CHbraunvieh 06-2013 [7.39 MB] - Schweizer Braunviehzuchtverband

Zucht
Daher scheint die Ausgangslage für eine rasseübergreifende
Effektschätzung, in der OB-Stiere zusammen
mit allen BV-Stieren berücksichtigt werden, sehr gut.
Massnahmen in diese Richtung wurden bereits unternommen,
doch waren bisher sämtliche Auswertungen
auf Basis des 50K-Chip zu ungenau.
Neben der Empfehlung der Wissenschaft zu einer
rasseübergreifenden Effektschätzung sind Publikationen
bekannt, die eine Lösung in der Nutzung des
HD-Chip (High Density) sehen. Dieser HD-Chip enthält
rund 800 000 SNP und legt so ein dichteres Netz über
das Erbgut. Damit liegen sie deutlich näher an den SNP
im Erbgut, die tatsächlich unsere Merkmale wie Milchleistung
oder Zellzahl beeinflussen.
Stand Genotypisierung
Im Rahmen des OB-Förderprogrammes wurden
OB-Stiere mit dem HD-Chip genotypisiert. Insgesamt
liegen bei Braunvieh Schweiz die Genotypen von 1200
HD-untersuchten Stieren und Kühen der Rassen OB
und BV vor. Um die Anzahl der HD-untersuchten Tiere
zu erhöhen, wurde auch mit anderen BV-Ländern wie
Deutschland, Italien und den USA zusammengearbeitet
und ein Austausch von HD-Genotypen durchgeführt.
Ein grosser Anteil der HD-Untersuchungen
wurde innerhalb des EU-Projektes LowInputBreeds
vorgenommen.
Insgesamt sind aktuell 171 reine OB-Typisierungen
vorhanden. Diese teilen sich auf 18 Kühe und 153
Stiere auf. Ziel war es, alle OB-Stiere mit KB-Einsatz,
von denen noch biologisches Material für die SNP-
Untersuchung vorhanden war, mit dem HD-Chip
zu untersuchen. Neben den reinrassigen OB-Tieren
wurden auch BV-Kühe mit hohem OB-Anteil mit dem
HD-Chip untersucht, um die genetische Verbindung
zwischen den reinen OB-Tieren und Brown-Swiss
besser abzubilden. 158 BV-Kühe mit OB-Blutanteil
grösser 60 % wurden in diesem Zusammenhang mit
dem HD-Chip untersucht. Die Struktur der HD-untersuchten
OB- und BV-Population ist in Abbildung 1
dargestellt.
Zusätzlich zu den HD-untersuchten Tieren stehen dem
Projekt natürlich auch noch alle 50K-Typisierungen aus
der Routine-Zuchtwertschätzung zur Verfügung. Für
OB sind noch 87 Tiere mit dem 50K-Chip untersucht.
Die 50K- und HD-untersuchten OB- und BV-Tiere
bilden die Grundlage für die Entwicklung einer genomischen
Zuchtwertschätzung für OB.
Abb. 1: Analyse der Populationsstruktur 3D−PCA HD−Datenanhand von Daten
des HD-Chip
PC1
−150 −100 −50 0 50 100
● 0% OB
● 10% OB
● 20% OB
● 30% OB
● 40% OB
● 50% OB
● 60% OB
● 70% OB
● 80% OB
● 90% OB
● 100% OB
−100
−150 −100 −50 0 50 100
PC2
Jeder Punkt stellt ein HD-genotypisiertes Tier dar. Abstammungsinformationen wurden
für diese Abbildung nicht verwendet. Unterschiedliche OB-Blutanteile werden somit nur
mit den SNP erkennbar. Je nach OB-Anteil liegt also ein anderes «SNP-Muster» vor.
HD-Imputing ist zuverlässig
Wie beim Imputing vom LD-Chip auf den 50K-Chip
(siehe Ausgabe CHBraunvieh 3/2013) können auch
die auf dem 50K-Chip fehlenden SNP-Positionen im
Erbgut auf den HD-Chip hochgerechnet werden. Da
nicht alle Tiere mit dem HD-Chip untersucht vorliegen,
ist dies die Voraussetzung für eine genomische Zuchtwertschätzung
basierend auf dem HD-Chip. Die
Qualitas untersuchte inzwischen die Genauigkeit der
Imputation vom 50K- auf den HD-Chip. Wie schon
beim 50K-Imputing funktioniert auch das Hochrechnen
auf den HD-Chip sehr gut.
Wenn Vater und Mutter eines 50K-untersuchten
Tieres mit dem HD-Chip untersucht vorliegen, so liegt
der Anteil an richtig imputierten SNP bei 99.6 %. Ein
ähnlich gutes Ergebnis (99.2 %) wird erreicht, wenn
Vater und mütterlicher Grossvater HD-untersucht
vorliegen. Wenn nur der Vater HD-untersucht ist,
liegt die Genauigkeit bei 98.9 %. Für Tiere mit weiter
entfernteren HD-untersuchten Verwandten sinkt die
Genauigkeit des Imputings um nur einen Prozentpunkt
auf 97.9 %.
Zusammenfassung
Die Genotypisierungen sind abgeschlossen, bzw.
werden laufend aus der BV Routine ergänzt. Eine
Routine zum HD-Imputing wurde aufgebaut. Damit
befindet sich das Projekt in der Phase, in der erste
Effektschätzungen durchgeführt werden können. Die
Resultate daraus müssen genau analysiert werden.
Schlussendlich wird dies darüber entscheiden, ob und
wann die genomische Zucht auch für das Original
Braunvieh Realität wird.
franz.seefried@qualitasag.ch
birgit.gredler@qualitasag.ch
−50
0
50
100
150
PC3
Nr. 6 ∙ Juli 2013 CHbraunvieh
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