Capítulo 5: Introducción a los alineamientos de secuencias

2. Tipos de alineamientos
Practiejemplo A – Alineamientos globales
El Dotplot es una herramienta sumamente útil para visualizar patrones generales entre dos
secuencias o una secuencia consigo misma. Sin embargo, es poco práctico si lo que se quiere
es determinar qué aminoácidos específicos están compartidos en las dos secuencias.
En este caso, lo más conveniente es alinear las dos secuencias y comparar los cambios
residuo a residuo. En este capítulo veremos la primera de estas herramientas: LAlign. Veremos
que hay varias formas de “poner una secuencia junto a la otra”, cada una más o menos útil
dependiendo del problema que estudiemos.
Vamos a empezar con el siguiente ejemplo:
Suponga que se tienen dos secuencias que usted sabe que son homólogas, pero que han
cambiado mucho entre sí debido a mutaciones. ¿Cómo identifica las mutaciones que
ocurrieron?
Para simular esto, tenemos la secuencia de la cadena beta de la hemoglobina original y una
cadena a la que he añadido algunas mutaciones:
http://bioinformate.uniandes.edu.co/Secuencias/LAlign01.txt
Vamos a explorar la forma de encontrar las mutaciones.
1. Empiece en la página de LAlign haciendo clic en:
http://www.ch.embnet.org/software/LALIGN_form.html
2. Desde ahí seleccione la opción “global” que nos permite alinear la totalidad de las dos
secuencias.
3. Por el momento no cambie más parámetros. Sólo ingrese las secuencias en los
recuadros correspondientes (ingréselas sin la línea inicial de descripción) y póngales
nombre, como por ejemplo “Silvestre” y “Mutante”.
Luego haga clic en “Run LAlign” para realizar el alineamiento.
Resaltando conceptos: Alineamiento
El resultado que aparece tras hacer clic en “Run LAlign” es un alineamiento
entre las secuencias.
En este caso contamos con el mejor alineamiento que se puede realizar entre
las dos secuencias de forma que estén representados todos los residuos de
cada una (de ahí el término “global”).
4. La página que aparece empieza con un resumen del alineamiento, mostrando el
número de aminoácidos de cada secuencia junto con el porcentaje de identidad en el
alineamiento. En este caso es del 85%.
Debajo aparece el alineamiento. Si dos residuos son idénticos, hay dos puntos que las
unen. Además, si hay un aminoácido que no tiene contraparte en la otra cadena (que
es el caso cuando hay inserciones o deleciones) aparece un guión llamado gap.
¿Cuantas mutaciones puntuales hay? ¿Cuántas inserciones y deleciones? ¿De qué
tamaño son estas inserciones?
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