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I HINTERGRUND UND EINFÜHRUNG
men limitiert (Nilsson et al. 2006; Nilsson et al. 2008) und führen deshalb häufig ebenfalls zu
fehlerhaften Speziesidentifizierungen. Ferner ist zu berücksichtigen, dass viele Arten der
anamorphen schwarzen Hefen erst in den letzten zehn Jahren beschrieben wurden (de Hoog et
al. 2011a) und vorhandene Sequenzdaten in öffentlichen Datenbanken dahingehend nicht aktualisiert
wurden.
Um die Zusammensetzung der Biofilme und den Eintragspfad der verursachenden Spezies in
weiterführenden Untersuchungen sicher aufklären zu können, war es daher nötig, zunächst
grundlegend eine verlässliche Methode zur Identifizierung schwarzer Hefen aus der Familie
der Herpotrichiellaceae zu entwickeln.
Das Kapitel II dieser Arbeit beschreibt die Entwicklung eines molekularbiologischen Spezifizierungsverfahrens
für askomyzetale schwarze Hefen auf Basis geringfügiger Sequenzunterschiede
innerhalb eines 27-50 bp langen Teilsegments der Internal-Transcribed-Spacer-2-
Region (ITS2) der ribosomalen DNA, das im Folgenden als „Barcode-Identifier“ bezeichnet
wird. Dieser „Barcode-Identifier“ wurde in allen nachfolgenden Untersuchungen zur Identifizierung
von Herpotrichiellaceae eingesetzt, erlaubt dabei allerdings nicht, quantitative Aussagen
zur Zusammensetzung der Biofilme zu treffen.
I.2.2
Mykologische Analyse der dunkel pigmentierten Biofilme
Die Identifizierung kulturell gewonnener Stämme allein erlaubt noch keine quantitative Aussage
über die für die Biofilmbildung verantwortlichen Pilzspezies, da es sich bei diesen möglicherweise
auch um auf Kulturmedium schlecht wachsende oder nicht kultivierbare Organismen
handeln könnte. So können z. B. verschiedene Pilzisolate aus einem Biofilm gewonnen
werden, ohne dass notwendigerweise der Organismus, der die unerwünschte Massenentwicklung
verursacht hat, isoliert werden kann, da er quantitativ nicht im Vordergrund steht.
Deshalb wurde in dieser Arbeit, zusätzlich zu einem klassischen kulturell-selektiven Verfahren
unter Verwendung von Sabouraud Glukose Agar (SGA) und Erythritol-Chloramphenicol-
Agar (ECA), erstmalig ein semi-quantitativer, metagenomischer Pyrosequencing-Ansatz zur
Klärung der Zusammensetzung von Biofilmen angewendet, der den Vorteil bietet kulturunabhängig
zu sein.
Ähnliche Pyrosequencing-Ansätze zur Ermittlung der Diversität von Pilzgemeinschaften
wurden in den letzten Jahren bereits in unterschiedlichen Lebensräumen durchgeführt. Kapitel
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