棉花线粒体ATP合酶beta亚基的生物信息学分析 - abc

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序列分析• RACE 测序得到该基因的 cDNA 序列>cl3ct1411cn4173 COVERAGE:0.96; CRAWID: 2; TOTAL_ESTS:11; LENGTH:2241bp; ALT_CONSENSI:14AAACCCTAGCCTCTATCTGGGAGCCCTTTCCAATGGCTTCGCGTCGACTCCTCTCCTCTTTCCTCCGCTCCACTTCTCGCCGATCTCTCTCCAAATCTCCCAGCCCTACCCCTCGCCTCCCTTCACCTTCCCCCACGCGCCGCCCTTTTCCGTGCCCCTACTTTCTCTCACGCGATGCTGAGTACTCTACATCTGCGGCTGCTGCCGCTTCTGCTCCATCGCAGCCTCCTCCCGCTAAGAAGGGCGGAAAAGGTAAGATCACTGATGAGTTCACTGGTGCTGGAGCCATCGGTCAGGTTTGTCAAGTAATCGGTGCCGTCGTCGATGTTAGATTCGATGAAGGCTTGCCTCCGATTTTGACTGCGCTTGAAGTGATGGACCACTCGATCCGGCTTGTGTTGGAAGTGGCTCAGCACTTGGGTGAAAACATGGTTAGGACCATTGCTATGGATGGAACGGAGGGACTCGTCAGAGGGCAGCCGGTTCTCAACACCGGATCTCCTATCACTGTGCCTGTCGGTAGAGCTACTCTTGGTCGTATCATAAATGTCATTGGAGAGCCTATTGACGAGAAAGGCGAACTCAAAACCGACCATTTCTTGCCCATACACAGAGAAGCACCAGCCTTTGTCGATCAAGCTACTGAACAACAGATCCTTGTCACTGGTATTAAGGTTGTGGATCTCCTTGCACCATATCAAAGAGGAGGGAAGATTGGACTTTTTGGTGGTGCTGGTGTAGGGAAGACAGTGCTTATTATGGAACTTATCAACAATGTTGCTAAAGCCCACGGTGGTTTCTCAGTGTTTGCCGGTGTTGGAGAACGTACTAGAGAGGGTAATGACTTGTATAGGGAAATGATTGAGAGTGGTGTTATTAAGCTAGGTGAAAAGCAGGCTGATAGCAAGTGTGCTCTTGTTTATGGTCAAATGAATGAGCCCCCTGGTGCTCGTGCTCGTGTTGGCCTTACTGGTCTGACTGTGGCTGAACATTTCCGTGACGCTGAAGGGCAGGATGTGCTTCTCTTCATTGACAACATTTTCCGTTTTACTCAAGCAAACTCTGAAGTGTCTGCCTTGCTAGGCCGTATTCCATCTGCTGTCGGTTACCAACCAACCTTGGCTACTGATCTTGGAGGTCTTCAGGAACGTATTACCACCACCAAGAAAGGTTCTATCACTTCTGTTCAAGCCATATATGTGCCTGCTGATGACTTGACAGATCCAGCTCCTGCAACAACCTTTGCTCACTTGGATGCCACAACTGTGTTGTCCCGACAGATCTCTGAGCTTGGTATTTATCCTGCTGTGGATCCTTTGGATTCTACATCTCGTATGCTCTCTCCTCATATTTTGGGTGAGGAACACTACAACACTGCTCGTGGTGTTCAGAAGGTTCTCCAAAACTACAAGAACTTGCAAGATATTATTGCTATTTTGGGGATGGACGAGCTTAGTGAAGATGATAAATTAACTGTTGCACGTGCTCGTAAGATCCAAAGGTTCTTGAGCCAGCCTTTCCATGTGGCAGAAGTGTTCACTGGTGCTCCTGGCAAGTACGTGGAGTTGAAGGAGAGCATCACCAGCTTCCAGGGCGTGTTGGATGGAAAGTATGATGACCTGCCCGAGCAGTCGTTTTACATGGTTGGAGGAATCGAGGAAGTGATTGCCAAGGCAGATAAGATTGCCAAGGAATCTGCAGCCTAATCAAATCCACATACCTTAATTTCTGCTGAGTAATTTCGAAAATAATCTAGGTGGTGTTGGTAATGCCAGCAACAGAACTGTTCATTTATTTTGGGGGTTTGTTGTTTATGTTTAATGATGTTATTCAAGAGTGTAAAAGAGCACTTCGGCCCCGCTTTTTTCTTTGCTTAAATAAGGGAAATAGAAGGCGGATGTGTACATTTTTTTTGTTCGAAAACGCTGGCTGCTAAAGCCTTATCCTTTCTGACTGCCGTTTATTCGGAACTACTGATGTTTTGAAATGCATTCGAGACTAATGTTTCCTGAACCCATGGGGGTTTCAATTTTCTTTTTCTTAATGAAGAAATTGGCGAATTTTATCCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGGGGCCCCCCTATTTCCCCCCCGGGGGGGGGGCCAGGGAAAAGGGACCCCAATTTCCCCTATTAAGGGGGCTCTAATAAAAATTATACGGGGCGCGCCTTTTTACACAGGGCGGGAGGTGGGGGAAA
• 用 ExPasy 中的 Transeq 工具将核酸序列翻译成蛋白序列 , 命名为 ATP beta1 。• > ATP beta1MASRRLLSSFLRSTSRRSLSKSPSPTPRLPSPSPTRRPFPCPYFLSRDAEYSTSAAAAASAPSQPPPAKKGGKGKITDEFTGAGAIGQVCQVIGAVVDVRFDEGLPPILTALEVMDHSIRLVLEVAQHLGENMVRTIAMDGTEGLVRGQPVLNTGSPITVPVGRATLGRIINVIGEPIDEKGELKTDHFLPIHREAPAFVDQATEQQILVTGIKVVDLLAPYQRGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGFSVFAGVGERTREGNDLYREMIESGVIKLGEKQADSKCALVYGQMNEPPGARARVGLTGLTVAEHFRDAEGQDVLLFIDNIFRFTQANSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDLGGLQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRQISELGIYPAVDPLDSTSRMLSPHILGEEHYNTARGVQKVLQNYKNLQDIIAILGMDELSEDDKLTVARARKIQRFLSQPFHVAEVFTGAPGKYVELKESITSFQGVLDGKYDDLPEQSFYMVGGIEEVIAKADKIAKESAA
Page 2 and 3: Outline• 研究背景• 序
Page 4 and 5: 棉花及棉纤维的地位
Page 6 and 7: 重要的生物学问题•
Page 8 and 9: ATP 合酶研究背景• ATP
Page 10 and 11: 真核生物线粒体 ATP 合
Page 13: 获得序列• 构建开花
Page 17 and 18: 利用 MEME 对目的蛋白
Page 19 and 20: Motif 1
Page 21 and 22: Motif 3
Page 23 and 24: • Residue Number Mole% DayhoffSta
Page 25 and 26: 利用 Protscale 对目的蛋
Page 27 and 28: 多序列比对
Page 29 and 30: 95Zea mays (Maize)5197Oryza sativa
Page 31 and 32: • 可以看出 , 这两个
Page 33 and 34: 目的蛋白三级结构分
Page 35: 选择分值最高的 ATP 合
Page 38 and 39: ATPbeta1 与 2QE7 序列比对
Page 40: 2. 利用 SPDBV 中的 SwissModel
Page 44 and 45: ATP beta 12QE7_D chain
Page 46 and 47: Motif1Y359-D408,富含 Thr,Ser和
Page 48 and 49: 结构叠合
Page 50 and 51: “DELSEED” motif位于蛋白
Page 52 and 53: 猜测• 在微生物及动
Page 54 and 55: 实验设计• 针对 “DELSE
Page 56 and 57: 致谢• 罗静初教授•

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