Dokument 1.pdf - RWTH Aachen University
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III BIOFILM-ANALYSE<br />
implementierte „unite“-Datenbank (Kõljalg et al. 2005; Abarenkov et al. 2010a) mit mehr als<br />
258.000 den Pilzen zugehörigen ribosomalen ITS-Sequenzen abgeglichen.<br />
Im Falle einer nicht eindeutigen Identifizierung (< 97% Übereinstimmung) wurden Sequenzabgleiche<br />
mittels des BLAST-Algorithmus in GenBank und in einer privat kuratierten Datenbank<br />
am CBS (Centraalbureau voor Schimmelcultures, Utrecht, NL) durchgeführt. Die Bestimmung<br />
von der Gattung Ochroconis zugehörigen Sequenzen wurde von K. Samerpitak am<br />
CBS (Centraalbureau voor Schimmelcultures, Utrecht, NL) bestätigt.<br />
Bei Sequenzen von Herpotrichiellaceae wurde zusätzlich eine Analyse der Domäne 2 der<br />
ribosomalen ITS2-Region mittels der beschriebenen Barcode-Identifiers durchgeführt<br />
(Heinrichs et al. 2012). Dieses Verfahren ergab 3 bis 13 Pilzspezies pro Biofilm, was 2,3 -<br />
26,7 OTUs (Cluster mit >3% Abweichung) pro gefundener Spezies entsprach.<br />
III.2.3 Testung des Adhäsionsvermögens von potentiell biofilmbildenden Pilzstämmen<br />
III.2.3.1 Stämme und Anzucht<br />
Um potentielle Biofilmbildner unter den schwarzen Hefen und anderen biofilmassoziierten<br />
Spezies auszumachen, wurden Versuche zu deren Adhäsionsvermögen an Glas durchgeführt.<br />
Dazu wurden zunächst 17 Spezies mit Vorkommen in den schwarzen Biofilmen, im Trinkwasser<br />
oder in anderen Feuchtraumhabitaten ausgewählt. Pro Spezies wurden zwei Stämme<br />
eingesetzt, wobei jeweils ein Isolat aus einem schwarzen Biofilm bzw. aus einer analysierten<br />
Trinkwasserprobe stammte. Wenn möglich, wurde als zweiter Stamm der jeweilige Typus-<br />
Stamm eingesetzt. Lag dieser nicht vor, wurde stattdessen ein Isolat aus der institutseigenen<br />
GHP-Stammsammlung (Sammlung Prof. Dr. Gerhard Haase) mit klinischen Isolaten verwendet.<br />
Bei Alternaria sp., Cladosporium halotolerans und Exophiala equina wurden je zwei<br />
Umweltisolate eingesetzt, bei Exophiala dermatitidis, der Typus-Stamm sowie ein Isolat aus<br />
einem Dampfbad (Tab.III-5).<br />
Die Stämme wurden zunächst für 14 Tage bei Raumtemperatur auf Sabouraud 2% Glukose-<br />
Agar (Bio-Rad) angezogen.<br />
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