Ab-initio-Untersuchungen der AminosÃ¤uren Glycin, Alanin und Cystein

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Gutachter: 1. Prof. Dr. sc. nat. F. Bechstedt 2. Prof. Dr. rer. nat. habil. W.G. Schmidt Tag der Verleihung des Diploms:
Inhaltsverzeichnis 1 Einleitung 5 1.1 Motivation und Einführung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 1.2 Gliederung der Arbeit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2 Grundlagen 9 2.1 Born-Oppenheimer-Näherung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 2.2 Grundlagen der Dichtefunktionaltheorie (DFT) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 2.2.1 Hohenberg-Kohn-Theoreme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 2.2.2 Kohn-Sham-Gleichungen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 2.2.3 Hellmann-Feynman-Kräfte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 2.3 Austausch-Korrelations-Funktionale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 2.3.1 Exakte Austausch-Korrelations-Lochdichte . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 2.3.2 LDA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 2.3.3 Gradientenkorrektur und verallgemeinerte Gradientenentwicklung . . . . 22 2.3.4 PW91 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 2.3.5 PBE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28 2.3.6 Diskussion der GGA-Nichtlokalität . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 2.3.7 Hybridfunktionale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 2.4 Pseudopotential-Methode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 2.4.1 Näherung unveränderlicher Rümpfe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 2.4.2 Normerhaltende Pseudopotentiale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 2.4.3 Projector-Augmented-Wave-Methode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 2.5 k-Raum-Formalismus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 2.5.1 Entwicklung nach ebenen Wellen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 2.5.2 Spezielle k-Punkte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 2.6 Numerische Umsetzung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 2.6.1 Gradienten-Verfahren . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 2.6.2 Das Programm-Paket VASP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 3 Aminosäuren, Peptide und Proteine 49 3.1 Biochemische Eigenschaften . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 3.2 Glycin, Alanin und Cystein - Eigenschaften und Geometrien . . . . . . . . . . . 52 3.2.1 Glycin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 3.2.2 Alanin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54 3.2.3 Cystein . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 3
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Seite 7 und 8: 1.2. GLIEDERUNG DER ARBEIT 7 Neulan
Seite 9 und 10: Kapitel 2 Grundlagen Wie bereits au
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Seite 33 und 34: 2.4. PSEUDOPOTENTIAL-METHODE 33 2.4
Seite 35 und 36: 2.4. PSEUDOPOTENTIAL-METHODE 35 Obi
Seite 37 und 38: 2.4. PSEUDOPOTENTIAL-METHODE 37 d.h
Seite 39 und 40: 2.4. PSEUDOPOTENTIAL-METHODE 39 mit
Seite 41 und 42: 2.5. K-RAUM-FORMALISMUS 41 Hierbei
Seite 43 und 44: 2.5. K-RAUM-FORMALISMUS 43 bereits
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Seite 51 und 52: 3.1. BIOCHEMISCHE EIGENSCHAFTEN 51
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3.2. GLYCIN, ALANIN UND CYSTEIN - E
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3.2. GLYCIN, ALANIN UND CYSTEIN - E
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Kapitel 4 Ab-initio-Rechnungen zu G
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4.1. KONVERGENZ DER GESAMTENERGIE 5
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4.2. STRUKTURELLE UND ENERGETISCHE
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4.3. DYNAMISCHE EIGENSCHAFTEN: IR-S
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Seite 79 und 80:
4.4. ELEKTRONISCHE EIGENSCHAFTEN 79
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Seite 83 und 84:
Seite 85 und 86:
Seite 87 und 88:
Seite 89 und 90:
Kapitel 5 Zusammenfassung In der vo
Seite 91 und 92:
91 Unterschätzung des HOMO-LUMO-Ga
Seite 93 und 94:
Anhang A Parametrisierung von PW86
Seite 95 und 96:
Anhang B Møller-Plesset-Verfahren
Seite 97 und 98:
Anhang C Charakterisierung der Schw
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99 Alanin 1 2 3 Schwingungstyp 36 ?
Seite 101 und 102:
Literaturverzeichnis [1] M. J. Sch
Seite 103 und 104:
LITERATURVERZEICHNIS 103 [33] O. Gu
Seite 105 und 106:
LITERATURVERZEICHNIS 105 [67] G. Kr
Seite 107 und 108:
LITERATURVERZEICHNIS 107 [102] S. G
Seite 109 und 110:
LITERATURVERZEICHNIS 109 [133] J. M
Seite 111 und 112:
Danksagung Ich bedanke mich herzlic
Seite 113:
Selbständigkeitserklärung Ich erk
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