + discussion d’un article de presse choisi par l’étudiant.<br />
Si l’étudiant n’a pas choisi un sujet à caractère scientifique pour l’exposé, il convient qu’il le fasse pour le<br />
« reaction paper », et réciproquement.<br />
Devoir sur table en fin de semestre (50% de la note)<br />
1 - Le devoir sur table comportera une réévaluation du vocabulaire et de la grammaire étudiés pendant le<br />
semestre à partir de MCSE (traductions, fill in the blanks).<br />
2 - Il comportera aussi la rédaction d’un bref essai écrit (250-300 mots), à partir de la lecture d’un article<br />
scientifique. L’étudiant montrera qu’il a assimilé le vocabulaire et les expressions nécessaires pour s’exprimer<br />
dans un contexte scientifique professionnel.<br />
15
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BMBI 36 BIO-INFORMATIQUE (ECUE 2) 3 ECTS<br />
Enseignants : J-C. Gelly, S. Pasquali<br />
Cours : <strong>10</strong> heures - TD : 4 heures - TP : 8 heures<br />
Responsable de l’UE : Mme Samuela PASQUALI<br />
Cet enseignement est obligatoire.<br />
L’objectif de cet enseignement est d’initier l’étudiant à quelques principes de la bio-informatique,<br />
notamment la recherche de propriétés biologiques sur les serveurs WEB.<br />
PROGRAMME des COURS<br />
1 La bio-informatique : 2 heures<br />
Pour quoi faire ?<br />
2 Fondements : 2 heures<br />
Matrices<br />
Scores<br />
Alignements<br />
3 Bases de données biologiques : 4 heures<br />
Swiss-Prot<br />
Genbank<br />
prosite<br />
Prodom<br />
PDB<br />
PFAM<br />
Bases de génomes<br />
4 Recherche d’homologie et fonctions biologiques : 2 heures<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
Alignement de séquences<br />
Scores ; E-values et P-values ; Lois de distribution<br />
TRAVAUX PRATIQUES sur ORDINATEUR<br />
Les TP se déclinent sous forme d’un projet et visent essentiellement les deux points suivants :<br />
Alignements de séquences<br />
Recherche de fonctions et homologies<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Cours : 60%<br />
TP : 40%<br />
16
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
<strong>L3</strong> S6 : Second semestre<br />
COMPLÉMENT de FORMATION : 12 ECTS (UE F)<br />
AU CHOIX l’une des options suivantes :<br />
Biologie quantitative (30 UFBQ 36)<br />
Chimie du Vivant (30 UFCH 36)<br />
Physiologie cellulaire et intégrative (30 UFPH 36)<br />
17
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 UFBQ 36 BIOLOGIE QUANTITATIVE 12 ECTS<br />
Responsable de la filière : Mme Anne BADEL<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Biologie quantitative du parcours<br />
BBM.<br />
L’UE Biologie quantitative comporte un enseignement de statistique de base [30BMB336] et deux éléments<br />
plus spécifiques, [30BMB136] qui introduit les méthodes de modélisation et d’analyse des modèles mathématiques<br />
simples et [30BMB236] qui fournit des éléments de base en Bio-informatique moléculaire et en<br />
analyse de séquences.<br />
Les étudiants intéressés par cette formation peuvent s’orienter ensuite vers les Masters de Biologie-<br />
Informatique, In silico Drug Design et de Bio-Mathématiques (<strong>Paris</strong> 6 - <strong>Paris</strong> 7).<br />
30 BMB 136 MODÉLISATION des SYSTÈMES BIOLOGIQUES 4 ECTS<br />
Responsable : M. Selim ESKIIZMIRLILER<br />
Cours : 20 heures - TD : 20 heures<br />
PROGRAMME des COURS<br />
L'informatique est maintenant un outil du quotidien du biologiste. D'une part, l'abondance des données<br />
générées par les techniques à haut débit (puces à ADN, spectroscopie de masse, banques de données, traitement<br />
et analyse des images biologiques, etc.) oblige les biologistes à travailler avec des logiciels plus<br />
spécifiques et de plus en plus sophistiqués, d'autre part, le savoir faire des méthodes de modélisation et de<br />
simulation - réservé jusqu'à récemment à l'usage des ingénieurs pour la conception et/ou la production des<br />
produits industriels - devient aussi de plus en plus indispensable pour l'étude et l'analyse et ainsi pour la<br />
compréhension des phénomènes naturels.<br />
Ce cours présente, avant tout, les notions de programmation en informatique utiles pour parvenir à cette<br />
capacité de traiter les grands jeux de données, et aussi pour formaliser ces connaissances au sein des modèles<br />
fondés sur les principes mathématiques et physiques en vue de les employer dans la modélisation et la<br />
simulation du fonctionnement (comme le bactériophage, la division cellulaire, la génération des potentiels<br />
d'action par des neurones, etc.) et/ou du comportement (évolution dans le temps, réponse aux changements<br />
des conditions environnementales, etc.) des systèmes biologiques. Dans ce but, la révision des méthodes<br />
numériques de résolution des équations et des systèmes d’équations différentielles sera faite en parallèle avec<br />
l'apprentissage et les applications en langages Python et Scilab, les plus utilisés actuellement en bioinformatique.<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS (en Salle d’informatique)<br />
Un point important de cet enseignement est d'accorder une large part à la pratique afin de permettre à l'étudiant<br />
d'acquérir son autonomie. Ainsi, chaque séance de cours est suivie d'une séance de TP sur ordinateur.<br />
Attention, l'apprentissage d'un langage informatique demande un travail régulier, aussi cet enseignement<br />
s'appuie sur des outils de suivi à distance (via l'ENT de l'<strong>Université</strong>) et demande un travail assidu et continu.<br />
La notation est obtenue par un contrôle continu et la réalisation d'un projet final.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen : 70%<br />
TP : 30%<br />
30 BMB 236 ANALYSE du GÉNOME 4 ECTS<br />
Responsable : Mme Delphine FLATTERS<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Biologie quantitative du parcours BBM.<br />
Enseignants : D. Flatters, D. Casane, G. Moroy<br />
Cours : 16 heures - TD : 16 heures - TP : 2 x 3 heures<br />
Les 2 séances de travaux pratiques ont lieu en fin de semestre en salle informatique.<br />
Objectif : L’enseignement dispensé dans le cadre de ce module a pour but de donner une formation de base<br />
aux étudiants dans le domaine de l’analyse de séquences biologiques (nucléiques ou protéiques). Les principales<br />
méthodes bio-mathématiques et bio-informatique de recherche de motifs, d’alignement de séquences,<br />
18
de modèles d’évolution moléculaire et de construction d’arbres phylogénétiques y sont abordées. Ces notions<br />
de base permettront aux étudiants de mieux appréhender le domaine de la bio-informatique génomique.<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Recherche de motifs et alignement de séquences<br />
Rappel de probabilités et alignement de séquences<br />
Recherche de motifs par la méthode de hachage<br />
Statistiques des mots répétés ou en commun<br />
Alignements global ou local<br />
Modèles d’évolution moléculaires et distances génétiques<br />
Modèle à un paramètre de Jukes et Cantor<br />
Modèle à deux paramètres de Kimura<br />
Construction d’arbres phylogénétiques<br />
Méthodes basées sur les distances : UPGMA, Neighbor Joining<br />
Méthodes de parcimonie.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 40%<br />
Contrôle continu : 40%<br />
TP : 20%<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BMB 336 STATISTIQUES pour BIOLOGIE 4 ECTS<br />
Responsable : Mme Anne BADEL<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Biologie quantitative du parcours<br />
BBM ou peut constituer une UE libre du parcours BBM.<br />
Enseignants : A. Badel, R. Poncet<br />
Cours : <strong>10</strong> x 1 heure 30 - TD : 13 x 2 heures<br />
Les travaux dirigés ont lieu en salle informatique (SCRIPT).<br />
Objectifs : L’enseignement dispensé dans le cadre de ce module a pour but de donner une formation de base<br />
aux étudiants dans le domaine des statistiques appliquées à la biologie. Le programme de statistiques et de<br />
probabilités doit permettre aux étudiants de comprendre, d’appliquer et d’interpréter correctement les méthodes<br />
fondamentales de ce domaine.<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Probabilités et statistiques<br />
Rappel de probabilités (processus probabilistes, lois discrètes et continues).<br />
Notion de variabilité.<br />
Intervalle de confiance des variables.<br />
Théorie des tests<br />
Test de conformités (processus probabilistes, lois discrètes et continues)<br />
Tests du χ2<br />
Analyse de variance. Plans factoriels<br />
Coefficient de corrélations et régression linéaire.<br />
Statistiques avancées<br />
Régression linéaire<br />
Régression linéaire multiple<br />
Régression logistique<br />
Pratique d’un logiciel statistique : Application à l’analyse d’un jeu de données sous forme de projet.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Cours : 40%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
TP : 30%<br />
19
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 UFCH 36 CHIMIE du VIVANT 12 ECTS<br />
Responsable de la filière : Mme Nawal SERRADJI<br />
30 BMC 136 BIO - MOLÉCULES 3 ECTS<br />
Synthèse - Structure - Réactivité - Applications<br />
Responsable : M. Aazdine LAMOURI<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Chimie du Vivant du parcours<br />
BBM ou peut constituer une UE libre du parcours BBM.<br />
Enseignants : A. Lamouri<br />
Cours : <strong>10</strong> heures - TD : 20 heures<br />
PROGRAMME des COURS<br />
1 Les sucres<br />
Classification.<br />
Corrélation de configuration et réactions caractéristiques.<br />
Structure hémi-acétal et représentations.<br />
Chimie des monosaccharides, oligo-, homo- et hétéro-polysaccharides.<br />
Les monosaccharides considérés comme pourvoyeurs de synthons en synthèse asymétrique. Exemple de<br />
synthèse.<br />
Applications industrielles.<br />
2 Synthèse peptidique<br />
Détermination des structures primaires des polypeptides : Principe et mécanismes réactionnels.<br />
Synthèse peptidique en phase liquide et en phase solide.<br />
Applications.<br />
3 Nucléosides - Nucléotides - Acides nucléiques<br />
Rappels sur les constituants des acides nucléiques.<br />
Méthodes des synthèses d’oligo-nucléotides en phase solide.<br />
Applications.<br />
4 Les lipides<br />
Définition, classification, extraction.<br />
Des glycérides aux glycéro-phospholipides : Stratégies de synthèse.<br />
Les phospholipases.<br />
Les médiateurs de l’inflammation issus du métabolisme des phospholipides membranaires (cascade de<br />
l’acide arachidonique, prostaglandines, leucotriènes, Platelet-Activating Factor).<br />
La lactone de Corey et la synthèse de PGE2 et PGF2-α.<br />
5 Les terpènes<br />
Définition, classification.<br />
Biosynthèse du cholestérol et des hormones stéroïdiennes.<br />
Synthèse chimique des stéroïdes.<br />
Recherche bibliographique<br />
Rapport sur des publications scientifiques : Un travail bibliographique est réalisé par binôme d’étudiants sur<br />
un sujet relatif aux bio-molécules ou aux médicaments. Il est présenté sous forme de document écrit, illustré<br />
principalement par des synthèses chimiques.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen : 70%<br />
Rapport bibliographique : 30%<br />
20
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BMC 236 TRAVAUX EXPÉRIMENTAUX PERSONNALISÉS 3 ECTS<br />
De la molécule au médicament<br />
Coordinatrice : Melle Nawal SERRADJI<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Chimie du Vivant du parcours<br />
BBM.<br />
Enseignants : N. Serradji, A. Lamouri, CZ. Dong<br />
Pourquoi une UE expérimentale de Chimie ?<br />
Les Travaux expérimentaux personnalisés (TEXP) permettront à l’étudiant d’acquérir une formation dans les<br />
techniques expérimentales spécialisées de différents domaines de la Chimie. Ce travail pourra être réalisé en<br />
binôme ou individuellement et comporte plusieurs points forts : lecture de publications, mise en œuvre expérimentale,<br />
interprétation des résultats, rédaction d’un rapport, présentation lors d’une très brève soutenance.<br />
Quel intérêt dans un cursus de Biochimie ?<br />
Les TEXP sont proposés sur la thématique « de la molécule au médicament ».<br />
Ces projets permettront aux étudiants de mettre en pratique les grandes réactions de la chimie organique, les<br />
techniques d’analyse et de purification classiques pour obtenir des composés d’intérêt pharmacologique.<br />
Organisation pratique : Répartition des 3 ECTS la semaine du 04-04-2011<br />
3 heures de travail personnel : lecture de un à trois articles bibliographiques fournis par l’enseignant<br />
chercheur qui propose le thème du travail expérimental. L’étudiant lit ces documents et élabore un protocole<br />
expérimental qu’il fait valider par l’enseignant.<br />
24 heures de travail expérimental au service de TP de Chimie, réparties en 3 journées de 8 heures (lundi,<br />
mardi et mercredi).<br />
Sur un groupe de 24 étudiants (fréquentation moyenne de la filière Chimie) répartis dans trois salles de TP,<br />
on peut concevoir de réaliser entre 4 et 6 projets expérimentaux différents.<br />
3 heures de présentation des manipulations devant tout le groupe d’étudiants (Vendredi 08/04/11 matin).<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
70% de la note attribuée au compte rendu et à l’expérimentation<br />
30% de la note attribuée à la présentation orale du travail expérimental.<br />
30 BMC 336 PHYSICO-CHIMIE EXPÉRIMENTALE 6 ECTS<br />
Responsable : M. Mohamed JOUINI<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Chimie du Vivant du parcours<br />
BBM.<br />
Enseignants : M. Jouini, S. Aeiyach<br />
Cours : 22 heures - TD : 22 heures - TP : 2 x 8 heures<br />
COMPÉTENCES VISÉES<br />
Accès aux informations relatives aux structures des molécules et particulièrement à celles des bio-molécules<br />
par la technique adéquate : élucidation partielle (parties fonctionnelles) ou totale des structures.<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Notions fondamentales et applications des spectroscopies :<br />
optique (UV, visible), de fluorescence, de phosphorescence, IR, Raman, Dichroïsme circulaire.<br />
de résonance (RMN, RPE).<br />
de masse.<br />
MODALITÉS D’ÉVALUATION :<br />
Examen : 50%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
TP : 20%<br />
21
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 UFPH 36 PHYSIOLOGIE CELLULAIRE et INTÉGRATIVE 12 ECTS<br />
Responsable de la filière : Mme Virginie ROUILLER-FABRE<br />
30 BMP 136 PHYSIOLOGIE des GRANDES FONCTIONS 4 ECTS<br />
Responsables : Anne WIJKHUISEN et Hervé LE STUNFF<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Physiologie cellulaire et intégrative<br />
du parcours BBM.<br />
Enseignants : V. Rouiller-Fabre, A. Wijkhuisen, J-S. Silvestre, H. Le Stunff, M. Amar<br />
Cours : 22 heures - TD : 8 heures + Exposés (Travail personnel + présentation) : <strong>10</strong> h<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Sang - Hémostase<br />
Physiologie cardiaque<br />
Physiologie vasculaire<br />
Exemple de physiologie intégrée : La régulation de la pression artérielle<br />
Physiologie de la respiration<br />
Physiologie rénale<br />
Régulation des équilibres hydrique, électrolytique et acido-basique.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 60%<br />
Contrôle continu : 25%<br />
Exposés : 15%<br />
30 BMP 236 ENDOCRINOLOGIE GÉNÉRALE 4 ECTS<br />
Responsable : M. Christophe MAGNAN<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : complément de formation de Physiologie cellulaire et intégrative<br />
du parcours BBM.<br />
Enseignants : C. Magnan, J. Corvisier, C. Cruciani, C. Tourel<br />
Cours : 16 heures - TD : 6 heures - TP : 2 jours<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Place de la signalisation endocrine dans les systèmes d’intégration de l’organisme.<br />
Contrôle de la synthèse et de la libération des hormones.<br />
Interaction entre hormones et cellule - cibles.<br />
Exemples illustrant les modalités de la signalisation endocrine : métabolisme énergétique, métabolisme<br />
phospho-calcique.<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS et de TRAVAUX PRATIQUES<br />
TD 1 : Notion de K D, Vmax, liaison aux récepteurs.<br />
TD 2 : Effet biologique de l’insuline.<br />
TD 3 : Effet biologique des catécholamines, corticoïdes et hormones thyroïdiennes.<br />
TP : Contrôle du métabolisme glucidique et lipidique par les corticoïdes.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 60%<br />
Contrôle continu : 25%<br />
TP : 15%<br />
22
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BMP 336 PHYSIOLOGIE de la REPRODUCTION 4 ECTS<br />
Responsable : M. René HABERT<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F : Complément de formation de Physiologie cellulaire et intégrative<br />
du parcours BBM.<br />
Enseignants : R. Habert, V. Rouiller-Fabre, G. Livera, C. Racine, V. Simon.<br />
Cours : 18 heures - TD : 8 heures - TP : 1 jour et demi.<br />
PROGRAMME des COURS<br />
La sexualité et la sexualisation<br />
La physiologie de la reproduction masculine<br />
La physiologie de la reproduction féminine<br />
La maîtrise de la reproduction humaine<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS et TRAVAUX PRATIQUES<br />
TD : Analyse de résultats expérimentaux et illustration du cours<br />
TP : Contrôle endocrine des fonctions différenciées de la cellule de Leydig adulte.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 60%<br />
Contrôle continu : 25%<br />
TP : 15%<br />
23
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
UFR SCIENCES du VIVANT<br />
ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />
<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />
Parcours BIOTECHNOLOGIE et<br />
ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE<br />
<strong>L3</strong> S6 : Second semestre<br />
FILIÈRE de SPÉCIALITÉ : 18 ECTS (UE F)<br />
Biotechnologie majeure<br />
ou Economie de l’Entreprise majeure<br />
24
L’objectif des deux filières du parcours BEE est de permettre l’acquisition de compétences en Biotechnologies<br />
et en Economie de l’Entreprise. Cette orientation qui tend vers une bi-compétence est un atout pour<br />
une future insertion professionnelle des étudiants biochimistes.<br />
Dans l’option Biotechnologie majeure, les trois UE de Biotechnologie (11 ECTS) sont obligatoires. Elles<br />
sont associées à deux UE d’Economie (7 ECTS) avec trois combinaisons possibles en tenant compte de la<br />
capacité d’accueil limitée pour l’Economie générale (Jeu de l’île) :<br />
(1) Economie de l’entreprise (30 BEEC 36 = 4 ECTS) + Economie générale (30 BEJI 36 = 3 ECTS)<br />
(2) Economie de l’entreprise (30 BEEC 36 = 4 ECTS) + Marketing 2 (30 BEMK 26 = 3 ECTS)<br />
(3) Marketing 1 (BEMK 16 = 4 ECTS) + Economie générale (30 BEJI 36 = 3 ECTS)<br />
Dans l’option Economie de l’Entreprise majeure, les trois UE d’Economie sont obligatoires ainsi que les<br />
UE Biotechnologie I et II.<br />
Ce parcours, au même titre que le parcours BBM, est bien adapté à la poursuite d’études dans les Masters<br />
(recherche ou pro) BC2T et IMVI de l’UFR Sciences du Vivant.<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 UF BT36 BIOTECHNOLOGIE MAJEURE 18 ECTS<br />
Responsable de la filière : Mme Dominique Buffard<br />
Depuis la fin du XX e siècle, les biotechnologies ont connu un essor considérable. Les UE théoriques de Biotechnologie<br />
s’attachent à montrer comment les différentes disciplines des Sciences du Vivant - biologie<br />
moléculaire, biochimie, génétique, physiologie - mises en œuvre de manière coordonnée, ont permis des<br />
avancées majeures dans divers domaines tels que : santé, agronomie, environnement, énergie, industries<br />
agro-alimentaires et pharmaceutiques.<br />
Dans l’option « Biotechnologie majeure », elles sont associées à un solide apprentissage expérimental<br />
(Biotechnologie appliquée) réalisé sur deux semaines dans des conditions proches de celles rencontrées en<br />
laboratoire. Les thèmes abordés : « Diagnostic génotypique de la mucoviscidose » et « Production d’une<br />
protéine recombinante (HSP) de Plasmodium » complètent les éléments de cours et permettent de se<br />
confronter aux problèmes de mise en œuvre de techniques telles que la PCR.<br />
30 UF EC36 ECONOMIE MAJEURE 18 ECTS<br />
Responsable de la filière : Mme Annie Piffeteau<br />
Cet enseignement, rarement rencontré dans les formations universitaires scientifiques, est bien établi et<br />
reconnu. Il évolue avec l’actualité. Cette filière ne nécessite aucun pré-requis en économie.<br />
Notre objectif est de faire acquérir aux étudiants scientifiques non-spécialistes une réelle connaissance de<br />
l’entreprise et un complément de formation qui facilitera leur insertion professionnelle et, à court terme, leur<br />
entrée dans le Master de leur choix.<br />
En M2, certains étudiants renforcent cette double compétence de scientifique et d'économiste et intègrent des<br />
formations spécialisées d’Ecoles de commerce.<br />
En Licence, l'enseignement est constitué de trois modules différents : Economie générale ou jeu de l’île, Economie<br />
de l'Entreprise et Marketing approfondi appliqué aux Bio-industries. Il peut être complété en Master<br />
IMVI ou BC2T par un enseignement de « Gestion de l’Entreprise : Analyse financière de projets ».<br />
L’UE de Marketing peut également faire partie du cursus de M1 BC2T et IMVI.<br />
L'enseignement est assuré essentiellement par des professionnels extérieurs à l'<strong>Université</strong>, choisis pour leurs<br />
compétences dans le domaine concerné et par quelques universitaires économistes industriels.<br />
25
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BEBT 16 BIOTECHNOLOGIE I : Les grands axes des Biotechnologies 4 ECTS<br />
Responsable : Mme Jacqueline London<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F du parcours BEE.<br />
Enseignants : D. Buffard, J. London, P. Régnier, V. Régnier<br />
Cours - TD : 30 heures Dossier bibliographique<br />
PROGRAMME des COURS - TD<br />
1 : Biotechnologie végétale<br />
Particularités de la cellule végétale et applications biotechnologiques : Paroi et pâte à papier, ADN mitochondrial<br />
et stérilité mâle cytoplasmique.<br />
Les cultures in vitro et leur place dans un programme de sélection : Fusion de protoplastes, cultures<br />
d’embryons immatures, cultures d’anthères, embryogenèse somatique.<br />
Les techniques de transfert de gènes : Transfert direct et transfert par Agrobacterium.<br />
Les plantes transgéniques actuelles : Résistances aux herbicides, aux insectes, aux virus.<br />
Les potentialités des plantes transgéniques.<br />
Les bio-carburants.<br />
2 : Biotechnologie animale<br />
Notions de mutations et mode de transmission des mutations.<br />
Maladies mono-génétiques, pluri-génétiques et multi-factorielles ; analyse des mutants.<br />
Obtention de modèles pour l’étude de mutants naturels : transgénèse.<br />
Invalidation de gènes dans différents organismes : Drosophile, C. elegans, souris.<br />
Maladies métaboliques : Déficit enzymatique et mucoviscidose.<br />
Les myopathies de Duchenne, les cardiomyopathies.<br />
3 : Microorganismes et enzymes d’intérêt industriel<br />
Microorganisme d’intérêt industriel : Production industrielle de métabolites.<br />
Fermentations : Production d’éthanol.<br />
Enzymes d’intérêt industriel et industrie agro-alimentaire.<br />
4 : Ethique et Biotechnologie<br />
Notions d’Ethique et de Bioéthique.<br />
Législation française en matière d’Ethique.<br />
Tests génétiques.<br />
Diagnostic prénatal et pré-implantatoire des maladies génétiques.<br />
Plantes génétiquement modifiées.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 60%<br />
Contrôle continu y compris Dossier bibliographique : 40%<br />
30 BEBT 36 BIOTECHNOLOGIE I (option) 3 ECTS<br />
Cet enseignement peut constituer une UE libre du parcours BBM.<br />
Programme identique à celui de Biotechnologie I sans dossier bibliographique<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 70%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
26
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BEBT 26 BIOTECHNOLOGIE II : Stratégies et Méthodologies 3 ECTS<br />
Responsable : Mme Dominique Buffard<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F de la filière de spécialité du parcours BEE.<br />
Enseignants : D. Buffard, A. Goarin, P. Lafaye, J. London, I. Verstraete.<br />
Cours : 20 heures - TD : <strong>10</strong> heures<br />
PROGRAMME DES COURS - TD<br />
1 : Génie génétique et génomique<br />
Etude de l’expression des gènes : Aspects quantitatifs (Northern, RT-PCR et PCR quantitative).<br />
Génomique des microorganismes : Séquençage, transcriptome, protéome.<br />
∗ Applications : Le métabolisme carboné de Lactococcus lactis.<br />
Application de la technologie des puces :<br />
∗ à la détection de nouvelles stratégies médicamenteuses.<br />
∗ au suivi thérapeutique (mucoviscidose, cancers...).<br />
Génomique fonctionnelle végétale : Création et étude de mutants par insertion de T-ADN<br />
2 : Production<br />
Production de métabolites secondaires par les plantes : Utilisation de cellules en culture, hairy-roots,<br />
élicitation.<br />
Immunotechnologie<br />
∗ Production d’anticorps monoclonaux à usage thérapeutique<br />
∗ Problème de l’immunogénicité des fragments murins :<br />
anticorps humanisés, sélection de Fab humains par phage display.<br />
Utilisation thérapeutique des anticorps monoclonaux.<br />
Production d’anticorps par les plantes.<br />
3 : Traçabilité, sécurité alimentaire et sanitaire<br />
Détection des plantes transgéniques : Gènes de résistance « marqueurs » de transformation, promoteur du<br />
transgène, produit du transgène.<br />
Diagnostic microbiologique : Techniques de biologie moléculaire et applications à la détection de contaminations<br />
dans le domaine alimentaire.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen : 70%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
30 BETBT6 BIOTECHNOLOGIE EXPÉRIMENTALE 4 ECTS<br />
Responsable : Mme Vinciane RÉGNIER<br />
Cet enseignement est obligatoire dans l’UE F de la filière Biotechnologie majeure du parcours BEE.<br />
Enseignants : V. Joliot, V. Régnier<br />
PROGRAMME des TRAVAUX PRATIQUES : sur 2 semaines<br />
* Mise en œuvre de quelques techniques fondamentales d’analyse de l’ADN.<br />
Application au génotypage de deux loci appartenant au gène CFTR ou lui étant génétiquement<br />
liés : Diagnostic génotypique de la mucoviscidose.<br />
* Analyses d’interactions protéine-protéine.<br />
Application à l’étude de l’interaction entre la protéine de l’hétéro-chromatine HP1α et le facteur de<br />
transcription myoD.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Contrôle continu : <strong>10</strong>0%<br />
27
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BEEC 36 ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE 4 ECTS<br />
Responsable : Mme Annie Piffeteau<br />
13 Conférences de 2 heures (Jeudi 17-19 h) + travail de chargé d’étude en entreprise.<br />
Les conférences sont assurées par des professionnels, spécialistes du domaine concerné.<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Présentation de l'entreprise, de ses grands secteurs et des fonctions qui s’y rattachent<br />
Introduction au Marketing.<br />
La Recherche-Développement - La production.<br />
La conduite de projet.<br />
Formation au développement durable et assurance Qualité.<br />
Le recrutement, le projet professionnel.<br />
La recherche d’emploi : une démarche marketing.<br />
La Gouvernance d’entreprise.<br />
La Propriété industrielle.<br />
Les juniors-entreprises et la bi-compétence.<br />
La création d’entreprise.<br />
COMPÉTENCES VISÉES<br />
Connaissance des fonctions, des enjeux et de la structuration de l’entreprise racontée par ceux qui y travaillent.<br />
Développement de l’initiative, du travail de groupe par l’étude et l’analyse d’un problème concret,<br />
technique et économique sur le terrain d’une entreprise.<br />
Apprentissage de la rédaction claire et synthétique et de l’argumentation orale de propositions de<br />
solutions.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Etude en entreprise<br />
Elle consiste en une étude qui analyse et apporte des solutions techniques et économiques à un problème<br />
précis qui se pose à une entreprise. Cela peut consister en une étude de marché ou en un problème de<br />
production, de propriété industrielle, de ressources humaines, de logistique... Les étudiants, par groupes de 2<br />
ou 3, jouent le rôle de chargés d’étude. Ils recherchent eux-mêmes leur sujet en contactant des sociétés et en<br />
présentant leur savoir-faire.<br />
Le suivi de ce sujet de travail est assuré par Mme Annie Piffeteau qui guide les étudiants sur la durée du<br />
semestre.<br />
La rédaction de l'étude et la soutenance orale devant un jury comprenant un professionnel sont prises en compte pour la<br />
note finale d’examen.<br />
30 BEEC 46 ÉCONOMIE de l’ENTREPRISE (en option) 3 ECTS<br />
En fonction des places disponibles, cette UE peut être prise en UE optionnelle de pré-professionnalisation ou<br />
libre (ECTS 30 BEEC 46 = 3 ECTS).<br />
Programme identique à celui de 30 BEEC36.<br />
Le volume et la difficulté de l’étude en entreprise seront aménagés afin que la charge de travail corresponde<br />
à 3 ECTS.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Identiques à celles de 30 BEEC 36<br />
28
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BEMK 16 MARKETING APPLIQUÉ aux BIO-INDUSTRIES 4 ECTS<br />
(MARKETING 1)<br />
Responsables : Mme Annie Piffeteau et M. Philippe Cazes, professionnel<br />
L’enseignement Marketing 1 est obligatoire dans l’UE F de la filière Economie majeure du parcours BEE.<br />
Cours et Conférences : 30 heures - Etude de cas : 12 heures<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Cet enseignement est composé de trois cycles spécifiques comprenant chacun des cours - conférence, le<br />
témoignage d’un professionnel et une étude de cas par thème.<br />
Les thèmes de ces trois cycles sont :<br />
1 : Les études de marché<br />
Les études documentaires et les banques de données.<br />
Etudes qualitatives. Etudes quantitatives : sondages, panels.…<br />
La segmentation dans l’analyse de marché.<br />
2 : La stratégie<br />
La fixation des objectifs.<br />
Le marketing-mix.<br />
Plan de marketing et plan d’action commerciale.<br />
Les outils du contrôle de la progression.<br />
3 : La mise en place de la stratégie<br />
Le choix et l’animation des circuits de distribution.<br />
Le management des forces de vente.<br />
La stratégie de communication.<br />
L’enseignant coordonnateur, M. Philippe CAZES, est un professionnel ayant une expérience de formateur à<br />
l’ADETEM (Association Nationale du Marketing). Il est accompagné de professionnels en marketing.<br />
COMPÉTENCES VISÉES<br />
La consistance, le volume et le niveau de l’apprentissage du Marketing ainsi que la compétence des professionnels<br />
font de cette UE une véritable formation dans la discipline qui peut être développée par la suite.<br />
Cette UE est habilitée à la fois en <strong>L3</strong> et en Master. Les exemples en bio-industries s’intègrent parfaitement à<br />
notre domaine scientifique.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen : 60%<br />
Contrôle continu : 40%<br />
Les trois études de cas, menées en groupes sur place, sont notées et constituent 40% de la note d’examen<br />
(contrôle continu) et l’examen final écrit 60%.<br />
30 BEMK 26 MARKETING APPLIQUÉ aux BIO-INDUSTRIES 3 ECTS<br />
(MARKETING 2)<br />
L’enseignement Marketing 2 est proposé comme UE de 3 ECTS de la filière Biotechnologie majeure du parcours<br />
BEE.<br />
Programme identique à celui de Marketing 1 (30 BEMK 16)<br />
Seules les études de cas des thèmes 1 et 3 seront obligatoires.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen : 60%<br />
Contrôle continu : 40%<br />
29
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BEJI 36 ÉCONOMIE GÉNÉRALE : JEU de l’ÎLE 3 ECTS<br />
Responsables : Mme Annie Piffeteau et Mme Anne Corcos, Professeur d’Economie industrielle<br />
(<strong>Université</strong> de Picardie)<br />
Cet enseignement se déroule sur une semaine en continu (35 heures) sous forme d’un jeu, le « jeu de<br />
l’île », dans une salle spécialement affectée.<br />
Un effectif de 18 à 21 étudiants (6-7 x 3 groupes) est l’idéal pour une bonne dynamique du jeu.<br />
PROGRAMME<br />
L’objectif est de faire découvrir et comprendre les mécanismes économiques fondamentaux, de faire<br />
acquérir le vocabulaire économique de base par un jeu d'initiation, « le jeu de l'île », qui se déroule sur<br />
quatre jours, en une vingtaine de séquences. Les étudiants y tiennent les rôles de producteurs, de<br />
consommateurs, d’entrepreneurs et de financiers. Un retour sur le jeu a lieu le cinquième jour pour amorcer<br />
la réflexion et la rédaction.<br />
Au cours du jeu sont abordées les phases successives d'autarcie, d'échanges, de troc, les introductions de<br />
la monnaie et de la banque, de l'Etat, de la Bourse, de l'entreprise et du salariat. Seront assimilées les<br />
notions de marché, de consommation finale, de consommation intermédiaire, de produit net, de coût de<br />
production, d'investissement, de financement.…<br />
COMPÉTENCES VISÉES<br />
Acquérir le vocabulaire économique de base et la compréhension de l’évolution du contexte économique<br />
afin de faciliter l’insertion dans cette réalité économique.<br />
Prendre des décisions en groupe et analyser les répercussions de cette prise de décision sur la collectivité<br />
environnante.<br />
Les deux enseignants responsables encadrent les étudiants à plein temps.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Rédaction d'un mémoire racontant l'histoire économique de la zone au cours de la semaine analysant des décisions<br />
prises au cours du jeu et évaluant les conséquences de l'une de ces décisions.<br />
Recherche dans la presse écrite d’un ou plusieurs articles illustrant les notions acquises dont les analogies<br />
avec les phases du jeu seront dégagées.<br />
30
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
UFR SCIENCES du VIVANT<br />
ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />
<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />
UE APPROFONDIES<br />
<strong>L3</strong> S6 - Second semestre<br />
UE APPROFONDIES (UE G)<br />
3 au choix pour le parcours BBM soit 9 ECTS<br />
2 au choix pour le parcours BEE soit 6 ECTS<br />
31
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BMVI 36 IMMUNOLOGIE - MICROBIOLOGIE - VIROLOGIE 3 ECTS<br />
Responsable de l’UE : Mme Mireille Viguier<br />
Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans le parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans le<br />
parcours BBM.<br />
MICROBIOLOGIE<br />
Enseignants : O. Dussurget, K. Moncoq, O. Soutourina<br />
PROGRAMME des COURS (Mercredi matin : 5 x 2 h)<br />
1 : Les bactéries dans le monde du vivant : La notion d’espèces bactériennes.<br />
2 : Les bactéries et le cycle de l’azote : Un exemple d’écosystème et d’un métabolisme symbiotique.<br />
3 : Les bactéries et l’homme : Commensalisme, pathogénicité, virulence….<br />
4 : Génétique bactérienne : Bactériophages, plasmides, intégrons et autres.<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
TD 1 : Métabolisme<br />
TD 2 : Génétique<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 70%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
VIROLOGIE<br />
Enseignants : S. Van Der Werf, PE. Ceccaldi, I. Leclercq, D. Moisy, E. Petit-Koskas<br />
PROGRAMME des COURS (Mercredi matin : 5 x 2 h)<br />
1 : Poliomyélite, Hépatite A, Méningites virales, Rhumes….. : Les Picornavirus.<br />
Structure, cycle, classification, pathologies associées et lutte antivirale.<br />
2 : Grippe et Para-influenza humains : Ortho et Paramyxovirus.<br />
Structure, cycle, classification, pathologies associées et lutte antivirale.<br />
3 : Cancers, Leucémies, SIDA : Les rétrovirus.<br />
Structure, cycle, classification, pathologies associées et lutte antivirale.<br />
4 : Arboviroses, Hépatite C : Les Flavivirus.<br />
Structure, cycle, classification, pathologies associées et lutte antivirale.<br />
5 : Les Adénovirus et les Virus Adéno-Associés (AAV).<br />
Structure, cycle, classification, pourquoi n’y a-t-il pas de lutte antivirale ?<br />
PROGRAMMES des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
TD 1 : Emergence et SRAS.<br />
TD 2 : Les fièvres hémorragiques.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 70%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
IMMUNOLOGIE<br />
Enseignants : M. Viguier, A. Couëdel, H. Moreau<br />
PROGRAMME des COURS (Mercredi matin : 2 x 4 h)<br />
1 : Reconnaissance immunitaire naturelle.<br />
2 : Reconnaissance immunitaire spécifique d’antigène.<br />
3 : Réaction immunitaire.<br />
4 : Tolérance immunitaire.<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
TD 1 : Analyse de la réaction immunitaire lors d’une infection virale.<br />
TD 2 : Analyse de la réaction immunitaire lors d’une infection bactérienne.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 70%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
32
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BMGE 36 GÉNÉTIQUE APPROFONDIE 3 ECTS<br />
Responsable de l’UE : M. Philippe SILAR<br />
Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />
le parcours BBM.<br />
Enseignants : P. Silar, S. Brun, H. Lalucque, F. Malagnac<br />
Cours : 14 heures - TD : 16 heures<br />
PROGRAMME des COURS<br />
1 : La génétique bactérienne<br />
La résistance d’Escherichia coli au phage lambda : Mutation, mutagenèse et identification de gènes.<br />
La virulence de Klebsiella : Mutagenèse par transposition.<br />
2 : La génétique eucaryote<br />
Les mutants de vieillissement chez Caenorhabditis elegans : La sélection et l’analyse de mutants par<br />
complémentation et recombinaison chez un diploïde, le clonage positionnel et l’épistasie.<br />
Les suppresseurs de coloration d’ascospores chez Podospora anserina.<br />
Le mutant peloric chez Linaria vulgaris : L’épigénétique.<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
Génétique bactérienne.<br />
Ségrégation chez les eucaryotes.<br />
Complémentation chez les eucaryotes.<br />
Suppression et épistasie.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 70%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
30 BMEM 36 ENDOCRINOLOGIE MÉTABOLIQUE 3 ECTS<br />
Responsables : M. Christophe MAGNAN et M. Gilbert RICHARME<br />
Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />
le parcours BBM.<br />
Enseignants : C. Magnan, G. Richarme, F. Auchère<br />
Cours : 16 heures - TD : 14 heures (6 h en commun avec <strong>L3</strong> BCP + 8 h).<br />
Les cours et certains travaux dirigés de cette UE sont communs avec ceux de l’ECUE 30 BMP236 Endocrinologie<br />
générale de la filière Physiologie cellulaire et intégrative du parcours BBM.<br />
PROGRAMME des COURS<br />
1 : Les grands principes de l’endocrinologie et la réponse au stress.<br />
Axe corticotrope, catécholamines.<br />
2 : La régulation de l’homéostasie énergétique.<br />
Glycémie, prise alimentaire : Pancréas endocrine et le tissu adipeux comme glande endocrine.<br />
3 : L’équilibre hydrominéral.<br />
Aldostérone, rénine angiotensine et le métabolisme phosphocalcique.<br />
4 : La glande pinéale et la mélatonine, la glande thyroïde.<br />
PROGRAMME des TRAVAUX DIRIGÉS<br />
1 : Données expérimentales et analyse de résultats sur les thèmes :<br />
TD 1 : Notion de K D, V max, liaison aux récepteurs.<br />
TD 2 : Effet biologique des catécholamines, corticoïdes.<br />
TD 3 : Effet biologique de l’insuline.<br />
2 : 3 séances de Cours - TD à la place des TP de l’UE 30 BMP236 d’Endocrinologie générale<br />
TD 4 et 5 : Signalisation cellulaire, transmission du signal hormonal, présentation des différents types de<br />
récepteurs hormonaux, seconds messagers<br />
TD 6 et 7 : Analyse d’articles, Récepteurs adrénergiques<br />
33
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen : 60%<br />
Contrôles continus : 25% et 15%<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BMEN 36 ENZYMES et PATHOLOGIES HUMAINES 3 ECTS<br />
Responsable de l’UE : M. Fernando Rodrigues-Lima<br />
Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />
le parcours BBM.<br />
Enseignants : N. Janel, F. Rodrigues-Lima, J. Dairou, V. Serre + Intervenants extérieurs<br />
Cours : 14 heures - TD : <strong>10</strong> heures - Analyse d’articles : 6 heures<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Protéases et Cancer<br />
Exemples de pathologies métaboliques<br />
1 : Métabolisme de l'homocystéine<br />
Les principales anomalies génétiques affectant ce métabolisme sont le déficit en cystathionine β<br />
synthase (CBS) et le déficit en méthylène tétrahydrofolate réductase (MTHFR).<br />
2 : Métabolisme du glycogène<br />
La maladie de McArdle est due à un déficit en glycogène phosphorylase responsable d’une surcharge<br />
en glycogène dans le muscle strié.<br />
3 : Pathologies mitochondriales<br />
Marqueurs enzymatiques et pathologies cardiaques<br />
Epilepsie et glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase (GAPDH).<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen : <strong>10</strong>0%<br />
30 BMBM 36 BIOLOGIE MOLÉCULAIRE APPROFONDIE 3 ECTS<br />
Responsable de l’UE : Mme Jacqueline London<br />
Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />
le parcours BBM.<br />
Enseignants : J. London, D. Buffard, M. Franco<br />
Cours : 20 heures - TD : <strong>10</strong> heures Présentation d’un article scientifique<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Phage λ<br />
Régulation de l’expression des gènes eucaryotes<br />
Obtention des banques génomiques et des ADNc<br />
Les gènes de globine : Organisation, expression et régulations, rôle de l’hème et du fer ; Thalassémies<br />
Clonage et expression du gène de la dystrophine<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen : 60%<br />
Contrôle continu : 40%<br />
34
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
30 BMTB 36 BIOLOGIE MOLÉCULAIRE EXPÉRIMENTALE 3 ECTS<br />
Responsable de l’UE : Mme Mélanie Franco<br />
Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />
le parcours BBM.<br />
Enseignants : D. Buffard, M. Franco, V. Régnier<br />
PROGRAMME des TRAVAUX PRATIQUES : 2 x 2 jours (Vendredi - Samedi).<br />
Mutagenèse par insertion d’un transposon chez Escherichia coli.<br />
Sélection de diverses mutations dans l’opéron lactose.<br />
Construction de méro-diploïdes par conjugaison et test de dominance et récessivité pour diverses mutations<br />
de lac I, gène du répresseur de l’opéron lactose.<br />
Localisation des modifications provoquées sur la structures tridimensionnelle de la protéine.<br />
Importance du dosage de gène pour une régulation.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen : <strong>10</strong>0%<br />
30 BMNA 36 NANO-BIOTECHNOLOGIES 3 ECTS<br />
Responsable de l’UE : M. Vincent Noël<br />
Cet enseignement est proposé comme UE approfondie dans les parcours BEE et BBM ou comme UE libre dans<br />
le parcours BBM.<br />
Cours : 18 h - TD : 12 h (Jeudi matin 8 h 30-<strong>10</strong> h 30)<br />
OBJECTIFS PÉDAGOGIQUES<br />
Cette UE a pour objectif de présenter les nano-biotechnologies en soulignant l’aspect pluridisciplinaire du<br />
domaine. Ce cours propose une vue d’ensemble des applications (capteurs, électronique moléculaire....) utilisant<br />
les savoir-faire en biochimie structurale, enzymologie… et en physico-chimie (contrôle de la synthèse<br />
de nano-particules, assemblage programmé….). Cette UE permettra de présenter les nombreuses connexions<br />
entre les nano-sciences et les sciences du vivant et l’intérêt de combiner ces deux disciplines pour le développement<br />
de dispositifs innovants.<br />
PROGRAMME des COURS<br />
Introduction<br />
Historique des nano-sciences.<br />
Contexte national et international des nano-sciences : marché / emploi.<br />
Les fondamentaux en nano-sciences<br />
Structure de la matière à l’échelle du nanomètre.<br />
Structure atomique et cohésion des nano-systèmes.<br />
Propriétés électroniques et optiques.<br />
Méthodes de caractérisation des nano-objets<br />
Imager des objets de quelques nanomètres.<br />
Principes de fonctionnement des microscopies à champ proche, des microscopies électroniques.<br />
Synthèse et fonctionnalisation des nano-objets<br />
Comment manipuler et modifier des nano-objets (nano-particules, nano-fils….).<br />
Synthèse par voie chimique, par voie enzymatique.<br />
Réalisation d’édifices nano-structurés<br />
Comment assembler des particules de quelques nanomètres.<br />
Nano-Lego.<br />
Méthodes d’auto-assemblage.<br />
Reconnaissance bio-moléculaire….<br />
Applications<br />
Electronique moléculaire, Bio-capteurs, Vectorisation, Imagerie médicale.<br />
MODALITÉS d’ÉVALUATION<br />
Examen final : 70%<br />
Contrôle continu : 30%<br />
35
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
UFR SCIENCES du VIVANT<br />
ANNÉE 2011 / <strong>2012</strong><br />
<strong>L3</strong> mention : Sciences du Vivant<br />
U E LIBRE (UE H)<br />
<strong>L3</strong> S6 - Second semestre<br />
U E LIBRE (UE H)<br />
Parcours BBM : 3 ECTS<br />
36
Liste des UE pouvant être prises comme UE libre de 3 ECTS dans le parcours BBM<br />
<strong>L3</strong> BBM / BEE<br />
Les différentes UEs mentionnées dans la liste ci-dessous peuvent être prises comme UE libre<br />
à condition de ne pas être déjà prises comme UE APPROFONDIE<br />
dans le parcours BBM<br />
Pour les programmes, se reporter aux pages précédentes<br />
30 BMVI36 Infectiologie / Microbiologie / Virologie / Immunologie<br />
30 BMGE36 Génétique approfondie<br />
30 BMEM36 Endocrinologie métabolique<br />
30 BMNA36 Nano-biotechnologies<br />
30 BMTB36 Biologie Moléculaire expérimentale<br />
30 BMBM36 Biologie moléculaire approfondie<br />
30 BMB336 Statistiques pour Biologie<br />
30 BMC136 Bio-molécules : Synthèse, structure, réactivité et applications industrielles<br />
30 BEBT36 Biotechnologie I (en option)<br />
30 BEEC46 Economie de l’Entreprise (en option)<br />
30 BMEXT6 Option extérieure<br />
Vous pouvez choisir l’UE libre dans une autre UFR.<br />
30 BMEXT6 Option extérieure<br />
Renseignez-vous auprès de l’UFR de Chimie et de la Licence SDV BCP.<br />
Vous pouvez également choisir une UE de sport, de langue… (dans la mesure des places disponibles).<br />
ECUE langue : Espagnol, Arabe, Russe…, Français pour les étudiants étrangers.<br />
Engagement étudiant (3 ECTS sans notation, validation par rédaction d’un rapport et entretien)<br />
P7EETDL0 : ECUE Engagement étudiant<br />
P7U1EEL0 : Tutorats d’accompagnement pédagogique et BRI<br />
P7U2EEL0 : Action solidaire (Relais Handicap Santé, AFEV….)<br />
P7U3EEL0 : Assistanat à l’étranger<br />
P7U4EEL0 : Associations culturelles<br />
P7U5EEL0 : Responsabilités sportives<br />
Contact : Florent Busi florent.busi@univ-paris-diderot.fr<br />
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