Abschlußbericht zum Projekt „Molekularbiologische ... - UOK

Abschlussbericht FKZ UGV04070803084
Penicillium solitum CBS 288. 36
Penicillium verrucosum CBS 223.71
Rhizopus oryzae CBS 607.68
Stachybotrys chartarum CBS 222.46
Stemphylium solani
Trichothecium roseum CBS 567.50
Tabelle 1: Kollektiv lebensmittelrelevanter Schimmelpilze
für den Aufbau einer haus-internen Stammsammlung.
4.2 Testen verschiedener DNA-Extraktionsmethoden
Für die Extraktion der Schimmelpilz DNA wurden drei verschiedene Methoden
getestet: der UltraClean soil DNA Isolation Kit (Mobio, Vertrieb über Dianova;
#12800-50), der ZR Fungal/Bacterial Isolation Kit (Zymo Research D6005, Hiss
Diagnostics) und die am Haus etablierten CTAB-Extraktionsmethode. Mit allen
Methoden konnte DNA aus den Schimmelpilzkulturen isoliert werden. Nach einer
anschließenden ITS-PCR konnte das resultierende 500 bis 600 bp große Fragment
gelelektrophoretisch nachgewiesen werden. Folglich eignen sich alle drei Methoden
zur Extraktion von DNA aus Schimmelpilzen. Unterschiede zwischen den Methoden
bestehen jedoch im Hinblick auf die Handhabung und die Ausbeute. Die DNA-
Konzentrationen nach der CTAB-Extraktion schwanken sehr (abhängig von der Art).
Vorteile dieser Methode sind, dass man ein großes Volumen (100 µl) erhält und die
Handhabung bei hoher Probenzahl im Vergleich zu den beiden anderen
Extraktionsmethoden leichter ist. Nach Extraktion mithilfe der Kits erhält man lediglich
ein Volumen von (50 µl). Die Handhabung des ZR Fungal/Bacterial isolation Kits ist
sehr einfach und der benötigte Zeitaufwand sehr gering (10 Minuten). Die DNA-
Quantität ist im Vergleich zu den anderen Extraktionsmethoden am höchsten, obwohl
am wenigsten Material nötig ist. In Tabelle 2 ist ein Vergleich der Methoden in Bezug
auf die DNA-Quantität dargestellt.
DNA Nr. Methode PicoGreen Messung
246
6
309
CTAB
MoBio-Kit
ZymoKit
Tabelle 2: Vergleich der verschiedenen Isolierungsmethoden in Hinblick
auf die Quantität der isolierten DNA bei gleicher Qualität.
13
0,36 ng/µl
2,18 ng/µl
10,8 ng/µl