Capítulo 5: Introducción a los alineamientos de secuencias

Tras haber determinado el orden en que deben ensamblarse las secuencias, use LAlign y un
editor de texto (como el bloc de notas de Windows) para generar una secuencia conjunta a
partir de los tres fragmentos.
Justifique la elección del tipo de alineamiento que va a hacer (¿local? ¿global? ¿global sin
penalidad en los extremos?).
Practiejemplos de repaso:
2A, 2B
Tercer ejercicio
Un ensamblaje como el que realizó en los dos ejercicios anteriores (sólo que con otra región
del gen) está en el siguiente vínculo:
http://bioinformate.uniandes.edu.co/Secuencias/Ejer05_03_01.txt
Basándose en este ensamblaje, determine el cromosoma y el gen que están representados por
esta secuencia.
Opcional (requiere haber leído el capítulo 4): A partir de la ontología del gen, ¿puede
determinar si es un factor de transcripción o un gen estructural?
Practiejemplos de repaso:
2C, Capítulo 4 practiejemplos 1A y 1B
Cuarto ejercicio
(Depende del ejercicio anterior)
Encuentre posibles genes homólogos al determinado en el punto anterior. ¿Es éste un gen
conservado entre los mamíferos?
Descargue la secuencia de proteínas del grupo de genes homólogos que encontró. Haga un
alineamiento múltiple con estas secuencias. ¿Se puede inferir la filogenia (orden de
especiación) de las especies a partir de estas secuencias?
Opcional (requiere haber leído el capítulo 1): Busque un libro que tenga un tutorial acerca de
este gen. ¿Cumple la misma función en todos los mamíferos o tiene un efecto particular en
humanos únicamente?
Practiejemplos de repaso:
2D, 3B, Capítulo 1 practiejemplo 3B
Quinto ejercicio
En el siguiente enlace están las secuencias proteicas del humano y del chimpancé del gen que
estamos estudiando:
http://bioinformate.uniandes.edu.co/Secuencias/Ejer_05_05_01.txt
Tras alinear las secuencias (¿global o localmente?) determine:
A) el porcentaje de identidad entre las secuencias
B) los aminoácidos específicos diferentes (¿cambiaron las propiedades fisicoquímicas de
estos aminoácidos?)
22