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一 、 生 物 信 息 学生 物 信 息 学 (Bioinformatics): 是在 生 命 科 学 的 研 究 中 , 以 计 算 机 为 工 具 对生 物 信 息 进 行 储 存 、 检 索 和 分 析 的 科 学 。它 是 当 今 生 命 科 学 和 自 然 科 学 的 重 大 前 沿领 域 之 一 , 同 时 也 将 是 21 世 纪 自 然 科 学 的核 心 领 域 之 一 。

生 物 信 息 学 网 站http://abc.cbi.pku.edu.cn/ 内 含 有 丰 富的 资 源 , 我 们 这 里 着 重 对 里 面 的 生 物 学 软件 分 析 平 台 进 行 讲 解 , 进 入 ABC 主 页 后 , 可在 其 右 侧 打 开 Tools, 里 面 有 好 多 的 软 件 包 ,在 此 我 们 以 EMBOSS explore 为 例 进 行 演 示 :

EMBOSS explore 的 应 用1. 对 输 入 信 息 的 加 工 分 析2. 对 基 因 的 分 析3. 对 蛋 白 质 的 氨 基 酸 序 列 性 质 的 分 析4. 对 蛋 白 质 的 氨 基 酸 序 列 或 核 酸 的 核 苷 酸 序 列的 相 似 性 分 析5. 对 蛋 白 质 一 级 结 构 的 分 析6. 对 蛋 白 质 二 级 结 构 的 分 析7. 对 蛋 白 质 三 级 结 构 的 分 析8. 对 蛋 白 质 进 行 酶 学 分 析9. 对 多 个 序 列 之 间 进 化 关 系 上 的 分 析10. 其 他 软 件 功 能

• Seqretsplit 其 可 以 把 一 起 输 入 的 多 个 核 酸或 氨 基 酸 序 列 进 行 拆 分 , 便 于 我 们 的 操 作 ,这 样 可 以 节 省 时 间 。

• >Human - HBA_HUMAN Hemoglobin alpha - Homo sapiens (Human).• MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR• >Mouse - HBA_MOUSE Hemoglobin alpha - Mus musculus (Mouse).• MVLSGEDKSNIKAAWGKIGGHGAEYGAEALERMFASFPTTKTYFPHFDVSHGSAQVKGHGKKVADALASAAGHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLASHHPADFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR• >Dolphin - HBA_TURTR Hemoglobin alpha - Tursiops truncatus (Atlantic bottle-noseddolphin).• MVLSPADKTNVKGTWSKIGNHSAEYGAEALERMFINFPSTKTYFSHFDLGHGSAQIKGHGKKVADALTKAVGHIDNLPDALSELSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLALHLPADFTPSVHASLDKFLASVSTVLTSKYR• >Chicken - HBA_CHICK Hemoglobin alpha-A - Gallus gallus (Chicken).• MVLSAADKNNVKGIFTKIAGHAEEYGAETLERMFTTYPPTKTYFPHFDLSHGSAQIKGHGKKVVAALIEAANHIDDIAGTLSKLSDLHAHKLRVDPVNFKLLGQCFLVVVAIHHPAALTPEVHASLDKFLCAVGTVLTAKYR• >Snake - HBA_DRYCE Hemoglobin alpha-A - Drymarchon corais erebennus (Texasindigo snake).• MVLTEEDKSRVRAAWGPVSKNAELYGAETLTRLFTAYPATKTYFHHFDLSPGSSNLKTHGKKVIDAITEAVNNLDDVAGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFKLLGHCLEVTIAAHNGGPLKPEVILSLDKFLCLVAKTLVSRYR• >Frog - HBA1_XENLA Hemoglobin subunit alpha-1 - Xenopus laevis (African clawedfrog).• MLLSADDKKHIKAIMPAIAAHGDKFGGEALYRMFIVNPKTKTYFPSFDFHHNSKQISAHGKKVVDALNEASNHLDNIAGSMSKLSDLHAYDLRVDPGNFPLLAHNILVVVAMNFPKQFDPATHKALDKFLATVSTVLTSKYR• >Goldfish - HBA_CARAU Hemoglobin alpha - Carassius auratus (Goldfish).• MSLSDKDKAVVKALWAKIGSRADEIGAEALGRMLTVYPQTKTYFSHWSDLSPGSGPVKKHGKTIMGAVGDAVSKIDDLVGALSALSELHAFKLRIDPANFKILAHNVIVVIGMLFPGDFTPEVHMSVDKFFQNLALALSEKYR

2. 对 基 因 的 分 析以 下 我 们 以 此 基 因 为 例 进 行 一 系 列 的 操 作 :• ATGGCACAGTCAGTGCTGGTACCGCCAGGACCTGACAGCTTCCGCTTCTTTACCAGGGAATCCCTTGCTGCTATTGAACAACGCATTGCAGAAGAGAAAGCTAAGAGACCCAAACAGGAACGCAAGGATGAGGATGATGAAAATGGCCCAAAGCCAAACAGTGACTTGGAAGCAGGAAAATCTCTTCCATTTATTTATGGAGACATTCCTCCAGAGATGGTGTCAGTGCCCCTGGAGGATCTGGACCCCTACTATATCAATAAGAAAACGTTTATAGTATTGAATAAAGGGAAAGCAATCTCTCGATTCAGTGCCACCCCTGCCCTTTACATTTTAACTCCCTTCAACCCTATTAGAAAATTAGCTATTAAGATTTTGGTACATTCTTTATTCAATATGCTCATTATGTGCACGATTCTTACCAACTGTGTATTTATGACCATGAGTAACCCTCCAGACTGGACAAAGAATGTGGAGTATACCTTTACAGGAATTTATACTTTTGAATCACTTATTAAAATACTTGCAAGGGGCTTTTGTTTAGAAGATTTCACATTTTT

• plotorf 用 图 形 的 形 式 来 预 测 它 的 开 放 阅读 框 。 可 对 你 输 入 的 序 列 进 行 分 析 , 由 于其 仅 仅 是 对 其 预 测 , 所 以 把 其 可 能 的 形 式都 以 图 形 的 形 式 表 现 出 来 , 以 防 有 所 疏 漏 。注 : 输 入 的 形 式 为 核 酸 序 列 , 不 必 加 入 其它 信 息 。

• Showorf 是 把 我 们 输 入 的 核 酸 序 列 翻 译 成 蛋白 质 的 氨 基 酸 序 列 。 其 有 6 种 方 式 可 以 选 择R1、R2、R3、F1、F2 和 F3 等 6 种 方 式 可 对 它所 翻 译 出 来 的 序 列 方 式 进 行 预 测 。 注 :R 为reverse, F 为 forward。 其 为 从 正 向 或 反 向第 几 个 核 苷 酸 序 列 进 行 翻 译 。

chips 依 据 某 个 特 定 的 基 因 序 列 计 算密 码 子 偏 爱 性 , 计 算 结 果 为 一 个 Nc值 , 该 值 越 低 , 则 密 码 子 偏 爱 性 越高 , 反 之 则 越 低 。 此 序 列 的 Nc 值 为 :

• cpgplot 以 图 形 文 件 和 表 格 文 件 的 形 式 表 示核 酸 序 列 中 CpG 分 布 特 征 。 由 于 CpG 是 基 因 组中 高 表 达 区 域 的 特 征 , 因 此 可 以 用 来 预 测 某个 基 因 在 基 因 组 中 的 表 达 水 平 。

dan 计 算 DNA、RNA 序 列 的 熔 点 温 度 。该 软 件 可 用 于 southern blot、northernblot 探 针 以 及 PCR 引 物 的 TM 值 的 计 算 。

geecee 计 算 核 苷 酸 的 GC 含量 。 输 入 所 要 计 算 的 核 苷 酸 序列 , 程 序 运 行 后 可 以 得 到 G+C 的百 分 含 量 。 输 入 此 序 列 为 :

Wordcount 在 DNA序 列 中 计 算 一 定长 度 的 连 续 序 列在 DNA 序 列 中 出 现个 数 。 可 以 选 择相 同 序 列 的 核 苷酸 个 数 , 也 可 以选 择 >× 的 显 示 。

3. 对 蛋 白 质 的 氨 基 酸 序 列 性 质 的 分 析• 以 下 以 此 氨 基 酸 序 列 为 例 进 行 一 系 列 的操 作 :• MAQSVLVPPGPDSFRFFTRESLAAIEQRIAEEKAKRPKQERKDEDDENGPKPNSDLEAGKSLPFIYGDIPPEMVSVPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAISRFSATPALYILTPFNPIRKLAIKILVHSLFNMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCLEDFTF

• pepinfo 能 以 图 形 方 式 显 示 蛋 白 质 序 列中 各 种 不 同 性 质 的 氨 基 酸 残 基 的 含 量 ( 较 小R 残 基 的 氨 基 酸 、 小 R 残 基 的 氨 基 酸 、 脂 肪族 的 氨 基 酸 、 芳 香 族 的 氨 基 酸 、 带 电 荷 的氨 基 酸 、 不 带 电 荷 的 氨 基 酸 、 氨 基 酸 对 水的 亲 和 程 度 等 ), 能 够 输 出 两 张 不 同 的 图 。

• iep 计 算 蛋白 的 等 电 点 。 输入 的 是 蛋 白 序 列 ,以 EBI 数 据 库 中laci_ecoli 为 例 ,得 出 pH、Bound、Charge 等 结 果 。

4. 对 核 酸 的 核 苷 酸 序 列 或 蛋 白 质 的 氨基 酸 序 列 的 相 似 性 分 析

dottup 是 两 条 序 列 精 确 匹 配 的 作 图方 法 , 这 个 程 序 的 执 行 方 式 是 在 给 定 序列 长 度 (word size) 下 逐 一 比 对 , 即 在水 平 轴 和 竖 直 轴 上 的 两 个 序 列 , 将 每 个序 列 的 每 个 残 基 同 另 一 个 序 列 的 全 部 残基 比 较 , 有 相 同 的 残 基 就 在 图 表 中 用“ 点 ” 作 为 标 记 , 否 则 就 空 白 。 当 两 个序 列 有 相 同 的 区 域 出 现 的 时 候 , 很 多 点相 连 接 就 形 成 斜 线 , 显 示 出 序 列 比 对 。

F1 AREALFRIENDISAFRIENDINNEED>F2 AFRIENDINNEEDISAFRIENDINDEED其 中 X 轴 为 F1 序 列 ,Y 轴 为 F2 序 列 。(Word size 5)

从 这 张 分 析 图 中 我 们 可 以 知 道 :>F1 AREALFRIENDISAFRIENDINNEED>F2 AFRIENDINNEEDISAFRIENDINDEED和>F1 AREALFRIENDISAFRIENDINNEED>F2 AFRIENDINNEEDISAFRIENDINDEED和>F1 AREALFRIENDISAFRIENDINNEED>F2 AFRIENDINNEEDISAFRIENDINDEED和>F1 AREALFRIENDISAFRIENDINNEED>F2 AFRIENDINNEEDISAFRIENDINDEED

• Water DNA 或 蛋 白 质 的 局 部 比 对 软 件 , 在 比对 后 给 出 两 序 列 的 相 同 性 , 相 似 性 ,gap 以及 分 数 。

• 我 们 以 这 两 条 氨 基 酸 序 列 为 例 进 行 操 作 :• MVLSGEDKSNIKAAWGKIGGHGAEYGAEALERMFASFPTTKTYFPHFDVSHGSAQVKGHGKKVADALASAAGHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLASHHPADFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR• MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

5. 对 蛋 白 质 一 级 结 构 的 分 析

• Pepstats 蛋 白 质 的 统 计 , 可 以 在 该 程 序 中得 到 一 条 蛋 白 质 的 各 个 残 基 的 统 计 量 。MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

6. 对 蛋 白 质 二 级 结 构 的 分 析• 我 们 以 这 条 氨 基 酸 序 列 为 例 进 行 操 作 :• MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

• garnier 预 测 蛋 白 的 二 级 结 构 。 输 入 蛋 白序 列 从 而 进 行 预 测 。 以 EBI 数 据 库 中 的amic_pseae 序 列 为 例 , 程 序 运 行 得 出 了helix、sheet、turns、coil 等 序 列 位 点 。

• sigcleave 在 真 核 生 物 中 , 信 号 肽 介 导 跨 膜蛋 白 定 位 到 质 膜 上 ; 而 在 原 核 生 物 中 信 号 肽介 导 跨 膜 蛋 白 定 位 贯 穿 到 内 外 质 膜 . 这 个 软件 可 以 预 测 信 号 肽 和 成 熟 蛋 白 之 间 的 切 点 .在 原 核 和 真 核 生 物 中 预 测 的 准 确 率 在 75-80% 之 间 。

7. 对 蛋 白 质 三 级 结 构 的 分 析• 以 下 我 们 以 此 氨 基 酸 序 列 为 例 进 行 一 系 列的 操 作 :• MAQSVLVPPGPDSFRFFTRESLAAIEQRIAEEKAKRPKQERKDEDDENGPKPNSDLEAGKSLPFIYGDIPPEMVSVPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAISRFSATPALYILTPFNPIRKLAIKILVHSLFNMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCLEDFTF

• tmap 用 来 查 看 蛋 白 质 是 否 具 有 跨 膜区 。 输 入 其 蛋 白 质 的 氨 基 酸 序 列 。• 一 般 跨 膜 区 是 一 段 高 度 疏 水 的 氨 基酸 序 列 , 其 二 级 结 构 为 螺 旋 。 但 是 由 此 预测 出 来 其 不 一 定 为 跨 膜 区 , 因 为 其 是 否 跨膜 还 与 其 在 细 胞 中 的 位 置 等 许 多 因 素 有 关 。

120-146 KLAIKILVHSLFNMLIMCTILTNCVFM

• pepwheel 程 序 可 以 对 一 段 链 作 螺 旋 状 轮 图 ,从 而 识 别 疏 水 和 亲 水 的 区 域 。 它 所 显 示 的是 检 测 序 列 螺 旋 的 横 切 面 , 从 而 更 加 直 观的 反 应 序 列 的 各 种 性 质 。 我 们 输 入 可 以 把我 们 从 上 图 中 找 到 一 个 疏 水 区 域 。 但 只 可以 对 一 个 疏 水 的 序 列 进 行 , 不 可 输 入 整 个的 氨 基 酸 序 列 , 太 多 了 我 们 反 而 无 法 分 析 ,这 是 我 们 大 家 应 该 注 意 的 地 方 。 通 过 这 个分 析 我 们 也 可 以 验 证 Tmap 预 测 结 果 的 正 确性 。

轮 状 图 的 周 围 是 螺 旋 上 的 氨 基 酸 , 其 中 黑 色 带 圆 圈 的 是极 性 带 电 荷 的 氨 基 酸 , 亲 水 性 比 较 强 ; 红 色 带 方 框 的 是 极性 不 带 电 荷 的 氨 基 酸 , 也 是 亲 水 性 的 ; 紫 色 字 母 不 带 框 的是 非 极 性 氨 基 酸 , 具 有 疏 水 性 ; 蓝 色 带 方 框 的 是 非 极 性 氨基 酸 , 疏 水 性 比 紫 色 的 强 。

8. 对 蛋 白 质 进 行 酶 学 分 析以 下 我 们 以 此 基 因 为 例 进 行 一 系 列 的 操 作 :• ATGGCACAGTCAGTGCTGGTACCGCCAGGACCTGACAGCTTCCGCTTCTTTACCAGGGAATCCCTTGCTGCTATTGAACAACGCATTGCAGAAGAGAAAGCTAAGAGACCCAAACAGGAACGCAAGGATGAGGATGATGAAAATGGCCCAAAGCCAAACAGTGACTTGGAAGCAGGAAAATCTCTTCCATTTATTTATGGAGACATTCCTCCAGAGATGGTGTCAGTGCCCCTGGAGGATCTGGACCCCTACTATATCAATAAGAAAACGTTTATAGTATTGAATAAAGGGAAAGCAATCTCTCGATTCAGTGCCACCCCTGCCCTTTACATTTTAACTCCCTTCAACCCTATTAGAAAATTAGCTATTAAGATTTTGGTACATTCTTTATTCAATATGCTCATTATGTGCACGATTCTTACCAACTGTGTATTTATGACCATGAGTAACCCTCCAGACTGGACAAAGAATGTGGAGTATACCTTTACAGGAATTTATACTTTTGAATCACTTATTAAAATACTTGCAAGGGGCTTTTGTTTAGAAGATTTCACATTTTT

• restrict 利 用 的 是 限 制 性 酶 的 数 据 库 来 进行 搜 索 分 析 , 输 入 的 方 式 为 核 苷 酸 序 列 ,可 以 把 它 的 限 制 性 内 切 酶 的 位 点 与 酶 的 名称 都 能 罗 列 出 来 。 运 行 的 时 候 , 我 们 可 以进 行 一 些 选 择 , 如 序 列 是 否 为 环 形 的 、 酶切 的 大 小 、 末 端 等 。

• redata 利 用 的 是 限 制 性 酶 的 数 据 库 来 进 行搜 索 分 析 , 输 入 的 方 式 为 某 一 种 酶 的 名 字 ,然 后 把 它 的 基 本 性 质 与 相 关 的 文 献 都 列 出来 , 可 以 使 我 们 对 这 个 酶 有 一 个 更 加 全 面的 认 识 。

例 如 我 们 输 入 BamHI, 运 行 后 得 到 :

9. 多 个 序 列 之 间 进 化 关 系 上 的 分 析• 我 们 以 下 面 为 例 进 行 操 作 :• >Human - HBA_HUMAN Hemoglobin alpha - Homo sapiens (Human).• MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR• >Mouse - HBA_MOUSE Hemoglobin alpha - Mus musculus (Mouse).• MVLSGEDKSNIKAAWGKIGGHGAEYGAEALERMFASFPTTKTYFPHFDVSHGSAQVKGHGKKVADALASAAGHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLASHHPADFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR• >Dolphin - HBA_TURTR Hemoglobin alpha - Tursiops truncatus (Atlantic bottle-nosed dolphin).• MVLSPADKTNVKGTWSKIGNHSAEYGAEALERMFINFPSTKTYFSHFDLGHGSAQIKGHGKKVADALTKAVGHIDNLPDALSELSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLALHLPADFTPSVHASLDKFLASVSTVLTSKYR• >Chicken - HBA_CHICK Hemoglobin alpha-A - Gallus gallus (Chicken).• MVLSAADKNNVKGIFTKIAGHAEEYGAETLERMFTTYPPTKTYFPHFDLSHGSAQIKGHGKKVVAALIEAANHIDDIAGTLSKLSDLHAHKLRVDPVNFKLLGQCFLVVVAIHHPAALTPEVHASLDKFLCAVGTVLTAKYR• >Snake - HBA_DRYCE Hemoglobin alpha-A - Drymarchon corais erebennus (Texas indigo snake).• MVLTEEDKSRVRAAWGPVSKNAELYGAETLTRLFTAYPATKTYFHHFDLSPGSSNLKTHGKKVIDAITEAVNNLDDVAGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFKLLGHCLEVTIAAHNGGPLKPEVILSLDKFLCLVAKTLVSRYR• >Frog - HBA1_XENLA Hemoglobin subunit alpha-1 - Xenopus laevis (African clawed frog).• MLLSADDKKHIKAIMPAIAAHGDKFGGEALYRMFIVNPKTKTYFPSFDFHHNSKQISAHGKKVVDALNEASNHLDNIAGSMSKLSDLHAYDLRVDPGNFPLLAHNILVVVAMNFPKQFDPATHKALDKFLATVSTVLTSKYR

Distamt 该 软 件 可 以 计 算 出 多 重 比 对中 的 每 对 序 列 之 间 的 进 化 距 离 。 经过 多 重 比 对 的 序 列 结 果 才 可 以 实 用该 软 件 , 多 重 比 对 的 质 量 对 本 软 件计 算 的 准 确 性 有 很 大 的 影 响 。 可 以有 jukes、kimura、tamura、tajima-nei、jin-nei gamma 五 种 方法 可 以 用 。

10. 其 他 软 件 功 能• seealso 输 入 出 一 个 软 件 名 字 , 其 可 以 找 出与 之 功 能 相 似 的 软 件 。 可 以 扩 大 你 所 知 软 件的 种 类 , 对 你 要 的 结 果 进 行 反 复 验 证 或 是 查找 到 更 多 的 信 息 。 例 如 你 输 入 water, 则

acktranambig 将 蛋 白 序列 按 照 通 用 密 码 子 表 翻 译 成 由 简并 密 码 子 组 成 的 核 酸 序 列 。 其 也有 很 多 的 标 准 可 以 选 , 如 大 肠 杆菌 、 酵 母 菌 等 。

我 们 以 此 为 例 进 行 说 明 :MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

tfm 这 个 工 具 是 帮 助 找 到EMBOSS 软 件 用 法 的 软 件 。 在 搜 索栏 中 输 入 你 要 了 解 的 工 具 , 便 可轻 松 找 到 相 关 的 信 息 、 说 明 、 应用 举 例 等 , 让 你 可 以 学 习 到 更 多的 东 西 。

Biosed 是 一 个 核 酸 、 蛋 白 序列 编 辑 软 件 , 可 以 进 行 序 列 删 除 、替 换 , 产 生 一 个 新 的 序 列 。 例 如 可以 将 mRNA 序 列 中 的 U 用 T 替 换 , 获 得cDNA 序 列 。 但 是 有 一 个 缺 点 , 就 是不 能 只 替 换 一 个 , 一 旦 替 换 所 有 序列 中 的 X 都 由 Y 所 替 换 。

现 在 我 们 以 此 核 苷 酸 序 列 为 例 进 行 说 明 :ATGGCACAGTCAGTGCTGGTACCGCCAGGACCTGACAGCTTCCGCTTCTTTACCAGGGAATCCCTTGCTGCTATTGAACAACGCATTGCAGAAGAGAAAGCTAAGAGACCCAAACAGGAACGCAAGGATGAGGATGATGAAAATGGCCCAAAGCCAAACAGTGACTTGGAAGCAGGAAAATCTCTTCCATTTATTTATGGAGACATTCCTCCAGAGATGGTGTCAGTGCCCCTGGAGGATCTGGACCCCTACTATATCAATAAGAAAACGTTTATAGTATTGAATAAAGGGAAAGCAATCTCTCGATTCAGTGCCACCCCTGCCCTTTACATTTTAACTCCCTTCAACCCTATTAGAAAATTAGCTATTAAGATTTTGGTACATTCTTTATTCAATATGC

如 果 我 们 用 U 全 部 替 换 其 中 的 T, 则

tfscan TRANSFAC 数 据 库 是 一 个商 业 数 据 库 。 从 酵 母 到 人 类 所 有 的 真 核生 物 顺 式 作 用 原 件 及 转 录 因 子 都 可 以 在这 个 数 据 库 中 找 到 。 通 过 输 入 一 段 核 苷酸 序 列 并 选 择 其 所 属 的 物 种 , 便 可 搜 寻与 TRANSFAC 数 据 库 中 相 匹 配 的 数 据 。