Capítulo 5: Introducción a los alineamientos de secuencias

Resaltando conceptos: Identidad
Si cuenta los aminoácidos que están alineados idénticamente, notará que son
130. Dividiendo este valor por la longitud del alineamiento, que es 153 (147
aminoácidos + 6 gaps) obtiene 0,8497 ó 85%. Es exactamente el valor de
identidad que aparece en el resumen.
5. Además de los aminoácidos alineados idénticamente, algunos aminoácidos están
conectados con un punto, por ejemplo el aminoácido 11 de la cadena silvestre (A –
Alanina) y el aminoácido 10 de la cadena mutante (V – Valina). Esto ocurre, porque la
Alanina y la Valina tienen propiedades fisicoquímicas similares. Ambos son
aminoácidos alifáticos pequeños. Un cambio de este estilo en una proteína
probablemente no afectará mucho la función, a no ser que ocurra en el sitio activo.
En cambio, el aminoácido 135 de la cadena silvestre (V - Valina) y el aminoácido 134
de la cadena mutante (K – Lisina) tienen propiedades muy diferentes. El primero es
pequeño y alifático y el segundo es relativamente grande y cargado positivamente.
Debido a esta diferencia no hay ningún símbolo entre estos aminoácidos.
El punto es mostrar que la representación gráfica del alineamiento (con dos puntos
entre identidades y un punto entre aminoácidos con propiedades similares) es una
fuente de información adicional.
En este ejercicio se aprendió a hacer alineamientos globales y a conocer los gaps. Los
alineamientos globales son especialmente útiles a la hora de comparar dos genes en toda su
longitud o al momento de establecer sobrelapamientos (ver el ejercicio para un caso de este
estilo). Sin embargo, cuando debemos suponer que sólo algunas regiones están conservadas
es mejor usar otro método de alineamiento, que es el tema del siguiente practiejemplo.
Ejercicio:
En el siguiente vínculo encontrará dos secuencias: Una de un mRNA y la otra de la región de
DNA correspondiente:
http://bioinformate.uniandes.edu.co/Secuencias/LAlign02.txt
¿Cuántos intrones (secuencias presentes en el ADN pero no en el mRNA) hay? ¿Cuál es la
longitud en pares de bases del primer intrón?
Practiejemplo B – Alineamientos locales
En el ejemplo se introdujeron mutaciones en la proteína de manera indiscriminada. Sin
embargo, en la naturaleza esto no suele ser así. Las mutaciones tienden a acumularse más
difícilmente en zonas cercanas al sitio activo de la proteína, pues las mutaciones en este sitio
suelen afectar su función y por tanto a ser excluidas de la población por selección natural.
Alinear globalmente nos permitiría detectar que hay cambios en las dos secuencias, pero no
nos permitiría resaltar aquellas regiones que tienen alta conservación, independientemente de
la secuencia que las rodea. Es posible que al alinear globalmente nuestras dos secuencias
hallemos regiones conservadas, pero al alinear globalmente debemos preservar el orden de
nuestras secuencias y esto puede ocultarnos información.
Alinear localmente en cambio, nos permite encontrar sub-secuencias que tienen alta
similitud. Veamos un ejemplo donde es más conveniente hacer alineamientos locales.
1. Inicie en el formulario principal de LAlign:
http://www.ch.embnet.org/software/LALIGN_form.html
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