TRAKYA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ KALİKS[4 ...

40
elektron girişimi olmayan potensiyellere indirgenmiştir. Bu etkili potensiyel elektronlar
arasındaki pozitif coulomb potensiyelini ve dış potensiyelleri içermektedir. Kohn-Sham
DFT metodu uzun molekül sistemlerinin hesaplanması için kabul edilebilir bir temel
sağlamaktadır. En çok bilinen DFT metodu Becke3-Lee-Yang-Parr(B3LYP) hibrid
fonsksiyonudur (Becke1993, Lee1988, Spethens1994). Dikkat etmek gerekir ki DFT
metodları tam olarak Ab-initio gibi değildir çünkü DFT metotları empirik parametreler
içerir.
3.6. β- aminoasit ve β-peptidler
Geçen on yıl boyunca, Gellman’ın ve Seebach’ın gruplarının arka arkaya
yayınladığı β-peptidler hakkındaki makaleler, kimyacılar ve biyologlar için oldukça
önemli bir araştıma konusu haline gelmiştir. Bu iki makale farklı β-peptidlerin karalı
helix yapısının ilgisi hakkındadır. Gelman ve çalışma arkadaşları amino asitlerle ve
onların iskeletindeki siklik eklerle kendini sınırlarken Seebach grubu α-amino asitlerden
sentezlenmiş β-amino asitlerle çalışmışlardır. 1996 dan bu yana toksik ve antifungal
aktiviteleri ile bir çok bilgi bu çalışmalar sayesinde toplanmıştır.
Doğal olarak ilk sorulacak soru neden β-amino asitler önemlidir? Buna verilecek
cevabın ardından sorulması gereken soru neden proteinlerde β-amino asitleri
bulamıyoruz. Şimdilik bu soruya cevap vermeyeceğiz ama sonraki bölümde bunun
cevabını bulacağız.
Her ne kadar protein ve peptidler ilaç olarak kullanıldığında düşük
kararlılıklarına karşı proteaslar ve peptidazlarda olasalar dahi doğal canlı sistemlerde
merkezi bir rol oynamaktadırlar. Temel biyolojik çevrimlerin parçası olmayan, β-
peptidler proteolitik enzimlere karşı koyarlar. Tek bir β-amino asit bir peptide girerse bu
bir α-amino asitle oluşumunu sağlar. Onun kararlılığını arttırır. α-amino asitlerle
birleşen β-peptidler de peptidaz’a karşı kararlıdırlar. Buna ek olarak da glikozitlenmiş
β-peptidlerin glikomidase A’ya karşı kararlı oldukları gösterilmiştir (Disney2005).
β-peptidlerin biyolojik potensiyeli onların antifungal ve antimikrobiyal
aktiviteleri sayesinde kuvvetlenmektedir. Bir diğer ilginç avantajıda β-peptid dizaynı ile
oluşan hücreye karşı koyabilmesidir.