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2011-12-25<br />
桃 热 激 蛋 白 101(<strong>Hsp101</strong>)<br />
基 因 和 蛋 白 序 列 预 测 与 结 构 分 析<br />
CAAS 五 组<br />
成 员 : 丁 安 明 鲁 振 华 王 军 崔 丽 刘 永 强
提 纲<br />
‣ 研 究 背 景<br />
‣ 基 因 序 列 与 结 构 预 测<br />
‣ 蛋 白 序 列 与 结 构 分 析
研 究 背 景<br />
正 常<br />
信 号 传 导<br />
蛋 白 正 确 折 叠<br />
蛋 白 降 解<br />
生 长 发 育<br />
种 子 成 熟<br />
Hsps<br />
植 物 育 性<br />
相 关<br />
胁 迫<br />
干 旱<br />
其 他 理 化<br />
因 素<br />
高 温 / 低 温<br />
缺 氧<br />
病 害<br />
稳 定 蛋 白 质 和 膜 结 构 , 防 止 变 性 蛋 白 聚 合 及 帮 助 其 再 折 叠
主 要 的 Hsp 家 族<br />
(P. Csermely & I. Yahara, 2002)
<strong>Hsp101</strong> 基 因 序 列 与 结 构 预 测<br />
EST 序 列 ~150bp<br />
BLAST<br />
桃 基 因 组 序 列<br />
http://www.rosaceae.org/
基 因 组 序 列 6.7kb<br />
拟 南 芥 和 葡 萄 的 <strong>Hsp101</strong> 基 因 大 小 在 6.3-6.5kb<br />
推 测 该 DNA 片 段 包 含 一 个 基 因
FGENESH 基 因 预 测<br />
一 个 基 因 ,6 个 外 显 子
用 DSDS 显 示 基 因 结 构 (http://gsds.cbi.pku.edu.cn)<br />
得 到 了 2730bp 的 mRNA 序 列
蛋 白 序 列 与 结 构 分 析<br />
编 码 蛋 白 <strong>Hsp101</strong> 长 909 个 氨 基 酸 残 基<br />
30%+<br />
Bioedit 计 算 氨 基 酸 组 成
ProtScale 疏 水 性 分 析
SignalP 4.0 Server<br />
信 号 肽 预 测<br />
TMHMM<br />
跨 膜 预 测
SMART 结 构 域 预 测<br />
6 个 结 构 域<br />
与 蛋 白 酶 或 其 他 基 底 结 合 的 结 构 域<br />
ATP 酶 结 构 域 ,ATP 结 合 与 水 解<br />
多 聚 化 相 关
3D-JIGSAW 预 测
<strong>Hsp101</strong><br />
Hsp100<br />
与 E. Coli 的 Hsp100 结 构 极 类 似 (M. Agrawal<br />
et al. 2003), 其 晶 体 结 构 以 测 定 ,PDB ID 为<br />
1KSF<br />
问 题 : 结 构 基 本 相 同 , 为 什 么 同 源 模 建 失 败 ?
3D 结 构 预 测<br />
AAA<br />
Clp-N<br />
ClpB-D2<br />
红 色 : 已 测 定 的 E.Coli Hsp100 (1KSF)<br />
绿 色 :SwissModel 自 动 同 源 模 建<br />
黄 色 :3D-PSSM Threading<br />
Coil
String 蛋 白 相 互 作 用<br />
A. Thaliana<br />
小 热 激 蛋 白 家 族<br />
转 录 因 子
参 考 文 献<br />
• 王 吉 龙 , 癌 胚 抗 原 CEA 三 维 空 间 结 构 同 源 模 建<br />
•Vierling E. The roles of heat shock proteins in plants<br />
•Cermely P. and Yahara I. Heat shock proteins<br />
•M. Agarwal et al. molecular characterization of rice <strong>Hsp101</strong><br />
• 陈 建 南 , 曲 军 . 温 度 , 热 激 蛋 白 与 高 粱 与 性 变 化<br />
•Guanfeng W. and Xuening W. Molecular analysis of common wheat<br />
genes encoding three types of cytosolic heat shock protein 90 (Hsp90):<br />
functional involvement of cytosolic Hsp90s in the control of wheat<br />
seedling growth and disease resistance
致 谢<br />
• 感 谢 尊 敬 的 罗 老 师<br />
• 感 谢 CAAS
谢 谢 !<br />
请 大 家 批 评 指 正 !
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