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2 R topics documented: consensusMEDissimilarity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28 consensusOrderMEs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 consensusProjectiveKMeans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 corPredictionSuccess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 0.2 Warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 corPvalueFisher . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 corPvalueStudent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 correlationPreservation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 cutreeStaticColor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 cutreeStatic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 displayColors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 dynamicMergeCut . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 exportNetworkToCytoscape . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 exportNetworkToVisANT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42 fixDataStructure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 goodGenesMS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 goodGenes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 goodSamplesGenesMS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 goodSamplesGenes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 goodSamplesMS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 goodSamples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 greenBlackRed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 greenWhiteRed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 GTOMdist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 hubGeneSignificance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54 Inline display of progress . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54 intramodularConnectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 keepCommonProbes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 labeledBarplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 labeledHeatmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59 labels2colors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 matchLabels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63 mergeCloseModules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64 moduleColor.getMEprefix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66 moduleEigengenes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 moduleNumber . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70 multiSetMEs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 nearestNeighborConnectivityMS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74 nearestNeighborConnectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 networkConcepts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77 networkScreeningGS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78 0.3 Warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78 networkScreening . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80 0.4 Warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81 normalizeLabels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 nPresent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 numbers2colors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85 orderMEs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86 overlapTable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 pickHardThreshold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 pickSoftThreshold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
R topics documented: 3 plotClusterTreeSamples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90 plotColorUnderTree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92 plotDendroAndColors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 plotEigengeneNetworks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95 plotMEpairs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 plotModuleSignificance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 plotNetworkHeatmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 preservationNetworkConnectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 projectiveKMeans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103 propVarExplained . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105 randIndex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106 0.5 Warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106 recutBlockwiseTrees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 recutConsensusTrees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 redWhiteGreen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114 relativeCorPredictionSuccess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 0.6 Warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116 removeGreyME . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 scaleFreePlot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 setCorrelationPreservation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 sigmoidAdjacencyFunction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120 signedKME . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 signumAdjacencyFunction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 simulateDatExpr5Modules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 simulateDatExpr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 simulateEigengeneNetwork . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 simulateModule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127 simulateMultiExpr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129 0.7 Warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130 simulateSmallLayer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 sizeGrWindow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 softConnectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 standardColors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 stdErr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 TOMplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 TOMsimilarityFromExpr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137 TOMsimilarity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 unsignedAdjacency . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 vectorTOM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 verboseBoxplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141 0.8 Warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 verboseScatterplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143 0.9 Warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 WGCNA-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145 Index 149
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