Abschlußbericht zum Projekt „Molekularbiologische ... - UOK

Abschlussbericht FKZ UGV04070803084
Abbildung 2: Gelelektrophoretische Auftrennung von jeweils 8 µl des ITS-1/ITS-4- PCR-Produkts
Für die Auswertung der Sequenzierergebnisse wurde mithilfe der DNASTAR
Software (GATC-Biotech) aus der vorwärts und der rückwärts Sequenz ein Kontig
erstellt und dieses mit dem BLASTn Suchtool der öffentlich zugänglichen
Sequenzdatenbank der GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast) analysiert. Nach
der SOP aus Hildesheim werden Übereinstimmungen gewählt, die folgende
Bedingungen erfüllen: Der „score“ (bits-Value) als quantitative Beurteilung der
Sequenzübereinstimmung zwischen Suchsequenz und Datenbanksequenz sollte
mindestens 700 bits betragen; Der „e-value“, als Angabe der Wahrscheinlichkeit,
Sequenzen mit dem gleichen Score zu finden, sollte möglichst gegen 0 gehen.
Die Sequenzhomologie sollte bei ≥ 98 % liegen.
Im Rahmen dieses Projekts haben zahlreiche Experimente ergeben, dass für die
Identifizierung auf Artebene die Übereinstimmung mit dem höchsten „Bits-Value“ (±
2) in Kombination mit einem „e-value“ von 0 gewählt werden kann. Tabelle 3 fasst
die Ergebnisse der Sequenzierung zusammen.
15
pUC 8
501 bp
331 bp
242 bp